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Saturday, September 9, 2017

qr-code of a scientific article, and blogger. An Analytical Solution of The Laplace Equation With Robin Conditions


Use the DOI resolver:
https://chrome.google.com/webstore/detail/doi-resolver/goanbaknlbojfglcepjnankoobfakbpg
 and for example:
http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.439037
it generates
this qr-code
(for your smartphone):


In blogger add image :
see this example on the right of this blog.

Cite as

Mottin, Stéphane. (2016). An analytical solution of the Laplace equation with Robin conditions by applying Legendre transform. Integral Transforms and Special Functions, 27(4), 289–306. 

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https://zenodo.org/record/439037
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or inside the pdf :
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@article{mottin:hal-01376999,TITLE = {An analytical solution of the Laplace equation with Robin conditionsby applying Legendre transform},AUTHOR = {Mottin, Stéphane},URL = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01376999},JOURNAL = {Integral Transforms and Special Functions},PUBLISHER = {Taylor and Francis},VOLUME = { 27},NUMBER = {4},PAGES = {289-306},YEAR = {2016},DOI = {10.1080/10652469.2015.1121255},KEYWORDS = {Robin boundary conditions ; integral transform ; Legendre transform ; inverse problems ; Appell function ; evaluation of definite integrals ; biophotonics ; heat transfer ; mass transport},PDF = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01376999/file/mottin_2016_LegendreTransfo.pdf},}



Wednesday, February 15, 2017

jabref.org reference manager, BibTeX (MODS) and XMP (export/import)

intro

JabRef is an open source bibliography reference manager. The native file format used by JabRef is BibTeX, the standard LaTeX bibliography format. JabRef runs on the Java VM (version 1.8 or newer), and works equally well on Windows, Linux, and Mac OS X.

http://www.jabref.org/

BibTeX is an application and a bibliography file format written by Oren Patashnik and Leslie Lamport for the LaTeX document preparation system. General information can be found on the CTAN BibTeX package information page. JabRef also supports BibLaTeX.

Bibliographies generated by LaTeX and BibTeX from a BibTeX file can be formatted to suit any reference list specifications through the use of different BibTeX and BibLaTeX style files.

Entries can be searched in external databases and BibTeX entries can be fetched from there. Example sources: arXiv, CiteseerX, Google Scholar, Medline, GVK, IEEEXplore, and Springer.

Import of various formats

RIS, Medline/Pubmed (xml), Refer/Endnote, INSPEC, BibTeXML, CSA, ISI Web of Science, SilverPlatter, Scifinder, OVID, Biblioscape, Sixpack, JStor, and RIS.

Moreover, the FireFox add-on JabFox makes importing new bibliographic information directly from the browser very easy.

export formats

Built-in and custom export formats

HTML, Docbook, BibTeXML, MODS, RTF, Refer/Endnote, and OpenOffice.org as well as LibreOffice

Integrates to your environment

Launch external applications: PDF viewers, web browser
Insert citations into TeXstudio, LyX, Kile, LatexEditor, Emacs, Vim, and WinEdt

Support for XMP Metadata in PDFs

Improve the workflow of sharing PDFs and bibliography information

http://help.jabref.org/fr/XMP
Pour utiliser la fonction XMP dans JabRef, vous pouvez faire les choses suivantes :
  • Importer un unique fichier PDF annoté contenant les métadonnées XMP. Vous pouvez sélectionner “Fichier -> Importer dans… -> PDF avec annotations XMP” ou faire glisser le fichier dans la fenêtre principale.
  • Ecrire les informations bibliographiques dans le fichier PDF associé. Pour cela, double-cliquez sur l’entrée dans la fenêtre principale, allez dans l’onglet “General” et cliquer sur “Ecrire XMP”.
  • Si vous voulez annoter tous les PDFs dans une base de données déterminée vous pouvez sélectionner “Outils -> Ecrire XMP pour la base de données”
  • Pour vérifier si cela a fonctionné, vous pouvez ouvrir le PDF dans Adobe Acrobat et sélectionner “Fichier -> Propriétés du Document -> Métadonnées additionnelles -> Avancé”. Dans l’arborescence sur la droite vous devriez voir une entrée nommée “http://purl.org/net/bibteXMP”. Cela fonctionne uniquement avec Adobe Acrobat, et pas avec Adobe Reader. 
Si vous n’avez pas Adobe Acrobat, vous pouvez utiliser pdfinfo à la place afin de voir les métadonnées XMP. pdfinfo fait partie de Xpdf (www.foolabs.com/xpdf) et Poppler (http://poppler.freedesktop.org). https://www.fosshub.com/PDFsam.html ; https://poppler.freedesktop.org/

Format de fichier BibteXmp

XMP utilise un sous-ensemble du Schéma de Description des Ressources (Resource Description Framework - RDF) pour stocker les données. Pour JabRef, un nouveau format de métadonnées est utilisé ; il ressemble beaucoup au format BibTeX. Fondamentalement, tous les champs et valeurs sont transformés en noeuds dans un document XML. Seuls les auteurs et les éditeurs sont stockés comme des rdf:Seq-structures, aussi les utilisateurs des données peuvent éviter la séparation basées sur des ‘and’. Toutes les chaînes et les références croisées seront présentes dans les données.

Le schéma suivant, facile et minimal, est utilisé :
  • La clef BibTeX est stockée comme une bibtexkey.
  • Le type d’entrée BibTeX est stocké comme une entrytype.
  • les champs author et editor sont encodés comme des rdf:Seqs où les auteurs individuels sont représentés par des rdf:lis.
  • Tous les autres champs sont sauvés en utilisant directement le nom de leur champ.

Ci-dessous, un exemple de mise en correspondance
@INPROCEEDINGS{CroAnnHow05,
  author = {Crowston, K. and Annabi, H. and Howison, J. and Masango, C.},
  title = {Effective work practices for floss development: A model and propositions},
  booktitle = {Hawaii International Conference On System Sciences (HICSS)},
  year = {2005},
  owner = {oezbek},
  timestamp = {2006.05.29},
  url = {http://james.howison.name/publications}
}
sera transformé en
<rdf:Description xmlns:bibtex="http://jabref.sourceforge.net/bibteXMP/"
    bibtex:bibtexkey="CroAnnHow05"
    bibtex:year="2005"
    bibtex:title="Effective work practices for floss development: A model and propositions"
    bibtex:owner="oezbek"
    bibtex:url="http://james.howison.name/publications"
    bibtex:booktitle="Hawaii International Conference On System Sciences (HICSS)"
    bibtex:timestamp="2006.05.29">
        <bibtex:author>
            <rdf:Seq>
                <rdf:li>K. Crowston</rdf:li>
                <rdf:li>H. Annabi</rdf:li>
                <rdf:li>J. Howison</rdf:li>
                <rdf:li>C. Masango</rdf:li>
            </rdf:Seq>
        </bibtex:author>
    <bibtex:entrytype>Inproceedings</bibtex:entrytype>
</rdf:Description>
Faites attention aux pièges suivants si vous essayez de traiter les métadonnées bibtexXMP :

Selon RDF, les couples attribut-valeur peuvent aussi être exprimés comme des noeuds, et vice-versa.

voir aussi
http://stephane-mottin.blogspot.fr/2017/02/save-metadata-xmp-to-pdf-files-from.html

Liens

Quelques liens (en anglais) à propos de XMP et de l’annotation des PDFs :

XML.com article about XMP
https://www.xml.com/pub/a/2004/09/22/xmp.html
PDFBox by the Apache Software Foundation is the Jaba library used to access the PDFs and the metadata stream.
http://pdfbox.apache.org/
Good thread on ArsTechnica discussing the management of PDFs.
http://arstechnica.com/civis/viewtopic.php?f=19&t=408429
Adobe XMP Specification
http://www.adobe.com/content/dam/Adobe/en/devnet/xmp/pdfs/XMPSpecificationPart1.pdf

Thursday, February 2, 2017

semi-automatiser des liens DOI d'une liste de référence bibliographique dans adobe InDesign

Voici une procédure semi-automatique

  1. copier la bibliographie d'un article mis en forme dans InDesign
    Une référence par ligne.
    Si elles sont numérotées, nettoyer avec un éditeur
    Par exemple MS word : remplacer ^p ^?^?^?^? par ^p
  2. coller dans le metamoteur CrossRef
    http://search.crossref.org/references
    Match references to DOIs using Crossref Metadata Search fuzzy matching
    Paste references into the box below, making sure that there is one reference on each line. You may copy and paste the references section of an article but must adjust the references to one-per-line. This tool does not understand reference numbering.
  3. hélas suivant la mise en forme des références (erreurs, pas de titre (i.e. que auteurs et journal) et le "fuzzy" moteur, les liens DOI des références proposés ne sont pas bons.
    Il faut donc les vérifier. même avec un "Match score" assez bon.. Puis copier le lien qui est OK, hélas, un par un...
  4. Coller le lien en dessous de la référence dans InDesign
  5. Deux possibilités
    1. si les liens DOI sont simples comme "http://dx.doi.org/10.1137/0720033"
      les coller puis
      les sélectionner tous
      et faire menu "texte" puis "hyperlien..." puis "convertir les URL en hyperliens"
    2. si des liens sont du style "http://dx.doi.org/10.1016/0045-7949(92)90306-k"
      la conversion en hyperlien n'est pas bonne.
      Il faut  sélectionner le lien puis y faire clic droit,
      puis "objet interactif" puis "nouvelle cible d'hyperlien".
Rem. ne pas oublier de créer un style de caractère avant par exemple "DOI" en mettant couleur bleu et surligné.

Saturday, January 7, 2017

zotero et import, export de la bibliographie.


Zotero est un logiciel de gestion de références gratuit, libre et open source.
 Il permet de gérer des données bibliographiques et des documents de recherche (tels que des fichiers PDF, images, etc.).
Ses principaux atouts techniques reposent sur l'intégration au navigateur web,

  • la possibilité de synchronisation des données depuis plusieurs ordinateurs, 
  • la génération de citations (notes et bibliographies) dans un texte rédigé depuis les logiciels LibreOffice, Microsoft Word, NeoOffice, Zoho Books et OpenOffice.org Writer grâce à l’installation d'un plugin.

Le logiciel Zotero a été le premier à adopter le langage de style Citation (CSL). La communauté regroupe l'ensemble de ces styles au sein d'une plate-forme de dépôt qui constitue actuellement la plus vaste base de données de styles CSL en accès libre.

Zotero permet d'exporter et d'importer facilement les références bibliographiques de Wikipédia. En tant que lecteur, il est facile d'extraire la bibliographie d'une page Wikipédia et de la copier dans un document qui nécessite des normes bibliographiques différentes. Inversement, Zotero permet de créer facilement le code Wiki du livre à référencer ; pour cela, il suffit de consulter la page du livre de sites comme Amazon, Gallica, Google Books, WorldCat, la FNAC, etc.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Zotero
https://www.zotero.org/support/fr/start
http://methodoc.univ-rennes2.fr/zotero/installer

https://www.zotero.org/download/

Zotero est multiplateforme c'est à dire qu'il fonctionne sur tous les systèmes d'exploitation (Windows, Linux, Mac OS) et permet de synchroniser les références entre les différents appareils.
https://www.zotero.org/support/fr/installation

De plus créer un compte sur le site Zotero.org permet d'héberger vos données (jusqu'à 300Mo gratuitement) pour sauvegarder et synchroniser les références et les fichiers attachés.
Sans synchro, vous avez des dossiers différents...

voir aussi mes posts sur ce blog avec le tag "zotero".

import

Zotero propose à ses utilisateurs différentes méthodes de capture, d'import et d'archivage des éléments et fichiers. Cette page expose les méthodes de collecte d'informations sur les livres, articles de journaux ou les sites web. En quelques clics, collectez la notice bibliographique et les fichiers attachés comme le texte intégral en PDF, des liens, des captures d'écrans ou des images…

Attention à ne pas trop stocker du contents (pdf, video...) car
le stockage gratuit n'est que de 300MB/compte
2GB pour 20$/an.

Pour importer des bibliographies via le "one-click"

sur des sites directement avec l'extension zotero "one-click"
liste des sites compatibles
HAL, pubmed, sudoc, PLOS,  Google Books, Google Scholar....

Translators are at the core of one of Zotero’s most popular features: its ability to import and export item metadata from and to a variety of formats. Below we describe how translators work, and how you can write your own. 
pour les développeurs de fonction import/export, voir
https://www.zotero.org/support/fr/translators

 En fait, Zotero doit fonctionner avec n'importe quel catalogue de bibliothèque ou de musée qui fonctionnent avec ces solutions logicielles et technologies répandues :

  •     Voyager (WebVoyage)
  •     InnoPAC
  •     SIRSI
  •     Aleph
  •     Dynix
  •     VTLS
  •     DRA
  •     GEAC
  •     SIRSI
  •     TLC/YouSeeMore
  •     Embedded RDF
  •     COinS (voir mes posts sur ce tag)

Pour importer des bibliographies via des fichiers biblio

Il peut importer bibtex et ris.

Beaucoup d'utilisateurs possèdent déjà d'importantes quantités de données bibliographiques dans d'autres applications lorsqu'ils adoptent Zotero. La page suivante est dédiée au passage de EndNote à Zotero, mais les mêmes étapes s'appliquent à la plupart des autres systèmes de gestion bibliographique.
Une fois que vous avez sélectionné RefMan (RIS) en tant que format d'exportation, sélectionnez “Exporter” dans le menu Fichier. Dans la fenêtre d'exportation qui apparaît alors, sélectionnez “Texte seulement”, puis “RIS” en tant que format d'exportation dans le menu immédiatement sous-jacent, et terminez en cliquant sur “Enregistrer. Après avoir exporté vos données depuis EndNote, passez sur Zotero, et cliquez sur l'icône d'engrenage () située au dessus de la colonne de gauche de Zotero, et sélectionnez Importer dans le menu déroulant. Dans la fenêtre qui apparaît, sélectionnez le fichier RIS issu de l'exportation depuis EndNote, puis cliquez sur Ouvrir. L'importation de vos données dans Zotero débute !

Attention zotero semble mettre votre import dans le dossier courant mais en fait il créé un dossier du nom du fichier. Il faut donc le renommer à la main.

Pour importer des bibliographies via des pdf avec ou sans metadonnées

Les nouveaux utilisateurs de Zotero pourraient considérer la perspective de devoir importer toutes leurs données quelque peu décourageante. Zotero peut importer des données bibliographiques dans une grande variété de format, mais quid des PDF ? De nombreux chercheurs finissent par gérer d'importantes collections de documents PDF, quelquefois avec un programme spécialement prévu à cet effet, quelquefois selon leur méthode personnelle. Importer ces fichiers, qui représente souvent le principal obstacle à la migration vers Zotero, est un véritable jeu d'enfant.

Zotero a la capacité de rechercher dans les bases de données de Google Scholar des correspondances avec un document PDF. La méthode la plus directe que Zotero emploie est de faire correspondre un DOI (Digital Object Identifier ou identifiant d'objet numérique) inclus dans le document PDF, mais ce n'est pas la seule. Si Zotero identifie le document PDF dans Google Scholar, il crée un nouvel item dans la bibliothèque, télécharge les métadonnées bibliographiques, et relie le document PDF à ce nouvel item.

Commencez par faire glisser vos documents PDF vers votre bibliothèque Zotero, ou utilisez l'option “Stocker une copie du fichier” du menu “Nouvel élément” (signe plus vert). Une fois qu'ils apparaissent dans la colonne centrale, sélectionnez ceux pour lesquels vous voulez récupérer des métadonnées, puis faites un clic droit et sélectionnez “Récupérer les Metadonnées du PDF”. Si Zotero est à même de trouver une correspondance sur Google Scholar, le tour est joué. Avec cette fonctionnalité, il ne devrait pas y avoir d'obstacle majeur pour passer à Zotero et à profiter pleinement de ses puissantes fonctionnalités de recherche, d'indexation, d'organisation et de citation.

autre

J'ai des bibliographies dans des documents Microsoft Word, des PDF, et d'autres fichiers textes. Puis-je les importer dans ma bibliothèque Zotero ?

 Non. Zotero ne peut pas actuellement importer des références depuis des bibliographies figurant dans des documents texte. Alors que cela peut sembler simple, c'est en réalité très difficile à accomplir étant donné le nombre de formats potentiels.
Si vous avez ces références dans une base de données bibliographiques, exportez les dans un format intermédiaire, comme RIS ou BibTex, et importez ensuite les références dans Zotero. Si les références ont un ISBN, un DOI ou un PubMed ID, vous pouvez utiliser la fonction Ajouter un document par son identifiant pour en ajouter rapidement ces documents.
Alternativement, vous pouvez utiliser des outils tiers pour extraire les données bibliographiques de bibliographies déjà formatées :
  1. cb2Bib is a tool that will take formatted references copied to the clipboard and attempt to parse the individual bibliography fields into the BibTeX format, which you can then import into Zotero. See the related forum threads for discussion of the difficulty of the problem as well as some success stories with cb2Bib.
  2. text2bib Web-based service by the economics department at the University of Toronto similar to cb2bib. Converts references to BibTeX, which Zotero can import. Users report good results.
  3. FreeCite is an open-source tool hosted by Brown University that converts formatted bibliographies to an XML representation of ContextObjects. Detected citations can be imported to Zotero by simply clicking the capture icon in the address bar.
  4. Simple Text Query, a tool by CrossRef, tries to find the Digital Object Identifiers (DOIs) of the journal articles, books or chapters cited in a bibliography. The work flow here would be to paste the bibliography in the text box on this website, check out the resulting DOIs to see if the references have been correctly identified and then import these references from the publisher's websites into Zotero.
  5. Wizfolio, an online reference management service. It works similar to cb2Bib and Simple Text Query tool from CrossRef, in that it tries to parse the bibliographic fields and searches for Digital Object Identifiers (DOIs). The workflow would be: Via Wizfolio's Import from Clipboard, it is possible to copy citations from an article, create a categorised reference list (looked up e.g. in Pubmed), export the list and import this list into Zotero. It's not perfect (e.g.: worked for 1/3 of the references on a set of citations without titles). However, it combines multi-citation import with database lookup of the bibliographic fields. The free signup has a limit of 50 citations per month. When using the clipboard function in Wizfolio, the references have to be split by a blank line. See also this related forum thread.
https://www.zotero.org/support/fr/kb/importing_records_from_endnote
Ref:
https://www.zotero.org/support/fr/getting_stuff_into_your_library

export

9 formats


  •     bibtex
  •     bookmarks
  •     mods
  •     refer
  •     rdf_bibliontology
  •     rdf_dc
  •     rdf_zotero
  •     ris
  •     wikipedia

mods

Le Metadata Object Description Schema (MODS) est un vocabulaire XML1 de description bibliographique développé en 2002 par le Bureau des normes et du développement du réseau de la Bibliothèque du Congrès. MODS a été conçu comme un compromis entre la complexité du format MARC utilisé par les bibliothèques et l'extrême simplicité du jeu de métadonnées Dublin Core. 


Monday, November 26, 2012

Frederic lenoir, d'Emmanuel Levinas à Edgar Morin; son livre "La guérison du monde" (Essai, Fayard, 2012).


Frédéric Lenoir - La guérison du monde.

http://www.fredericlenoir.com/

http://fr.wikipedia.org/wiki/Fr%C3%A9d%C3%A9ric_Lenoir

PhD en philo "le bouddhisme en Occident" et chercheur associé École des hautes études en sciences sociales depuis 1991.

Après son baccalauréat, il entame des études de philosophie à l'université de Fribourg, en Suisse, où il rencontre Emmanuel Levinas, Marie-Dominique Philippe et la Communauté Saint-Jean. Touché par le message des Evangiles, il y passera trois ans tout en poursuivant ses études de philosophie.

En 1986, il entre aux Editions Fayard comme Directeur de collection, rencontre Edgar Morin, dont il devient un "disciple" intellectuel, et entame une thèse de doctorat.

En 2004 il prend la direction du magazine Le Monde des religions (bimestriel appartenant au groupe Le Monde.

En cet automne 2012, il revient au devant du monde des média du fait de son livre, un essai (http://www.fredericlenoir.com/essais),

http://www.inrees.com/livres/La-guerison-du-monde/

Le Mot de l'éditeur :
Ce début de XXIe siècle est traversé par une telle succession de crises – écologique, économique et politique – qu’il voir refleurir le vieux mythe de la fin des temps. Nous nous trouvons confrontés aujourd’hui à au moins dix bouleversements inédits dans notre histoire. Pour trouver une mutation similaire, il faut remonter non pas à la Renaissance, ni à la fin de l’Empire romain, mais au tournant du néolithique, lorsque, il y a plus de dix mille ans, les groupes humains abandonnèrent le mode de vie nomade pour se sédentariser. On assista alors à un changement radical du rapport de l’homme à lui-même et au monde, dont nous sommes les ultimes héritiers. Aujourd’hui, ce n’est pas la fin du monde que nous connaissons, mais la fin d’un monde, celui fondé sur la prééminence du cerveau rationnel et logique par rapport au cerveau émotionnel et intuitif, sur l’exploitation mercantile de la nature, sur la domination du masculin sur le féminin.

Frédéric Lenoir montre ici que la guérison est possible. Illustrant les impasses de la fuite en avant (le progrès à tout-va) comme celles du retour en arrière (démondialisation, écologie radicale, intégrismes religieux), il exprime sa conviction que l’humanité peut dépasser cette crise planétaire par une profonde transformation de nos modes de vie et de pensée : rééquilibrage du masculin et du féminin, passage de la logique du « toujours plus » à celle de la « sobriété heureuse », de l’égoïsme à la communion, de l’état de spectateur passif à celui d’acteur responsable… Au-delà des rafistolages provisoires d’une pensée et d’un système à bout de souffle, une immense révolution est en marche : celle de la conscience humaine. 



Tuesday, August 21, 2012

Le gouvernement britannique annonce que les résultats des recherches financées sur fonds publics seront gratuitement accessibles sur Internet en 2014

 L'Open Access, mouvement qui défend la gratuité de l'accès aux recherches publiques, se prépare à savourer sa victoire. Grande Bretagne et institutions européennes érigent désormais l'Open Access en modèle.
Le gouvernement britannique annonce que les résultats des recherches financées sur fonds publics seront gratuitement accessibles sur Internet en 2014.

Jusqu’ici, pour les consulter, les lecteurs dont les chercheurs et universitaires doivent s’abonner à des revues à comités de lecture. Une situation jugée anormale puisque ces abonnements sont également réglés sur fonds publics : le lecteur citoyen, qu’il soit ou non scientifique, paie deux fois pour avoir accès à la recherche publique.

Pour résoudre le problème sans mettre en danger les éditeurs du secteur (rappelons que la prestigieuse revue scientifique Nature est une publication anglaise), le gouvernement d’outre-manche s’est inspiré d’un rapport sur l’Open Access remis le 19 juin 2012 par la sociologue Janet Finch. Dans le système privilégié, l’auteur devra verser des frais de publication à l’éditeur de la revue. Leur montant est estimé aux environs de 2000 Livres soit 2500 euros par article.

Les commentaires sont nombreux sur ce point et certains critiquent ouvertement cette mesure craignant un impact sur les budgets consacrés à la recherche. Pour le gouvernement ce ne sera pas le cas puisque les sommes consacrés aux bibliothèques universitaires pourront être réduites du fait de la suppression des abonnements, les sommes économisées financeraient ainsi les publications. Par ailleurs, la mise en concurrence entre éditeurs tendrait à réduire les frais de publications.

Suite à cette décision britannique du 16 juillet 2012, la Commission Européenne s’est fendue d’une déclaration allant dans le même sens. Pour l’institution, le libre accès aux recherches publiques est un engagement remontant à août 2008 dans le cadre de l’agenda 2020. Comme les britanniques, les autorités européennes considèrent que faciliter la circulation du savoir et de la connaissance peut stimuler l’innovation et donc la compétitivité de l’Europe.

http://www.industrie.com/it/publications-scientifiques-les-resultats-des-equipes-academiques-en-libre-acces.13545

Tuesday, January 24, 2012

pdf ou html full texte et référence dans Zotero.

Actuellement pour sauvegarder mes pdf, et mes pages html d'articles ou de brevets et aussi mes sites utiles, j'utilise le célèbre open source zotero.

Il existe deux grands soucis avec zotero malgré sa puissance.
1)Il est assez énervant de jonglet avec les serveurs mandataires dans zotero. Une université et un organisme type CNRS paient très cher l'accès à des bouquets permettant la lecture et la sauvegarde d'un "full" texte d'un article scientifique (il faut toujours sauvegarder ses pdf car ces organismes ne paient que l'accès sur une durée de 1an). Il existe deux types d'accès :
  • soit par n° IP (faire attention au proxy) ou 
  • soit avec un mot de passe.
Zotero a tendance à passer en direct sans les serveurs mandataires...

2)Lien pdf (ou full html) avec la référence. Lorsque le pdf n'a pas de metadonnées ou si elles sont incorrectes (assez souvent!) alors il faut aussi mettre la référence et le lien entre le pdf et sa référence correcete dans la même collection dans son zotero. C'est coûteux en temps...
La solution que je propose est de bien gérer le corpus d'accès aux ref (et abstract) et de sauver la ref dans zotero (via les catalogues) puis de basculer vers le site d'accès pdf ou html complet en sachant que les éditeurs "oublient" souvent de mettre les métadonnées.
Le corpus de ce type de one-click service est : http://www.zotero.org/translators/

Web of science (WoS), la plus grande banque d'articles scientifique, ne fonctionne pas bien avec zotero (WoS est aussi l'éditeur de endnote qui contrairement à Zotero est payant).
Voir: http://ex-ample.blogspot.com/2011/12/solution-of-error-could-not-save-item.html

Ce corpus de sites "zotero compatibles" contient 7types où les références (attention à vérifier la qualité et le nombre de champs) sont accessibles en one-click import dans zotero (dans l'omnibarre):
  1. des libraires style Amazon
  2. des moteurs de recherche (google scholar, google books, scirius)
  3. des catalogues de bibliothèques comme sudoc (ou de votre université) ou comme worldcat, ou catalogue d'organisme comme medline (les références y sont souvent très bien cataloguées avec les champs complets et corrects)
  4. des logiciels de gestion biblio en ligne comme citeUlike,
  5. des archives ouvertes comme hal, arXiv, citeSeer...
  6. les ressources à abonnement où on peut récupérer le(s) pdf: WoS, Sciencedirect, springerLink, wiley, IEEExplore, spie, (en eco factiva)
  7. les ressources open access comme l'éditeur PLoS, biomed... ou des sites comme revues.org avec URL pérenne (ou equivalente à un DOI) ou encore le célèbre wikipedia (vérfier la qualité des références absoluement).
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Merci à Dominique du SCD Sciences de l'Université St-Etienne

Friday, December 23, 2011

modeling neuron; how to make a simulated model neuron; software, tools free package, open source; Computational Neuroscience : simulation, neuroengineering, neurophysics; modeliser le "neurone"; NEURON, GENESIS, NEUROCAL (Matlab)

Using well-characterized preparations allows simulation of the cable equation and several freely available packages are designed to assist with cable modeling.
Trois logiciels pour la modélisation électrique du "neurone":
-NEURON (http://www.neuron.yale.edu/neuron/)
-GENESIS http://genesis-sim.org/
(old, before 2008: http://www.genesis-sim.org/GENESIS/).
-Neurocal is a simplified package written in MATLAB that is very easy to use and modify.
 http://www.mathworks.ch/matlabcentral/fileexchange/1588-neurocal
 Combining easily modeled, well-documented neurological preparations with simple lab experiments and accurate, easy to use active cable equation simulators is a powerful application of the engineering methodology of simulate, design, fabricate, and test.

1-NEURONThe alpha version directory also contains source code for the alpha versions, which you can download and compile on your own machine. After downloading the nrn-nn.alpha.tar.gz and iv-mm.tar.gz from the alpha version directory, follow the same instructions as for compiling the standard distribution for your operating system
    OS X
    MSWin (95 and up)
    UNIX/Linux 



2-GENESIS
 GENESIS (short for GEneral NEural SImulation System) is a general purpose simulation platform that was developed to support the simulation of neural systems ranging from subcellular components and biochemical reactions to complex models of single neurons, simulations of large networks, and systems-level models. As such, GENESIS, and its version for parallel and networked computers (PGENESIS) was the first broad scale modeling system in computational biology to encourage modelers to develop and share model features and components.
If you would like become a GENESIS developer, please send a request to genesis@genesis-sim.org with the subject "New Developer Request."
The following operating systems are currently supported for developer installations of GENESIS: 

3-Neurocal
Simulation describing the electrophysiological behavior of a biological neuron (nerve cell). Two sets of membrane kinetics are included: Hodgkin-Huxley and Schwarz for unmyelinated and myelinated axons. Straight forward approach makes for easy use, somewhat easier than Neuron and Genesis.Very well layout in plot GUI allows multiple variables to be graphed, a real plus over Neuron. If inproved on would like to see parabolic bursting added non the less an outstanding project for a freebee.

MATLAB ---> multiplatform
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Ref:
NEURON
Carnevale, N.T. and M.L. Hines, The Neuron book. 2006, Cambridge, UK; New York:
Cambridge University Press. xix, 457p.
---COinS


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GENESIS
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Bower, J.M. and D. Beeman, The book of Genesis: exploring realistic neural models with the
GEneral NEural SImulation System. 1998. Springer-Verlag New York, Inc. New York.
--COinS


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NEUROCAL
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Zeng, L. and M.D. Dominique, Extracellular voltage profile for reversing the recruitment
order of peripheral nerve stimulation: a simulation study. Journal of Neural Engineering,
2004, 4: 202.
---COinS


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Other  Stand Alone Programs for use in Computational Neuroscience:
http://genesis-sim.org/utilities
Xplot
Electrotonic
The Gencompress Utility
Mesh Generator for Neurons
Postscript
RALLPACKS version 1.1
Spikeplot
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Ref (review):
Basham E, Yang Z, Tchemodanov N, Liu W. Magnetic stimulation of neural tissue: techniques and system design. Implantable Neural Prostheses 1 2009;293–351.
------COinS in this html (for zotero/mendeley)----

Thursday, November 17, 2011

New services with Google Scholar Citations

Google Scholar Citations Open To All
Wednesday, November 16, 2011

A few months ago, we introduced a limited release of Google Scholar Citations (http://googlescholar.blogspot.com/2011/07/google-scholar-citations.html), a simple way for authors to compute their citation metrics and track them over time. Today, we’re delighted to make this service available to everyone!
Follow the instructions to get started:

http://scholar.google.com/citations?view_op=new_profile&hl=en

Here’s how it works. You can quickly identify which articles are yours, by selecting one or more groups of articles that are computed statistically. Then, we collect citations to your articles, graph them over time, and compute your citation metrics - the widely used h-index; the i-10 index, which is simply the number of articles with at least ten citations; and, of course, the total number of citations to your articles. Each metric is computed over all citations and also over citations in articles published in the last five years.

Your citation metrics will update automatically as we find new citations to your articles on the web. You can also set up automated updates for the list of your articles, or you can choose to review the suggested updates. And you can, of course, manually update your profile by adding missing articles, fixing bibliographic errors, and merging duplicate entries.

As one would expect, you can search for profiles of colleagues, co-authors, or other researchers using their name, affiliation, or areas of interest, e.g., researchers at US universities or researchers interested in genomics. You can add links to your co-authors, if they already have a profile, or you can invite them to create one.

You can also make your profile public, e.g., Alex Verstak (http://scholar.google.com/citations?user=kStFxtkAAAAJ&hl=en), Anurag Acharya. If you choose to make your profile public, it can appear in Google Scholar search results when someone searches for your name, e.g., [alex verstak]. This will make it easier for your colleagues worldwide to follow your work.

We would like to thank the participants in the limited release of Scholar Citations for their detailed feedback. They were generous with their time and patient with an early version. Their feedback greatly helped us improve the service. The key challenge was to make profile maintenance as hands-free as possible for those of you who prefer the convenience of automated updates, while providing as much flexibility as possible for those who prefer to curate their profile themselves.

Here is hoping that Google Scholar Citations will help researchers everywhere view and track the worldwide influence of their own and their colleagues’ work.

Ref: http://googlescholar.blogspot.com/2011/11/google-scholar-citations-open-to-all.html

Tuesday, November 15, 2011

an aggregator of the impact of free access to the scientific literature; the open citation project

Reference Linking and Citation Analysis for Open Archives.
http://opcit.eprints.org/oacitation-biblio.html

Despite significant growth in the number of research papers available through open access, principally through author self-archiving in institutional archives, it is estimated that only c. 20% of the number of papers published annually are open access.

Thursday, November 3, 2011

selection of articles; History of Philosophy of the Life Sciences is a multilanguage interdisciplinary journal

http://www.hpls-szn.com/

just a small selection  (from Vol. 33, no. 2 (2011) to Vol. 27, no. 1 (2005))
(in red= star)

http://www.hpls-szn.com/articles.asp?id=135&book=29
Olivier Perru, Le mutualisme biologique, concepts et modèles
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 33, no. 2 (2011)
Mutualism is a biological association for a mutual benefit between two different species. In this paper, firstly, we examine the history and signification of mutualism in relation to symbiosis. Then, we consider the link between concepts and models of mutualism. Models of mutualism depend on different concepts we use: If mutualism is situated at populations’ level, it will be expressed by Lotka-Volterra models, concerning exclusively populations’ size. If mutualism is considered as a resources’ exchange or a biological market increasing the fitness of these organisms, it will be described at an individual level by a cost-benefit model. Our analysis will be limited to the history and epistemology of Lotka-Volterra models and we hypothesize that these models are adapted at first to translate dynamic evolutions of mutualism. They render stability or variations of size and assume that there are clear distinctions and a state of equilibrium between populations of different species. Italian mathematician Vito Volterra demonstrated that biological associations consist in a constant relation between some species. In 1931 and 1935, Volterra described the general form of antagonistic or mutualistic biological associations by the same differential equations. We recognize that these equations have been more used to model competition or prey-predator interactions, but a simple sign change allows describing mutualism. The epistemological problem is the following: Volterra’s equations help us to conceptualize a global phenomenon. However, mutualistic interactions may have stronger effects away from equilibrium and these effects may be better understood at individual level. We conclude that, between 1985 and 2000, some researchers carried on working and converting Lotka-Volterra models but this description appeared as insufficient. So, other researchers adopted an economical viewpoint, considering mutualism as a biological market.

Staffan Müller-Wille, The Dark Side of Evolution: Caprice, Deceit, Redundancy
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 31, no. 2 (2009)
(The prevalent reading of Darwin’s achievements today is adaptationist. Darwin, so the usual story goes, succeeded in providing a naturalistic explanation of the fact that organisms are adapted to their environments, a fact that served and continues to serve, as a chief argument for creationism. This stands in a curious tension with Darwin’s own fascination with phenomena whose adaptive value was problematic, like vicariance, ornaments, atavisms, and rudiments, as well as the various “contraptions” and “contrivances” by which organisms take advantage of each other. I will explore this “dark side” of Darwin’s evolutionism with respect to three themes that run through his work: heredity, which provided one of the corner stones of Darwin’s theory and yet was defined as an essentially capricious, not necessarily adaptive force; mimicry, which for Darwin exemplified a general tendency of nature to produce deceiving semblances that turn actual relations on their head; and extinction, a phenomenon that pointed towards the redundancy of life, which for Darwin, in the double sense of that word, was both a fundamental condition and necessary consequence of evolution by natural selection.)

Winfried Menninghaus, Biology à la mode: Charles Darwin’s Aesthetics of “Ornament”
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 31, no. 2 (2009)
(Historians have long noted the importance of Victorian culture for the emergence of Darwin’s ideas. This paper takes this understanding one step further by illustrating a deep cultural analysis for the underlying aesthetics framework which, on the one hand, is part of Darwin’s notion of sexual selection while, at the same time, serving to give rise to a new “aesthetics semantics.” While evolutionary biology avoids this language, it nevertheless had far-reaching influences in the decades following the publication of Darwin’s work. Additionally, evolutionary aesthetics from Darwin provides unique insights on the philosophical foundations it draws upon)


Anthony S. Travis, Models for Biomedical Research: The Theory and Practice of Paul Ehrlich
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 30, no. 1 (2008)
In the late-nineteenth and early-twentieth centuries, the study of the living world placed considerable reliance on applied chemistry and chemical concepts. Paul Ehrlich, the subject of this paper, adopted from the mid-1870s principles of organic chemistry to devise procedures for use in histology, to suggest features of cellular structure, and to draw up cartoons that explained the nature of immunity. From a distinctly molecular basis, he devised meaningful experimental strategies and was inspired to develop speculative but effective theoretical models along the same lines that chemists had used to resolve problems of molecular structure and behavior. Thus, Ehrlich suggested that combining power and toxicity were independent properties of the antigen toxin. He succeeded to classify synthetic dyestuffs as stains, to use them for investigating molecular combustion, to adapt theories of dyeing to develop models for both combustion and immunity, and to exploit the properties of dyes in the development of chemotherapy. Ehrlich not only speculated on the behavior of synthetic chemicals toward his model of the protoplasm but also invoked biological specificity, a concept that would have a tremendous impact on immunology, drug development, and molecular biology.


 Garcia-Sancho, M, From Metaphor to Practices: the Introduction of "Information Engineers" into the First DNA Sequence Database
HISTORY AND PHILOSOPHY OF THE LIFE SCIENCES  Volume: 33   Issue: 1   Pages: 71-104   Published: 2011
This paper explores the introduction of professional systems engineers and information management practices into the first centralized DNA sequence database, developed at the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) during the 1980s. In so doing, it complements the literature on the emergence of an information discourse after World War II and its subsequent influence in biological research. By the careers of the database creators and the computer algorithms they designed, analyzing, from the mid-1960s onwards information in biology gradually shifted from a pervasive metaphor to be embodied in practices and professionals such as those incorporated at the EMBL. I then investigate the reception of these database professionals by the EMBL biological staff, which evolved from initial disregard to necessary collaboration as the relationship between DNA, genes, and proteins turned out to be more complex than expected. The trajectories of the database professionals at the EMBL suggest that the initial subject matter of the historiography of genomics should be the long-standing practices that emerged after World War II and to a large extent originated outside biomedicine and academia. Only after addressing these practices, historians may turn to their further disciplinary assemblage in fields such as bioinformatics or biotechnology.

Maureen A. O’Malley, Exploratory Experimentation and Scientifi c Practice: Metagenomics and the Proteorhodopsin Case
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 29, no. 3 (2007)
Exploratory experimentation and high-throughput molecular biology appear to have considerable affi nity for each other. Included in the latter category is metagenomics, which is the DNA-based study of diverse microbial communities from a vast range of non-laboratory environments. Metagenomics has already made numerous discoveries and these have led to reinterpretations of fundamental concepts of microbial organization, evolution, and ecology. The most outstanding success story of metagenomics to date involves the discovery of a rhodopsin gene, named proteorhodopsin, in marine bacteria that were never suspected to have any photobiological capacities. A discussion of this fi nding and its detailed investigation illuminates the relationship between exploratory experimentation and metagenomics. Specifi cally, the proteorhodopsin story indicates that a dichotomous interpretation of theory-driven and exploratory experimentation is insuffi cient and that an interactive understanding of these two types of experimentation can be usefully supplemented by another category, “natural history experimentation”. Further refl ection on the context of metagenomics suggests the necessity of thinking more historically about exploratory and other forms of experimentation.


Alexander Powell, Maureen A. O’Malley, Staffan Müller-Wille, Jane Calvert, and John Dupré, Disciplinary Baptisms: A Comparison of the Naming Stories of Genetics, Molecular Biology, Genomics, and Systems Biology
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 29, no. 1 (2007)
Understanding how scientific activities use naming stories to achieve disciplinary status is important not only for insight into the past, but for evaluating current claims that new disciplines are emerging. In order to gain a historical understanding of how new disciplines develop in relation to these baptismal narratives, we compare two recently formed disciplines, systems biology and genomics, with two earlier related life sciences, genetics and molecular biology. These four disciplines span the twentieth century, a period in which the processes of disciplinary demarcation fundamentally changed from those characteristic of the nineteenth century. We outline how the establishment of each discipline relies upon an interplay of factors that include paradigmatic achievements, technological innovation, and social formations. Our focus, however, is the baptism stories that give the new discipline a founding narrative and articulate core problems, general approaches and constitutive methods. The highly plastic process of achieving disciplinary identity is further marked by the openness of disciplinary definition, tension between technological possibilities and the ways in which scientific issues are conceived and approached, synthesis of reductive and integrative strategies, and complex social interactions. The importance – albeit highly variable – of naming stories in these four cases indicates the scope for future studies that focus on failed disciplines or competing names. Further attention to disciplinary histories could, we suggest, give us richer insight into scientific development.


Michael-Andreas Esfeld and Bernardino Fantini, Causation in Biomedical Sciences. Introduction
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 27, no. 3-4 (2005)
The aim of this paper is to show that biological kinds can be causally homogeneous, although all biological causes are identical with configurations of physical causes. The paper considers two different strategies to establish that result: the first one relies on two different manners of classification (according to function and according to composition); the other one exploits the idea of biological classifications being rather coarse-grained, whereas physical classifications are fine-grained.


History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 27, no. 3-4 (2005)
CONTENT:
321   
Michael-Andreas Esfeld and Bernardino Fantini, Causation in Biomedical Sciences. Introduction
325   
Jaegwon Kim, Laws, Causation, and Explanation in the Special Sciences
339   
Michael Sollberger, Commentary on Jaegwon Kim: Laws, Causation, and Explanation in the Special Sciences
345   
Alex Rosenberg, Defending Information-Free Genocentrism
361   
Marc Aurel Hunziker, Commentary on Alex Rosenberg:
Defending Information-Free Genocentrism
365   
Alfredo Morabia, Epidemiological Causality
381   
Giovanni Boniolo, Mirella Libero and Anna Aprile, Causality and Methodology. Notes on Thanatochronological Estimations
395   
Jean Gayon, Chance, Explanation, and Causation in Evolutionary Theory
407   
Marcel Weber, Genes, Causation and Intentionality
421   
Michael Esfeld, The Causal Homogeneity of Biological Kinds
435   
Christian Sachse, Reduction of Biological Properties by Means of Functional Sub-Types
451   
Bernard Baetschi, Diderot, Cabanis and Lamarck on Psycho-Physical Causality
465   
Vincent Lam, Causation and Space-Time
479   
Georg Sparber, Counterfactual Overdetermination vs. the Causal Exclusion Problem
491   
Jens Harbecke, A Realist Approach to Biological Events






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History of Philosophy of the Life Sciences is an interdisciplinary journal committed to providing an integrative approach to understanding the life sciences. In specific terms, it welcomes submissions from biologists, historians, philosophers, and scholars in the social study of science that offer broad and interdisciplinary perspectives on the development of biology, especially as these perspectives illuminate both biology’s scientific development and its larger role in society. Submissions which are collaborative and feature different disciplinary approaches are especially encouraged, as are submissions written by senior and junior scholars (including graduate students). HPLS also welcomes submissions featuring novel formats. While it is anticipated most submissions will represent recent scholarship, they may also include essays on contemporary issues or perspectives, results of unique workshops, and/or discussions featuring a wide-range of perspectives. Papers are published on the understanding that they have not been published before and are not concurrently under offer to any other journal. Authors will usually receive a decision on their articles within 3 months of receipt.

The languages of the journal are English, French, German, and Italian; however, other languages can be considered. Book reviews are published only in English.


5-Year Impact Factor (JCR)= 0.6


Full Journal Title:     HISTORY AND PHILOSOPHY OF THE LIFE SCIENCES     
ISO Abbrev. Title:     Hist. Philos. Life Sci.
ISSN:     0391-9714
Issues/Year:     4 
Language:     MULTI-LANGUAGE
Journal Country/Territory:     ENGLAND
Publisher:     STAZIONE ZOOLOGICA ANTON DOHRN
Publisher Address:     VILLA COMMUNALE, NAPOLI 80121, ITALY
Subject Categories:     HISTORY & PHILOSOPHY OF SCIENCE

Saturday, October 29, 2011

Créer une liste de références pour wikipedia (format: Wikipedia Citation Templates)

Deux techniques pour générer le format wikipedia à partir de sa bibliographie:
1) avec Zotero
2) avec http://reftag.appspot.com/ à partir d'une référence Google Books.


Procédure:

A) avec Zotero ou reftag, on peut sauvegarder directement au format wikipedia sa ou ses références bibliographiques.


B) puis on va dans wikipedia et on utilise le "template:Cite book".
http://en.wikipedia.org/wiki/Template:Cite_book





-------Ref:
http://www.zotero.org/support/kb/zotero_and_wikipedia


http://en.wikipedia.org/wiki/Citation_templates
http://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Citing_sources#Programming_tools
http://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Mod%C3%A8le_pour_bibliographie


-----Rem:
Zotero's Quick Copy feature makes it trivial to export Zotero items to Wikipedia. The configuration panel for Quick Copy is found by clicking the gear icon in the Zotero toolbar, choosing Preferences, then selecting the Export tab. If Wikipedia Citation Templates is set as the default output format, you can copy properly formatted templates for selected items to the clipboard by using the keyboard shortcut set in the Shortcut Keys preference pane or by dragging and dropping items directly into a text area on Wikipedia.

Monday, October 24, 2011

Scholarometer, Tenurometer, a firefox plug-in; bibliographic data;

http://scholarometer.indiana.edu/
Scholarometer (beta) is a social tool to facilitate citation analysis and help evaluate the impact of an author's publications.

Enables users to export individual or bulk bibliographic data
Scholarometer users can save the finding into formats appropriate for local reference management software (e.g., EndNote), or for social publication sharing systems (e.g., BibSonomy). Currently, our system supports the following export formats: BibTex (BIB), RefMan (RIS), EndNote (ENW), comma-separated values (CSV), tab-separated values (XLS), and BibJSON. Export data is dynamically generated in response to any filter, merge or delete actions performed by the user.


API, widget, Linked Data and other ways to share data
The Scholarometer API makes it easy to integrate citation-based impact analysis data and annotations into other applications, and/or to gain access to the data collected by Scholarometer. You can get information about authors, disciplines, and even relationships among authors and among disciplines. Another way to share data is by embedding the Scholarometer widget into an author's homepage. Scholarometer is also integrated with Twitter to share information about queried authors. Finally, Scholarometer data is published as Linked Data, which makes information about authors and disciplines available on the Semantic Web.

Saturday, October 22, 2011

revue idil: Les échanges exolingues via Internet Nouveau terrain d’exploration en didactique des langues

Les échanges exolingues via Internet
Nouveau terrain d’exploration en didactique des langues
Christian Degache et François Mangenot
lidil (2007)
http://lidil.revues.org/index2333.html

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18 mois après leur parution dans la revue papier, les numéros sont disponibles en ligne sur le portail revues.org.

Tuesday, October 4, 2011

Deep in vivo two-photon imaging of blood vessels; doi 2011; J-C Vial UMR Grenoble

Deep in vivo two-photon imaging of blood vessels with a new dye encapsulated in pluronic nanomicelles | Current Issue - Journal of Biomedical Optics:

Mathieu Maurin, Olivier Stéphan, Jean-Claude Vial, Seth R. Marder and Boudewijn van der Sanden,
"Deep in vivo two-photon imaging of blood vessels with a new dye encapsulated in pluronic nanomicelles
J. Biomed. Opt. 16, 036001 (Mar 01, 2011);

doi:10.1117/1.3548879"