Friday, November 4, 2011

exemple d'une page efficace "web biblio service" sur le site d'une UMR (ex-spectro, Grenoble)

http://www-liphy.ujf-grenoble.fr/Bibliographie-en-ligne

BIBLIOSCIENCES (INIST CNRS) Mot de passe Bases de données et revues. N’oubliez pas de configurer votre navigateur avec
- le proxy de votre université
- le blocage des "POPUPS" désactivé Resources disponibles :
- BDSP
- Webspir5
- J@OVID
- Pubmed
- Crossref
- ScienceDirect
- Pascal Biomed (CNRS) : Sciences médicales depuis 1987. 3100 titres, 3,1 millions de notices.
- Pascal SciTech (CNRS) : Sciences et techniques depuis 1987. 2000 titres, 3 millions de notices.
- INSPEC (IEE) : Physique, électronique, informatique depuis 1969. 6200 titres de revues et actes de congrès, 6,2 millions de notices. Didacticiel
- Current Contents (ISI) : Multidisciplinaire, depuis 2000. 7000 titres et 2000 ouvrages.
- MedLine Advanced (US Nat. Library of Medicine) : Médecine, depuis 1966. 10 millions de notices.

CHEMICAL ABSTRACTS Consultation grâce au logiciel SciFinder Scholar, à installer sur son ordinateur : instructions d’installation
- Base de données essentielle en chimie et domaines connexes, produite par Chemical Abstracts Service
- banque de références d’articles de périodiques, d’actes de congrès, de rapports, de monographies, de brevets, ainsi que toute information relatives aux substances chimiques, à leur exploitation...
- couverture chronologique allant de 1947 à nos jours, avec une mise à jour quotidienne
- base accessible aux membres de l’UJF et de l’INPG, max. 3 utilisateurs connectés

REFDOC Pour commander à REFDOC (anciennement INIST (CNRS) une copie d’article par voie électronique. Mode d’emploi :
- Recherchez votre article dans la base REFDOC->REFDOC ;
- Quand vous l’avez trouvé, ajoutez-le à votre panier (vous aurez besoin d’un MOT DE PASSE) ; attention le service est payant (Livraison ARIEL : 9,55 €, par courrier : 12,10 €). Nouvelle livraison électronique en document PDF possible.
- Pour commander le contenu du panier, cochez le service ARIEL (seulement pour les articles publiés depuis 1990 ;
- Inscrivez votre nom et équipe dans les références lecteur ;
- Validez la commande ;
- L’article arrive généralement le lendemain en version électronique sur l’ordinateur du secrétariat du labo, qui l’imprime et le dépose dans le casier des bons de commande.
SwetsNet Ce service (auquel a souscrit votre service de doc?) permet de regrouper sous une même interface toutes les revues scientifiques existantes (près de 15 000 titres), en précisant les types d’accès autorisés (abstracts, texte intégral, etc…). Des liens permettent d’accéder aux articles et à l’éditeur. De nombreuses revues auxquelles un labo a  accès n’y figurent pas. ( ???)

Preprints de Jussieu Le miroir français du serveur de preprints de Los Alamos.

Sudoc (Système Universitaire de Documentation) Catalogue web des thèses soutenues en France (depuis 1972 pour les sciences exactes et appliquées) (remplace TheseNet).

Physics Web Tout le web de la physique par l’Institute of Physics. Actualités, liens intéressants vers des bases de données, des applets Java de vulgarisation, etc...

MedLine base de données de sommaires de la "National Library of Medicine". Pour tout ce qui concerne l’interface physique/biologie et médecine/biologie pure.

Dictionnaire interactif des Sciences et Techniques Dictionnaire scientifique qui utilise toutes les ressources de l’hypertexte.

Grand dictionnaire terminologique Fonds terminologique d’envergure de 3 millions de termes français et anglais dans 200 domaines d’activité. Il est le compagnon indispensable de tous ceux et celles qui doivent traduire, réviser ou rédiger des textes impeccables.

Gallica Gallica est un service en ligne de la BNF : 22 millions de pages numérisées appartenant au domaine plublic sont disponibles au téléchargement, parmi lesquelles, les oeuvres complètes de Joseph Fourier, Newton, Fresnel, etc...

SPIN DatabaseUne base de donnees de sommaires specialisée pour les sciences autour de la physique. Contient les résumés de plus de 80 revues scientifiques publiées par l’American Institute of Physics et ses sociétés membres depuis 1975, ainsi qu’une sélection d’articles d’autres revues. En tout, près d’un million d’articles.

comment bien chercher une revue (imprimée ou électronique) dans sudoc? Exemple la revue "Hist. Philos. Life Sci."

Exemple: on cherche  la revue "Hist. Philos. Life Sci."

Le revue est indexée avec abstract (depuis 2011) par WoS, medline... Elle a même un impact
factor dans JCR (0.6)
Cette revue est indexée mais biblioVie, BiblioST2i, biblioSHS, bcp de portails de BU d'université,
biblioInserm,  cairn.info n'ont le texte intégral!
Donc il reste à trouver la version papier.

On récupère le titre et ISSN avec WoS ou autres:
  1. ISO Abbrev. Title:     Hist. Philos. Life Sci.
  2. History and Philosophy of the Life Sciences
  3. ISSN:     0391-9714.

1) Avec Sudoc, si on entre la  versions Abbrev du titre, on ne trouve rien!
http://www.sudoc.abes.fr/DB=2.1/SET=1/TTL=1/CMD?ACT=SRCHA&IKT=1016&SRT=YOP&TRM=Hist.+Philos.+Life+Sci.

2) Avec sudoc, avec le titre complet,
http://www.sudoc.abes.fr/DB=2.1/SET=2/TTL=1/CMD?ACT=SRCHA&IKT=1016&SRT=YOP&TRM=%22History+and+Philosophy+of+the+Life+Sciences%22

On trouve 2 types de retour:
  • on ne trouve qu'une BU qui a l'accès électronique!
    History and philosophy of the life sciences [Ressource électronique]
    On apprend la date de création de la version électronique: depuis 2006
    http://mussi.mnhn.fr/webcontent/viewer/viewer.asp?INSTANCE=INCIPIO&EXTERNALID=WBCTDOC_1090
  • on trouve  17 BU qui ont la version imprimée.
    History and philosophy of the life sciences [Texte imprimé]
    On apprend la date de création: Vol. 1, no. 1 (1979)-
3) Avec Sudoc, avec le n° ISSN périodiques
http://www.sudoc.abes.fr/DB=2.1/SET=3/TTL=5/CMD?ACT=SRCHA&IKT=8&SRT=YOP&TRM=0391-9714
On trouve directement la notice "History and philosophy of the life sciences [Texte imprimé]"

REm: on a deux ISSN: ISSN: 0391-9714 ISSN en ligne: 1742-6316

Thursday, November 3, 2011

JournalBase. Comparer les bases de données scientifiques internationales en sciences humaines et sociales (SHS)

En 1964, Eugène Garfield, fondateur de l’Institut for Scientific Information à Philadelphie (ISI), créait la célèbre base de données Science Citation Index (SCI). Cet instrument, au départ strictement destiné à l’analyse et à l’information documentaires des articles scientifiques des sciences de la matière et de la vie, a progressivement évolué vers la bibliométrie.
Dans les années 2000, E. Garfield vend ISI à l’éditeur canadien Thomson (qui rachète à son tour en 2008 Reuters et devient le groupe Thomson Reuters).
Toutes les bases de données de l’ISI sont regroupées par Thomson Reuters dans l’ISI Web of Knowledge dans lequel est intégré le Web of Science (WOS). Outre le SCI, le WoS comprend deux autres bases de citations sur les revues : le Arts and Humanities Citation Index (AHCI) et le Social Sciences Citation Index (SSCI).


Si le SCI est un instrument bibliométrique très répandu dans les Sciences de la matière et de la vie (SMV), cette pratique est en revanche peu fréquente dans les sciences humaines et sociales, notamment parce que les AHCI et SSCI s’avèrent très incomplets. Conscient de cette situation, un autre éditeur commercial (Elsevier) s’est lancé dans le développement d’une base de données de citations Scopus censée avoir une couverture plus large. A côté de ces éditeurs privés, des listes internationales ou nationales de revues de référence ont fait leur apparition, 
  • en 2007 les listes ERIH de la Fondation Européenne pour la Science et 
  • en 2008 les listes de l’AERES (Agence pour l’évaluation de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur en France). 

Afin d’étudier la représentativité des différentes bases actuellement disponibles pour les revues de SHS, nous avons entrepris en 2008, avec le soutien du TGE Adonis, la création de JournalBase 
 dont l’objectif est de recenser les revues indexées dans les listes et bases de données bibliométriques internationales et de les comparer. 
De nombreux articles ont déjà tenté des comparaisons entre le WOS et Scopus (par exemple, Gavel Ylva. Iselid Lars, 2008 ; Bosman Jeroen. Et al, 2006) mais aucune étude n’a encore analysé l’ensemble des données disponibles pour tout le champ des SHS.

http://cybergeo.revues.org/22864?lang=fr
----------

Electronic reference

Michèle Dassa, Christine Kosmopoulos and Denise Pumain, « JournalBase. Comparer les bases de données scientifiques internationales en sciences humaines et sociales (SHS) », Cybergeo : European Journal of Geography [Online], Dossiers, Les revues en sciences humaines et sociales, Online since 08 janvier 2010, connection on 03 novembre 2011. URL : http://cybergeo.revues.org/22864 ;
DOI : 10.4000/cybergeo.22864

selection of articles; History of Philosophy of the Life Sciences is a multilanguage interdisciplinary journal

http://www.hpls-szn.com/

just a small selection  (from Vol. 33, no. 2 (2011) to Vol. 27, no. 1 (2005))
(in red= star)

http://www.hpls-szn.com/articles.asp?id=135&book=29
Olivier Perru, Le mutualisme biologique, concepts et modèles
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 33, no. 2 (2011)
Mutualism is a biological association for a mutual benefit between two different species. In this paper, firstly, we examine the history and signification of mutualism in relation to symbiosis. Then, we consider the link between concepts and models of mutualism. Models of mutualism depend on different concepts we use: If mutualism is situated at populations’ level, it will be expressed by Lotka-Volterra models, concerning exclusively populations’ size. If mutualism is considered as a resources’ exchange or a biological market increasing the fitness of these organisms, it will be described at an individual level by a cost-benefit model. Our analysis will be limited to the history and epistemology of Lotka-Volterra models and we hypothesize that these models are adapted at first to translate dynamic evolutions of mutualism. They render stability or variations of size and assume that there are clear distinctions and a state of equilibrium between populations of different species. Italian mathematician Vito Volterra demonstrated that biological associations consist in a constant relation between some species. In 1931 and 1935, Volterra described the general form of antagonistic or mutualistic biological associations by the same differential equations. We recognize that these equations have been more used to model competition or prey-predator interactions, but a simple sign change allows describing mutualism. The epistemological problem is the following: Volterra’s equations help us to conceptualize a global phenomenon. However, mutualistic interactions may have stronger effects away from equilibrium and these effects may be better understood at individual level. We conclude that, between 1985 and 2000, some researchers carried on working and converting Lotka-Volterra models but this description appeared as insufficient. So, other researchers adopted an economical viewpoint, considering mutualism as a biological market.

Staffan Müller-Wille, The Dark Side of Evolution: Caprice, Deceit, Redundancy
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 31, no. 2 (2009)
(The prevalent reading of Darwin’s achievements today is adaptationist. Darwin, so the usual story goes, succeeded in providing a naturalistic explanation of the fact that organisms are adapted to their environments, a fact that served and continues to serve, as a chief argument for creationism. This stands in a curious tension with Darwin’s own fascination with phenomena whose adaptive value was problematic, like vicariance, ornaments, atavisms, and rudiments, as well as the various “contraptions” and “contrivances” by which organisms take advantage of each other. I will explore this “dark side” of Darwin’s evolutionism with respect to three themes that run through his work: heredity, which provided one of the corner stones of Darwin’s theory and yet was defined as an essentially capricious, not necessarily adaptive force; mimicry, which for Darwin exemplified a general tendency of nature to produce deceiving semblances that turn actual relations on their head; and extinction, a phenomenon that pointed towards the redundancy of life, which for Darwin, in the double sense of that word, was both a fundamental condition and necessary consequence of evolution by natural selection.)

Winfried Menninghaus, Biology à la mode: Charles Darwin’s Aesthetics of “Ornament”
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 31, no. 2 (2009)
(Historians have long noted the importance of Victorian culture for the emergence of Darwin’s ideas. This paper takes this understanding one step further by illustrating a deep cultural analysis for the underlying aesthetics framework which, on the one hand, is part of Darwin’s notion of sexual selection while, at the same time, serving to give rise to a new “aesthetics semantics.” While evolutionary biology avoids this language, it nevertheless had far-reaching influences in the decades following the publication of Darwin’s work. Additionally, evolutionary aesthetics from Darwin provides unique insights on the philosophical foundations it draws upon)


Anthony S. Travis, Models for Biomedical Research: The Theory and Practice of Paul Ehrlich
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 30, no. 1 (2008)
In the late-nineteenth and early-twentieth centuries, the study of the living world placed considerable reliance on applied chemistry and chemical concepts. Paul Ehrlich, the subject of this paper, adopted from the mid-1870s principles of organic chemistry to devise procedures for use in histology, to suggest features of cellular structure, and to draw up cartoons that explained the nature of immunity. From a distinctly molecular basis, he devised meaningful experimental strategies and was inspired to develop speculative but effective theoretical models along the same lines that chemists had used to resolve problems of molecular structure and behavior. Thus, Ehrlich suggested that combining power and toxicity were independent properties of the antigen toxin. He succeeded to classify synthetic dyestuffs as stains, to use them for investigating molecular combustion, to adapt theories of dyeing to develop models for both combustion and immunity, and to exploit the properties of dyes in the development of chemotherapy. Ehrlich not only speculated on the behavior of synthetic chemicals toward his model of the protoplasm but also invoked biological specificity, a concept that would have a tremendous impact on immunology, drug development, and molecular biology.


 Garcia-Sancho, M, From Metaphor to Practices: the Introduction of "Information Engineers" into the First DNA Sequence Database
HISTORY AND PHILOSOPHY OF THE LIFE SCIENCES  Volume: 33   Issue: 1   Pages: 71-104   Published: 2011
This paper explores the introduction of professional systems engineers and information management practices into the first centralized DNA sequence database, developed at the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) during the 1980s. In so doing, it complements the literature on the emergence of an information discourse after World War II and its subsequent influence in biological research. By the careers of the database creators and the computer algorithms they designed, analyzing, from the mid-1960s onwards information in biology gradually shifted from a pervasive metaphor to be embodied in practices and professionals such as those incorporated at the EMBL. I then investigate the reception of these database professionals by the EMBL biological staff, which evolved from initial disregard to necessary collaboration as the relationship between DNA, genes, and proteins turned out to be more complex than expected. The trajectories of the database professionals at the EMBL suggest that the initial subject matter of the historiography of genomics should be the long-standing practices that emerged after World War II and to a large extent originated outside biomedicine and academia. Only after addressing these practices, historians may turn to their further disciplinary assemblage in fields such as bioinformatics or biotechnology.

Maureen A. O’Malley, Exploratory Experimentation and Scientifi c Practice: Metagenomics and the Proteorhodopsin Case
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 29, no. 3 (2007)
Exploratory experimentation and high-throughput molecular biology appear to have considerable affi nity for each other. Included in the latter category is metagenomics, which is the DNA-based study of diverse microbial communities from a vast range of non-laboratory environments. Metagenomics has already made numerous discoveries and these have led to reinterpretations of fundamental concepts of microbial organization, evolution, and ecology. The most outstanding success story of metagenomics to date involves the discovery of a rhodopsin gene, named proteorhodopsin, in marine bacteria that were never suspected to have any photobiological capacities. A discussion of this fi nding and its detailed investigation illuminates the relationship between exploratory experimentation and metagenomics. Specifi cally, the proteorhodopsin story indicates that a dichotomous interpretation of theory-driven and exploratory experimentation is insuffi cient and that an interactive understanding of these two types of experimentation can be usefully supplemented by another category, “natural history experimentation”. Further refl ection on the context of metagenomics suggests the necessity of thinking more historically about exploratory and other forms of experimentation.


Alexander Powell, Maureen A. O’Malley, Staffan Müller-Wille, Jane Calvert, and John Dupré, Disciplinary Baptisms: A Comparison of the Naming Stories of Genetics, Molecular Biology, Genomics, and Systems Biology
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 29, no. 1 (2007)
Understanding how scientific activities use naming stories to achieve disciplinary status is important not only for insight into the past, but for evaluating current claims that new disciplines are emerging. In order to gain a historical understanding of how new disciplines develop in relation to these baptismal narratives, we compare two recently formed disciplines, systems biology and genomics, with two earlier related life sciences, genetics and molecular biology. These four disciplines span the twentieth century, a period in which the processes of disciplinary demarcation fundamentally changed from those characteristic of the nineteenth century. We outline how the establishment of each discipline relies upon an interplay of factors that include paradigmatic achievements, technological innovation, and social formations. Our focus, however, is the baptism stories that give the new discipline a founding narrative and articulate core problems, general approaches and constitutive methods. The highly plastic process of achieving disciplinary identity is further marked by the openness of disciplinary definition, tension between technological possibilities and the ways in which scientific issues are conceived and approached, synthesis of reductive and integrative strategies, and complex social interactions. The importance – albeit highly variable – of naming stories in these four cases indicates the scope for future studies that focus on failed disciplines or competing names. Further attention to disciplinary histories could, we suggest, give us richer insight into scientific development.


Michael-Andreas Esfeld and Bernardino Fantini, Causation in Biomedical Sciences. Introduction
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 27, no. 3-4 (2005)
The aim of this paper is to show that biological kinds can be causally homogeneous, although all biological causes are identical with configurations of physical causes. The paper considers two different strategies to establish that result: the first one relies on two different manners of classification (according to function and according to composition); the other one exploits the idea of biological classifications being rather coarse-grained, whereas physical classifications are fine-grained.


History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 27, no. 3-4 (2005)
CONTENT:
321   
Michael-Andreas Esfeld and Bernardino Fantini, Causation in Biomedical Sciences. Introduction
325   
Jaegwon Kim, Laws, Causation, and Explanation in the Special Sciences
339   
Michael Sollberger, Commentary on Jaegwon Kim: Laws, Causation, and Explanation in the Special Sciences
345   
Alex Rosenberg, Defending Information-Free Genocentrism
361   
Marc Aurel Hunziker, Commentary on Alex Rosenberg:
Defending Information-Free Genocentrism
365   
Alfredo Morabia, Epidemiological Causality
381   
Giovanni Boniolo, Mirella Libero and Anna Aprile, Causality and Methodology. Notes on Thanatochronological Estimations
395   
Jean Gayon, Chance, Explanation, and Causation in Evolutionary Theory
407   
Marcel Weber, Genes, Causation and Intentionality
421   
Michael Esfeld, The Causal Homogeneity of Biological Kinds
435   
Christian Sachse, Reduction of Biological Properties by Means of Functional Sub-Types
451   
Bernard Baetschi, Diderot, Cabanis and Lamarck on Psycho-Physical Causality
465   
Vincent Lam, Causation and Space-Time
479   
Georg Sparber, Counterfactual Overdetermination vs. the Causal Exclusion Problem
491   
Jens Harbecke, A Realist Approach to Biological Events






-------------------
History of Philosophy of the Life Sciences is an interdisciplinary journal committed to providing an integrative approach to understanding the life sciences. In specific terms, it welcomes submissions from biologists, historians, philosophers, and scholars in the social study of science that offer broad and interdisciplinary perspectives on the development of biology, especially as these perspectives illuminate both biology’s scientific development and its larger role in society. Submissions which are collaborative and feature different disciplinary approaches are especially encouraged, as are submissions written by senior and junior scholars (including graduate students). HPLS also welcomes submissions featuring novel formats. While it is anticipated most submissions will represent recent scholarship, they may also include essays on contemporary issues or perspectives, results of unique workshops, and/or discussions featuring a wide-range of perspectives. Papers are published on the understanding that they have not been published before and are not concurrently under offer to any other journal. Authors will usually receive a decision on their articles within 3 months of receipt.

The languages of the journal are English, French, German, and Italian; however, other languages can be considered. Book reviews are published only in English.


5-Year Impact Factor (JCR)= 0.6


Full Journal Title:     HISTORY AND PHILOSOPHY OF THE LIFE SCIENCES     
ISO Abbrev. Title:     Hist. Philos. Life Sci.
ISSN:     0391-9714
Issues/Year:     4 
Language:     MULTI-LANGUAGE
Journal Country/Territory:     ENGLAND
Publisher:     STAZIONE ZOOLOGICA ANTON DOHRN
Publisher Address:     VILLA COMMUNALE, NAPOLI 80121, ITALY
Subject Categories:     HISTORY & PHILOSOPHY OF SCIENCE

Wednesday, November 2, 2011

open access publishing: CNRS i-revues, SCOAP, CAIRN,

----------http://irevues.inist.fr/
I-Revues vous propose la consultation de documents scientifiques, la création de sites et la numérisation d’archives pour la diffusion de publications scientifiques.



--------- http://scoap3.org/
SCOAP is a consortium which facilitates Open Access publishing in High Energy Physics by re-directing subscription money. This answers the request of the High Energy Physics community.

Today: (funding bodies through) libraries buy journal subscriptions to support the peer-review service and allow their patrons to read articles.

Tomorrow: funding bodies and libraries contribute to the consortium, which pays centrally for the peer-review service. Articles are free to read for everyone.


-------------- http://www.cairn.info/
Cairn.info vous permet de consulter en ligne un nombre croissant de publications de sciences humaines et sociales de langue française, en texte intégral.

Sans inscription ou abonnement préalable, tout internaute peut accéder gratuitement aux résumés des publications proposées sur ce portail, à leurs plans lorsque ceux-ci sont disponibles ainsi que, dans certains cas, à leur texte intégral.

En règle générale, le texte intégral des différentes publications proposées fait cependant l’objet d’une commercialisation qui, pour les particuliers, peut prendre diverses formes décrites dans la section Services aux particuliers de Cairn.info.

Cairn.info est né de la volonté de quatre maisons d'édition (Belin, De Boeck, La Découverte et Erès) ayant en charge la publication et la diffusion de revues de sciences humaines et sociales, d’unir leurs efforts pour améliorer leur présence sur l’Internet, et de proposer à d’autres acteurs souhaitant développer une version électronique de leurs publications, les outils techniques et commerciaux développés à cet effet.

En février 2006, la Bibliothèque nationale de France s’est associée à ce projet, de façon à faciliter le développement d’une offre éditoriale francophone, sous forme numérique.

Cairn.info réunit, en outre, différents investisseurs institutionnels, notamment Gesval, la société ayant en charge la gestion des participations de l’Université de Liège.

auto-formation zotero

Le site:
http://methodoc.univ-rennes2.fr/zotero

Un rapide tour:

liste outils netvives; bibliopedia, site collaboratif pour bibliothécaires, documentalistes et archivistes francophones;

http://www.bibliopedia.fr/index.php/Accueil
Bibliopedia est un site collaboratif pour bibliothécaires, documentalistes et archivistes francophones.Il utilise MediaWiki comme wikipedia.

Liste des bibliothèques francophones proposant un Univers Netvibes:
http://www.bibliopedia.fr/index.php/Biblioth%C3%A8ques_sur_netvibes


Portails thématiques du SCD Lyon 1 : Médecine / Pharmacie / ISTR / Physique / Chimie / Maths / SVT-biologie / STAPS

Portail BiblioCNRS: INIST-CNRS

ENSSIB ressources liste de liens; brochure repere ENSSIB, en pdf ou lecture via le web service issuu.com

http://repere.enssib.fr/
http://issuu.com/repere-enssib/docs/repere2011/5
-------
http://www.enssib.fr/base-de-signets/

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http://www.enssib.fr/ressources


 

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You can now begin to import documents from a wide variety of sites, such as those listed below. In addition to these sites, we also support importing metadata from COinS and metatags. If you wish to add Mendeley Web Importer support for you site, please refer to the information for publishers guide.
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