zotero et import, export de la bibliographie.

Zotero est un logiciel de gestion de références gratuit, libre et open source.
 Il permet de gérer des données bibliographiques et des documents de recherche (tels que des fichiers PDF, images, etc.).
Ses principaux atouts techniques reposent sur l'intégration au navigateur web,

• la possibilité de synchronisation des données depuis plusieurs ordinateurs, 
• la génération de citations (notes et bibliographies) dans un texte rédigé depuis les logiciels LibreOffice, Microsoft Word, NeoOffice, Zoho Books et OpenOffice.org Writer grâce à l’installation d'un plugin.

Le logiciel Zotero a été le premier à adopter le langage de style Citation (CSL). La communauté regroupe l'ensemble de ces styles au sein d'une plate-forme de dépôt qui constitue actuellement la plus vaste base de données de styles CSL en accès libre.

Zotero permet d'exporter et d'importer facilement les références bibliographiques de Wikipédia. En tant que lecteur, il est facile d'extraire la bibliographie d'une page Wikipédia et de la copier dans un document qui nécessite des normes bibliographiques différentes. Inversement, Zotero permet de créer facilement le code Wiki du livre à référencer ; pour cela, il suffit de consulter la page du livre de sites comme Amazon, Gallica, Google Books, WorldCat, la FNAC, etc.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Zotero
https://www.zotero.org/support/fr/start
http://methodoc.univ-rennes2.fr/zotero/installer

https://www.zotero.org/download/

Zotero est multiplateforme c'est à dire qu'il fonctionne sur tous les systèmes d'exploitation (Windows, Linux, Mac OS) et permet de synchroniser les références entre les différents appareils.
https://www.zotero.org/support/fr/installation

De plus créer un compte sur le site Zotero.org permet d'héberger vos données (jusqu'à 300Mo gratuitement) pour sauvegarder et synchroniser les références et les fichiers attachés.
Sans synchro, vous avez des dossiers différents...

voir aussi mes posts sur ce blog avec le tag "zotero".

import

Zotero propose à ses utilisateurs différentes méthodes de capture, d'import et d'archivage des éléments et fichiers. Cette page expose les méthodes de collecte d'informations sur les livres, articles de journaux ou les sites web. En quelques clics, collectez la notice bibliographique et les fichiers attachés comme le texte intégral en PDF, des liens, des captures d'écrans ou des images…

Attention à ne pas trop stocker du contents (pdf, video...) car
le stockage gratuit n'est que de 300MB/compte
2GB pour 20$/an.

Pour importer des bibliographies via le "one-click"

sur des sites directement avec l'extension zotero "one-click"
liste des sites compatibles
HAL, pubmed, sudoc, PLOS,  Google Books, Google Scholar....

Translators are at the core of one of Zotero’s most popular features: its ability to import and export item metadata from and to a variety of formats. Below we describe how translators work, and how you can write your own. 
pour les développeurs de fonction import/export, voir
https://www.zotero.org/support/fr/translators

 En fait, Zotero doit fonctionner avec n'importe quel catalogue de bibliothèque ou de musée qui fonctionnent avec ces solutions logicielles et technologies répandues :

•     Voyager (WebVoyage)
•     InnoPAC
•     SIRSI
•     Aleph
•     Dynix
•     VTLS
•     DRA
•     GEAC
•     SIRSI
•     TLC/YouSeeMore
•     Embedded RDF
•     COinS (voir mes posts sur ce tag)

Pour importer des bibliographies via des fichiers biblio

Il peut importer bibtex et ris.

Beaucoup d'utilisateurs possèdent déjà d'importantes quantités de données bibliographiques dans d'autres applications lorsqu'ils adoptent Zotero. La page suivante est dédiée au passage de EndNote à Zotero, mais les mêmes étapes s'appliquent à la plupart des autres systèmes de gestion bibliographique.
Une fois que vous avez sélectionné RefMan (RIS) en tant que format d'exportation, sélectionnez “Exporter” dans le menu Fichier. Dans la fenêtre d'exportation qui apparaît alors, sélectionnez “Texte seulement”, puis “RIS” en tant que format d'exportation dans le menu immédiatement sous-jacent, et terminez en cliquant sur “Enregistrer. Après avoir exporté vos données depuis EndNote, passez sur Zotero, et cliquez sur l'icône d'engrenage () située au dessus de la colonne de gauche de Zotero, et sélectionnez Importer dans le menu déroulant. Dans la fenêtre qui apparaît, sélectionnez le fichier RIS issu de l'exportation depuis EndNote, puis cliquez sur Ouvrir. L'importation de vos données dans Zotero débute !

Attention zotero semble mettre votre import dans le dossier courant mais en fait il créé un dossier du nom du fichier. Il faut donc le renommer à la main.

Pour importer des bibliographies via des pdf avec ou sans metadonnées

Les nouveaux utilisateurs de Zotero pourraient considérer la perspective de devoir importer toutes leurs données quelque peu décourageante. Zotero peut importer des données bibliographiques dans une grande variété de format, mais quid des PDF ? De nombreux chercheurs finissent par gérer d'importantes collections de documents PDF, quelquefois avec un programme spécialement prévu à cet effet, quelquefois selon leur méthode personnelle. Importer ces fichiers, qui représente souvent le principal obstacle à la migration vers Zotero, est un véritable jeu d'enfant.

Zotero a la capacité de rechercher dans les bases de données de Google Scholar des correspondances avec un document PDF. La méthode la plus directe que Zotero emploie est de faire correspondre un DOI (Digital Object Identifier ou identifiant d'objet numérique) inclus dans le document PDF, mais ce n'est pas la seule. Si Zotero identifie le document PDF dans Google Scholar, il crée un nouvel item dans la bibliothèque, télécharge les métadonnées bibliographiques, et relie le document PDF à ce nouvel item.

Commencez par faire glisser vos documents PDF vers votre bibliothèque Zotero, ou utilisez l'option “Stocker une copie du fichier” du menu “Nouvel élément” (signe plus vert). Une fois qu'ils apparaissent dans la colonne centrale, sélectionnez ceux pour lesquels vous voulez récupérer des métadonnées, puis faites un clic droit et sélectionnez “Récupérer les Metadonnées du PDF”. Si Zotero est à même de trouver une correspondance sur Google Scholar, le tour est joué. Avec cette fonctionnalité, il ne devrait pas y avoir d'obstacle majeur pour passer à Zotero et à profiter pleinement de ses puissantes fonctionnalités de recherche, d'indexation, d'organisation et de citation.

autre

J'ai des bibliographies dans des documents Microsoft Word, des PDF, et d'autres fichiers textes. Puis-je les importer dans ma bibliothèque Zotero ?

 Non. Zotero ne peut pas actuellement importer des références depuis des bibliographies figurant dans des documents texte. Alors que cela peut sembler simple, c'est en réalité très difficile à accomplir étant donné le nombre de formats potentiels.
Si vous avez ces références dans une base de données bibliographiques, exportez les dans un format intermédiaire, comme RIS ou BibTex, et importez ensuite les références dans Zotero. Si les références ont un ISBN, un DOI ou un PubMed ID, vous pouvez utiliser la fonction Ajouter un document par son identifiant pour en ajouter rapidement ces documents.
Alternativement, vous pouvez utiliser des outils tiers pour extraire les données bibliographiques de bibliographies déjà formatées :

1. cb2Bib is a tool that will take formatted references copied to the clipboard and attempt to parse the individual bibliography fields into the BibTeX format, which you can then import into Zotero. See the related forum threads for discussion of the difficulty of the problem as well as some success stories with cb2Bib.
2. text2bib Web-based service by the economics department at the University of Toronto similar to cb2bib. Converts references to BibTeX, which Zotero can import. Users report good results.
3. FreeCite is an open-source tool hosted by Brown University that converts formatted bibliographies to an XML representation of ContextObjects. Detected citations can be imported to Zotero by simply clicking the capture icon in the address bar.
4. Simple Text Query, a tool by CrossRef, tries to find the Digital Object Identifiers (DOIs) of the journal articles, books or chapters cited in a bibliography. The work flow here would be to paste the bibliography in the text box on this website, check out the resulting DOIs to see if the references have been correctly identified and then import these references from the publisher's websites into Zotero.
5. Wizfolio, an online reference management service. It works similar to cb2Bib and Simple Text Query tool from CrossRef, in that it tries to parse the bibliographic fields and searches for Digital Object Identifiers (DOIs). The workflow would be: Via Wizfolio's Import from Clipboard, it is possible to copy citations from an article, create a categorised reference list (looked up e.g. in Pubmed), export the list and import this list into Zotero. It's not perfect (e.g.: worked for 1/3 of the references on a set of citations without titles). However, it combines multi-citation import with database lookup of the bibliographic fields. The free signup has a limit of 50 citations per month. When using the clipboard function in Wizfolio, the references have to be split by a blank line. See also this related forum thread.

https://www.zotero.org/support/fr/kb/importing_records_from_endnote
Ref:
https://www.zotero.org/support/fr/getting_stuff_into_your_library

export

9 formats

•     bibtex
•     bookmarks
•     mods
•     refer
•     rdf_bibliontology
•     rdf_dc
•     rdf_zotero
•     ris
•     wikipedia

mods

https://fr.wikipedia.org/wiki/Metadata_Object_Description_Schema

Le Metadata Object Description Schema (MODS) est un vocabulaire XML1 de description bibliographique développé en 2002 par le Bureau des normes et du développement du réseau de la Bibliothèque du Congrès. MODS a été conçu comme un compromis entre la complexité du format MARC utilisé par les bibliothèques et l'extrême simplicité du jeu de métadonnées Dublin Core. 

Five years after the article "Quantitative analysis of culture using millions of digitized books" in Science. End of culturomics?

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3279742/

Citing "articles" = 1000.
https://scholar.google.fr/scholar?hl=en&as_sdt=2005&sciodt=1,5&cites=6168981865649549013&scipsc=&q=&scisbd=1

Languages cool as they expand: 

Allometric scaling and the decreasing need for new words
Nature 2013.
http://physics.bu.edu/~amp17/webpage_files/MyPapers/AllometricScalingLanguage.pdf

We study language evolution by analyzing the word frequencies of millions of distinct words in seven languages recorded in books from the past two centuries. For all languages and time spans we confirm that two scaling regimes characterize the word frequency distributions, with the more common words in each language obeying the Zipf law. We measure the allometric scaling relation between corpus size and vocabulary size, confirming recent theoretical predictions that relate the Heaps law to the Zipf law. We measure a decreasing trend in the annual growth fluctuations of word use with increasing corpus size suggesting that the rate of linguistic evolution decreases as the language expands, implying that new words have increasing marginal returns, and that languages can be said to “cool by expansion.” Counteracting this cooling are periods of political conflict which are not only characterized by decreases in literary productivity but also by a globalized media focus which may increase the mobility of concepts and words across political borders.  

When physicists do linguistics

Is English ‘cooling’? A scientific paper gets the cold shoulder
http://www.bostonglobe.com/ideas/2013/02/10/when-physicists-linguistics/ZoHNxhE6uunmM7976nWsRP/story.html

PlosOne 2015:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26445406
Abstract:
It is tempting to treat frequency trends from the Google Books data sets as indicators of the "true" popularity of various words and phrases. Doing so allows us to draw quantitatively strong conclusions about the evolution of cultural perception of a given topic, such as time or gender. However, the Google Books corpus suffers from a number of limitations which make it an obscure mask of cultural popularity. A primary issue is that the corpus is in effect a library, containing one of each book. A single, prolific author is thereby able to noticeably insert new phrases into the Google Books lexicon, whether the author is widely read or not. With this understood, the Google Books corpus remains an important data set to be considered more lexicon-like than text-like. Here, we show that a distinct problematic feature arises from the inclusion of scientific texts, which have become an increasingly substantive portion of the corpus throughout the 1900 s. The result is a surge of phrases typical to academic articles but less common in general, such as references to time in the form of citations. We use information theoretic methods to highlight these dynamics by examining and comparing major contributions via a divergence measure of English data sets between decades in the period 1800-2000. We find that only the English Fiction data set from the second version of the corpus is not heavily affected by professional texts. Overall, our findings call into question the vast majority of existing claims drawn from the Google Books corpus, and point to the need to fully characterize the dynamics of the corpus before using these data sets to draw broad conclusions about cultural and linguistic evolution.

Plos comput biol 2016:
The Virtuous Cycle of a Data Ecosystem
http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005037
Digital data of all types are being created at an ever-increasing rate, doubling approximately every two years.
Annual data creation rates are estimated to reach 44 trillion gigabytes by 2020.
Similarly, the rate at which primary scientific data are being collected is accelerating. This astounding growth in scientific data creation has led to the contemporary discussion of scientific data sharing policies. Many of the criticisms levied against data sharing have focused on practical issues such as the economics and logistics of data storage, technical challenges for doing so, or appropriate attribution of credit. In contrast, the arguments in favor of data sharing have focused largely on scientific replication, reproducibility, facilitation of collaborative research, and increased citations for publications that share data. This is largely an ethical argument wherein there is an obligation to share data collected using public funds.

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kindle à 59euros le 3 février 2013; kindle de 5ième génération; détails techniques

J'ai acheté un kindle à 59euro le 3 fev 2013 en choisissant aussi l'essai gratuit d'1mois amazon premium (puis 49euro/an).

 Kindle 5e génération lancé en Septembre  2012:

    Écran 6 pouces (diagonale visible de 15 cm), papier électronique E Ink,
    Système linux
    Résolution de 600 x 800 pixels, 167 dpi, 16 niveaux de gris.
    taille de l'appareil : 166 mm x 114 mm x 8.7 mm
    poids : 170g
    capacité mémoire : 2,0 Go / 1,25 Go pour l'utilisateur
    Audio : pas de prise jack 3,5 mm
    Cordon USB 2.0 (micro-B), chargeur secteur 200v optionnel
    Wi-fi 802.11b/g/n (pas de 3G ni edge)
     4-5 hard keys, un cursor pad, et 2 boutons de chaque côté,
     un bouton de marche/arrêt,
    Un on-screen clavier plutot qu'un clavier physique,
    1mois d'autonomie si 45 minutes/jour
    Format supportés:

• Kindle (AZW), 
• TXT, 
• PDF, 
• MOBI non protégé, 
• PRC natif ; 
•  
• HTML, 
• DOC, 
• JPEG, 
• GIF, 
• PNG, 
• BMP converti.

In August 2011, Amazon released an HTML5 based webapp supporting the Chrome and Safari browsers called Kindle Cloud Reader

Kindle Direct Publishing

Concurrently with the Kindle device, Amazon launched Kindle Direct Publishing, where authors and publishers independently publish their books directly to Kindle and Kindle Apps worldwide. In open beta testing as of late 2007, the platform has been promoted to established authors by an e-mail and by advertisements at Amazon.com. Authors can upload documents in several formats for delivery via Whispernet and charge between $0.99 and $200.00 per download.

In a December 5, 2009 interview with The New York Times, CEO Jeff Bezos revealed that Amazon.com keeps 65% of the revenue from all ebook sales for the Kindle. The remaining 35% is split between the book author and publisher. After numerous commentators observed that Apple's popular App Store offers 70% of royalties to the publisher, Amazon began a program that offers 70% royalties to Kindle publishers who agree to certain conditions. Some of these conditions, such as the inability to opt out of the lendability feature, have caused some controversy.

Other criticisms involve the business model behind Amazon's implementation and distribution of e-books. Amazon introduced a software application allowing Kindle books to be read on an iPhone or iPod Touch. Amazon soon followed with an application called "Kindle for PCs" that can be run on a Windows PC. Due to the book publisher's DRM policies, Amazon claims that there is no right of first sale with e-books. Amazon states they are licensed, not purchased; so unlike paper books, buyers do not actually own their e-books according to Amazon. This has however never been tested in the courts and the outcome of any action by Amazon is by no means certain. The law is in a state of flux in jurisdictions around the world.

Amazon has reported the Kindle version of Fifty Shades of Grey sold more than double that of Amazon's print sales of the book, and, in June 2012, the Kindle edition became the first to sell more than one million copies.
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Ce Kindle est petit, léger et rapide.

    Moins de 170g : plus petit qu'un livre de poche, tient dans votre poche
    Nouvelles polices plus foncées, ajustables manuellement, qui rendent la lecture plus agréable
    Se lit comme un livre papier, sans reflets, même en plein soleil
    Téléchargez des livres en 60 secondes avec le Wi-Fi intégré
    Peut contenir jusqu'à 1 400 livres : emportez votre bibliothèque avec vous
    Vaste catalogue : des dizaines de milliers de titres à moins de 10€
    Des milliers de classiques gratuits en français

    Bibliothèque de prêt Kindle : les membres d'Amazon Premium qui possèdent un Kindle peuvent emprunter gratuitement un livre par mois, sans date limite de retour (un emprunt à la fois), en choisissant parmi plus de 200 000 livres (dont 4 000 livres en français), parmi lesquels de nombreux best-sellers actuels ou anciens ainsi que les sept tomes de Harry Potter...

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Achetez une fois, lisez partout

Lisez vos ebooks Kindle sur votre Kindle, iPhone, iPad, sur vos appareils Android, Mac ou PC grâce à nos applications de lecture gratuites Kindle.
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Numéros de page correspondant à l'édition papier

Nous faisons correspondre les pages d'un livre Kindle avec le texte en édition papier pour identifier le « véritable » numéro de page à afficher. Faites des renvois et citez des passages en toute facilité, ou bien suivez la lecture en classe ou au sein d'un groupe de lecture. Cette fonctionnalité est disponible sur des dizaines de milliers de livres Kindle.

Bouton de navigation précis

Kindle est équipé d'un bouton de navigation très simple d'utilisation, qui permet de naviguer avec précision sur l'écran, de surligner des passages et de faire des recherches de mots. Pas de traces de doigts sur l'écran.
Archivage gratuit de votre bibliothèque

Les ebooks que vous achetez dans la boutique Kindle sont automatiquement sauvegardés dans le Cloud. Vous pouvez re-télécharger vos livres à tout moment, gratuitement.
Fichiers : Cloud Drive 5 GO Gratuit, sinon 20Go = 8euros/an et 200Go= 80euros/an;
Cloud Player gratuit, Gratuit limité à 250titres importés
Vous pouvez autoriser jusqu'à 10 appareils à accéder à votre compte Cloud Player.
https://www.amazon.fr/gp/dmusic/player/settings/ref=ya_mp3_settings
Il faut télécharger une application (Amazon music importer: très rustique) sur son ordinateur qui scanne ses MP3 du disque dur puis les importe.


Recherchez sur Wikipédia et le web

Avec Kindle, faites vos recherches en toute simplicité. Saisissez un mot ou une expression et Kindle recherchera chaque occurrence dans votre bibliothèque Kindle, sur la boutique Kindle, sur Wikipédia ou sur le Web en utilisant la recherche Google. Kindle présente un navigateur Web expérimental, conçu pour faciliter la navigation sur le web.
Dictionnaire intégré avec recherche instantanée

Un mot que vous ne comprenez pas ? Kindle comporte Le dictionnaire français de définitions avec plus de 137 500 entrées et définitions gratuites. Kindle vous permet de rechercher instantanément la définition d'un mot sans interrompre votre lecture simplement en déplaçant le curseur sur le mot pour faire apparaître automatiquement la définition en bas de l'écran.

polémique au CNRS INIST et confusions dans le monde de l'édition scientifique

Depuis le 1^er octobre, une polémique enfle chez les chercheurs. Elle connaît une ampleur inédite depuis la gueulante poussée par l’enseignant-chercheur Olivier Ertzscheid, relayée par Rue89.
L’« immense scandale » dénoncé concerne les pratiques d’un département du CNRS : l’Institut de l’information scientifique et technique (Inist), dont la mission est de « faciliter l’accès » aux résultats de la recherche.

Les grandes lignes de la polémique

Si l’accès est facilité, il n’est pas gratuit. L’Inist commercialise « un catalogue enrichi de 52 millions de notices » : articles de recherche, rapports, thèses, comptes-rendus de colloques, actes de congrès dans toutes les disciplines de la recherche. Il a répondu en 2011 à près de 200 000 commandes, pour des documents tirés de 4 500 revues.
Problèmes :

• l’Inist commercialise des copies d’articles sans l’autorisation de leurs auteurs et sans même les avertir ;
• aucun droit d’auteur ne leur est reversé ;
• beaucoup d’articles vendus sont déjà disponibles gratuitement sur Internet, sur des plateformes en « open access ».

Or, comme de nombreux chercheurs, Olivier Ertzscheid milite pour que ses productions soient disponibles gratuitement sur son blog ou sur des plateformes d’archives ouvertes. Il insiste pour que ses contrats d’édition comportent « une clause permettant de déposer une version numérique dans des sites d’archives ouvertes, sans aucun délai d’embargo ».
L’archiviste paléographe et conservateur des bibliothèques Rémi Mathis rappelle sur son blog à quel point, dans le contexte de crise actuelle de l’édition scientifique, il est important « que les résultats de la recherche scientifique soient librement consultables par tous ».
D’autant que les prix des copies d’articles vendues par l’Inist (via son service de documentation Refdoc) sont exorbitants : Olivier Ertzscheid donne l’exemple de trois de ses articles, vendus chacun à 47,64 euros (avec dix jours d’attente) alors que ces mêmes articles sont disponibles gratuitement sur la Toile...
Comble du paradoxe, le CNRS promeut l’open access sur au moins deux de ses autres plateformes : Revues.org et HAL. Elles donnent accès, gratuitement, à des articles vendus sur Refdoc.

Le CNRS face à la justice

Les pratiques de l’Inist-CNRS ont déjà été condamnées. En 2010, un docteur en sciences politiques et juriste attaque l’Inist pour contrefaçon du droit d’auteur et a obtenu gain de cause. Le CNRS est condamné en première instance, puis en appel l’année suivante.
Avec le CNRS, le Centre français d’exploitation du droit de copie (CFC) est aussi condamné. Agréée par le ministère de la Culture, cette société gère les droits de copie des textes vendus sur Refdoc.

« L’Inist ment délibérément aux chercheurs »

Sur son blog, Rémi Mathis raconte son dernier échange avec l’Inist, lorsqu’il découvre deux de ses articles, « vendus entre 31 et 124,38 euros » selon la durée d’attente :

« Bien évidemment, je n’ai pas été payé pour ces articles. J’adresse alors un courrier à l’Inist pointant cette anormalité et demandant quelle était la base légale de cette vente, étant donnée la condamnation de 2011. On m’envoie l’argumentation pré-procès. Je réponds que je connais cette argumentation mais que nous savons tous deux qu’elle n’est pas juridiquement valide. Pas de réponse.
C’est-à-dire que l’Inist, pour protéger un fonctionnement illégal, s’est mis à délibérément mentir aux chercheurs qui se renseignent auprès d’eux. Quand la tromperie et le mensonge s’ajoutent à la contrefaçon, cela devient très grave. »

Le CFC et le CNRS se renvoient la balle

Sur le fait que le CNRS commercialise les articles sans le consentement de leurs auteurs, « on est dans les clous », répond un porte-parole de Cyrille Macquart, directeur général de l’Inist-CNRS, contacté par Rue89 :

« Nous avons signé un contrat avec le CFC, une agence de l’Etat et qui nous donne les autorisations nécessaires. Et c’est au CFC de vérifier auprès des éditeurs qu’ils ont bien les autorisations. Mais nous, nous sommes en contrat, nous sommes couverts. »

Il ajoute :

« Les documents vendus et publiés dans des revues et les documents déposés dans des archives ouvertes sont rarement les mêmes versions : nos utilisateurs et nos clients veulent des publications “in fine”, validées et révisées par les pairs. Ça n’est pas le même document. Nous aussi, nous prônons l’open access. »

C’est pas moi, c’est l’autre

Sur la forme, il rappelle que le procès mettant en cause la politique de l’Inist et du CFC a été renvoyé en cassation : « Attendons le jugement. » Qui s’est pourvu en cassation ? Le CFC, affirme l’Inist-CNRS.
« Désolé de contredire l’Inist-CNRS », rétorque le CFC. « Le CNRS fait bien partie du pourvoi. »
Après vérification auprès de la Cour de cassation, c’est bien l’Inist-CNRS, rejoint par le CFC qui a déclenché la procédure de pourvoi.
Le cafouillage peut faire sourire mais il résume assez bien l’habile jeu de ping-pong auquel se livrent à présent CNRS et CFC, face à la colère des chercheurs.
En termes très choisis, le CNRS « conseille de s’adresser au CFC » pour tout ce qui concerne les autorisations des auteurs et le reversement des droits d’auteur dont le CFC a la charge. Côté CFC, le directeur général adjoint, Philippe Masseron, réagit aux prix de ventes exorbitants des articles, dénoncés par les chercheurs :

« La politique commerciale mise en œuvre par l’Inist-CNRS est le problème du CNRS. Il ne s’agit pas de leur renvoyer la balle, mais en l’occurrence, c’est d’abord leur problème »

Une mobilisation des chercheurs inédites

Ces temps-ci, la colère des chercheurs prend une dimension inédite. Sur Twitter, elle se décline sous le hashtag (mot-clé) #inistgate.
Le député UMP Lionel Tardy, par ailleurs grand utilisateur de Twitter, vient de formuler une question à l’Assemblée nationale à paraître au Bulletin officiel, dans laquelle il interpelle la ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche sur le sujet.
Une pétition est ouverte depuis le 15 octobre par le collectif SavoirCom1, et recueille environ 300 signataires – profs, maîtres de conférence, bibliothécaires, conservateurs – autour de la défense d’« une science ouverte au-delà du cercle académique » et de l’open acces.
Les signataires qui rejoignent « le collectif des auteurs en colère » demandent le retrait de leurs documents du site Refdoc.
L’Association des bibliothécaires de France et ses 3 000 adhérents viennent aussi de demander à l’Inist de cesser la commercialisation de Bibliothèque(s) et Bulletin d’informations, des revues normalement gratuites... mais vendues sur Refdoc.
« A chaque fois qu’on nous demande de déréférencer, on déréférence. Il n’y a aucun souci », rassure l’Inist.

Que dit le CNRS ?

Le service com’ du CNRS a répondu tardivement aux critiques, via un lapidaire tweet de sa directrice de la communication, Brigitte Perucca.

perucca brigitte @BrigittePerucca

Faux! L'Inist CNRS ne fait pas aucun bénéfice l'argent va a des opérateurs ex CFC et couvre une partie des frais de gestion #inistgate

15 Oct 12

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L’Inist-CNRS annonce la publication imminente d’un « document » en réponse à la colère des chercheurs.
La perte de son procès aurait de lourdes conséquences pour l’Inist-CNRS. Son image serait sévèrement amochée et le Redfoc n’y survivrait pas.

« Le CNRS est un pignouf »

En attendant, hors champ universitaire, des auteurs se réveillent et s’aperçoivent qu’ils sont concernés par l’affaire, tel François Bon, qui réagit sur son blog :

« Enorme surprise donc à découvrir que le CNRS commercialisait sans nulle autorisation deux textes miens au moins, même sous la forme caricaturale (50 euros pour vous faire délivrer ces cinq pages par porteur !) d’un article en hommage à Bernard Noël paru il y a dix ans au moins dans la revue Europe. »

Le même article étant disponible sur le site Remue.net. Il s’associe à la protestation lancée par Olivier Ertzscheid et conclut :

« Je déclare donc que le CNRS est un pignouf. »

REF: http://www.rue89.com/rue89-culture/2012/10/18/le-cnrs-pignouf-qui-pille-les-chercheurs-236285?sort_by=thread&sort_order=ASC&items_per_page=50&page=1


en ce 20 janvier, il y a 100commentaires souvent affligeants vis-à-vis des connaissances dans le sciences de la la documentation

crossRef : 50 millions de DOI ont été attribués à des documents scientifiques.

À l'occasion de sa rencontre annuelle, crossRef a annoncé que plus de 50 millions de DOI avaient été attribués à des documents scientifiques.

Le 50 millionième DOI document a été attribué à un article de la revue Langage et société éditée par les Éditions de la MSH de Paris et diffusée par Persée de 1977 à 1999 :

Darré, Jean-Pierre, “Les dialogues entre agriculteurs (Etude comparative dans deux
villages français, Bretagne et Lauragais),” Dialogs between farmer (a comparative study between two French villages, Brittany and Lauragais), Langage et société, 1985. 33, pp. 43-64, http://dx.doi.org/10.3406/lsoc.1985.2030.

CrossRef est une organisation internationale qui réunit 1 185 éditeurs scientifiques et diffuseurs dont les buts sont commerciaux ou non lucratifs. Sa mission principale est la mise en place de liens entre les références bibliographiques et le texte intégral par l'attribution d'identifiants aux documents scientifiques (DOI). Persée adhère à CrossRef depuis 2007. Actuellement, 144 785 DOI ont été attribués aux articles diffusés par Persée.

En savoir plus :

http://www.crossref.org/01company/pr/news111511.html
---------------ref:
http://www.persee.fr/web/guest/home

an aggregator of the impact of free access to the scientific literature; the open citation project

Reference Linking and Citation Analysis for Open Archives.
http://opcit.eprints.org/oacitation-biblio.html

Despite significant growth in the number of research papers available through open access, principally through author self-archiving in institutional archives, it is estimated that only c. 20% of the number of papers published annually are open access.

e-publisher: biomedcentral.com; example of a suite of open access journals: SpringerOpen; example of a journal: The Journal of Mathematical Neuroscience

http://www.biomedcentral.com/

List: BioMed Central's portfolio of 223 journals (DATA@nov 2011)
http://www.biomedcentral.com/browse/journals/


Starting a new, open access journal with BioMed Central
Our journal management system incorporates online tools for manuscript submission, peer review and editorial decision making. We make this technology available without charge to suitably qualified groups of researchers that wish to operate their own open access online journals

http://www.biomedcentral.com/info/publishingservices/transferorstart

Journals affiliated with learned societies or other organizations represent the fastest growing segment of BioMed Central’s portfolio. Recent examples of journal transfers to BioMed Central include "Genetics Selection Evolution", a journal of the Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), France: http://www.gsejournal.org/about
To further increase the visibility of the journal and its older content we will also submit the back content for inclusion in PubMed Central and PubMed, as well as to other archives and repositories. An example are the 40 volumes preceding the transfer of Genetics Selection Evolution to BioMed Central in 2008.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/847/

Transferring journals to BioMed Central and converting to open access is cost- and hassle-free. There is no interruption to the journal’s existing coverage by indexing and bibliometric services, including impact factor tracking. High visibility and the citation advantage that comes with open access can give a further boost to a journal's reputation and ranking.


Chemistry Central publishes peer-reviewed open access research in chemistry. Chemistry Central is part of the BioMed Central group.
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Over 10 SpringerOpen journals already have Impact Factors and many more have been accepted by Thomson Reuters (ISI) for citation tracking and inclusion in Web of Science and will receive an Impact Factor in the next two years. Individual journal Impact Factors can be found in our general FAQ or by visiting the individual journal homepage.

Journals currently covered by Thomson Scientific (ISI):
Advances in Difference Equations – Impact Factor: 0.891
Boundary Value Problems – Impact Factor: 1.047
Chinese Science Bulletin – Impact Factor: 1.087
EURASIP Journal on Advances in Signal Processing – Impact Factor: 1.012
EURASIP Journal on Image and Video Processing - Impact Factor: 0.619
EURASIP Journal on Wireless Communications and Networking – Impact Factor: 0.815
Fixed Point Theory and Applications – Impact Factor: 1.936
Gold Bulletin – Impact Factor: 2.719
Journal of Inequalities and Applications – Impact Factor: 0.879
Nanoscale Research Letters – Impact Factor: 2.557
The Journal of Headache and Pain – Impact Factor: 2.015



All articles published in SpringerOpen journals are included in many bibliographic databases so that your work can be found easily and cited by researchers and clinicians around the world.

All articles in journals published by BioMed Central are included immediately in PubMed, the most widely used biomedical bibliographic database service. PubMed is the National Library of Medicine service that provides access to MEDLINE, articles not yet in MEDLINE and articles from additional life science journals. An increasing number of journals published by BioMed Central are also indexed by the Thomson Reuters (ISI) and hence searchable through Web of Science, and other Thomson Reuters (ISI) products. All BioMed Central's journals are indexed by CAS and Scopus and all the biology titles are indexed by BIOSIS.

Note that because the full text of all BioMed Central research articles is available without registration or subscription, search engines such as Google (Google scholar) also index them, greatly increasing their visibility. All BioMed Central research articles are indexed by the science focussed search engine, Scirus.

BioMed Central participates in CrossRef and the Open Citation Project, allowing direct linking from citations to an article elsewhere to the full text of that article in a BioMed Central journal.



ABSTRACTED/INDEXED IN:
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The Journal of Mathematical Neuroscience 2011, 1:1 (3 May 2011)

une analyse des "archives ouvertes"; Open archive initiative (OAI);plus de 150 sites en France de publications en ligne!

Depuis une vingtaine d’années, émergent d’autres modèles économiques de production et de diffusion de l’information, encore minoritaires cependant. On peut citer par exemple le site Public Library of Science (PLoS) qui publie notamment en accès libre des revues en biologie, génétique, médecine. On peut mentionner des revues d’autres domaines scientifiques comme le Journal of High Energy Physics, ou le Journal of Cosmology and Astroparticle Physics, qui sont des revues à comités de lecture et à fort facteur d’impact (5,5 à 6) et pour autant librement accessibles aux chercheurs.

39De fait, l’initiative consistant à mettre à la disposition de la communauté scientifique des bases de données libérées des contraintes de l’édition commerciale a été mise en œuvre dès les années 1990 par des chercheurs spécialisés dans la physique des hautes énergies. Connues sous le nom d’« archives ouvertes », ce type d’action a fait de nombreux émules.

40Depuis lors a été développée l’Open archive initiative (OAI), qui a abouti notamment à la définition de protocoles d’interopérabilité. En 2003, lors de la conférence de Berlin, un appel pour le développement international d’archives ouvertes a été lancé par plusieurs organismes de recherche. En France, depuis 2006, une grande partie des organismes de recherche et la Conférence des présidents d’université (CPU) ont signé un protocole d’accord visant à faciliter la coordination au plan national des archives ouvertes.

    13  JISC, Modelling Scholarly Communication Options : Costs and benefits for universities, 2010. (...)

41S’il fallait encore le démontrer, une étude britannique récente du Joint Information Systems Committee (JISC)13 met en lumière les avantages que revêtirait pour la communauté académique le passage à d’autres structures de production et de diffusion de la connaissance. En effet si l’on intègre l’ensemble des coûts de la recherche (de l’information à la publication), le modèle des archives ouvertes (open archives) paraît bien plus avantageux que le modèle actuel. Fondé sur une enquête portant sur un panel de quatre universités britanniques représentatives, cette étude a évalué non seulement les coûts des bibliothèques mais aussi la totalité des coûts de la recherche induits par la publication d’articles scientifiques. Elle compare ensuite le coût unitaire d’un article scientifique dans différents modèles économiques.

42Dans le cas de la publication dans des revues en libre accès, le coût d’un article scientifique est largement inférieur à la publication par le circuit commercial. Simulant plusieurs modèles alternatifs, l’étude du JISC montre que les établissements du panel réaliseraient des économies, mais celles-ci seraient plus importantes dans le cas d’un open access intégral : entre 300 000 £ et 7 millions de £ selon la taille des universités.Il faut souligner que ces modèles considèrent les économies induites pour l’ensemble du processus de recherche et pas seulement du point de vue de l’acquisition de revues.

43On ajoutera que la généralisation d’archives ouvertes permettrait aux bibliothèques de recherche de devenir plus aisément des agrégateurs de contenus et d’offrir à un coût réduit sur une même plateforme, sur un même portail, avec des outils d’indexation transparents aussi bien les contenus internes de l’organisme de recherche que les contenus externes.

44Force est cependant de constater que le succès des archives ouvertes demeure limité.

    14  Bo-Christer Bjork, Patrik Welling, Mikael Laakso et al., « Open Access to the Scientific Journal L (...)

45 On estime en général que les publications en libre accès ne représentent pas plus de 15 % de la masse globale des articles. Une étude portant sur 1 837 revues à comité de lecture réalisée par la Hanken school of economics d’Helsinki (14) évalue cette proportion à un peu plus de 20 %, mais seulement à 8,5 % la part des articles publiés dans des périodiques directement en libre accès. Le foisonnement des initiatives (plus de 150 sites en France) rend difficile une vue d’ensemble.

46Ce succès partiel d’un modèle économique pourtant plus avantageux pour les chercheurs n’est pas sans explications.

47Tout d’abord, la notion d’archives ouvertes ne recouvre pas, d’un site à l’autre les mêmes contenus. Le premier obstacle tient au manque d’homogénéité du concept. Des documents anciens d’intérêt inégal peuvent voisiner avec des thèses récentes, de simples signalements bibliographiques avec du texte intégral.

48Par ailleurs, le développement des archives ouvertes n’a pas le même niveau de maturité selon les disciplines. Très avancé en physique et en mathématiques, il l’est beaucoup moins par exemple en biologie et dans les disciplines de la santé où la dépendance vis-à-vis des revues commerciales reste forte.

49Enfin, et plus profondément, la réticence à déposer systématiquement les nouveaux articles sur des sites ouverts résulte de l’organisation même de la recherche, qui contraint encore les chercheurs à publier dans des revues commerciales à fort facteur d’impact, lesquelles ont les conséquences les plus significatives sur leur carrière.

50Cependant, dans le contexte international actuel, qu’il s’agisse des consortiums ou des archives ouvertes – deux stratégies qui ne sont pas contradictoires –, le fonctionnement en réseau des bibliothèques de recherche, le renforcement des stratégies de mutualisation constitue l’orientation à privilégier. On ne peut que souscrire pleinement aux propos que tenait Gérard Fussman lors de l’ouverture de ce colloque : « Il faut mutualiser les moyens et multiplier les coopérations ».

51Compte tenu de l’ampleur des questions posées, cette problématique ne concerne pas seulement la politique propre de chaque établissement mais aussi celle des États, et il faut souligner que les stratégies de mutualisation sont tributaires des politiques publiques. Ainsi, même s’ils dépendent de cofinancements de leurs membres, partout dans le monde les consortiums ont bénéficié d’un soutien financier de pouvoirs publics nationaux ou régionaux.

Ref:
http://conferences-cdf.revues.org/305#tocfrom2n4

Eleven Reasons Why Manuscripts are Rejected

Eleven Reasons Why Manuscripts are Rejected

Manuscripts submitted for peer review publication may be rejected for a number of different reasons, most of which are avoidable.
It should be noted that the reasons for accepting manuscripts are not the mirror image of the reasons for rejecting manuscripts.  The main reasons for accepting manuscripts are: their contribution and relevance to the field, excellence of writing, and quality of the study design.

Many journals expect reviewers to assess the scientific merits and validity of research in submitted manuscripts; however, reviewers can become critical of manuscripts containing numerous language errors, which are difficult to eliminate without careful editing.  Scientific writing demands both good science and well written manuscripts.

Following are the principal reasons why manuscripts are rejected.  They are all equally important because reviewers tend to focus on different issues depending on their individual concerns and the journal’s requirements.

1.  Poor experimental design and/or inadequate investigation. An inadequate sample size, a biased sample, a non-unique concept, and scientific flaws in the study are common faults.

2.  Failure to conform to the targeted journal. This is a common mistake.  The focus of the manuscript is not within the scope of the journal and/or the guidelines of the targeted journal are not followed.  This can easily be avoided by reading the targeted journal and reviewing the author guidelines.

3.  Poor English grammar, style, and syntax. Though poor writing may not result in outright rejection of a manuscript, it may well influence the reviewer’s and editor’s overall impression of the manuscript.  It has been shown that a well written manuscript has a better chance of being accepted.

4.  Insufficient problem statement. It is important to clearly define and appropriately frame the study’s question.

5.  Methods not described in detail. Details are insufficient to repeat the results.  The study design, apparatus used, and procedures followed must be made clear.  In some cases it might be better to put too much information into the methods section rather than to put too little; information deemed unnecessary can always be removed prior to publication.

6.  Overinterpretation of results. Some reviewers have indicated that a clear and  »honest » approach to the interpretation of the results is likely to increase the chances of a manuscript being accepted.  Identify possible biases and confounding variables, both during the design phase of the study and the interpretation of the results.  Describe experimental results concisely.

7.  Inappropriate or incomplete statistics. Using inappropriate statistical methods and overstating the implications of the results is a common error. Use an appropriate test and do not make the statistics too complicated. Quantify and present findings with appropriate indicators of measurement error or uncertainty (such as confidence intervals).

8.  Unsatisfactory or confusing presentation of data in tables or figures. The tables or figures do not conform in style and quantity to the journal’s guidelines and are cluttered with numbers.  Make tables and graphs easy to read.  Some editors may start by looking quickly at the tables, graphs, and figures to determine if the manuscript is worth considering.

9.  Conclusions not supported by data. Make sure your conclusions are not overstated, are supported, and answer the study’s questions.  Be sure to provide alternative explanations, and do not simply restate the results.

10.  Incomplete, inaccurate, or outdated review of the literature. Be sure to conduct a complete literature search and only list references relevant to the study.  The reviewers of your manuscript will be experts in the field and will be aware of all the pertinent research conducted.

11.  Author unwilling to revise the manuscript to address reviewer’s suggestions. This can easily be resolved.  Taking the reviewers’ suggestions into account when revising your manuscript will nearly always result in a better manuscript.  If the editor indicates willingness to evaluate a revision, it means the manuscript may be publishable if the reviewers’ concerns could be addressed satisfactorily.