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Monday, April 16, 2018

Mars 2018: affrontement entre couperin et springer; French Scientists Petition for Firm Stance Against Springer



En mars 2018, les négociations entre le consortium Couperin.org —  (250 institutions academiques dont le CNRS et les grandes universités font partie) — et Springer (Springer Nature) se sont achevées sur un constat de désaccord, l’éditeur ayant refusé la dernière proposition du consortium qui demandait une baisse de l’ordre de 15 % du tarif des abonnements. Couperin.org juge en effet inacceptable la dernière offre de Springer qui proposait une hausse de prix de 0 % en 2018, 0,75 %  en 2019 et 1 % en 2020 pour l’offre dite « big deal » pour un bouquet de revues.

Les prix des abonnements aux ressources électroniques, en hausse constante depuis vingt ans, génèrent des bénéfices importants pour les grands éditeurs scientifiques que sont Springer et Elsevier, alors même qu’une proportion non négligeable et croissante (au minimum de 4 % selon Springer, mais probablement plus proche de 15 %, selon les calculs de Couperin.org pour le bouquet en négociation) des articles publiés dans les revues concernées par les abonnements sont en accès libre. Le coût de cet accès pour ces articles est assumé par les auteurs ou leurs institutions et versé aux éditeurs. Pourquoi dès lors faire payer l’accès via l’abonnement quand l’éditeur a déjà été financé?

Afin de tenir compte de cet état de fait, les négociatrices avaient demandé une baisse au moins égale à la part déjà prise en charge pour ces articles. Cette demande n’a été pas été totalement entendue par Springer qui a proposé une baisse très insuffisante de ses tarifs.

Faute d’accord, Springer a indiqué qu’il couperait les accès à ces contenus au 1er avril. Les chercheurs ne pourront donc plus consulter les articles parus en 2018 dans les revues du bouquet diffusé par Springer sauf par des voies de substitution (« dépôts » de prépublications, réseaux sociaux, demande à l’auteur, etc.) Les articles parus avant 2018 demeureront accessibles pour les établissements de l'ESR. En effet, selon les termes des contrats précédents, pendant au moins deux ans et sans frais supplémentaire, les chercheurs conserveront l'accès à une grande partie des archives des ressources acquises jusqu'en 2017. Cela inclut, pour le CNRS, les ressources figurant dans l’abonnement antérieur  (2015-2017) ainsi que les ressources acquises de manière définitive dans le cadre du projet Istex (origine à 2014 pour les revues Springer).

La décision française intervient dans un contexte de fortes tensions au niveau international. Plusieurs communautés scientifiques se mobilisent pour enrayer cette spirale inflationniste des budgets de documentation scientifique. L’université de Montréal s’est désabonnée en 2016 du bouquet complet ou encore le Danemark qui demande de meilleurs prix et plus de services pour les chercheurs.

La pétition

https://www.change.org/p/springer-nous-pouvons-nous-en-passer-springer-we-can-do-without

Ref

http://www.cnrs.fr/inshs/recherche/springer.htm

In English

French Scientists Petition for Firm Stance Against Springer
More than 2,000 signatories urge a national consortium of French academic institutions to refuse an increase in journal subscription fees.
A group of researchers at the French National Center for Scientific Research (CNRS) started an online petition last weekend (April 8) to publically support Couperin.org, a national consortium representing more than 250 academic institutions in France, in its fee negotiations with academic publisher SpringerNature. More than 2,000 people have signed the petition so far.

“We are employed by the institutions members of Couperin. As such, our work will be directly affected should Springer eventually decide to enact their decision and shut down access to their recent contents,” the petition states. “However, we support the firm stance taken by Couperin and we are ready to endure this relative discomfort for as long as it will be necessary to bring Springer to acceptable propositions.”

See “French Universities Cancel Subscriptions to Springer Journals” 
Fee negotiations between Couperin.org and SpringerNature regarding one of the publisher’s platforms, Springer—which alone has more than 2,000 journals—are stuck in a stalemate. The key point of contention is a rise in subscription costs, which the consortium believes should be reduced in light of the rising proportion of expensive open-access papers.

Last month, the consortium announced that French universities and research organizations would not renew their Springer subscriptions due to this disagreement.

The publisher told The Scientist last month that it would maintain institutions’ access to its journals while in negotiations. If that agreements ends, French scientists are willing to deal with the repercussions. “No more direct access to Springer’s latest papers? No problem,” the petition states. “There are so many ways [to access papers]: institutional depositories, social networks, direct requests to the authors… We are not worried.”

Ref

Thursday, July 20, 2017

articles on Open access in Physics Today May 2017. Quantity of all scientific articles = 3 millions articles/year (2020)


The state of open access by Charles Day 

Physics Today 70, 5, 8 (2017); doi: http://dx.doi.org/10.1063/PT.3.3535
On page 24 (see below) you’ll find David Kramer’s in-depth report on the current state of open-access publishing. Open access and its place in the landscape of academic journals have changed since November 2012, when Physics Today last covered the topic. Besides authors, publishers, and policy makers, other actors are now on the open-access stage, among them charitable foundations, scholarly collaboration networks, and, yes, pirates who post unauthorized copies of papers on Russian servers.
My attitude toward open access is conflicted. On the one hand, I agree that the fruits of publicly funded research should be freely available, especially to scientists in poor countries and to scientists employed by companies and colleges that can’t afford journal subscriptions. On the other hand, I’m well aware that Physics Today is funded in part by the profits that AIP’s publishing subsidiary makes from selling subscriptions to its 19 journals. If Physics Today had to rely solely on advertising and subscription revenue, it would have to shrink and change format.
Regardless of where you, I, or anyone else stands on open access, there are forces in play that are hard for publishers to resist. One of those forces arises from the nature of the principal end product of scholarly research, a paper that’s usually in the form of a PDF. The P in PDF stands for portable, which is what PDFs all too easily are. For Physics Today’s August 2009 issue, I wrote a feature article about iron-based superconductors, which had been discovered just two years earlier. Google Scholar lists 16 unauthorized PDFs of the article, 13 of which are on Chinese websites. (I couldn’t find the article on Sci-Hub, the pirate website founded by a Kazakhstani grad student.)
Portability isn’t the only disrupting force at play. University library budgets have not kept up with inflation or with the growth in the number of the world’s scientists and their output. The cash crunch is forcing librarians to scrutinize journals based on price and usage. Subscriptions to those that don’t meet increasingly stringent criteria are not renewed.
Despite those trends, some aspects of scholarly publishing remain the same. It’s just as hard now as it was in the 19th century to conceive of an experiment or theory that is both original and significant enough to be worth publishing in a scientific journal. Reviewing your peers’ papers before publication continues to be an unpaid yet valuable duty. And a paper’s final version of record still needs to be archived, online if not in bound volumes on library shelves.
When I ask physicists and other scientists how they choose where to publish their work, I tend to get the same answers. Scientists want their papers to be read, so they publish in journals that their peers read. A physicist told me once that he regretted publishing in the prestigious Proceedings of the Royal Society because his fellow fluid dynamicists didn’t read that journal. Physics of Fluids, he mused, would have been a better choice.
Some physicists tell me that if they have a hot result, they’ll go for a journal with a high impact factor, such as Physical Review Letters, Nature, or Science. But in the digital age, as George Lozano, Vincent Larivière, and Yves Gingras discovered in an extensive bibliometric study, the correlation between a journal’s impact factor and a paper’s citations is weakening.1
One of the findings in David’s report in this issue is that open-access papers in the physical sciences currently make up just 10–12% of the total. That modest proportion likely reflects the continuing appeal and reputation of traditional journals. But as any marketing guru will tell you, appeal and reputation are intangible components of a brand. The contest for the best papers in physics will likely be won by the publishers who nurture those intangibles, regardless of access model.

REFERENCES

1. G. A. Lozano, V. Larivière, Y. Gingras, J. Am. Soc. Inf. Sci. Tec. 63, 2140 (2012). https://doi.org/10.1002/asi.22731

Steady, strong growth is expected for open-access journals

Publishing models continue evolving to accommodate government mandates. Meanwhile, publishers look to cope with article-sharing sites that affect their business.
David Kramer
Physics Today 70, 5, 24 (2017); doi: http://dx.doi.org/10.1063/PT.3.3550


In the more than 15 years since the advent of open-access (OA) journals, scientific publishers who once viewed them as an existential threat are now operating their own. But despite double-digit growth in OA, scientific societies and commercial publishers alike agree that the vast bulk of their publications will remain wedded to the traditional subscription model for the foreseeable future.
“Open access is much less of a contentious issue now,” says H. Frederick Dylla, retired executive director of the American Institute of Physics, which publishes Physics Today. “It’s happening. It’s a business model.” Of more concern to publishers today is the illicit posting of papers on article-sharing services. By some estimates, such as a 2014 report prepared for the European Commission, more than half of the scientific literature from 2007 to 2012 was accessible for free online. But it’s unclear how much of that content consists of papers that infringe on publishers’ copyrights because they are freely accessible despite licenses that are supposed to keep them behind paywalls.

Academic libraries face rising subscription costs for an ever-growing number of journals. Some libraries also underwrite researchers’ costs for publishing in open-access journals.

Broadly speaking, scientific publishing follows two models. Traditionally, most journals obtain their revenues from institutional subscribers, mainly universities. Outside those licenses, the journal content is located behind an online paywall. So-called gold OA journals provide their entire content for free online immediately upon publication. Their revenues are provided from fees, known as article processing charges, paid by the article authors or their institutional funders.
A second category, known as green OA, consists of nongold OA articles that are freely available in one of the following forms: An article may be made available prior to publication as a preprint. A manuscript version may be provided by the publisher so authors can post it to their websites and institutional archives at the time it is accepted for publication. Or it can be released in its final published form, known as the version of record, after a specified period, most often one year after publication (this is sometimes referred to as delayed gold OA). Most scientific papers today are or will become available in some fashion as green OA.
The extent of fully OA publishing, like that of journal publishing overall, is hard to measure. About 800 of the 11 000 or so journals included in Journal Citation Reports, the Clarivate Analytics (formerly Thomson Reuters) service that calculates the widely used journal impact factors, are gold OA. Of the 21 500 journals tracked by Scopus, an abstract and citation database, around 3500 are gold OA titles. But less exclusive indexes, such as the Directory of Open Access Journals, count more than 9300 journals published in 129 countries. Estimates of the total scientific journal population—subscription and OA—range from a low of 33 000 to a high of 60 000, depending in part on where the line is drawn between scholarly and trade journals.
The International Association of Scientific, Technical, and Medical Publishers, whose 120 members publish two-thirds of all STM journal articles, estimated annual revenues for English-language STM journal publishing at $10 billion in 2015, up from $8 billion in 2009. Delta Think, a scholarly publishing consulting firm, valued the fully OA journal market last year at $374 million, and for 2017 it forecasts growth of 12%, roughly twice the rate of growth in the overall journal market. “Going forward, we think that the open-access market will continue to grow at about 10% to 15% through 2020,” says Delta Think’s Dan Pollock.

MANDATES AND ARCHIVES

The growth of OA is largely driven by dozens of governments around the globe that have mandated free access to the results of publicly funded research. In most cases, including in the US, those mandates require grantees to make their papers free after a one-year embargo. The same applies in the UK, where the government also sets aside funding to pay for gold OA. The European Union requires grantees of its €80 billion Horizon 2020 program to provide free access within six months of publication (see Physics Today, March 2014, page 26).
In the US, the major federal research-funding agencies have chosen several public repositories for their sponsored research. The largest, PubMed Central (PMC), has been operated by the National Institutes of Health since 2000. In addition to NIH-funded research, PMC has been designated by NASA, NIST, the Environmental Protection Agency, the Department of Homeland Security, and other, smaller funding agencies to house their research results.
The Department of Energy, NSF, US Geological Survey, Department of Defense, Smithsonian Institution, and Department of Agriculture have chosen to link their individual repositories to the Clearinghouse for the Open Research of the United States (CHORUS) database, established by a consortium of journal publishers. As of 30 March 2017, the CHORUS repository held 327 000 articles, of which 74 000, just under 25%, were post-embargo and freely accessible.
Unlike PMC, where articles are deposited in their entirety, CHORUS directs users to the participating publishers’ websites. The distinction is important for publishers, who want to attract traffic.
In response to public mandates, the majority of subscription journals now offer the option for authors to pay an article processing charge to make their articles immediately OA. That so-called hybrid model currently accounts for about 4% of published papers (see the figure on page 26). But at some future theoretical tipping point, says Ken Heideman, publications director at the American Meteorological Society (AMS), the amount of free content could outweigh the subscription-only articles and force publishers to lower their subscription rates. “If you think of the whole of your content as a piece of cheese, pretty soon the hole gets bigger and it’s Swiss cheese,” he says.


Numbers of scientific articles published in fully open-access (gold) journals 
and of fully open-access articles in subscription journals (hybrid) 
are increasing at a faster rate than are numbers of articles in subscription-only journals. 
Nearly all articles ultimately become freely available 
in some form (green open access), 
often after an embargo period. (Data provided by Elsevier.)

Some nonprofit research funders, notably the Bill & Melinda Gates Foundation and the Max Planck Society, now require gold OA publication of their sponsored research. Some organizations also may permit publication in hybrid journals.

Some nonprofit research funders, notably the Bill & Melinda Gates Foundation and the Max Planck Society, now require gold OA publication of their sponsored research. Some organizations also may permit publication in hybrid journals.

THE ECONOMICS

It’s clear that the subscription model remains more lucrative. Journal publishers receive, on average, about $5000 per article from subscriptions, according to industry consultant Joseph Esposito in the Scholarly Kitchen blog in December 2016. But article processing charges for OA journals generally are only $1000–$1500 per article.
While they contain as much as 18% of all journal content, gold OA journals and gold articles in hybrids produce just 3–6% of all publishing revenues. A smaller proportion of articles in the physical sciences, some 10–12%, are published in OA journals, Pollock says. The disparities between content and revenue probably reflect the fact that OA is still a relatively young market, with publishers discounting article processing charges, he says.
Two of the 11 AMS journals, including the flagship Bulletin of the American Meteorological Society, are gold OA. Heideman says physical sciences have been “dragged along” to OA by the biomedical community. “We certainly agree that open access is a good thing within the limits of our business model. But it isn’t one size fits all. We’ll continue to do it incrementally.”
AMS decided a year ago to make all content of its nine subscription journals freely available after a one-year embargo, regardless of funding source. It was felt to be unfair to authors not subject to mandates to have their work remain stuck behind a paywall.
But Heideman regards the finite embargo period as an experiment, and its financial impact on AMS is uncertain. “We’re banking on the fact that libraries are still going to see the value in subscribing to our content rather than waiting for a full year to get it free. We feel confident, but there are no guarantees,” he says. “So far we haven’t seen anything that would alarm.”
With more than 200 gold OA journal titles, Elsevier is second to Springer Nature in the number of fully OA journals published. All but 200 of Elsevier’s 2300 subscription journals are hybrid, and roughly 20 000 of the 420 000 articles published in Elsevier journals last year were gold OA. Elsevier policy and communications director Gemma Hersh sees gold OA continuing to grow alongside subscription. In addition, she says, “we’re doing a lot of work with institutions in the US and globally to make green open access more effective and workable.”
Nature Research, a component of Springer Nature and the parent company of Nature and its related journals, declined an interview request. However, a spokesperson said in a statement that the company offers more than 70 journals with OA options, from the multidisciplinary Nature Communications to highly specialized titles such as the 25 Nature partner journals, which are published in association with academic institutions, philanthropies, and membership organizations.
Nature Research believes the subscription model is the best way to provide sustainable and widespread access to journals with low article-acceptance rates, the spokesperson said.
OA is a particular challenge for highly selective journals such as Science and Nature, which publish fewer than 10% of submissions and thus have a considerably higher cost per article published. Jeremy Berg, editor-in-chief of Science, says, “A substantial part of your costs relates to processing, peer reviewing, and so on, for papers you end up not accepting.” A 2013 report in Nature put that magazine’s per-article cost at $30 000 to $40 000. For both flagship publications, advertising and income from other journals offset those high costs. Berg says there have been discussions about adopting hybrid models for Science and the four other Science-branded journals (a fifth, Science Advances, is fully OA).
PLOS, founded by former NIH director Harold Varmus and other prominent scientists in 2001 as one of the original all-OA publishers, in 2007 created PLOS One, a multidisciplinary online platform. As of 30 March, PLOS One had published nearly 18 000 physics articles. Its “megajournal” model differs from nearly every other journal in that research need not be novel, although it still must be sound and is peer reviewed.
After peaking at 31 500 in 2013, annual submissions to PLOS One fell to 22 000 last year. The decline came as other publishers started up copycats such as Nature Research’s Scientific Reports. Some observers, including Phil Davis, a publishing consultant, have questioned PLOS’s continued viability should PLOS One continue to shrink. And David Knutson, PLOS communications manager, acknowledges that PLOS One accounts for the “lion’s share” of parent company revenues, which help to offset costs of PLOS’s four biomedical journals. But Knutson says that the company remains in strong financial shape and that PLOS One today is “at the point where it’s healthy and sustainable.” PLOS’s reported net assets were steady at $30 million from 2014 to 2015.
PLOS considers itself an advocacy organization, and Knutson notes that former CEO Peter Jerram once asserted that should it be put out of business by other OA publishers, it will have accomplished its mission.
Davis is concerned that the Trump administration’s proposed cuts to research could cause a falloff in demand for OA publishing, since authors will have less funding to pay article processing charges. Some university libraries offer support for researchers to pay for publication, even as they claim to have insufficient funds to afford subscriptions to thousands of journals. “Should they be spending $3000 on buying access to a really excellent collection of journals or pay for one paper to be published?” Davis asks.

PHYSICISTS’ VIEWS

Physics-related papers have routinely been shared on the arXiv website since the 1990s. Those preprints typically are posted prior to the peer-review and editing processes that are performed by publishers. University of Maryland physicist Daniel Lathrop says posting to arXiv “satisfies our intent to have open access,” and he notes that the preprint includes both figures and the basic conclusions. “It’s not clear to me why you need open access in the refereed journal as long as it’s the common practice” to post on arXiv, he says.
Still, Lathrop acknowledges that some fellow authors, particularly younger ones, feel strongly about OA, and their views will be considered in deciding where to submit a paper. But a more important consideration, particularly for young researchers, is the reputation and impact factor of the journal.
David Helfand, a Columbia University astrophysicist, sees OA as largely irrelevant to all but “the few people who are ideologically committed to it, who believe it’s just right,” and to those whose sponsors require publishing in OA journals. Helfand, a past president of the American Astronomical Society, says free public access to AAS’s journal content is available through US public libraries. “The number of times this has been used in the past few years can probably be counted on your fingers,” he says.
In AAS’s publishing model, two-thirds of revenues are from article processing charges, with the remainder derived from subscriptions. Should funding for US science drop, Helfand worries that astronomers may submit their work to Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, which has no author charges but costs institutions more than $14 000 a year.
“I don’t think if AAS went gold it would change very much, because 98% of the papers are publicly available the day they are accepted, or several weeks before that” in arXiv, he says. A larger problem for public access, he thinks, is scientists’ failure to write in “actual understandable English.”
Helfand’s and Lathrop’s views are supported by author surveys. In a 2015 Nature Publishing survey of its authors, 18 000 respondents ranked an OA option 14th on a list of 17 factors driving the choice of where they submit articles.
Paul Hardaker, chief executive of the UK’s Institute of Physics, which publishes more than six dozen journals, says its 2015 author survey also placed OA well down the list of considerations. “There is quite clearly a small community of strong advocates for open access, but it’s not reflected in the response we’ve had from the broader community.”
However, some view OA as an imperative. Daniel Kammen, a physicist at the University of California, Berkeley, is editor-in-chief of the decade-old OA journal Environmental Research Letters. Kammen says it is “absolutely the case” that all academic research should be open access, whether its funding comes from public or private sources. “The primary mission of a researcher is to be in some sense H. L. Mencken’s public intellectual,” he says, which requires that both the paper and the underlying data be openly accessible. OA, he says, needs to rapidly get research results out “in a world where research is competing with tweets and Instagram and all these rapid things.”

A CITATION ADVANTAGE?

A long-standing debate has surrounded whether research will be cited more frequently in other scientific articles if it is openly available. Several studies have identified a citation advantage for such research articles. The OA advocacy organization Scholarly Publishing and Academic Resources Coalition (SPARC) maintains a scorecard of 70 citation studies, 46 of which find an advantage for OA articles. Seventeen others find no advantage, and 7 are inconclusive.
One of the more recent reviews, released in August 2016 by Science-Metrix and 1science, finds a 50% citation advantage for OA articles compared with subscription ones that aren’t subsequently made open through green OA options. But a September 2016 report by Hersh and coauthor Andrew Plume claims that and other studies’ methodologies are flawed, principally because of selection bias caused by a lack of randomization and control. Authors could be choosing OA journals for their most important research, for example, or researchers from elite institutions may be authoring a disproportionate share of OA articles.
By some accounts, a 2011 review by Davis is the sole randomized and controlled study to date. He concludes that while OA articles received significantly more downloads and reached a broader audience in the first year, they were cited no more frequently, nor any earlier, than subscription-access articles over the three-year study period.

BEYOND OPEN ACCESS

Publishers are trying to accommodate demand for OA while maintaining the subscription model. Last October, Springer Nature launched a content-sharing initiative to encourage “reasonable” free sharing with nonsubscribers by authors of articles in the publisher’s 2300 journals, including Nature titles. Immediately upon publication, authors are provided shareable links to their papers, which can be viewed but not downloaded. The links can be posted anywhere, including the author’s website, article-sharing sites known as scholarly collaboration networks (SCNs), and social media. Notably, an earlier year-long pilot version of the shared links program involving 50 journals resulted in no loss of institutional sales for the subscription-based journals.
Dylla sees figuring out how to deal with the SCNs as the new challenge for publishers. SCNs help scientists collaborate at all stages of their research and raise the visibility of their results, says Hersh of Elsevier, which owns Mendeley, the third largest SCN. Smaller SCNs have been around for decades. But the two largest—Berlin-based ResearchGate claims 10 million members and San Francisco-based Academia.edu boasts 50 million academic users—were founded in 2008 and are funded by venture capital.
Many articles shared on SCNs have been posted contrary to licensing agreements, intentionally or not. “They have a mixture of proper and improper content,” says Dylla. Publishers seem to have reached a consensus to allow articles to be shared privately among collaborators, he says, in the same way that authors would mail reprints of articles to colleagues in the pre-electronic era. But there is a limit to how broadly a paper can be shared, and the particular version that can be shared, without jeopardizing the publishers’ ability to solicit, review, produce, and archive the content, he notes.
The International Association of STM Publishers has developed voluntary principles for article sharing and operates a website, How Can I Share It, to inform researchers about which versions of articles they can properly share. “The aim is not in any way to shut down collaborations but to make sure the ecosystem works effectively,” says Hersh.
To counter unauthorized content sharing, Dylla says publishers should strive to make content accessible with one-click convenience, akin to accessing movies on Netflix. “If you’ve got a single password, it doesn’t matter if you’re on a phone, iPad, or desktop, you can get to it and it comes right back to where you left off,” he says. “Try that with journals.” The music industry too, he adds, managed to avoid extinction from rampant piracy by working with Pandora, YouTube, and other providers to share revenues.

Ref.

© 2017 American Institute of Physics.

loi république numérique d'oct 2016 et intérêts des licences CC


L'article 30 de la loi numérique dit que le droit d'exploitation secondaire est ouvert :

  • 1° soit après 6 ou 12 mois d'embargo pour les revues qui ne sont pas nativement en Open Access, 
  • 2° Immédiatement, dès que l'éditeur met part lui-même les écrits en ligne avant l'expiration de ce délai.

Cependant la licence Creative Commons retenue (par exemple CC-BY) garde quand même plusieurs intérêts :

- Elle permet le dépôt de la version éditeur et pas simplement de la version auteur ;

- Elle permet la réutilisation dans un cadre commercial, ce que ne permet pas le doit d'exploitation secondaire de l'article 30 ;

- Elle autorise aussi les adaptations des contenus, et notamment leur traduction.


Moralité : oui, les licences CC ont bien encore un intérêt pour les revues scientifiques, même après le vote de la loi numérique. Il faut d'ailleurs se rappeler qu'à l'origine dans l'appel de Budapest sur l'Open Access, il n'y avait pas de distinction entre Accès Ouvert et diffusion sous Licence Libre.

Wednesday, May 31, 2017

DOI versioning and Zenodo




We are pleased to announce the launch of DOI versioning support in Zenodo - the open research repository from OpenAIRE and CERN. This new feature enables users to update the record’s files after they have been made public and researchers to easily cite either specific versions of a record or to cite, via a top-level DOI, all the versions of a record.

DOI versioning support was one of our most requested features for Zenodo, and it has been co-developed by OpenAIRE’s Zenodo team and EUDAT’s B2SHARE team as an extension module for CERN’s Invenio digital repository platform, which powers both Zenodo and B2SHARE.

This update comes hot on the heels of the recent relaunch which made Zenodo faster, improved GitHub integration, integrated support for Horizon 2020 grant information, and enabled 50 gigabyte uploads!

Read more about the inner workings of new feature in the FAQ  http://help.zenodo.org/#versioning

http://blog.zenodo.org/2017/05/30/doi-versioning-launched/

Tuesday, May 23, 2017

comparison of 2 open archives: figshare zenodo


Zenodo

see my posts (tag zenodo)

HTML of figshare

9 fields (input)


HTML


Three levels of services

  1. general features for FREE accounts
  2. services for publishers
    1. figshare Viewer
    2. visualize any format of supplemental and digital files within your articles
  3. services for institutions
    1. Curation workflows
    2. manage the curation of files to be made public, control quotas and administer rights
https://figshare.com/features

Additional custom METADATA

Public files hosted on figshare are issued with Digital Object Identifiers (DOIs) via DataCite through the California Digital Library. In order to meet with DataCite metadata requirements, figshare requires users to add the following information before making files public and citable: Title, author list (ordered), categories (set ontology), tags (free text) and a description with as much context as needed to interpret the files. Users can also add links to external sources.

Institutional clients can define additional custom metadata when implementing figshare.
https://support.figshare.com/support/solutions/articles/6000079087-metadata-and-dois

Profile: All about your profile page

https://support.figshare.com/support/solutions/articles/6000088096-profile-all-about-your-profile-page

Example of a publisher 

https://plos.figshare.com/

Other programmatic tools (in GitHub)

https://github.com/search?utf8=%E2%9C%93&q=figshare

Tuesday, March 14, 2017

Horizon 2020 -the Work Programme 2017



Horizon 2020 is an €80 billion fund for research from the European Commission.

http://ec.europa.eu/research/horizon2020/pdf/press/fact_sheet_on_horizon2020_budget.pdf

A recent statement from Carlos Moedas, European Commissioner for Research, Science and Innovation told us that “as of the Work Programme 2017, the current Open Research Data Pilot will be extended to cover all thematic areas of Horizon 2020, making open research data the default setting. This move will boost competitiveness by accelerating innovation and collaboration, improving transparency, and avoiding duplication of efforts.”

This means that as of January 1st 2017, all funded proposals will need to make all of the data and digital research outputs they generate openly available.


---
Ref.
https://figshare.com/blog/The_European_Commission_Mandates_Open_Data_From_January_1st_2017/234

Monday, March 13, 2017

dissemin impactstory web service déposer sur des archives ouvertes Zenodo HAL



Dissemin est à comparer à https://impactstory.org/
qui lui ne propose que de relier vos références (qu'il trouve) à des liens URL (No free fulltext anywhere? Consider uploading this work to an open repository like Zenodo or Figshare.)
Dissemin vous aide à trouver et à uploader.
Dissemin http://dissem.in/

C'est un web service encourageant les chercheurs à diffuser leurs publications librement.
Dissemin propose une plateforme web qui récolte des métadonnées à partir de différentes sources et qui détermine la disponibilité du texte intégral des publications des chercheurs. Il a été conçu pour encourager l'usage des dépôts (plutôt que les pages personnelles).

Les chercheurs ont souvent le droit de mettre leurs articles en accès libre sur le Web, pour compléter la version payante proposée par les éditeurs traditionnels. Pourtant, tous ne le font pas.

À cause de cela, les bibliothèques doivent payer à prix d'or des abonnements électroniques aux journaux de recherche, ce qui grève leurs finances et limite leur offre.

C'est déjà bien de mettre vos articles en ligne sur votre page Web, mais ce n'est pas suffisant ! De telles copies sont moins pérennes et plus difficiles à trouver que celles qui sont déposées dans des dépôts bien indexés.

Dissemin cherche des copies de vos articles dans une grande collection de dépôts ouverts en ligne, et vous indique ceux qu'il n'a pas pu trouver de cette façon.

Il propose aussi le service de chercher les références dans wikipedia et de les lier à des documents open access dans des archives ouvertes.

Quand nous l'avons trouvé dans l'un des dépôts que nous parcourons. La liste de ces dépôts est à voir ci-dessous.

Sources primaires


  • CrossRef.org
  • BASE (Bielefeld Academic Search Engine); grâce au moteur de recherche BASE, nous avons accès à plus de 80 millions de ref.
  • SHERPA/RoMEO
  • Zotero

Sources secondaires

Moissonnées avec le protocole OAI-PMH.

  • arXiv
  • HAL
  • PubMed Central
  • OpenAIRE
  • DOAJ
  • Persée
  • Cairn.info
  • Numdam

http://dissem.in/sources

Quelques personnes ont créé une associations 'CAPSH' qui gère certains aspects de dissemin:
CAPSH (Committee for the Accessibility of Publications in Sciences and Humanities) is a French nonprofit association promoting the open access to academic publications. It is in charge of the Dissemin project.

Liste des présentation à des congrès conf:

https://association.dissem.in/index.html.fr

process

On se connecte avec son ORCID id à
http://dissem.in/

Il trouve les fichiers et les classe suivant l'accord avec l'éditeur.
Puis il permet de faire de l'upload vers ZENODO (avec peu de metadata)
(et aussi vers HAL voir ci-dessous).

Le site a aussi une fonction "profile" qui liste vos file et vos dépôt (upload).

FAQ


Documentation

Les dépôts

Quel dépôt utiliser ?
Il y a en gros trois types de dépôts :
Les dépôts thématiques, qui se limitent à certains domaines précis, comme arXiv.
Les dépôts institutionnels, dédiés à l'archivage de la production scientifique d'une institution ou d'un pays.
Les dépôts académiques génériques comme Zenodo, dont le périmètre n'est limité qu'aux données issues de la recherche.
Si votre communauté scientifique préfère un dépôt thématique particulier, il vaut mieux l'utiliser afin d'améliorer votre visibilité. Dans le cas contraire, les dépôts institutionnels ou génériques sont également une option raisonnable.

ZENODO HAL 

Pourquoi ne puis-je pas déposer dans mon dépôt favori pour l'instant ?

Pour l'instant, nous vous proposons seulement de déposer vos articles dans les dépôts suivants :
  • Zenodo, un dépôt innovant soutenu par l'UE.
  • HAL, un dépôt français géré par le CCSD
Pour proposer davantage de dépôts, il faut que nous écrivions du code spécifique à chaque dépôt, mais il faut surtout que ces dépôts nous donnent l'autorisation de déposer des papiers en masse. Nous avons envisagé d'intégrer les dépôts suivants :
arXiv, un dépôt généraliste bien connu. Pour l'instant, arXiv n'autorise pas Dissemin à déposer en utilisant leur API SWORD, et demande aux utilisateurs de déposer dans arXiv manuellement. Si vous voudriez utiliser Dissemin pour déposer vos articles dans arXiv, n'hésitez pas à les contacter.

CCSD HAL

Il permet à chaque chercheur de mesurer l’accessibilité de ses publications et de mettre en ligne en quelques clics celles qui ne sont pas déjà librement disponibles. Plus besoin de saisir manuellement les métadonnées (titre, auteurs ou identifiants variés) : celles-ci sont automatiquement renseignées par Dissemin.
Cette fonctionnalité est rendue possible par l’exploitation de deux sources de données : le Bielefeld Academic Search Engine (BASE) et Crossref, qui couvrent presque 100 millions de publications.

Jusqu’à présent, les documents ainsi rendus librement accessibles étaient hébergés par Zenodo, un dépôt appartenant au CERN. Les chercheurs de toutes disciplines souhaitant déposer dans HAL peuvent désormais aussi utiliser Dissemin comme canal de dépôt depuis début 2017.

Dissemin utilise l’import SWORD pour déposer les publications. Celles-ci suivent le parcours classique de vérification avant d’être mises en ligne.  Les dépôts effectués par Dissemin seront rattachés au compte utilisateur de l’auteur dans HAL à partir de l’identifiant ORCID. Pour cela il faudra juste que l’auteur ait associé son compte HAL avec son ORCID.
Cette réalisation est le fruit d’un partenariat entre le Consortium Couperin, le CCSD, et le CAPSH, qui développe Dissemin.
https://www.ccsd.cnrs.fr/2017/03/deposer-dans-hal-avec-dissemin/

GitHub

Le code source est sur GitHub
python
https://github.com/dissemin/dissemin

Puis-je récolter vos données ?

Oui ! Nous avons même une API. Si vous n'êtes pas satisfait par ce qu'elle propose, n'hésitez pas à nous contacter.
http://dev.dissem.in/#api

Friday, March 10, 2017

DataCite services, Zenodo and MANY ORCID integration services (and impactstory)



DataCite services

Locate, identify, and cite research data with DataCite, a global provider of DOIs for research data.

https://www.datacite.org/
(less services than crossRef).

http://stephane-mottin.blogspot.fr/2017/01/datacite-inist-cern-metadata-schema.html

DOI handbook
http://www.doi.org/hb.html

In order to create new DataCite DOIs and assign them to your content, it is necessary to become a DataCite member or work with one of the current members.

Through the web interface or the API of the DataCite Metadata Store you will be able to submit a name, a metadata description following the DataCite Metadata Schema and at least one URL of the object to create a DOI. Once created, information about a DOI is available through our different services search, event data, OAI-PMH and others).

The DataCite Metadata Store is a service for data publishers to mint DOIs and register associated metadata. The service requires organisations to first register for an account with a DataCite member.
https://mds.datacite.org/

http://schema.datacite.org/

status of the services
http://status.datacite.org/

https://blog.datacite.org/

Services of DataCite profiles

DataCite Profiles integrates DataCite services from a user’s perspective and provides tools for personal use. In particular, it is a key piece of integration with ORCID, where researchers can connect their profiles and automatically update their ORCID record when any of their works contain a DOI.

https://profiles.datacite.org/
example
https://profiles.datacite.org/users/0000-0002-7088-4353
0000-0002-7088-4353 is my ORCID Id.

You can get

  • your ORCID Token 
  • your API Key
    (if you want to use the ORCID API).

In your profile, you can select how to connect:

You can also follow ORCID claims.
For example: "You have 5 successful claims, 0 notification claims, 0 queued claims and 0 failed claims"

You are also linked to Impactstory
Impactstory is an open-source website that helps researchers explore and share the the online impact of their research.
https://impactstory.org/u/0000-0002-7088-4353
0000-0002-7088-4353 is my ORCID id.

You must authorize impactstory.org to link with your ORCID.
You must also connect impactstory.org with your twitter.
In impactstory, Zenodo from ORCID are "datasets".

Zenodo and DataCite METADATA

If you use ZENODO, an Open Archive with DataCite DOI, DataCite services are interesting.

Zenodo gives a DataCite DOI and an export to a clean datacite METADATA (XML DataCite 3.1).

(see also my posts on this blog with the tag "zenodo")

Zenodo DataCite and Orcid

If you use ZENODO and your ORCID Id  then you have some services:

You must allow Zenodo to "Get your ORCID iD".

You must allow DataCite to  allow ORCID "Add works"
But only 5 METADATA are automatically sent to ORCID by DataCite.

  • Title, 
  • Year, 
  • Description (the full field of Zenodo), 
  • Contributor (the field 'creator' of Zenodo = authors),
  • DOI

You can add metadata in ORCID...
Change type 'Work category' and  'Work type'.
Then Source is changed from 'zenodo' to 'Stéphane MOTTIN'

In impactstory, Zenodo links (from ORCID) are considered as "datasets" with only 4 METADATA
  • Title, 
  • Year, 
  • Contributor (the field 'creator' of Zenodo = authors),
  • DOI

ORCID

You can see the list of ORCID "trusted organization"
at https://orcid.org/account
DataCite can 'add works'.


For other ORCID Search & link wizards:
http://support.orcid.org/knowledgebase/articles/188278-link-works-to-your-orcid-record-from-another-syste

for example
  • The Crossref Metadata Search integration allows you to search and add works by title or DOI. Once you have authorized the connection and are logged into ORCID, Crossref search results will also include a button to add works to your ORCID record.
    http://search.crossref.org/
  • The DataCite integration allows you to find your research datasets, images, and other works. Recommended for locating works other than articles and works that can be found by DOI.
  • The ISNI2ORCID integration allows you to link your ORCID and ISNI records and can be used to import books associated with your ISNI. Recommended for adding books.
    http://isni2orcid.labs.orcid-eu.org/
  • Use this tool to link your ResearcherID account and works from it to your ORCID record, and to send biographical and works information between ORCID and ResearcherID.
    http://wokinfo.com/researcherid/integration/
  • Use this wizard to import works associated with your Scopus Author ID; see Manage My [Scopus] Author Profile for more information. Recommended for adding multiple published articles to your ORCID record.
    https://www.elsevier.com/solutions/scopus/support/authorprofile

Wednesday, March 8, 2017

process for adding a journal/article to PubMed Central (PMC) and JATS (Journal Article Tag Suite)

PMC

PMC is a free archive of biomedical and life sciences journal literature at the U.S. National Institutes of Health's National Library of Medicine (NIH/NLM). It is a repository for journal literature deposited by participating publishers, as well as for author manuscripts that have been submitted in compliance with the NIH Public Access Policy and similar policies of other research funding agencies.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pub/pubinfo/

Add a Journal to PMC

Participation in PMC is open to any English-language life sciences journal that meets NLM's standards for the archive. 
A journal must qualify on two levels, both the Scientific quality of the publication, and the Technical quality of its digital files.
A journal must provide PMC with the full text of articles in an XML (eXtensible Markup Language) format that conforms to an acceptable journal article DTD (Document Type Definition). PMC does not accept articles in HTML format.
NLM recommends that data be submitted in XML conforming to the NISO JATS Journal Publishing Tag Set, but PMC will also accept data in other full-text article DTDs that are widely used in life sciences journal publishing.

Files required for each deposited article:

  1. A separate XML data file for the full text of each article.
  2. The original high-resolution digital image files for all figures in each article.
  3. A PDF, if one exists, in addition to the XML version (but not as the only form.)
  4. Supplementary data files (e.g., spreadsheets or video files) available with the article.


JATS

JATS  is an application of NISO Z39.96-2015, which defines a set of XML elements and attributes for tagging journal articles and describes three article models.
The content on this site is the supporting documentation for the standard. JATS is a continuation of the NLM Archiving and Interchange DTD work begun in 2002 by NCBI.
https://jats.nlm.nih.gov/index.html

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/


File Validation Tools

extension Book

Book Interchange Tag Set: JATS Extension

a slideshare on OpenAIRE, Infrastructure for Open Science, Zenodo and openDOAR. A map of repositories.




LOCATE A REPOSITORY Deposit once! via OpenAIRE
https://www.openaire.eu/participate/deposit/idrepos

https://www.slideshare.net/OpenAIRE_eu/openaire-einfrastructure-for-open-science






Thursday, March 2, 2017

Zenodo and example of structured PDF (signet)



Example of a structured PDF:
https://zenodo.org/record/34187#.WLiNZt_NzdQ
https://doi.org/10.5281/zenodo.34187

https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.34187.svg

Multiple authors

Highlights of the 2013 International Forum on 'Polar Data Activities in Global Data Systems'

Programme & Abstracts (PDF)
Selected Papers Published in Data Science Journal (PDF)

OpenAIRE et HAL



OpenAIRE (Open Access Infrastructure for Research in Europe) est une infrastructure européenne dont l’objectif est de diffuser en accès ouvert les publications et les données scientifiques des recherches financées sur fonds européens. Elle vise ainsi à soutenir les politiques en faveur du libre accès : le programme Horizon 2020 comporte notamment l’obligation d’assurer le libre accès aux publications issues des recherches qu’il aura contribué à financer.

OpenAIRE agrège les données en moissonnant des réservoirs de données comme HAL : ces sources sont listées sous l’appellation data providers (OpenAIRE en recense 798).

Ainsi, toutes les publications avec texte intégral que vous avez déposées dans HAL, HAL-SHS ou le portail HAL de votre institution, sont-elles visibles sur cette plate-forme. Et ce, même si elles ne sont pas associées à un financement européen.

Comment trouver vos publications ?
Pour faire une recherche sur votre nom d’auteur, cliquez sur l’onglet « Search » en sélectionnant « Publications, data, project » et saisir votre requête.

https://www.ccsd.cnrs.fr/fr/2016/12/openaire-affiche-toutes-vos-publications-deposees-dans-hal/
billet de dec 2016

La visibilité de HAL est augmentée avec ce moissonnage par l’infrastructure européenne, ce qui permet une diffusion de vos publications auprès de partenaires potentiels dans le cadre de projets de recherche européens.

Friday, February 24, 2017

DIST CNRS et Unités rattachées INIST, CCSD et Persée. PLATEFORMES DE PARTAGE D'INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE



http://www.cnrs.fr/dist/presentation.htm

Unités rattachées

INIST 

- Institut de l'information scientifique et technique
L’Institut de l'information scientifique et technique du CNRS (INIST-CNRS) facilite l’accès aux résultats issus des différents champs de la recherche mondiale.
Deux sites d'informations sur l'IST :
     - LaLIST : La veille pour vos informations scientifiques, techniques et stratégiques
     - OpenAccess.Inist : Libre accès à l’information scientifique et technique

CCSD 

- Centre pour la communication scientifique directe
Le Centre pour la communication scientifique directe (CCSD - UMS 3668) est une unité mixte de service du CNRS, créée fin 2000 et principalement dédiée à la réalisation d’archives ouvertes.
Le CCSD a créé, développe et administre l’archive ouverte HAL, la plateforme de gestion de colloques SciencesConf.org et celle de gestion d’épi-revues Episciences.org.

Persée 

- Portail de revues en sciences humaines et sociales
Les missions de l’UMS Persée sont la valorisation numérique des ressources scientifiques, la recherche et l’innovation en matière d’outils et de méthodologies pour développer des corpus numériques et la diffusion de compétences et d’expertise dans ces domaines

PLATEFORMES DE PARTAGE D'INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE

Différentes plateformes (bibliothèques numériques, bases de données, archives ouvertes, moteurs de recherche, etc.) utilisées pour le partage des résultats de la recherche. Les plateformes sont recensées et catégorisées afin de mettre en valeur les initiatives en faveur de la mutualisation des connaissances et du libre accès à la production scientifique.


Bases de données en libre accès


En France :

  • HAL(Hyper articles en ligne) est une archive ouverte pluridisciplinaire destinée au dépôt et à la diffusion d'articles scientifiques (publiés ou non) et de thèses. Les thèses sont disponibles dans TEL (thèses en ligne). L’acquisition des données se fait par auto-archivage. La diffusion d’HAL est sous la responsabilité du CCSD (Centre pour la communication scientifique directe), une unité mixte de services du CNRS (DIST), de l’INRIA et de l’Université de Lyon.
  • Gallica permet d’accéder librement à de nombreux documents numérisés (livres, revues, photos, enluminures, etc.) de la Bibliothèque nationale de France (BNF). La base de données couvre toutes les disciplines, mais particulièrement les sciences humaines et sociales.
  • Huma-Num est une rès grande infrastructure de recherche (TGIR) en SHS. Elle est portée par l'Unité Mixte de Services 3598 associant le CNRS, l'Université d'Aix-Marseille et le Campus Condorcet. Huma-Num propose un ensemble de services, notamment via les plateformes NAKALA et ISIDORE :
    NAKALA permet à des équipes de recherche, qui en font la demande, de déposer leurs données numériques (fichiers texte, son, image, vidéo) dans un entrepôt sécurisé qui assure à la fois l'accessibilité aux données et leur citabilité dans le temps. Les technologies mises en oeuvre permettent notamment de rendre interopérables les métadonnées, c'est-à-dire la possibilité de pouvoir les connecter à d'autres entrepôts existants, et de les rendre moissonnables par des services spécialisés comme ISIDORE.fournit un Handle (pas DOI)
    Un identifiant unique est associé à chaque donnée et permet ainsi de citer les données indépendamment de leur localisation réelle : la technologie proposée est basée sur l’attribution d’identifiants de type handle, qui possèdent un mécanisme d’adressage générique, sans lien avec l’institution qui porte le service. C’est ce qui rend pérenne l’accès à la donnée, même en cas de changement ou d’évolution de l’institution qui porte le service.
    ISIDORE est une plateforme de recherche permettant l'accès à des documents numériques en libre accès de sciences humaines et sociales (SHS).
  • OpenEdition (contenant : Revues.org, Hypothèses.org, Calenda, etc.) est un portail de publication en SHS créé par le Centre pour l'édition électronique ouverte (Cléo). La majorité des articles sont en « open access freemium », tandis que d’autre sont en « open access simple » et « accès exclusif ». OpenEdition est financé par le CNRS, l'EHESS, l'Université d'Aix-Marseille, l'Université d'Avignon, la Fondation Calouste Gulbenkian et Google.
  • Pascal et Francis est une base de données bibliographique en libre accès en sciences exactes (Pascal) et en sciences humaines et sociales (Francis). Pascal et Francis étaient deux bases de données distinctes, accessibles par abonnement, développées par l’INIST-CNRS entre 1972 et 2015. En juillet 2016, l’INIST-CNRS annonce la mise en libre accès des deux bases de données, qui sont fusionnées, offrant ainsi un accès gratuit et sans inscription à plus de 14 millions de références bibliographiques.
  • Persée est un portail de revues en sciences humaines et sociales (SHS) dont les documents sont acquis grâce à une numérisation rétrospective de revues françaises. Le texte intégral est accessible en mode image ainsi qu’en mode texte (OCR). Persée est géré par l’UMS Persée, l’Université de Lyon, l’ENS Lyon et le Ministère de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (MENESR).

En Europe :

  • Europeana / Europeana Collections est un catalogue en libre accès, spécialisé en musique, art et histoire. Ce catalogue permet de rechercher des ressources numériques (livres, matériel audiovisuel, photographies, documents d'archives, etc.) issus des bibliothèques nationales des Etats membres de l’Union européenne. Le site, lancé en novembre 2008, est actuellement (juillet 2016) en phase de test. Europeana Collections est géré par une fondation (Europeana Foundation) et est co-financée par l’Union européenne.
  • The European Library est un portail de recherche qui permet d’accéder à des ressources (livres, affiches, enregistrements sonores, vidéo, etc.) des bibliothèques nationales d’Europe. L’accès aux documents peut-être gratuit ou payant selon la politique de chaque bibliothèque nationale. Le développement de ce portail européen est effectué par un consortium réunissant une trentaine de bibliothèques nationales européennes. Les données brutes sont accessibles via l’API « The European Library Open Search API ».
  • INSPIRE HEP (High-Energy Physics Literature Database) est une base de données bibliographiques en libre accès, au niveau européen, dans le domaine de la physique des hautes énergies, gérée par le CERN.
  • Econstor est une base de données bibliographique, spécialisée en économie et commerce. Le contenu d’Econstor – c’est-à-dire de la littérature scientifique en libre accès – est également accessible via certains portails et moteurs de recherche. Cette plateforme est développée par la Bibliothèque nationale allemande d'économie (ZBW).
  • Paperscape est un outil de visualisation des données contenues dans ArXiv, créé par Damien George et Rob Knegjens.
  • Zenodo est un entrepôt de données (bases de données, images, publications, video/audio, etc.) qui permet aux chercheurs de déposer des ensembles de données et de les lier à des publications scientifiques. Il est issu du projet européen OpenAIREplus, développé par le CERN et lié aux projets pilotes de la Commission européenne en matière de gestion de données. Zenodo affecte des DATACITE DOIs aux objets et expose les métadonnées de description au moissonnage à travers le protocole OAI-PMH, le protocole d’interopérabilité des archives ouvertes (Prodinra, HAL…).

Aux Etats-Unis :

  • ArXiv est une archive ouverte internationale de prépublications électroniques d'articles scientifiques dans les domaines de la physique, l'astrophysique, des mathématiques, de l'informatique, des sciences non linéaires et de la biologie quantitative. ArXiv est accessible gratuitement. Cette plateforme est gérée par Cornell University Library. En février 2012, le total des dépôts s'élevait à plus de 700 000 publications.
  • bioRxiv est une archive ouverte de prépublications d’articles scientifiques en sciences du vivant, lancée fin 2013 par le Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), un organisme américain privé à but non lucratif effectuant des recherches en médecine et biologie. Sur le modèle d’ArXiv, mais dans les domaines des sciences de la vie, ce réservoir n’accueille que des prépublications. Le dépôt des prépublications et leur accès sont gratuits. L’objectif est de de réduire le délai entre la rédaction de l’article et sa mise à disposition. Ces prépublications ont une URL pérenne et sont indexées par les moteurs de recherche.
  • CiteSeerX est « un moteur de recherche et une librairie numérique pour les articles scientifiques et académiques avec une attention portée sur l'informatique. Il est développé par des chercheurs de l'université d'État de Pennsylvanie. Il utilise un index de citation qui permet de rechercher par citation et d'ordonner les documents par l'impact des citations.» (Wikipedia).
  • D-PLACE, qui signifique « Database of Places, Language, Culture, and Environment », est une base de données - non bibliographique - sur les lieux, langues, cultures et environnements, développée par la National Evolutionary Synthesis Center (Etats-Unis) et la Max Planck Institute for the Science of Human History (Allemagne). Les informations ethnographiques sont regroupées en « sociétés », chacune étant liée à une position géographique et à une langue. D-PLACE permet aux internautes de visualiser les informations sous forme de tableau, de carte ou d’arbre linguistique.
  • JSTOR (contraction de Journal Storage) est une base de données bibliographique généraliste ainsi qu’un système d'archivage en ligne de publications académiques. L’accès à JSTOR dépend des inscriptions de chaque établissement. JSTOR est une société américaine à but non lucratif basée à New York.
  • Public Library of Science (PLOS) est une plateforme spécialisée en biologie et médecine permettant un libre accès à des publications scientifiques anglophones. La plateforme PLOS est gérée une société américaine à but non lucratif. Le modèle économique de PLOS est basé sur le payement – par l’auteur ou par l’organisme financeur de l’auteur – d’Article Processing Charge (APC).
  • PubMed Central est une base de données bibliographique contenant un important volume de publications (plus de 3 millions) intégralement en accès libre et principalement anglophone, en génie biomédical et en sciences de la vie. PubMed Central est développé par l’U.S. National Library of Medicine (NLM) pour servir d'archive aux articles biomédicaux. Chaque ouvrage inscrit dans sa base de données est associé à un identifiant : le PMC.
  • SocArXiv (en développement) une archive ouverte qui contiendra des prépublications et des publications en sciences sociales. Son développement, effectué par le Center for Open Science - un organisme américain privé à but non lucratif basé à Charlottesville, Virginia - a été annoncé en juillet 2016 par un communiqué de presse. Les chercheurs auront ainsi l’opportunité de mettre rapidement en libre accès les différentes versions de leurs articles. SocArXiv pourrait évoluer vers une plateforme de publication de revues électronique avec une évaluation des articles après leur dépôt (post peer-review).

Au Canada :

  • PhilPapers est une base de données bibliographique internationale pour les professionnels et étudiants en philosophie, développée par l’University of Western Ontario. La plateforme donne accès aux résumés des articles. En 2009, PhilPapers a reçu un financement important du Joint Information Systems Committee (JISC) du Royaume-Uni.
  • Érudit est un portail québécois de revues francophones en SHS. Le consortium interuniversitaire d’Érudit regroupe l’Université de Montréal, l’Université Laval et l’Université du Québec à Montréal sous la forme d’un organisme à but non lucratif. Les documents publiés depuis plus de deux ans sont en libre accès (principe de la barrière mobile), ce qui représente environ 85% du contenu.

Bases de données ouvertes sous condition définies par les entités gestionnaires publiques


  • BibCNRS est une plateformes documentaire du CNRS, développé par l’INIST, qui centralise dix portails thématiques : biologie, chimie, écologie et environnement, homme et société, ingénierie et systèmes, mathématiques, nucléaire et particules, physique, sciences de l’information, terre et univers. Son développement, actuellement au stade bêta, est effectué en open source.
    Si vous êtes membre d’une unité CNRS, vous pouvez accéder gratuitement au texte intégral d’articles de plusieurs milliers de revues scientifiques électroniques via les portails de l'INIST:
    BiblioSHS : Sciences humaines et sociales
    BiblioPlanets : Sciences de la Terre et de l’Univers
    BiblioVie : Sciences Biologiques
    BiblioST2i : Sciences et Technologies de l’Information et de l’Ingénierie
    TitaneSciences : Sciences Chimiques
    BiblioSciences : multidisciplinaire
    Archives des revues de l’Institute of Physics : Sciences Physiques
  • ISTEX (Initiative d’excellence de l’Information Scientifique et Technique) est un projet investissement d'avenir. L’objectif principal du projet est d’offrir à l’ensemble de la communauté de l’enseignement supérieur et de la recherche un accès en ligne aux collections rétrospectives de la littérature scientifique dans toutes les disciplines en engageant une politique nationale d’acquisition massive de documentation : archives de revues, bases de données, corpus de textes, etc. ISTEX est géré par l’INIST-CNRS, la DIST-CNRS, l’ABES, le consortium Couperin et la CPU.
  • HATHITRUST est une bibliothèque numérique, créée en 2008, mettant en commun le contenu de plusieurs bibliothèques numériques d'universités des États-Unis, du Canada et d'Europe, ainsi que des ouvrages issus de Google Livres et d'Internet Archive. « Hathi » signifique « éléphant » en Hindi ; animal connu pour ses capacités de mémorisation.

Bases de données d’éditeurs


Ces bases de données sont accessibles par abonnement ou autre forme d’achat.
  • CAIRN fournit un accès numérique aux revues de quatre éditeurs francophones en sciences humaines et sociales (Belin, De Boeck, La Découverte et Erès). Seule une partie des ressources est en libre accès, notamment les plus anciennes.
  • Mendeley est un logiciel destiné à la gestion et au partage de travaux de recherche. Développé par l’entreprise Mendeley Ltd., et disponible depuis 2008, le logiciel a été acquis par l’éditeur Elsevier en 2013.
  • Web of Science (WoS) est un service anglophone d’information universitaire en ligne produit par la société ISI (Institute for Scientific Information) de l’éditeur Thomson Reuters. Web of Science contient plus de 10 000 périodiques, accessibles sur abonnement pour des universités et des centres de recherche via la plateforme ISI Web of Knowledge.
  • Scopus est une base de données bibliographique anglophone contenant des articles issus de revues scientifiques. Cela comprend environ 22 000 journaux provenant de plus de 5 000 éditeurs. Scopus appartient à l’éditeur Elsevier et est disponible en ligne après abonnement.

Catalogues de ressources « physiques » en libre accès


  • SUDOC est un catalogue collectif qui permet aux bibliothèques des universités françaises et d'autres établissements d'enseignement supérieur de recenser et d’indiquer la localisation des documents en leur possession. Le SUDOC est développé par l'Agence bibliographique de l'enseignement supérieur (ABES) et est accessible en ligne depuis 2000.
  • WorldCat (contraction de l’anglais World Catalog) est un catalogue en accès libre de bibliothèques publiques et privées. WorldCat a été créé en 1971 et est géré par une coopérative de bibliothèques OCLC (Online Computer Library Center) basée dans l’Ohio (Etats-Unis). Suite à un partenariat entre l'ABES et l'OCLC, les données contenues dans le SUDOC devraient être versées dans WorldCat.
  • COPAC est un service du JISC et de la Research Libraries UK (RLUK) qui permet d’effectuer des recherches dans un catalogue de plus de 70 bibliothèques anglaises et irlandaises, notamment en SHS.

Réseaux sociaux scientifiques


  • ResearchGATE est un réseau social pour chercheurs et scientifiques de toutes disciplines, accessible par inscription (gratuite). Le site contient un moteur de recherche permettant de chercher dans les ressources internes et dans des bases de données bibliographiques (PubMed, Citeseer, etc.). ResearchGATE est une société allemande régie par le droit allemand et européen (notamment via la directive 95/46/CE).
  • Academia.edu est un réseau social américain destiné aux chercheurs, accessible par inscription (gratuite). Academia.eu permet également la mise en ligne et l’accès à des articles scientifiques. Academia.edu est une entreprise à but lucratif.
  • Twitter est un réseau social américain généraliste mais largement utilisé par des chercheurs.

Moteurs de recherche


English keywords : recommendation engines for scientific litterature, litterature mining

Moteurs de recherche spécialisés dans les documents en libre accès


  • CORE est un moteur de recherche dont le développement est soutenu par le JISC et The Open University (Royaume-Uni). Ce service expérimental d’analyse sémantique permet de chercher des textes par similitudes parmi une base de 10 million d’articles en libre accès.

Les deux moteurs de recherche suivants sont présentés sur le site d'OpenEdition.
  • BASE est le moteur de recherche mis au point par l’université de Bielefeld en Allemagne. Il n’indexe que des documents en open access, provenant de milliers de sources ouvertes dans le monde, et couvre tous les champs disciplinaires. Son interface est disponible en français.
  • ISIDORE est une plateforme de recherche permettant l'accès à des documents numériques de sciences humaines et sociales (SHS). Ouverte à tous et en particulier aux enseignants, chercheurs, doctorants et étudiants, elle s'appuie sur les principes du web de données et donne accès à des données en accès libre (open access). ISIDORE est une réalisation de la très grande infrastructure de recherche Huma-Num (CCSD-CNRS, Aix-Marseille Université, Campus Condorcet). Un marché de réalisation a été confié à un consortium composé des sociétés Antidot, Sword et Mondéca.

Autres moteurs de recherche


  • Google Scholar est un moteur de recherche d'articles scientifiques lancé en 2004 qui inventorie des articles approuvés ou non par des comités de lecture, des thèses, des citations ou encore des livres scientifiques.
Plusieurs moteurs de recherche spécialisés dans les articles scientifiques ont fermé ou ne sont plus mis à jour. C’est le cas de Live Search Academic depuis 2008 et Microsoft Academic Search depuis 2014, tous deux développés par Microsoft ; ainsi que de Scirus depuis 2014, qui était développé par Elsevier.

Moteurs de recommandations de flux d’actualité scientifique


  • PubChase est un moteur de recommandation de littérature biomédicale, qui est connecté au logiciel de gestion bibliographique Mendeley. PubChase a recours aux modélisations statistiques et à la fouille de données afin de générer des recommandations personnalisées d’articles en fonction des articles précédemment sélectionné par l’internaute.
  • Meta Science (anciennement Sciencescape Inc.) est un site web de gestion de contenu qui recommande des articles scientifiques à l’utilisateur grâce aux algorithmes de Machine Learning. Meta Science est connecté au moteur de recherche de données bibliographiques PubMed dans le secteur de la biologie et de la médecine.
  • Sparrho est un moteur de recommandations qui fournit des flux d’actualité scientifique personnalités anglophone grâce à l’utilisation d’algorithmes d’apprentissage automatique (Machine Learning) qui sélectionnent les contenus pertinents. La recherche d’article peut se faire en incluant et/ou excluant des mots-clés, revues, auteurs. La startup, basée au Royaume-Uni, a été créée en juillet 2013.

Annuaires de la recherche


Annuaire généraliste


  • ScanR est le nouveau moteur de recherche du MENESR qui recense les orientations et les productions des structures de recherche françaises. Voir présentation par l’ADBU.
  • MERIL portal (Mapping the European Research Infrastructure Landscape) est une base de données qui inventorie les infrastructures de recherche en libre accès en Europe avec une dimension internationale, à travers tous les domaines de recherche.
  • RIs Observatory est un annuaire européen en libre accès, financé par la Commission européenne, recensant des infrastructures (ces données sont fournies par le portail MERIL), des projets (type FP7 et H2020), des organismes, des personnes, des documents et des outils de visualisation de ces réseaux.
  • Gateway to Resarch est un annuaire de projets et d'acteurs de l'IST au Royaume-Uni développé par le Research Councils UK (RCUK). Ce portail recense l'ensemble des subventions attribuées (toutes disciplines confondues) et leurs bénéficiaires depuis 2006 au Royaume-Uni.

Annuaire de journaux


  • DOAJ (Directory of open access journals) est un annuaire des journaux en libre accès qui permet d’effectuer des recherches dans les bases de donnée bibliographique de nombreux journaux et plateformes (Elsevier, OpenEdition, PLOS, Springer Nature, Taylor and Francis Group, etc.).
  • Mir@bel (Mutualisation d'informations sur les revues et leurs accès dans les bases en ligne) est un annuaire qui recense des éditeurs et des revues. La base de données contient principalement des revues francophones en SHS. Mir@bel a été créé par trois établissements d’enseignement supérieur français (Sciences Po Grenoble, Sciences Po Lyon et Ecole Normale Supérieure de Lyon) en 2012.

Annuaires de plateformes


  • OpenDOAR (Directory of Open Access Repositories) est un annuaire qui recense des plateformes en libre accès. OpenDOAR est développé par SHERPA (Securing a Hybrid Environment for Research Preservation and Access), basé au Royaume-Uni.
  • IBiSA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie) contient un annuaire de plateformes issues de la recherche française en biologie, santé et agronomie, qui ont été sélectionnées suite à un appel d’offre. Ce site est géré par le groupement d'intérêt scientifique (GIS) IBiSA, créé en mai 2007.
  • re3data.org (Registry of Research data Repositories) est un annuaire anglophone de bases de données, de plateformes et de bibliothèques numériques (« repositories », en anglais), contenant plus de mille éléments. Les recherches peuvent être effectuées selon des critères de discipline, de pays et de type de contenu (données brutes, codes sources, données structurées, images, etc.).
  • Des réseaux IST en SHS sont présentés sur le site de l'Institut des sciences humaines et sociales (INSHS).

Annuaires de personnes


  • ANNUAIRES/CNRS est un page web présentant les annuaires du CNRS :
    -Annuaire des laboratoires et des personnels du CNRS ;
    -Annuaire de l'administration du CNRS ;
    -Annuaire du Comité national de la recherche scientifique ;
    -Labintel (annuaire avec accès réservé).
  • RENALISTE/CNRS est un annuaire des professionnels de l'IST travaillant dans des unités associées au CNRS.

Annuaires de financements


  • Fund.it est une plateforme d'internationalisation de la recherche en SHS, qui centralise des appels à candidatures pour séjours de recherche et des appels à projets pour financements (dont Horizon 2020). Fund.it est un projet conçu et développé par la fondation Réseau français des instituts d’études avancées (RFIEA) en partenariat avec la fondation Maison des sciences de l’Homme (FMSH) et avec le soutien du Centre national de la recherche scientifique (CNRS). Soutenu par le Labex RFIEA+, Fund.it bénéficie du soutien de l'Agence nationale de la recherche (ANR) via le programme Investissements d'Avenir.

Autres ressources