Comparaison de logiciels de gestion de références bibliographiques

Comparaison de ceryains logiciels de gestion de références

http://ist.blogs.inra.fr/technologies/2015/07/21/comparaison-de-programmes-de-gestion-de-references-5eme-edition/

Save metadata (XMP) to PDF files; from Zotero to Jabref

The question for implementing something is not "why not?" but "why?". There is no data exchange format for music, so it makes sense to tag the music files. For bib data we have formats like bibtex or RIS that—while frustratingly imperfect—do a much better job transferring data from one software to the other than the rudimentary xmp tags you suggest.

PDF metadata editor

There are some free metadata editors out there.
https://github.com/zaro/pdf-metadata-editor
PDF Metadata Editor is a simple tool you can use to edit the metadata (Author, Keywors, etc.) of a PDF document. http://broken-by.me/pdf-metadata-editor/
A simple GUI editor for PDF Metadata written in java and using Apache PDFBox.

• Support Basic, XMP Pdf, XMP Dublin Core and XMP Rights metadata
• Unicode support,  can use all languages and encodings
• Default values to pre-fill if not set in the PDF file
• Rename file on Save using predefined template
• Copy XMP to Document metadata or vice versa on Save

https://code.google.com/p/pdf-meta/
http://sourceforge.net/projects/exiftool/

JabRef

JabRef does have XMP-metadata support.
http://help.jabref.org/fr/XMP
https://github.com/JabRef/jabref

See the "menu" at the top of this post.

The best workflow:

1. Zotero save your reference with "BibLateX" export format and with the name nameAuthorYear_xxxx.bib
2. copy this file to the directory of your JabRef database
3. import your .bib to JabRef and generate new key (you can select many files)
4. link this ref to pdf
5. write XMP-metadata to PDF with JabRef

If a person imports this pdf in JabRef then he will get all the bibliographic data.
Moreover you can export to many formats.
But if you export to bibLaTeX and re-import to Zotero, some fields are forgotten...

see also:
http://stephane-mottin.blogspot.fr/2017/02/jabreforg-reference-manager-bibtex-mods.html
http://stephane-mottin.blogspot.fr/2017/02/zotero-transformer-reference-livre-en.html

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Why? Reading on a mobile device (!!!), sharing of pdfs, re-use of pdfs with other tools with different functionality (e.g. visualisation, personal data mining) - generally I use a multitude of tools on the same base for different tasks (vive free and open software).

Functionality? Basic Author, Title, Keywords would be enough, but adding and removing (part of the) metadata or batch edit the metadata would be a bonus, so I can for example add a copyright notice, use a variety of programs, whith the same file-base etc...

Thoughts: This - strangely - is a feature that has often been requested by users from a variety of biblio-software, but has not been implemented... Citavi has this task on it's to-do list since 2012 (Task# 6518)... corr: seems citavi5 has it as a test feature in their beta without batch-options...

I also notice that there is a "define PDF metadata" action in MacOS's Automator. I never did any scripting, but would it be difficult to receive 3 basic fields (Title, Author, Keywords) from Zotero and write them to the file?
Batch processing would be really useful, so the service should be able to handle several references at once, but even if it's one-at-a-time it would already be much better than copy-paste...

This https://code.google.com/archive/p/pdf-meta has a command line version to edit pdf metadata. Should not be hard then to create a plugin but apparently zotero want to integrate that: https://github.com/jlegewie/zotfile/issues/137

https://forums.zotero.org/discussion/comment/241422#Comment_241422

jabref.org reference manager, BibTeX (MODS) and XMP (export/import)

intro

JabRef is an open source bibliography reference manager. The native file format used by JabRef is BibTeX, the standard LaTeX bibliography format. JabRef runs on the Java VM (version 1.8 or newer), and works equally well on Windows, Linux, and Mac OS X.

http://www.jabref.org/

BibTeX is an application and a bibliography file format written by Oren Patashnik and Leslie Lamport for the LaTeX document preparation system. General information can be found on the CTAN BibTeX package information page. JabRef also supports BibLaTeX.

Bibliographies generated by LaTeX and BibTeX from a BibTeX file can be formatted to suit any reference list specifications through the use of different BibTeX and BibLaTeX style files.

Entries can be searched in external databases and BibTeX entries can be fetched from there. Example sources: arXiv, CiteseerX, Google Scholar, Medline, GVK, IEEEXplore, and Springer.

Import of various formats

RIS, Medline/Pubmed (xml), Refer/Endnote, INSPEC, BibTeXML, CSA, ISI Web of Science, SilverPlatter, Scifinder, OVID, Biblioscape, Sixpack, JStor, and RIS.

Moreover, the FireFox add-on JabFox makes importing new bibliographic information directly from the browser very easy.

export formats

Built-in and custom export formats

HTML, Docbook, BibTeXML, MODS, RTF, Refer/Endnote, and OpenOffice.org as well as LibreOffice

Integrates to your environment

Launch external applications: PDF viewers, web browser
Insert citations into TeXstudio, LyX, Kile, LatexEditor, Emacs, Vim, and WinEdt

Support for XMP Metadata in PDFs

Improve the workflow of sharing PDFs and bibliography information

http://help.jabref.org/fr/XMP

Pour utiliser la fonction XMP dans JabRef, vous pouvez faire les choses suivantes :

• Importer un unique fichier PDF annoté contenant les métadonnées XMP. Vous pouvez sélectionner “Fichier -> Importer dans… -> PDF avec annotations XMP” ou faire glisser le fichier dans la fenêtre principale.
• Ecrire les informations bibliographiques dans le fichier PDF associé. Pour cela, double-cliquez sur l’entrée dans la fenêtre principale, allez dans l’onglet “General” et cliquer sur “Ecrire XMP”.
• Si vous voulez annoter tous les PDFs dans une base de données déterminée vous pouvez sélectionner “Outils -> Ecrire XMP pour la base de données”
• Pour vérifier si cela a fonctionné, vous pouvez ouvrir le PDF dans Adobe Acrobat et sélectionner “Fichier -> Propriétés du Document -> Métadonnées additionnelles -> Avancé”. Dans l’arborescence sur la droite vous devriez voir une entrée nommée “http://purl.org/net/bibteXMP”. Cela fonctionne uniquement avec Adobe Acrobat, et pas avec Adobe Reader. 

Si vous n’avez pas Adobe Acrobat, vous pouvez utiliser pdfinfo à la place afin de voir les métadonnées XMP. pdfinfo fait partie de Xpdf (www.foolabs.com/xpdf) et Poppler (http://poppler.freedesktop.org). https://www.fosshub.com/PDFsam.html ; https://poppler.freedesktop.org/

Format de fichier BibteXmp

XMP utilise un sous-ensemble du Schéma de Description des Ressources (Resource Description Framework - RDF) pour stocker les données. Pour JabRef, un nouveau format de métadonnées est utilisé ; il ressemble beaucoup au format BibTeX. Fondamentalement, tous les champs et valeurs sont transformés en noeuds dans un document XML. Seuls les auteurs et les éditeurs sont stockés comme des rdf:Seq-structures, aussi les utilisateurs des données peuvent éviter la séparation basées sur des ‘and’. Toutes les chaînes et les références croisées seront présentes dans les données.

Le schéma suivant, facile et minimal, est utilisé :

• La clef BibTeX est stockée comme une bibtexkey.
• Le type d’entrée BibTeX est stocké comme une entrytype.
• les champs author et editor sont encodés comme des rdf:Seqs où les auteurs individuels sont représentés par des rdf:lis.
• Tous les autres champs sont sauvés en utilisant directement le nom de leur champ.

Ci-dessous, un exemple de mise en correspondance

@INPROCEEDINGS{CroAnnHow05,
  author = {Crowston, K. and Annabi, H. and Howison, J. and Masango, C.},
  title = {Effective work practices for floss development: A model and propositions},
  booktitle = {Hawaii International Conference On System Sciences (HICSS)},
  year = {2005},
  owner = {oezbek},
  timestamp = {2006.05.29},
  url = {http://james.howison.name/publications}
}

sera transformé en

<rdf:Description xmlns:bibtex="http://jabref.sourceforge.net/bibteXMP/"
    bibtex:bibtexkey="CroAnnHow05"
    bibtex:year="2005"
    bibtex:title="Effective work practices for floss development: A model and propositions"
    bibtex:owner="oezbek"
    bibtex:url="http://james.howison.name/publications"
    bibtex:booktitle="Hawaii International Conference On System Sciences (HICSS)"
    bibtex:timestamp="2006.05.29">
        <bibtex:author>
            <rdf:Seq>
                <rdf:li>K. Crowston</rdf:li>
                <rdf:li>H. Annabi</rdf:li>
                <rdf:li>J. Howison</rdf:li>
                <rdf:li>C. Masango</rdf:li>
            </rdf:Seq>
        </bibtex:author>
    <bibtex:entrytype>Inproceedings</bibtex:entrytype>
</rdf:Description>

Faites attention aux pièges suivants si vous essayez de traiter les métadonnées bibtexXMP :

Selon RDF, les couples attribut-valeur peuvent aussi être exprimés comme des noeuds, et vice-versa.

voir aussi
http://stephane-mottin.blogspot.fr/2017/02/save-metadata-xmp-to-pdf-files-from.html

Liens

Quelques liens (en anglais) à propos de XMP et de l’annotation des PDFs :

XML.com article about XMP
https://www.xml.com/pub/a/2004/09/22/xmp.html
PDFBox by the Apache Software Foundation is the Jaba library used to access the PDFs and the metadata stream.
http://pdfbox.apache.org/
Good thread on ArsTechnica discussing the management of PDFs.
http://arstechnica.com/civis/viewtopic.php?f=19&t=408429
Adobe XMP Specification
http://www.adobe.com/content/dam/Adobe/en/devnet/xmp/pdfs/XMPSpecificationPart1.pdf