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Saturday, January 7, 2017

zotero et import, export de la bibliographie.


Zotero est un logiciel de gestion de références gratuit, libre et open source.
 Il permet de gérer des données bibliographiques et des documents de recherche (tels que des fichiers PDF, images, etc.).
Ses principaux atouts techniques reposent sur l'intégration au navigateur web,

  • la possibilité de synchronisation des données depuis plusieurs ordinateurs, 
  • la génération de citations (notes et bibliographies) dans un texte rédigé depuis les logiciels LibreOffice, Microsoft Word, NeoOffice, Zoho Books et OpenOffice.org Writer grâce à l’installation d'un plugin.

Le logiciel Zotero a été le premier à adopter le langage de style Citation (CSL). La communauté regroupe l'ensemble de ces styles au sein d'une plate-forme de dépôt qui constitue actuellement la plus vaste base de données de styles CSL en accès libre.

Zotero permet d'exporter et d'importer facilement les références bibliographiques de Wikipédia. En tant que lecteur, il est facile d'extraire la bibliographie d'une page Wikipédia et de la copier dans un document qui nécessite des normes bibliographiques différentes. Inversement, Zotero permet de créer facilement le code Wiki du livre à référencer ; pour cela, il suffit de consulter la page du livre de sites comme Amazon, Gallica, Google Books, WorldCat, la FNAC, etc.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Zotero
https://www.zotero.org/support/fr/start
http://methodoc.univ-rennes2.fr/zotero/installer

https://www.zotero.org/download/

Zotero est multiplateforme c'est à dire qu'il fonctionne sur tous les systèmes d'exploitation (Windows, Linux, Mac OS) et permet de synchroniser les références entre les différents appareils.
https://www.zotero.org/support/fr/installation

De plus créer un compte sur le site Zotero.org permet d'héberger vos données (jusqu'à 300Mo gratuitement) pour sauvegarder et synchroniser les références et les fichiers attachés.
Sans synchro, vous avez des dossiers différents...

voir aussi mes posts sur ce blog avec le tag "zotero".

import

Zotero propose à ses utilisateurs différentes méthodes de capture, d'import et d'archivage des éléments et fichiers. Cette page expose les méthodes de collecte d'informations sur les livres, articles de journaux ou les sites web. En quelques clics, collectez la notice bibliographique et les fichiers attachés comme le texte intégral en PDF, des liens, des captures d'écrans ou des images…

Attention à ne pas trop stocker du contents (pdf, video...) car
le stockage gratuit n'est que de 300MB/compte
2GB pour 20$/an.

Pour importer des bibliographies via le "one-click"

sur des sites directement avec l'extension zotero "one-click"
liste des sites compatibles
HAL, pubmed, sudoc, PLOS,  Google Books, Google Scholar....

Translators are at the core of one of Zotero’s most popular features: its ability to import and export item metadata from and to a variety of formats. Below we describe how translators work, and how you can write your own. 
pour les développeurs de fonction import/export, voir
https://www.zotero.org/support/fr/translators

 En fait, Zotero doit fonctionner avec n'importe quel catalogue de bibliothèque ou de musée qui fonctionnent avec ces solutions logicielles et technologies répandues :

  •     Voyager (WebVoyage)
  •     InnoPAC
  •     SIRSI
  •     Aleph
  •     Dynix
  •     VTLS
  •     DRA
  •     GEAC
  •     SIRSI
  •     TLC/YouSeeMore
  •     Embedded RDF
  •     COinS (voir mes posts sur ce tag)

Pour importer des bibliographies via des fichiers biblio

Il peut importer bibtex et ris.

Beaucoup d'utilisateurs possèdent déjà d'importantes quantités de données bibliographiques dans d'autres applications lorsqu'ils adoptent Zotero. La page suivante est dédiée au passage de EndNote à Zotero, mais les mêmes étapes s'appliquent à la plupart des autres systèmes de gestion bibliographique.
Une fois que vous avez sélectionné RefMan (RIS) en tant que format d'exportation, sélectionnez “Exporter” dans le menu Fichier. Dans la fenêtre d'exportation qui apparaît alors, sélectionnez “Texte seulement”, puis “RIS” en tant que format d'exportation dans le menu immédiatement sous-jacent, et terminez en cliquant sur “Enregistrer. Après avoir exporté vos données depuis EndNote, passez sur Zotero, et cliquez sur l'icône d'engrenage () située au dessus de la colonne de gauche de Zotero, et sélectionnez Importer dans le menu déroulant. Dans la fenêtre qui apparaît, sélectionnez le fichier RIS issu de l'exportation depuis EndNote, puis cliquez sur Ouvrir. L'importation de vos données dans Zotero débute !

Attention zotero semble mettre votre import dans le dossier courant mais en fait il créé un dossier du nom du fichier. Il faut donc le renommer à la main.

Pour importer des bibliographies via des pdf avec ou sans metadonnées

Les nouveaux utilisateurs de Zotero pourraient considérer la perspective de devoir importer toutes leurs données quelque peu décourageante. Zotero peut importer des données bibliographiques dans une grande variété de format, mais quid des PDF ? De nombreux chercheurs finissent par gérer d'importantes collections de documents PDF, quelquefois avec un programme spécialement prévu à cet effet, quelquefois selon leur méthode personnelle. Importer ces fichiers, qui représente souvent le principal obstacle à la migration vers Zotero, est un véritable jeu d'enfant.

Zotero a la capacité de rechercher dans les bases de données de Google Scholar des correspondances avec un document PDF. La méthode la plus directe que Zotero emploie est de faire correspondre un DOI (Digital Object Identifier ou identifiant d'objet numérique) inclus dans le document PDF, mais ce n'est pas la seule. Si Zotero identifie le document PDF dans Google Scholar, il crée un nouvel item dans la bibliothèque, télécharge les métadonnées bibliographiques, et relie le document PDF à ce nouvel item.

Commencez par faire glisser vos documents PDF vers votre bibliothèque Zotero, ou utilisez l'option “Stocker une copie du fichier” du menu “Nouvel élément” (signe plus vert). Une fois qu'ils apparaissent dans la colonne centrale, sélectionnez ceux pour lesquels vous voulez récupérer des métadonnées, puis faites un clic droit et sélectionnez “Récupérer les Metadonnées du PDF”. Si Zotero est à même de trouver une correspondance sur Google Scholar, le tour est joué. Avec cette fonctionnalité, il ne devrait pas y avoir d'obstacle majeur pour passer à Zotero et à profiter pleinement de ses puissantes fonctionnalités de recherche, d'indexation, d'organisation et de citation.

autre

J'ai des bibliographies dans des documents Microsoft Word, des PDF, et d'autres fichiers textes. Puis-je les importer dans ma bibliothèque Zotero ?

 Non. Zotero ne peut pas actuellement importer des références depuis des bibliographies figurant dans des documents texte. Alors que cela peut sembler simple, c'est en réalité très difficile à accomplir étant donné le nombre de formats potentiels.
Si vous avez ces références dans une base de données bibliographiques, exportez les dans un format intermédiaire, comme RIS ou BibTex, et importez ensuite les références dans Zotero. Si les références ont un ISBN, un DOI ou un PubMed ID, vous pouvez utiliser la fonction Ajouter un document par son identifiant pour en ajouter rapidement ces documents.
Alternativement, vous pouvez utiliser des outils tiers pour extraire les données bibliographiques de bibliographies déjà formatées :
  1. cb2Bib is a tool that will take formatted references copied to the clipboard and attempt to parse the individual bibliography fields into the BibTeX format, which you can then import into Zotero. See the related forum threads for discussion of the difficulty of the problem as well as some success stories with cb2Bib.
  2. text2bib Web-based service by the economics department at the University of Toronto similar to cb2bib. Converts references to BibTeX, which Zotero can import. Users report good results.
  3. FreeCite is an open-source tool hosted by Brown University that converts formatted bibliographies to an XML representation of ContextObjects. Detected citations can be imported to Zotero by simply clicking the capture icon in the address bar.
  4. Simple Text Query, a tool by CrossRef, tries to find the Digital Object Identifiers (DOIs) of the journal articles, books or chapters cited in a bibliography. The work flow here would be to paste the bibliography in the text box on this website, check out the resulting DOIs to see if the references have been correctly identified and then import these references from the publisher's websites into Zotero.
  5. Wizfolio, an online reference management service. It works similar to cb2Bib and Simple Text Query tool from CrossRef, in that it tries to parse the bibliographic fields and searches for Digital Object Identifiers (DOIs). The workflow would be: Via Wizfolio's Import from Clipboard, it is possible to copy citations from an article, create a categorised reference list (looked up e.g. in Pubmed), export the list and import this list into Zotero. It's not perfect (e.g.: worked for 1/3 of the references on a set of citations without titles). However, it combines multi-citation import with database lookup of the bibliographic fields. The free signup has a limit of 50 citations per month. When using the clipboard function in Wizfolio, the references have to be split by a blank line. See also this related forum thread.
https://www.zotero.org/support/fr/kb/importing_records_from_endnote
Ref:
https://www.zotero.org/support/fr/getting_stuff_into_your_library

export

9 formats


  •     bibtex
  •     bookmarks
  •     mods
  •     refer
  •     rdf_bibliontology
  •     rdf_dc
  •     rdf_zotero
  •     ris
  •     wikipedia

mods

Le Metadata Object Description Schema (MODS) est un vocabulaire XML1 de description bibliographique développé en 2002 par le Bureau des normes et du développement du réseau de la Bibliothèque du Congrès. MODS a été conçu comme un compromis entre la complexité du format MARC utilisé par les bibliothèques et l'extrême simplicité du jeu de métadonnées Dublin Core. 


Sunday, June 10, 2012

catalogage sudoc abes UNIMARC des tables des matières ou des sommaires.

Transcription de la table des matières ou du sommaire correspond à la Zone 359.

Le champ 359 ne fait pas partie du format d'échange international (UNIMARC). Sa définition résulte d'une décision du CfU (Comité français de l'UNIMARC) consécutive à un refus du PUC (Permanent UNIMARC Committee) de créer une étiquette spécifique destinée à l'enregistrement des tables des matières ou des sommaires. 
Le PUC a préféré aménager la structure du champ 327, pour que son emploi s'étende à cet objet.
Le CfU, estimant que cette décision ne faisait que rendre plus confuse encore la construction et l'utilisation du 327, a décidé de recommander, pour les échanges entre bibliothèques françaises :
  • le statu quo ante quant à la structure du 327 (utilisation d'un seul code de sous-champ : $a)
  • le recours à un champ d'usage national (359), pour les tables des matières et les sommaires.
Voir aussi sur le site web du Comité français UNIMARC, parmi les zones définies pour l’usage national (versions en cours), le document consacré à la zone 359.
Descriptif de la zone
Commentaires
Consignes d'utilisation
Exemples

  1. Exemple 1 : monographie imprimée en un volume
  1.  
  1. Exemple 2 : monographie imprimée en plusieurs volumes, traitée en notice globale
  1.  
  1. Exemple 3 : enregistrements sonores : coffret de 2 disques compacts (chacun portant un titre particulier), regroupés sous un titre d'ensemble

Ref: http://documentation.abes.fr/sudoc/formats/unmb/zones/359.htm

Tuesday, January 24, 2012

pdf ou html full texte et référence dans Zotero.

Actuellement pour sauvegarder mes pdf, et mes pages html d'articles ou de brevets et aussi mes sites utiles, j'utilise le célèbre open source zotero.

Il existe deux grands soucis avec zotero malgré sa puissance.
1)Il est assez énervant de jonglet avec les serveurs mandataires dans zotero. Une université et un organisme type CNRS paient très cher l'accès à des bouquets permettant la lecture et la sauvegarde d'un "full" texte d'un article scientifique (il faut toujours sauvegarder ses pdf car ces organismes ne paient que l'accès sur une durée de 1an). Il existe deux types d'accès :
  • soit par n° IP (faire attention au proxy) ou 
  • soit avec un mot de passe.
Zotero a tendance à passer en direct sans les serveurs mandataires...

2)Lien pdf (ou full html) avec la référence. Lorsque le pdf n'a pas de metadonnées ou si elles sont incorrectes (assez souvent!) alors il faut aussi mettre la référence et le lien entre le pdf et sa référence correcete dans la même collection dans son zotero. C'est coûteux en temps...
La solution que je propose est de bien gérer le corpus d'accès aux ref (et abstract) et de sauver la ref dans zotero (via les catalogues) puis de basculer vers le site d'accès pdf ou html complet en sachant que les éditeurs "oublient" souvent de mettre les métadonnées.
Le corpus de ce type de one-click service est : http://www.zotero.org/translators/

Web of science (WoS), la plus grande banque d'articles scientifique, ne fonctionne pas bien avec zotero (WoS est aussi l'éditeur de endnote qui contrairement à Zotero est payant).
Voir: http://ex-ample.blogspot.com/2011/12/solution-of-error-could-not-save-item.html

Ce corpus de sites "zotero compatibles" contient 7types où les références (attention à vérifier la qualité et le nombre de champs) sont accessibles en one-click import dans zotero (dans l'omnibarre):
  1. des libraires style Amazon
  2. des moteurs de recherche (google scholar, google books, scirius)
  3. des catalogues de bibliothèques comme sudoc (ou de votre université) ou comme worldcat, ou catalogue d'organisme comme medline (les références y sont souvent très bien cataloguées avec les champs complets et corrects)
  4. des logiciels de gestion biblio en ligne comme citeUlike,
  5. des archives ouvertes comme hal, arXiv, citeSeer...
  6. les ressources à abonnement où on peut récupérer le(s) pdf: WoS, Sciencedirect, springerLink, wiley, IEEExplore, spie, (en eco factiva)
  7. les ressources open access comme l'éditeur PLoS, biomed... ou des sites comme revues.org avec URL pérenne (ou equivalente à un DOI) ou encore le célèbre wikipedia (vérfier la qualité des références absoluement).
 -----

----------------
Merci à Dominique du SCD Sciences de l'Université St-Etienne

Friday, December 23, 2011

modeling neuron; how to make a simulated model neuron; software, tools free package, open source; Computational Neuroscience : simulation, neuroengineering, neurophysics; modeliser le "neurone"; NEURON, GENESIS, NEUROCAL (Matlab)

Using well-characterized preparations allows simulation of the cable equation and several freely available packages are designed to assist with cable modeling.
Trois logiciels pour la modélisation électrique du "neurone":
-NEURON (http://www.neuron.yale.edu/neuron/)
-GENESIS http://genesis-sim.org/
(old, before 2008: http://www.genesis-sim.org/GENESIS/).
-Neurocal is a simplified package written in MATLAB that is very easy to use and modify.
 http://www.mathworks.ch/matlabcentral/fileexchange/1588-neurocal
 Combining easily modeled, well-documented neurological preparations with simple lab experiments and accurate, easy to use active cable equation simulators is a powerful application of the engineering methodology of simulate, design, fabricate, and test.

1-NEURONThe alpha version directory also contains source code for the alpha versions, which you can download and compile on your own machine. After downloading the nrn-nn.alpha.tar.gz and iv-mm.tar.gz from the alpha version directory, follow the same instructions as for compiling the standard distribution for your operating system
    OS X
    MSWin (95 and up)
    UNIX/Linux 



2-GENESIS
 GENESIS (short for GEneral NEural SImulation System) is a general purpose simulation platform that was developed to support the simulation of neural systems ranging from subcellular components and biochemical reactions to complex models of single neurons, simulations of large networks, and systems-level models. As such, GENESIS, and its version for parallel and networked computers (PGENESIS) was the first broad scale modeling system in computational biology to encourage modelers to develop and share model features and components.
If you would like become a GENESIS developer, please send a request to genesis@genesis-sim.org with the subject "New Developer Request."
The following operating systems are currently supported for developer installations of GENESIS: 

3-Neurocal
Simulation describing the electrophysiological behavior of a biological neuron (nerve cell). Two sets of membrane kinetics are included: Hodgkin-Huxley and Schwarz for unmyelinated and myelinated axons. Straight forward approach makes for easy use, somewhat easier than Neuron and Genesis.Very well layout in plot GUI allows multiple variables to be graphed, a real plus over Neuron. If inproved on would like to see parabolic bursting added non the less an outstanding project for a freebee.

MATLAB ---> multiplatform
--------------------------------------------
Ref:
NEURON
Carnevale, N.T. and M.L. Hines, The Neuron book. 2006, Cambridge, UK; New York:
Cambridge University Press. xix, 457p.
---COinS


---
GENESIS
---
Bower, J.M. and D. Beeman, The book of Genesis: exploring realistic neural models with the
GEneral NEural SImulation System. 1998. Springer-Verlag New York, Inc. New York.
--COinS


-----
NEUROCAL
-----
Zeng, L. and M.D. Dominique, Extracellular voltage profile for reversing the recruitment
order of peripheral nerve stimulation: a simulation study. Journal of Neural Engineering,
2004, 4: 202.
---COinS


--------------
Other  Stand Alone Programs for use in Computational Neuroscience:
http://genesis-sim.org/utilities
Xplot
Electrotonic
The Gencompress Utility
Mesh Generator for Neurons
Postscript
RALLPACKS version 1.1
Spikeplot
--------------------------------------------
Ref (review):
Basham E, Yang Z, Tchemodanov N, Liu W. Magnetic stimulation of neural tissue: techniques and system design. Implantable Neural Prostheses 1 2009;293–351.
------COinS in this html (for zotero/mendeley)----

Saturday, October 29, 2011

Créer une liste de références pour wikipedia (format: Wikipedia Citation Templates)

Deux techniques pour générer le format wikipedia à partir de sa bibliographie:
1) avec Zotero
2) avec http://reftag.appspot.com/ à partir d'une référence Google Books.


Procédure:

A) avec Zotero ou reftag, on peut sauvegarder directement au format wikipedia sa ou ses références bibliographiques.


B) puis on va dans wikipedia et on utilise le "template:Cite book".
http://en.wikipedia.org/wiki/Template:Cite_book





-------Ref:
http://www.zotero.org/support/kb/zotero_and_wikipedia


http://en.wikipedia.org/wiki/Citation_templates
http://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Citing_sources#Programming_tools
http://fr.wikipedia.org/wiki/Cat%C3%A9gorie:Mod%C3%A8le_pour_bibliographie


-----Rem:
Zotero's Quick Copy feature makes it trivial to export Zotero items to Wikipedia. The configuration panel for Quick Copy is found by clicking the gear icon in the Zotero toolbar, choosing Preferences, then selecting the Export tab. If Wikipedia Citation Templates is set as the default output format, you can copy properly formatted templates for selected items to the clipboard by using the keyboard shortcut set in the Shortcut Keys preference pane or by dragging and dropping items directly into a text area on Wikipedia.

Monday, October 24, 2011

CiteULike



http://www.citeulike.org/ 
The website is sponsored by the publisher Springer (http://en.wikipedia.org/wiki/Springer_Science%2BBusiness_Media).

http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

Import file formats: RIS, bibTex
It also allows to import into the free Zotero bibliography extension of Firefox.
Export file formats: RIS, bibTex, COinS, Delicious

Reference list file formats: HTML, RTF, PDF, RSS

No word processor integration.

Good database connectivity

CiteULike is based on the principle of social bookmarking.

When browsing issues of research journals, small scripts stored in bookmarks (bookmarklets) allow one to import articles from repositories like PubMed. Then the system attempts to determine the article metadata automatically. Users can organize their libraries with freely chosen tags.
A folksonomy is a system of classification derived from the practice and method of collaboratively creating and managing tags to annotate and categorize content; this practice is also known as collaborative tagging, social classification, social indexing, and social tagging.

----------------français
CiteULike est une application web de gestion bibliographique, dédiée principalement à l'organisation des publications scientifiques.

Sunday, October 23, 2011

OpenURL COinS: A Convention to Embed Bibliographic Metadata in HTML

http://ocoins.info/

Abstract
COinS (ContextObjects in Spans) is a simple, ad hoc community specification for publishing OpenURL references in HTML.

Contents

Introduction

Recently, there has been very compelling work by thought leaders in the library information community focusing on the possibilities of embedding citation metadata in html web pages using OpenURL. (for example, see the GCS-PCS list )
Citations to other works are familiar to any scholar- they ground a work of scholarship to a field of study, put new research into context, and often give credit where credit is due. The essence of citation is to identify the previous work with a set of metadata- author, title, and particulars of publication. The idea behind OpenURL is to provide a web-based mechanism to package and transport this type of citation metadata so that users in libraries can more easily access the cited works. Most typically, OpenURL is used by subscription-based abstracting and indexing databases to provide linking from abstracts to fulltext in libraries. A institutional subscription profile is used together with a dynamic customization system to target links at a user's OpenURL linking service.
Although the institutional profile method of providing links works very well in many circumstances, there are many situations in which citation metadata embedded in static documents would be very useful. For example, Open Access, public domain, and pay-per-use publishers typically do not have "subscribers" and have difficulty discovering a user's institutional affiliation which is needed to make an OpenURL. Embedded metadata can be used by client-side software to add links to non-subscription based content. This method of providing OpenURL links to users by combining embedded metadata with client side link activation has been called "latent OpenURL".
Embedded citation metadata in web content may be useful in many other ways. It's not hard to imagine specialized indexing and search systems which make use of the embedded information to deliver new types of information retrieval services. "Semantic Web" systems could use embedded metadata to extract knowledge from large collections of documents.
The possibility to embed OpenURL citation metadata in conventional, static HTML documents has been around for a while, but implementation has been almost nonexistent. For a number of reasons, this situation may be rapidly changing.
  1. A large number of institutions have implemented OpenURL resolvers to manage linking to electronic resources.
  2. An increasing number of free or open-access internet resources need a simple and cost-effective way to provide OpenURL services to readers with access to full-text resources in libraries.
  3. New forms of publishing, such as blogs, syndicated news feeds and collaborative bookmarking environments, need ways to provide localized linking services to libraries.
  4. Barriers to client-side implementations have fallen, as javascript-based browser plugins and bookmarking techniques are becoming popular. Institutional agents such as rewriting proxy-servers that are widely deployed to facilitate web access could also act to implement localized linking.
  5. NISO (the National Information Standards Organization) has approved and published OpenURL 1.0 (formally known as Z39.88-2004) as an international standard. As part of the standard, a citation metadata package called the "ContextObject" was defined.
What has been missing so far is agreement (or even awareness) among the diverse actors on the best way to embed OpenURL citation metadata in conventional HTML. Example implementations have been reported by Van de Sompel (DLIB) and by Chudnov et al. (Ariadne) . The intent of the current document is to distill the essence of previous proposals into the simplest convention necessary for the majority of applications to make use of an OpenURL embedded in HTML.

Specification : OpenURL ContextObject in SPAN (COinS)- Embedding Citation Metadata in HTML

The goal is to embed citation metadata into html in such a way that processing agents can discover, process and make use of the metadata. Since an important use of this metadata will be to allow processing agents to make OpenURL hyperlinks for users in libraries (latent OpenURL), the method must allow the metadata to be placed any where in HTML that a link might appear. In the absence of some metadata-aware agent, the embedded metadata must be invisible to the user and innocuous with respect to HTML markup. To meet these requirements, the span element was selected. The NISO OpenURL ContextObject is selected as the specific metadata package. The resulting specification is named "ContextObject in SPAN" or COinS for short.
To add a COinS to an HTML document, put a NISO 1.0 "ContextObject" into the "title" attribute of an HTML span element with class attribute set to "Z3988". A brief guide to the OpenURL 1.0 ContextObject is available.

Example

OpenURL COinS:
<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&amp;rft.issn=1045-4438"></span>
This COinS is placed directly below this line:

A COinS processing agent might use the embedded metadata to place a link here, otherwise, the line above should be empty.

Discussion : How to use COinS in HTML

There may be many ways that embedded metadata may be used, but in general, the recommended procedure is as follows:
  1. select all span elements with class 'Z3988'.
  2. for each selected span extract the value of the title attribute.
  3. operate on that value, which is the OpenURL ContextObject, as you wish, but *do not* overwrite the original class and title values of the span element. This allows for different actions to be taken on the same element in a variety of potential scenarios.
COinS Generator site is available. A discussion of how COinS in HTML should be processed in the latent OpenURL application is here.

Details

Empty SPANs.

The example above shows an empty span tag. In the absence of further processing, nothing will be visible to the user. The page is designed to gracefully accommodate a bit of added text or a button image to anchor an added link. Alternatively, the web page might have default text inside the span for users without access to activating agents. Some HTML checkers (such as HTML Tidy) strip out empty span elements, causing the loss of COinS data. A comment or hard space in the span will prevent this from happening.

Why "Z3988"?

The official designator for the NISO OpenURL standard is Z39.88-2004; the year and punctuation are removed in the present specification. This is because web browser software does not recognize css classes with punctuation in the class names. If processing agents require version information they can look inside the ContextObject. The "Z" MUST be capitalized. Browser software seems to distinguish the lower case version. "OpenURL" as an alternative to "Z3988" was considered, but "Z3988" was considered to be extremely unlikely to be chosen for any other application, and compatibility was judged to trump other considerations.

What is a ContextObject?

During the standardization of OpenURL, a separation was made between the data package, called the ContextObject, and the "transport". In its simplest form, which is use here, the ContextObject is just a series of key-value pairs. When joined to an http baseURL and version information is added, a usable OpenURL is created.

Choosing the type of ContextObject for Compatibility.

The OpenURL Standard defines the ContextObject with a great deal of flexibility in the ways that entities can be represented. For example,metadata objects to be transported "by-reference" using a network pointer and "by-value" in an encoded blob. This flexibility can introduce complexities for processing agents.
To make it easier for processing agents to deal with the complexities of having to deal with multiple OpenURL data formats, this convention STRONGLY RECOMMENDS the following guidelines for ContextObjects in Span:
  1. the Key/Encoded-Value Format only should be used for the ContextObject
  2. the Referent and Referrer should be described using only identifiers and By-Value Metadata
By following these guidelines, the OpenURL metadata packages can be be easily adapted for use with ANY resolver system, including those which understand only the older version.

XHTML

This specification can also be applied to XHTML. For compatibility with HTML browsers, empty span elements should NOT be minimized. (see the XHTML Compatibility Note C3)

Why the span element?

A draft of this proposal used the HTML Anchor element instead of span. The Anchor element proved to be problematic in certain situations, and the use of span made it easier for processors to leave the ContextObject in place for subsequent processors to use.
Another approach to this problem would have been to use namespaced xml embedded in xhtml, for example <dc:creator>Shakespeare</dc:creator>. The biggest drawback to namespaced xml was uncertainty about being able to access data from javascript. Data in namespaced xml IS NOT available to javascript in at least one version of Internet Explorer. There was also the concern about strict conformance with HTML (as opposed to XHTML). So using SPAN buys us the prospect that COinS processing can be available in a wider variety of HTML processors, which seemed worthwhile.

Why class and title attributes?

Only a limited number of attributes can be attached to span in valid HTML Documents. ID cannot be used for OpenURL data because it is required to be unique in a document.
The class attribute can contain a space separated list of class names, so a COinS laden span element will contain class="Z3988" or perhaps class="Z3988 anotherclass athirdclass etc".

Implementations

In this section we list COinS implementations

Embedding Sites

  1. Research Blogging hosts a number of blogs about various fields of scholarly research, each of which supports COinS.
  2. the Physical Review Online Archive (PROLA)
  3. Wikipedia
    1. Wikipedia Book Sources Page
    2. Cite this article / article bibliographic details pages
    3. References that use citation templates
  4. MRS Internet Journal of Nitride Semiconductor Research 4000+ page Reference Database Pages
  5. ResearchGATE - ResearchGATE is the leading professional network for scientists.
  6. Citebase - Citebase Search is a search and citation analysis tool for the free, online research literature.
  7. CiteULike - CiteULike is a free service for managing and discovering scholarly references.
  8. Hubmed - An alternative interface to the PubMed medical literature database.
  9. The law journal index Current Law Journal Content has added COinS into its Table of Contents records
  10. Zetoc provides access to the British Library's Electronic Table of Contents of around 20,000 current journals and around 16,000 conference proceedings published per year.
  11. The Copac V3 Experimental Interface now has COinS (ContextObjects in Spans) in the Full Record display.
  12. OCLC's Open WorldCat
  13. The Lunar and Planetary Institute is now using COinS. For example, see the New additions page
  14. The West Midland Bird Club is using COinS.
  15. Open Context is a free, open access resource for the electronic publication of primary field research from archaeology and related disciplines.
  16. Blogs

COinS Processors

  1. OCLC's OpenURL Referrer FireFox Extension adds OpenURL (either version 1.0 or 0.1) links to COinS enabled pages.
  2. Hundreds of COinS Browser Extensions for Your Library are available, thanks to some cooperation with the OCLC OpenURL Resolver Registry.
  3. Alf Eaton's Greasemonkey script for processing COinS
  4. Citavi is a reference manager which supports COinS through its Firefox and Internet Explorer extensions.
  5. Mendeley is a research management tool for desktop & web.
  6. Virginia Tech's LibX is a Firefox extension that provides direct access to your library's resources. It includes a toolbar and a right-click context menu. It support searches against the library catalog (OPAC) as well as against an OpenURL linking server (which provides copies of works to which your library has access.)
  7. The Center for History and New Media is developing Zotero, is described as a next-generation research tool.

Other Software support for COinS

  1. VuFind Open Source OPAC system. Here's an example link
  2. simple pyblosxom plugin now renders COinS
  3. Peter Binkley has written a WordPress Plugin to help bloggers use COinS
  4. John Miedema has also written a WordPress Plugin. The plugin lets users show book covers and other data from Open Library in WordPress pages. Now it also insert the COinS HTML so that the bibliographic data for the book can get picked up by apps like Zotero.
  5. VTLS has a COinS script for iPortal.
  6. Eric Lease Morgan's Really Rudimentary Catalog has implemented COinS for items with ISBN numbers. Try an example page.
  7. refbase is a web-based, platform-independent, multi-user interface for managing scientific literature & citations.

Links

  1. NISO OpenURL Standard
  2. Van de Sompel DLIB article talking abount embedding ContextObjects in HTML.
  3. In a paper in Ariadne Dan Chudnov and co-workers do a good job explaining why COinS (in a previous incarnation) is a Good Thing.
  4. Dan Chudnov has a web page introducing COinS.
  5. The DCMI Bibliographic Citations recommendation is a complementatry mechanism for embedding metadata in XHTML documents. The difference is that within an (X)HTML document, the DCMI recommendation would put all the ContextObjects within the <head> element, and is more general than just for Web pages. In contrast, COinS allows you to embed a ContextObject next to a reference within a Web document.
  6. Dan Chudnov is working on a related specification linking COinS and OAI-PMH.
  7. Figoblog has an explanation of COinS en Français.

Notes

Note that, for clarity, our displayed examples have not converted ampersand to "&amp;" as they should.
  • March 22, 2005. first version- Eric Hellman.
  • April 23, 2005. new version based on comments on GCS-PCS list, switched from "CLASS" to "REL". Expanded on 1.0 to 0.1 conversion. Previous version is here.
  • June 4, 2005. New 3rd draft using SPAN in stead of A.
  • July 6, 2005. added a bunch of introductory discussion; changed recommendation so that the span element remains after activation.
  • July 21, 2005. new name: COinS (Ross Singer's idea). moved latent-specific discussion to a separate page.
  • July 26, 2005. added style sheet, clarified discussion on "choosing ContextObject format" using suggestion from Herbert vdS.
  • July 29, 2005. Clarified motivation for span, and syntax for class, made capitalized Z a MUST. Fixed other nits noted by Alf Eaton. added links, including citebase. lifted abstract from Dan Chudnov's introducing coins page. Added index
  • August 8, 2005. Added DCMI link.
  • December 12, 2006. Corrected percent encoding in examples.
  • June 16, 2009. This page is intentionally left as a stable version, for any broken links, you may try WayBackMachine.