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Friday, March 10, 2023

HAL (Hyper Archives en ligne) and LINK to arXiv; pubmed, Zenodo, Software Heritage... OUTILS pour déposer en lots

 
         la galaxie HAL

Une des questions reste d'automatiser  par un procédé "workflow" du contenu (notice, articles...) vers diverses plateformes et de les relier.

La plateforme HAL est hélas peu connue à l'étranger:
Mais son déficit de notoriété est compensé par ses interconnexions avec les grandes archives ouvertes internationales et par les procédures de versement automatique. 

HAL propose un ensemble de services et d'outils aux chercheurs comme le transfert automatique des documents vers une archive ouverte internationale telle qu'ArXiv ou Pubmed Central lorsqu'ils appartiennent aux disciplines concernées, ce qui en augmente la visibilité internationale et l'impact.
Pour la physique, les mathématiques et l'informatique, le déposant peut choisir de déposer simultanément l'article sur arXiv.

Depuis le 25 septembre 2018, les dépôts de logiciels sur HAL sont connectés à Software Heritage


En outre j'avais publié de long posts sur les api de HAL et les liens avec Zotero :
voir aussi les liens générés pour la collection de livres (29 ouvrages) avec SUDOC, worldcat and google books:

HAL

article de Daniel Charnay

Il est très intéressant de lire en 2minutes cet article de 2019 qui traite de ces liens:
« Avec HAL, nous voulions créer un arXiv multidisciplinaire »
de Daniel Charnay qui en a été un des initiateurs:

article de Laurent Romary (liens avec INRIA)

L’un des défis principaux pour HAL, qui est devenu une plate-forme de référence pour de nombreuses institutions, qui comme le CNRS récemment, y ont adopté des politiques de dépôt systématique, est de continuer à offrir des services proches des chercheurs eux-mêmes et s’intégrer dans le cycle global de la publication scientifique. C’est dans cet esprit que nous soutenons le déploiement de la plate-forme de gestion d’épirevues Épisciences, qui permet l’évaluation par les pairs de preprints déposés au préalable dans HAL (ainsi que d’autres archives ouvertes telles qu’ArXiv).

Par ailleurs, HAL doit permettre de relier étroitement une publication avec les jeux de données ou les logiciels qui y sont associés. Nous avons ainsi contribué à la mise en œuvre d’un dépôt logiciel dans HAL référençant les sources archivées dans Software Heritage. Enfin, avec l’accroissement des contenus, HAL commence à devenir une alternative crédible aux grandes bases bibliométriques internationales (WoS, Scopus, etc.) pour suivre la production scientifique française et en analyser les points forts. Il faut pour cela penser la prochaine génération d’outils et d’interfaces qui permettront notamment à chaque chercheur, équipe ou institution d’obtenir des listes de publication pour une page web, ou encore d’analyser ses propres publications.
Reference (Date: 24 nov. 2021)

inria tools

Inria s’est aussi très tôt impliqué, en collaboration avec le CCSD, l’unité de service du CNRS qui développe HAL, dans la mise en œuvre d’outils facilitant notamment l’intégration groupée de documents (X2HAL) ou l’extraction automatique de métadonnées à partir des PDF sources (GROBID). Devenu entre-temps l’un des établissements partenaires du CCSD, Inria a montré le chemin d’une implication institutionnelle exemplaire dans le domaine de la science ouverte en instaurant une obligation de dépôt pour tous les chercheurs de ses équipes. À ce jour, plus de 85% des textes intégraux de l’institut INRIA sont ainsi disponibles sous HAL.
L'inria avait publié des outils pour favoriser ces liens et aider à faire des dépôts (2017):

liens vers HCERES

Début 2023, un outils a été créé pour exporter toutes une liste de publication notamment pour HCERES

Monday, March 13, 2017

dissemin impactstory web service déposer sur des archives ouvertes Zenodo HAL



Dissemin est à comparer à https://impactstory.org/
qui lui ne propose que de relier vos références (qu'il trouve) à des liens URL (No free fulltext anywhere? Consider uploading this work to an open repository like Zenodo or Figshare.)
Dissemin vous aide à trouver et à uploader.
Dissemin http://dissem.in/

C'est un web service encourageant les chercheurs à diffuser leurs publications librement.
Dissemin propose une plateforme web qui récolte des métadonnées à partir de différentes sources et qui détermine la disponibilité du texte intégral des publications des chercheurs. Il a été conçu pour encourager l'usage des dépôts (plutôt que les pages personnelles).

Les chercheurs ont souvent le droit de mettre leurs articles en accès libre sur le Web, pour compléter la version payante proposée par les éditeurs traditionnels. Pourtant, tous ne le font pas.

À cause de cela, les bibliothèques doivent payer à prix d'or des abonnements électroniques aux journaux de recherche, ce qui grève leurs finances et limite leur offre.

C'est déjà bien de mettre vos articles en ligne sur votre page Web, mais ce n'est pas suffisant ! De telles copies sont moins pérennes et plus difficiles à trouver que celles qui sont déposées dans des dépôts bien indexés.

Dissemin cherche des copies de vos articles dans une grande collection de dépôts ouverts en ligne, et vous indique ceux qu'il n'a pas pu trouver de cette façon.

Il propose aussi le service de chercher les références dans wikipedia et de les lier à des documents open access dans des archives ouvertes.

Quand nous l'avons trouvé dans l'un des dépôts que nous parcourons. La liste de ces dépôts est à voir ci-dessous.

Sources primaires


  • CrossRef.org
  • BASE (Bielefeld Academic Search Engine); grâce au moteur de recherche BASE, nous avons accès à plus de 80 millions de ref.
  • SHERPA/RoMEO
  • Zotero

Sources secondaires

Moissonnées avec le protocole OAI-PMH.

  • arXiv
  • HAL
  • PubMed Central
  • OpenAIRE
  • DOAJ
  • Persée
  • Cairn.info
  • Numdam

http://dissem.in/sources

Quelques personnes ont créé une associations 'CAPSH' qui gère certains aspects de dissemin:
CAPSH (Committee for the Accessibility of Publications in Sciences and Humanities) is a French nonprofit association promoting the open access to academic publications. It is in charge of the Dissemin project.

Liste des présentation à des congrès conf:

https://association.dissem.in/index.html.fr

process

On se connecte avec son ORCID id à
http://dissem.in/

Il trouve les fichiers et les classe suivant l'accord avec l'éditeur.
Puis il permet de faire de l'upload vers ZENODO (avec peu de metadata)
(et aussi vers HAL voir ci-dessous).

Le site a aussi une fonction "profile" qui liste vos file et vos dépôt (upload).

FAQ


Documentation

Les dépôts

Quel dépôt utiliser ?
Il y a en gros trois types de dépôts :
Les dépôts thématiques, qui se limitent à certains domaines précis, comme arXiv.
Les dépôts institutionnels, dédiés à l'archivage de la production scientifique d'une institution ou d'un pays.
Les dépôts académiques génériques comme Zenodo, dont le périmètre n'est limité qu'aux données issues de la recherche.
Si votre communauté scientifique préfère un dépôt thématique particulier, il vaut mieux l'utiliser afin d'améliorer votre visibilité. Dans le cas contraire, les dépôts institutionnels ou génériques sont également une option raisonnable.

ZENODO HAL 

Pourquoi ne puis-je pas déposer dans mon dépôt favori pour l'instant ?

Pour l'instant, nous vous proposons seulement de déposer vos articles dans les dépôts suivants :
  • Zenodo, un dépôt innovant soutenu par l'UE.
  • HAL, un dépôt français géré par le CCSD
Pour proposer davantage de dépôts, il faut que nous écrivions du code spécifique à chaque dépôt, mais il faut surtout que ces dépôts nous donnent l'autorisation de déposer des papiers en masse. Nous avons envisagé d'intégrer les dépôts suivants :
arXiv, un dépôt généraliste bien connu. Pour l'instant, arXiv n'autorise pas Dissemin à déposer en utilisant leur API SWORD, et demande aux utilisateurs de déposer dans arXiv manuellement. Si vous voudriez utiliser Dissemin pour déposer vos articles dans arXiv, n'hésitez pas à les contacter.

CCSD HAL

Il permet à chaque chercheur de mesurer l’accessibilité de ses publications et de mettre en ligne en quelques clics celles qui ne sont pas déjà librement disponibles. Plus besoin de saisir manuellement les métadonnées (titre, auteurs ou identifiants variés) : celles-ci sont automatiquement renseignées par Dissemin.
Cette fonctionnalité est rendue possible par l’exploitation de deux sources de données : le Bielefeld Academic Search Engine (BASE) et Crossref, qui couvrent presque 100 millions de publications.

Jusqu’à présent, les documents ainsi rendus librement accessibles étaient hébergés par Zenodo, un dépôt appartenant au CERN. Les chercheurs de toutes disciplines souhaitant déposer dans HAL peuvent désormais aussi utiliser Dissemin comme canal de dépôt depuis début 2017.

Dissemin utilise l’import SWORD pour déposer les publications. Celles-ci suivent le parcours classique de vérification avant d’être mises en ligne.  Les dépôts effectués par Dissemin seront rattachés au compte utilisateur de l’auteur dans HAL à partir de l’identifiant ORCID. Pour cela il faudra juste que l’auteur ait associé son compte HAL avec son ORCID.
Cette réalisation est le fruit d’un partenariat entre le Consortium Couperin, le CCSD, et le CAPSH, qui développe Dissemin.
https://www.ccsd.cnrs.fr/2017/03/deposer-dans-hal-avec-dissemin/

GitHub

Le code source est sur GitHub
python
https://github.com/dissemin/dissemin

Puis-je récolter vos données ?

Oui ! Nous avons même une API. Si vous n'êtes pas satisfait par ce qu'elle propose, n'hésitez pas à nous contacter.
http://dev.dissem.in/#api

Wednesday, March 8, 2017

process for adding a journal/article to PubMed Central (PMC) and JATS (Journal Article Tag Suite)

PMC

PMC is a free archive of biomedical and life sciences journal literature at the U.S. National Institutes of Health's National Library of Medicine (NIH/NLM). It is a repository for journal literature deposited by participating publishers, as well as for author manuscripts that have been submitted in compliance with the NIH Public Access Policy and similar policies of other research funding agencies.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pub/pubinfo/

Add a Journal to PMC

Participation in PMC is open to any English-language life sciences journal that meets NLM's standards for the archive. 
A journal must qualify on two levels, both the Scientific quality of the publication, and the Technical quality of its digital files.
A journal must provide PMC with the full text of articles in an XML (eXtensible Markup Language) format that conforms to an acceptable journal article DTD (Document Type Definition). PMC does not accept articles in HTML format.
NLM recommends that data be submitted in XML conforming to the NISO JATS Journal Publishing Tag Set, but PMC will also accept data in other full-text article DTDs that are widely used in life sciences journal publishing.

Files required for each deposited article:

  1. A separate XML data file for the full text of each article.
  2. The original high-resolution digital image files for all figures in each article.
  3. A PDF, if one exists, in addition to the XML version (but not as the only form.)
  4. Supplementary data files (e.g., spreadsheets or video files) available with the article.


JATS

JATS  is an application of NISO Z39.96-2015, which defines a set of XML elements and attributes for tagging journal articles and describes three article models.
The content on this site is the supporting documentation for the standard. JATS is a continuation of the NLM Archiving and Interchange DTD work begun in 2002 by NCBI.
https://jats.nlm.nih.gov/index.html

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/


File Validation Tools

extension Book

Book Interchange Tag Set: JATS Extension

Friday, February 24, 2017

DIST CNRS et Unités rattachées INIST, CCSD et Persée. PLATEFORMES DE PARTAGE D'INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE



http://www.cnrs.fr/dist/presentation.htm

Unités rattachées

INIST 

- Institut de l'information scientifique et technique
L’Institut de l'information scientifique et technique du CNRS (INIST-CNRS) facilite l’accès aux résultats issus des différents champs de la recherche mondiale.
Deux sites d'informations sur l'IST :
     - LaLIST : La veille pour vos informations scientifiques, techniques et stratégiques
     - OpenAccess.Inist : Libre accès à l’information scientifique et technique

CCSD 

- Centre pour la communication scientifique directe
Le Centre pour la communication scientifique directe (CCSD - UMS 3668) est une unité mixte de service du CNRS, créée fin 2000 et principalement dédiée à la réalisation d’archives ouvertes.
Le CCSD a créé, développe et administre l’archive ouverte HAL, la plateforme de gestion de colloques SciencesConf.org et celle de gestion d’épi-revues Episciences.org.

Persée 

- Portail de revues en sciences humaines et sociales
Les missions de l’UMS Persée sont la valorisation numérique des ressources scientifiques, la recherche et l’innovation en matière d’outils et de méthodologies pour développer des corpus numériques et la diffusion de compétences et d’expertise dans ces domaines

PLATEFORMES DE PARTAGE D'INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE

Différentes plateformes (bibliothèques numériques, bases de données, archives ouvertes, moteurs de recherche, etc.) utilisées pour le partage des résultats de la recherche. Les plateformes sont recensées et catégorisées afin de mettre en valeur les initiatives en faveur de la mutualisation des connaissances et du libre accès à la production scientifique.


Bases de données en libre accès


En France :

  • HAL(Hyper articles en ligne) est une archive ouverte pluridisciplinaire destinée au dépôt et à la diffusion d'articles scientifiques (publiés ou non) et de thèses. Les thèses sont disponibles dans TEL (thèses en ligne). L’acquisition des données se fait par auto-archivage. La diffusion d’HAL est sous la responsabilité du CCSD (Centre pour la communication scientifique directe), une unité mixte de services du CNRS (DIST), de l’INRIA et de l’Université de Lyon.
  • Gallica permet d’accéder librement à de nombreux documents numérisés (livres, revues, photos, enluminures, etc.) de la Bibliothèque nationale de France (BNF). La base de données couvre toutes les disciplines, mais particulièrement les sciences humaines et sociales.
  • Huma-Num est une rès grande infrastructure de recherche (TGIR) en SHS. Elle est portée par l'Unité Mixte de Services 3598 associant le CNRS, l'Université d'Aix-Marseille et le Campus Condorcet. Huma-Num propose un ensemble de services, notamment via les plateformes NAKALA et ISIDORE :
    - NAKALA permet à des équipes de recherche, qui en font la demande, de déposer leurs données numériques (fichiers texte, son, image, vidéo) dans un entrepôt sécurisé qui assure à la fois l'accessibilité aux données et leur citabilité dans le temps. Les technologies mises en oeuvre permettent notamment de rendre interopérables les métadonnées, c'est-à-dire la possibilité de pouvoir les connecter à d'autres entrepôts existants, et de les rendre moissonnables par des services spécialisés comme ISIDORE.fournit un Handle (pas DOI)
    Un identifiant unique est associé à chaque donnée et permet ainsi de citer les données indépendamment de leur localisation réelle : la technologie proposée est basée sur l’attribution d’identifiants de type handle, qui possèdent un mécanisme d’adressage générique, sans lien avec l’institution qui porte le service. C’est ce qui rend pérenne l’accès à la donnée, même en cas de changement ou d’évolution de l’institution qui porte le service.
    - ISIDORE est une plateforme de recherche permettant l'accès à des documents numériques en libre accès de sciences humaines et sociales (SHS).
  • OpenEdition (contenant : Revues.org, Hypothèses.org, Calenda, etc.) est un portail de publication en SHS créé par le Centre pour l'édition électronique ouverte (Cléo). La majorité des articles sont en « open access freemium », tandis que d’autre sont en « open access simple » et « accès exclusif ». OpenEdition est financé par le CNRS, l'EHESS, l'Université d'Aix-Marseille, l'Université d'Avignon, la Fondation Calouste Gulbenkian et Google.
  • Pascal et Francis est une base de données bibliographique en libre accès en sciences exactes (Pascal) et en sciences humaines et sociales (Francis). Pascal et Francis étaient deux bases de données distinctes, accessibles par abonnement, développées par l’INIST-CNRS entre 1972 et 2015. En juillet 2016, l’INIST-CNRS annonce la mise en libre accès des deux bases de données, qui sont fusionnées, offrant ainsi un accès gratuit et sans inscription à plus de 14 millions de références bibliographiques.
  • Persée est un portail de revues en sciences humaines et sociales (SHS) dont les documents sont acquis grâce à une numérisation rétrospective de revues françaises. Le texte intégral est accessible en mode image ainsi qu’en mode texte (OCR). Persée est géré par l’UMS Persée, l’Université de Lyon, l’ENS Lyon et le Ministère de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (MENESR).

En Europe :

  • Europeana / Europeana Collections est un catalogue en libre accès, spécialisé en musique, art et histoire. Ce catalogue permet de rechercher des ressources numériques (livres, matériel audiovisuel, photographies, documents d'archives, etc.) issus des bibliothèques nationales des Etats membres de l’Union européenne. Le site, lancé en novembre 2008, est actuellement (juillet 2016) en phase de test. Europeana Collections est géré par une fondation (Europeana Foundation) et est co-financée par l’Union européenne.
  • The European Library est un portail de recherche qui permet d’accéder à des ressources (livres, affiches, enregistrements sonores, vidéo, etc.) des bibliothèques nationales d’Europe. L’accès aux documents peut-être gratuit ou payant selon la politique de chaque bibliothèque nationale. Le développement de ce portail européen est effectué par un consortium réunissant une trentaine de bibliothèques nationales européennes. Les données brutes sont accessibles via l’API « The European Library Open Search API ».
  • INSPIRE HEP (High-Energy Physics Literature Database) est une base de données bibliographiques en libre accès, au niveau européen, dans le domaine de la physique des hautes énergies, gérée par le CERN.
  • Econstor est une base de données bibliographique, spécialisée en économie et commerce. Le contenu d’Econstor – c’est-à-dire de la littérature scientifique en libre accès – est également accessible via certains portails et moteurs de recherche. Cette plateforme est développée par la Bibliothèque nationale allemande d'économie (ZBW).
  • Paperscape est un outil de visualisation des données contenues dans ArXiv, créé par Damien George et Rob Knegjens.
  • Zenodo est un entrepôt de données (bases de données, images, publications, video/audio, etc.) qui permet aux chercheurs de déposer des ensembles de données et de les lier à des publications scientifiques. Il est issu du projet européen OpenAIREplus, développé par le CERN et lié aux projets pilotes de la Commission européenne en matière de gestion de données. Zenodo affecte des DATACITE DOIs aux objets et expose les métadonnées de description au moissonnage à travers le protocole OAI-PMH, le protocole d’interopérabilité des archives ouvertes (Prodinra, HAL…).

Aux Etats-Unis :

  • ArXiv est une archive ouverte internationale de prépublications électroniques d'articles scientifiques dans les domaines de la physique, l'astrophysique, des mathématiques, de l'informatique, des sciences non linéaires et de la biologie quantitative. ArXiv est accessible gratuitement. Cette plateforme est gérée par Cornell University Library. En février 2012, le total des dépôts s'élevait à plus de 700 000 publications.
  • bioRxiv est une archive ouverte de prépublications d’articles scientifiques en sciences du vivant, lancée fin 2013 par le Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), un organisme américain privé à but non lucratif effectuant des recherches en médecine et biologie. Sur le modèle d’ArXiv, mais dans les domaines des sciences de la vie, ce réservoir n’accueille que des prépublications. Le dépôt des prépublications et leur accès sont gratuits. L’objectif est de de réduire le délai entre la rédaction de l’article et sa mise à disposition. Ces prépublications ont une URL pérenne et sont indexées par les moteurs de recherche.
  • CiteSeerX est « un moteur de recherche et une librairie numérique pour les articles scientifiques et académiques avec une attention portée sur l'informatique. Il est développé par des chercheurs de l'université d'État de Pennsylvanie. Il utilise un index de citation qui permet de rechercher par citation et d'ordonner les documents par l'impact des citations.» (Wikipedia).
  • D-PLACE, qui signifique « Database of Places, Language, Culture, and Environment », est une base de données - non bibliographique - sur les lieux, langues, cultures et environnements, développée par la National Evolutionary Synthesis Center (Etats-Unis) et la Max Planck Institute for the Science of Human History (Allemagne). Les informations ethnographiques sont regroupées en « sociétés », chacune étant liée à une position géographique et à une langue. D-PLACE permet aux internautes de visualiser les informations sous forme de tableau, de carte ou d’arbre linguistique.
  • JSTOR (contraction de Journal Storage) est une base de données bibliographique généraliste ainsi qu’un système d'archivage en ligne de publications académiques. L’accès à JSTOR dépend des inscriptions de chaque établissement. JSTOR est une société américaine à but non lucratif basée à New York.
  • Public Library of Science (PLOS) est une plateforme spécialisée en biologie et médecine permettant un libre accès à des publications scientifiques anglophones. La plateforme PLOS est gérée une société américaine à but non lucratif. Le modèle économique de PLOS est basé sur le payement – par l’auteur ou par l’organisme financeur de l’auteur – d’Article Processing Charge (APC).
  • PubMed Central est une base de données bibliographique contenant un important volume de publications (plus de 3 millions) intégralement en accès libre et principalement anglophone, en génie biomédical et en sciences de la vie. PubMed Central est développé par l’U.S. National Library of Medicine (NLM) pour servir d'archive aux articles biomédicaux. Chaque ouvrage inscrit dans sa base de données est associé à un identifiant : le PMC.
  • SocArXiv (en développement) une archive ouverte qui contiendra des prépublications et des publications en sciences sociales. Son développement, effectué par le Center for Open Science - un organisme américain privé à but non lucratif basé à Charlottesville, Virginia - a été annoncé en juillet 2016 par un communiqué de presse. Les chercheurs auront ainsi l’opportunité de mettre rapidement en libre accès les différentes versions de leurs articles. SocArXiv pourrait évoluer vers une plateforme de publication de revues électronique avec une évaluation des articles après leur dépôt (post peer-review).

Au Canada :

  • PhilPapers est une base de données bibliographique internationale pour les professionnels et étudiants en philosophie, développée par l’University of Western Ontario. La plateforme donne accès aux résumés des articles. En 2009, PhilPapers a reçu un financement important du Joint Information Systems Committee (JISC) du Royaume-Uni.
  • Érudit est un portail québécois de revues francophones en SHS. Le consortium interuniversitaire d’Érudit regroupe l’Université de Montréal, l’Université Laval et l’Université du Québec à Montréal sous la forme d’un organisme à but non lucratif. Les documents publiés depuis plus de deux ans sont en libre accès (principe de la barrière mobile), ce qui représente environ 85% du contenu.

Bases de données ouvertes sous condition définies par les entités gestionnaires publiques


  • BibCNRS est une plateformes documentaire du CNRS, développé par l’INIST, qui centralise dix portails thématiques : biologie, chimie, écologie et environnement, homme et société, ingénierie et systèmes, mathématiques, nucléaire et particules, physique, sciences de l’information, terre et univers. Son développement, actuellement au stade bêta, est effectué en open source.
    Si vous êtes membre d’une unité CNRS, vous pouvez accéder gratuitement au texte intégral d’articles de plusieurs milliers de revues scientifiques électroniques via les portails de l'INIST:
    - BiblioSHS : Sciences humaines et sociales
    - BiblioPlanets : Sciences de la Terre et de l’Univers
    - BiblioVie : Sciences Biologiques
    - BiblioST2i : Sciences et Technologies de l’Information et de l’Ingénierie
    - TitaneSciences : Sciences Chimiques
    - BiblioSciences : multidisciplinaire
    - Archives des revues de l’Institute of Physics : Sciences Physiques
  • ISTEX (Initiative d’excellence de l’Information Scientifique et Technique) est un projet investissement d'avenir. L’objectif principal du projet est d’offrir à l’ensemble de la communauté de l’enseignement supérieur et de la recherche un accès en ligne aux collections rétrospectives de la littérature scientifique dans toutes les disciplines en engageant une politique nationale d’acquisition massive de documentation : archives de revues, bases de données, corpus de textes, etc. ISTEX est géré par l’INIST-CNRS, la DIST-CNRS, l’ABES, le consortium Couperin et la CPU.
  • HATHITRUST est une bibliothèque numérique, créée en 2008, mettant en commun le contenu de plusieurs bibliothèques numériques d'universités des États-Unis, du Canada et d'Europe, ainsi que des ouvrages issus de Google Livres et d'Internet Archive. « Hathi » signifique « éléphant » en Hindi ; animal connu pour ses capacités de mémorisation.

Bases de données d’éditeurs


Ces bases de données sont accessibles par abonnement ou autre forme d’achat.
  • CAIRN fournit un accès numérique aux revues de quatre éditeurs francophones en sciences humaines et sociales (Belin, De Boeck, La Découverte et Erès). Seule une partie des ressources est en libre accès, notamment les plus anciennes.
  • Mendeley est un logiciel destiné à la gestion et au partage de travaux de recherche. Développé par l’entreprise Mendeley Ltd., et disponible depuis 2008, le logiciel a été acquis par l’éditeur Elsevier en 2013.
  • Web of Science (WoS) est un service anglophone d’information universitaire en ligne produit par la société ISI (Institute for Scientific Information) de l’éditeur Thomson Reuters. Web of Science contient plus de 10 000 périodiques, accessibles sur abonnement pour des universités et des centres de recherche via la plateforme ISI Web of Knowledge.
  • Scopus est une base de données bibliographique anglophone contenant des articles issus de revues scientifiques. Cela comprend environ 22 000 journaux provenant de plus de 5 000 éditeurs. Scopus appartient à l’éditeur Elsevier et est disponible en ligne après abonnement.

Catalogues de ressources « physiques » en libre accès


  • SUDOC est un catalogue collectif qui permet aux bibliothèques des universités françaises et d'autres établissements d'enseignement supérieur de recenser et d’indiquer la localisation des documents en leur possession. Le SUDOC est développé par l'Agence bibliographique de l'enseignement supérieur (ABES) et est accessible en ligne depuis 2000.
  • WorldCat (contraction de l’anglais World Catalog) est un catalogue en accès libre de bibliothèques publiques et privées. WorldCat a été créé en 1971 et est géré par une coopérative de bibliothèques OCLC (Online Computer Library Center) basée dans l’Ohio (Etats-Unis). Suite à un partenariat entre l'ABES et l'OCLC, les données contenues dans le SUDOC devraient être versées dans WorldCat.
  • COPAC est un service du JISC et de la Research Libraries UK (RLUK) qui permet d’effectuer des recherches dans un catalogue de plus de 70 bibliothèques anglaises et irlandaises, notamment en SHS.

Réseaux sociaux scientifiques


  • ResearchGATE est un réseau social pour chercheurs et scientifiques de toutes disciplines, accessible par inscription (gratuite). Le site contient un moteur de recherche permettant de chercher dans les ressources internes et dans des bases de données bibliographiques (PubMed, Citeseer, etc.). ResearchGATE est une société allemande régie par le droit allemand et européen (notamment via la directive 95/46/CE).
  • Academia.edu est un réseau social américain destiné aux chercheurs, accessible par inscription (gratuite). Academia.eu permet également la mise en ligne et l’accès à des articles scientifiques. Academia.edu est une entreprise à but lucratif.
  • Twitter est un réseau social américain généraliste mais largement utilisé par des chercheurs.

Moteurs de recherche


English keywords : recommendation engines for scientific litterature, litterature mining

Moteurs de recherche spécialisés dans les documents en libre accès


  • CORE est un moteur de recherche dont le développement est soutenu par le JISC et The Open University (Royaume-Uni). Ce service expérimental d’analyse sémantique permet de chercher des textes par similitudes parmi une base de 10 million d’articles en libre accès.

Les deux moteurs de recherche suivants sont présentés sur le site d'OpenEdition.
  • BASE est le moteur de recherche mis au point par l’université de Bielefeld en Allemagne. Il n’indexe que des documents en open access, provenant de milliers de sources ouvertes dans le monde, et couvre tous les champs disciplinaires. Son interface est disponible en français.
  • ISIDORE est une plateforme de recherche permettant l'accès à des documents numériques de sciences humaines et sociales (SHS). Ouverte à tous et en particulier aux enseignants, chercheurs, doctorants et étudiants, elle s'appuie sur les principes du web de données et donne accès à des données en accès libre (open access). ISIDORE est une réalisation de la très grande infrastructure de recherche Huma-Num (CCSD-CNRS, Aix-Marseille Université, Campus Condorcet). Un marché de réalisation a été confié à un consortium composé des sociétés Antidot, Sword et Mondéca.

Autres moteurs de recherche


  • Google Scholar est un moteur de recherche d'articles scientifiques lancé en 2004 qui inventorie des articles approuvés ou non par des comités de lecture, des thèses, des citations ou encore des livres scientifiques.
Plusieurs moteurs de recherche spécialisés dans les articles scientifiques ont fermé ou ne sont plus mis à jour. C’est le cas de Live Search Academic depuis 2008 et Microsoft Academic Search depuis 2014, tous deux développés par Microsoft ; ainsi que de Scirus depuis 2014, qui était développé par Elsevier.

Moteurs de recommandations de flux d’actualité scientifique


  • PubChase est un moteur de recommandation de littérature biomédicale, qui est connecté au logiciel de gestion bibliographique Mendeley. PubChase a recours aux modélisations statistiques et à la fouille de données afin de générer des recommandations personnalisées d’articles en fonction des articles précédemment sélectionné par l’internaute.
  • Meta Science (anciennement Sciencescape Inc.) est un site web de gestion de contenu qui recommande des articles scientifiques à l’utilisateur grâce aux algorithmes de Machine Learning. Meta Science est connecté au moteur de recherche de données bibliographiques PubMed dans le secteur de la biologie et de la médecine.
  • Sparrho est un moteur de recommandations qui fournit des flux d’actualité scientifique personnalités anglophone grâce à l’utilisation d’algorithmes d’apprentissage automatique (Machine Learning) qui sélectionnent les contenus pertinents. La recherche d’article peut se faire en incluant et/ou excluant des mots-clés, revues, auteurs. La startup, basée au Royaume-Uni, a été créée en juillet 2013.

Annuaires de la recherche


Annuaire généraliste


  • ScanR est le nouveau moteur de recherche du MENESR qui recense les orientations et les productions des structures de recherche françaises. Voir présentation par l’ADBU.
  • MERIL portal (Mapping the European Research Infrastructure Landscape) est une base de données qui inventorie les infrastructures de recherche en libre accès en Europe avec une dimension internationale, à travers tous les domaines de recherche.
  • RIs Observatory est un annuaire européen en libre accès, financé par la Commission européenne, recensant des infrastructures (ces données sont fournies par le portail MERIL), des projets (type FP7 et H2020), des organismes, des personnes, des documents et des outils de visualisation de ces réseaux.
  • Gateway to Resarch est un annuaire de projets et d'acteurs de l'IST au Royaume-Uni développé par le Research Councils UK (RCUK). Ce portail recense l'ensemble des subventions attribuées (toutes disciplines confondues) et leurs bénéficiaires depuis 2006 au Royaume-Uni.

Annuaire de journaux


  • DOAJ (Directory of open access journals) est un annuaire des journaux en libre accès qui permet d’effectuer des recherches dans les bases de donnée bibliographique de nombreux journaux et plateformes (Elsevier, OpenEdition, PLOS, Springer Nature, Taylor and Francis Group, etc.).
  • Mir@bel (Mutualisation d'informations sur les revues et leurs accès dans les bases en ligne) est un annuaire qui recense des éditeurs et des revues. La base de données contient principalement des revues francophones en SHS. Mir@bel a été créé par trois établissements d’enseignement supérieur français (Sciences Po Grenoble, Sciences Po Lyon et Ecole Normale Supérieure de Lyon) en 2012.

Annuaires de plateformes


  • OpenDOAR (Directory of Open Access Repositories) est un annuaire qui recense des plateformes en libre accès. OpenDOAR est développé par SHERPA (Securing a Hybrid Environment for Research Preservation and Access), basé au Royaume-Uni.
  • IBiSA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie) contient un annuaire de plateformes issues de la recherche française en biologie, santé et agronomie, qui ont été sélectionnées suite à un appel d’offre. Ce site est géré par le groupement d'intérêt scientifique (GIS) IBiSA, créé en mai 2007.
  • re3data.org (Registry of Research data Repositories) est un annuaire anglophone de bases de données, de plateformes et de bibliothèques numériques (« repositories », en anglais), contenant plus de mille éléments. Les recherches peuvent être effectuées selon des critères de discipline, de pays et de type de contenu (données brutes, codes sources, données structurées, images, etc.).
  • Des réseaux IST en SHS sont présentés sur le site de l'Institut des sciences humaines et sociales (INSHS).

Annuaires de personnes


  • ANNUAIRES/CNRS est un page web présentant les annuaires du CNRS :
    -Annuaire des laboratoires et des personnels du CNRS ;
    -Annuaire de l'administration du CNRS ;
    -Annuaire du Comité national de la recherche scientifique ;
    -Labintel (annuaire avec accès réservé).
  • RENALISTE/CNRS est un annuaire des professionnels de l'IST travaillant dans des unités associées au CNRS.

Annuaires de financements


  • Fund.it est une plateforme d'internationalisation de la recherche en SHS, qui centralise des appels à candidatures pour séjours de recherche et des appels à projets pour financements (dont Horizon 2020). Fund.it est un projet conçu et développé par la fondation Réseau français des instituts d’études avancées (RFIEA) en partenariat avec la fondation Maison des sciences de l’Homme (FMSH) et avec le soutien du Centre national de la recherche scientifique (CNRS). Soutenu par le Labex RFIEA+, Fund.it bénéficie du soutien de l'Agence nationale de la recherche (ANR) via le programme Investissements d'Avenir.

Autres ressources


Tuesday, August 21, 2012

Le gouvernement britannique annonce que les résultats des recherches financées sur fonds publics seront gratuitement accessibles sur Internet en 2014

 L'Open Access, mouvement qui défend la gratuité de l'accès aux recherches publiques, se prépare à savourer sa victoire. Grande Bretagne et institutions européennes érigent désormais l'Open Access en modèle.
Le gouvernement britannique annonce que les résultats des recherches financées sur fonds publics seront gratuitement accessibles sur Internet en 2014.

Jusqu’ici, pour les consulter, les lecteurs dont les chercheurs et universitaires doivent s’abonner à des revues à comités de lecture. Une situation jugée anormale puisque ces abonnements sont également réglés sur fonds publics : le lecteur citoyen, qu’il soit ou non scientifique, paie deux fois pour avoir accès à la recherche publique.

Pour résoudre le problème sans mettre en danger les éditeurs du secteur (rappelons que la prestigieuse revue scientifique Nature est une publication anglaise), le gouvernement d’outre-manche s’est inspiré d’un rapport sur l’Open Access remis le 19 juin 2012 par la sociologue Janet Finch. Dans le système privilégié, l’auteur devra verser des frais de publication à l’éditeur de la revue. Leur montant est estimé aux environs de 2000 Livres soit 2500 euros par article.

Les commentaires sont nombreux sur ce point et certains critiquent ouvertement cette mesure craignant un impact sur les budgets consacrés à la recherche. Pour le gouvernement ce ne sera pas le cas puisque les sommes consacrés aux bibliothèques universitaires pourront être réduites du fait de la suppression des abonnements, les sommes économisées financeraient ainsi les publications. Par ailleurs, la mise en concurrence entre éditeurs tendrait à réduire les frais de publications.

Suite à cette décision britannique du 16 juillet 2012, la Commission Européenne s’est fendue d’une déclaration allant dans le même sens. Pour l’institution, le libre accès aux recherches publiques est un engagement remontant à août 2008 dans le cadre de l’agenda 2020. Comme les britanniques, les autorités européennes considèrent que faciliter la circulation du savoir et de la connaissance peut stimuler l’innovation et donc la compétitivité de l’Europe.

http://www.industrie.com/it/publications-scientifiques-les-resultats-des-equipes-academiques-en-libre-acces.13545

Monday, February 13, 2012

Le Research Works Act (HR3699) est-il la fin des mandats institutionnels comme NIH?

Le Research Works Act (HR3699) est-il la fin des mandats institutionnels?
Par exemple les National Institutes of health (NIH) conditionnent leur financement à l’obligation de dépôt des articles issus de la recherche sur PubMedCentral dans les 12 mois suivant la publication.
Plus largement, le RWA serait la fin de toutes les politiques en faveur du libre accès (open access) qui se verraient ainsi remises en cause, si une loi de ce genre était votée.
Titre du RWA: To ensure the continued publication and integrity of peer-reviewed research works by the private sector.
date: December 16, 2011


http://fr.wikipedia.org/wiki/Research_Works_Act

http://marlenescorner.net/2012/01/19/rwa-une-nouvelle-menace-pour-lopen-access/

Tuesday, January 24, 2012

pdf ou html full texte et référence dans Zotero.

Actuellement pour sauvegarder mes pdf, et mes pages html d'articles ou de brevets et aussi mes sites utiles, j'utilise le célèbre open source zotero.

Il existe deux grands soucis avec zotero malgré sa puissance.
1)Il est assez énervant de jonglet avec les serveurs mandataires dans zotero. Une université et un organisme type CNRS paient très cher l'accès à des bouquets permettant la lecture et la sauvegarde d'un "full" texte d'un article scientifique (il faut toujours sauvegarder ses pdf car ces organismes ne paient que l'accès sur une durée de 1an). Il existe deux types d'accès :
  • soit par n° IP (faire attention au proxy) ou 
  • soit avec un mot de passe.
Zotero a tendance à passer en direct sans les serveurs mandataires...

2)Lien pdf (ou full html) avec la référence. Lorsque le pdf n'a pas de metadonnées ou si elles sont incorrectes (assez souvent!) alors il faut aussi mettre la référence et le lien entre le pdf et sa référence correcete dans la même collection dans son zotero. C'est coûteux en temps...
La solution que je propose est de bien gérer le corpus d'accès aux ref (et abstract) et de sauver la ref dans zotero (via les catalogues) puis de basculer vers le site d'accès pdf ou html complet en sachant que les éditeurs "oublient" souvent de mettre les métadonnées.
Le corpus de ce type de one-click service est : http://www.zotero.org/translators/

Web of science (WoS), la plus grande banque d'articles scientifique, ne fonctionne pas bien avec zotero (WoS est aussi l'éditeur de endnote qui contrairement à Zotero est payant).
Voir: http://ex-ample.blogspot.com/2011/12/solution-of-error-could-not-save-item.html

Ce corpus de sites "zotero compatibles" contient 7types où les références (attention à vérifier la qualité et le nombre de champs) sont accessibles en one-click import dans zotero (dans l'omnibarre):
  1. des libraires style Amazon
  2. des moteurs de recherche (google scholar, google books, scirius)
  3. des catalogues de bibliothèques comme sudoc (ou de votre université) ou comme worldcat, ou catalogue d'organisme comme medline (les références y sont souvent très bien cataloguées avec les champs complets et corrects)
  4. des logiciels de gestion biblio en ligne comme citeUlike,
  5. des archives ouvertes comme hal, arXiv, citeSeer...
  6. les ressources à abonnement où on peut récupérer le(s) pdf: WoS, Sciencedirect, springerLink, wiley, IEEExplore, spie, (en eco factiva)
  7. les ressources open access comme l'éditeur PLoS, biomed... ou des sites comme revues.org avec URL pérenne (ou equivalente à un DOI) ou encore le célèbre wikipedia (vérfier la qualité des références absoluement).
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Merci à Dominique du SCD Sciences de l'Université St-Etienne

Tuesday, November 15, 2011

e-publisher: biomedcentral.com; example of a suite of open access journals: SpringerOpen; example of a journal: The Journal of Mathematical Neuroscience

http://www.biomedcentral.com/

List: BioMed Central's portfolio of 223 journals (DATA@nov 2011)
http://www.biomedcentral.com/browse/journals/


Starting a new, open access journal with BioMed Central
Our journal management system incorporates online tools for manuscript submission, peer review and editorial decision making. We make this technology available without charge to suitably qualified groups of researchers that wish to operate their own open access online journals

http://www.biomedcentral.com/info/publishingservices/transferorstart

Journals affiliated with learned societies or other organizations represent the fastest growing segment of BioMed Central’s portfolio. Recent examples of journal transfers to BioMed Central include "Genetics Selection Evolution", a journal of the Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), France: http://www.gsejournal.org/about
To further increase the visibility of the journal and its older content we will also submit the back content for inclusion in PubMed Central and PubMed, as well as to other archives and repositories. An example are the 40 volumes preceding the transfer of Genetics Selection Evolution to BioMed Central in 2008.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/847/

Transferring journals to BioMed Central and converting to open access is cost- and hassle-free. There is no interruption to the journal’s existing coverage by indexing and bibliometric services, including impact factor tracking. High visibility and the citation advantage that comes with open access can give a further boost to a journal's reputation and ranking.


Chemistry Central publishes peer-reviewed open access research in chemistry. Chemistry Central is part of the BioMed Central group.
http://www.chemistrycentral.com/
https://docs.google.com/viewer?url=http%3A%2F%2Fwww.biomedcentral.com%2Fdownload%2Fadvocacy%2Fopenaccess%2Fchemistrycentraljournal.pdf

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http://www.springeropen.com/
SpringerOpen is Springer’s new suite of open access journals which will cover all disciplines. SpringerOpen journals are fully and immediately open access and will publish articles under the Creative Commons Attribution license. This makes it easy for authors to fully comply with open access mandates and retain copyright. SpringerOpen journals combine open access and our expertise in delivering high-quality and rapid publications, from online submission systems and in-depth peer review to an efficient, author-friendly production process.

Authors publishing in a SpringerOpen journal retain the copyright to their work, licensing it under the Creative Commons Attribution License. This license allows articles to be freely downloaded from the SpringerOpen website, and also allows articles to be re-used and re-distributed without restriction, as long as the original work is correctly cited.

List:
http://www.springeropen.com/journals

Over 10 SpringerOpen journals already have Impact Factors and many more have been accepted by Thomson Reuters (ISI) for citation tracking and inclusion in Web of Science and will receive an Impact Factor in the next two years. Individual journal Impact Factors can be found in our general FAQ or by visiting the individual journal homepage.

Journals currently covered by Thomson Scientific (ISI):
Advances in Difference Equations – Impact Factor: 0.891
Boundary Value Problems – Impact Factor: 1.047
Chinese Science Bulletin – Impact Factor: 1.087
EURASIP Journal on Advances in Signal Processing – Impact Factor: 1.012
EURASIP Journal on Image and Video Processing - Impact Factor: 0.619
EURASIP Journal on Wireless Communications and Networking – Impact Factor: 0.815
Fixed Point Theory and Applications – Impact Factor: 1.936
Gold Bulletin – Impact Factor: 2.719
Journal of Inequalities and Applications – Impact Factor: 0.879
Nanoscale Research Letters – Impact Factor: 2.557
The Journal of Headache and Pain – Impact Factor: 2.015



All articles published in SpringerOpen journals are included in many bibliographic databases so that your work can be found easily and cited by researchers and clinicians around the world.

All articles in journals published by BioMed Central are included immediately in PubMed, the most widely used biomedical bibliographic database service. PubMed is the National Library of Medicine service that provides access to MEDLINE, articles not yet in MEDLINE and articles from additional life science journals. An increasing number of journals published by BioMed Central are also indexed by the Thomson Reuters (ISI) and hence searchable through Web of Science, and other Thomson Reuters (ISI) products. All BioMed Central's journals are indexed by CAS and Scopus and all the biology titles are indexed by BIOSIS.

Note that because the full text of all BioMed Central research articles is available without registration or subscription, search engines such as Google (Google scholar) also index them, greatly increasing their visibility. All BioMed Central research articles are indexed by the science focussed search engine, Scirus.

BioMed Central participates in CrossRef and the Open Citation Project, allowing direct linking from citations to an article elsewhere to the full text of that article in a BioMed Central journal.



ABSTRACTED/INDEXED IN:
Science Citation Index, Science Citation Index Expanded (SciSearch), SCOPUS, INSPEC, Zentralblatt Math, Google Scholar, EBSCO, CSA, Academic OneFile, ASFA, Biological Abstracts, BIOSIS, Business Source, Chemical Abstracts Service (CAS), Chinese Science Citation Database, Current Abstracts, Current Contents/Physical, Chemical and Earth Sciences, Current Index to Statistics, Current Mathematical Publications, Digital Mathematics Registry, EMBiology, Gale, GeoRef, Journal Citation Reports/Science Edition, Mass Spectrometry Bulletin, OCLC, SCImago, Summon by Serial Solutions, Zoological Record

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A new journal:
http://www.mathematical-neuroscience.com/

The Journal of Mathematical Neuroscience 2011, 1:1 (3 May 2011)