ajlsm et maîtrise technologique de la plate forme Cyberdocs, orientée vers la production, l'archivage et la diffusion électroniques des documents scientifiques

cyberthèse/cyberdocs  lyon2

Hélas cela date de plus de 10ans pour cyberthèse/cyberdocs avec abandon.
https://sourcesup.renater.fr/cybertheses/ --> 404
https://sourcesup.renater.fr/projects/cyberdocs/
date de 2009 sans MAJ.
https://sourcesup.renater.fr/scm/?group_id=28
https://sourcesup.renater.fr/scm/viewvc.php/trunk/?root=cyberdocs
https://github.com/fabdsp

mais:
http://www.univ-lyon2.fr/bibliotheques/theses-en-ligne-452917.kjsp?RH=WWW309PUB
est opérationnel.
L'université Lyon 2 archive et diffuse en format numérique les thèses soutenues. Cette politique qui est mise en œuvre de manière systématique depuis 2000, permet l'archivage et la diffusion sur internet de plus de 1600 thèses.

De plus Pleade est toujours actif.

De Latex vers un archivage pérenne et une diffusion électronique ouverte

LaTeX est un logiciel de composition de documents ou plus exactement une collection de macro commandes destinées à faciliter l'utilisation du processeur de TeX. Il est particulièrement utilisé dans les domaines techniques et scientifiques pour la production de documents de taille moyenne ou importante. Les qualités de mise en forme des documents, notamment mathématiques, et leur impression ne sont plus à démontrer.
Mais à l'heure où la publication scientifique électronique est en voie de banalisation, il est extrêmement difficile de convertir un document natif LaTeX vers le format XML qui est devenu le standard de fait des documents électroniques. XML permet, entre autres, de garantir un archivage pérenne et grâce à son environnement une accessibilité la plus large possible en intégrant et en supportant des normes annexes en matière de codage des caractères (Unicode) ou de transcription des formules mathématiques avec MathMl.
La conversion des documents LaTeX vers XML est un sujet délicat à plus d'un titre. Une tradition ancienne chez les utilisateurs de LaTeX veut qu'en dehors de leur outil préféré, point de salut. Une réaction nouvelle de la part des éditeurs scientifiques universitaires ou commerciaux met en avant l'obligation de l'accessibilité et de l'ouverture dans le respect des normes et des standards qui facilitent la communication scientifique ouverte.
Dans le secteur de la publication électronique des thèses, cette discussion n'a pas débouché sur des solutions satisfaisantes. Cyberdocs diffuse les thèses « LaTeX » au format « pdf » ce qui est insatisfaisant. Mais le groupe qui animait le programme Cyberthèses représentait plutôt les sciences humaines et sociales : nous n'avions donc pas de légitimité disciplinaire. Mais au hasard de rencontres et de débats, nous avons croisé la route d'un éditeur scientifique qui était confronté au même problème : comment convertir au format XML, nécessaire pour un archivage pérenne et une diffusion électronique ouverte, des documents scientifiques composés avec LaTeX pour être imprimés ?
Ce programme a réuni autour de la conversion des documents scientifiques écrits en LaTeX vers XML, l'équipe EDP Sciences (éditeur scientifique) qui a fait de l'édition scientifique électronique ouverte un de ses objectifs prioritaires, le groupe Cyberthèses, avec la société AJLSM qui porte la maîtrise technologique de la plate forme Cyberdocs, orientée vers la production, l'archivage et la diffusion électroniques des documents scientifiques et des membres de la communauté scientifique utilisateurs de LaTeX. Ce sont les résultats obtenus que nous vous présentons.
La réalisation d'un objet logiciel, un convertisseur, repose sur l'étude et l'analyse des modèles de documents scientifiques et des pratiques qui en découlent. L'objet « thèse » a été considéré comme un exemple particulier d'un problème plus général concernant tous les types de documents et notamment les articles de revues. L'intégration dans la plate forme Cyberdocs sera possible grâce à un convertisseur qui amènera les documents vers le format TEILite utilisé par Cyberdocs.
Mais ce convertisseur sera également adapté aux autres types de documents : articles, revues, ouvrages, rapports scientifiques ou techniques en étant compatible avec les principales DTD existantes : Journal Publishing, TEI Lite, Docbook. L'évolution de cet outil est ouverte aux contributions de l'ensemble de la communauté, c'est pour cela qu'il sera distribué sous une licence libre.
Ce programme a reçu le soutien financier de la DIST du CNRS et de la D.G.R.I. du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche.

Ref

http://theses.univ-lyon2.fr/files/presentation-28.pdf

plate-forme Cyberdocs

La plate-forme Cyberdocs permet de structurer des documents issus de traitements de texte et de les publier sur Internet, à l'aide de la norme XML et la DTD TEI Lite.
Elle est aujourd'hui principalement utilisée comme nouvelle plate-forme de traitement et de diffusion des thèses dans le cadre du projet Cyberthèses, un programme francophone d'archivage et de diffusion électronique des thèses, qui regroupe de nombreuses institutions francophones ou non à travers le monde.
Cette plate forme de conversion, placée sous licence GPL, a été réalisée avec l’aide de la société AJLSM (http://www.ajlsm.com/produits/cyberdocs), et est diffusée en Afrique, dans l’Amérique du Sud, en Suisse et en France.
Voir le site officiel de Cyberdocs : http://www.cyberdocs.org/fr/home (non actif).
http://www.univ-lyon2.fr/bibliotheques/theses-en-ligne-452917.kjsp?RH=WWW309PUB

AJLSM

Depuis 1999, AJLSM propose des solutions ouvertes, pérennes et efficaces pour créer, convertir, gérer, diffuser ou archiver votre information numérique.
Trois concepts sont la plupart du temps à la base des solutions que nous proposons : la normalisation, XML et les logiciels libres. Associées de manière optimale, ces approches permettent d'obtenir des systèmes d'information documentaire où les technologies sont au service de l'information, et non l'inverse.
AJLSM est aujourd'hui un acteur reconnu dans les domaines du patrimoine culturel et de la documentation scientifique. Nous avons participé à de nombreux projets dans ces domaines, avec des partenaires prestigieux, en France, en Europe et au Canada.
AJLSM propose des produits libres, développés dans le cadre de nos différents projets et qui bénéficient aujourd'hui à une communauté beaucoup plus large.

Les produits Logiciels libres

AJLSM est impliqué dans plusieurs projets de logiciels libres.
Pleade, outil de publication de corpus documentaires hétérogènes, incluant un moteur de recherche, un harvester, un visualiseur, pour instruments de recherche archivistique en format EAD Encoded Archival Description (http://www.loc.gov/ead/) , pour la presse avec reconnaissance optique de caractères (format xml METS, xml ALTO), etc.
http://pleade.com/
Notix, application bibliographique libre et paramétrable.

Les produits Logiciels non libres

ThesX est un logiciel qui permet de gérer des thésaurus, c'est-à-dire :

• Créer, supprimer, modifier et exporter le contenu et la structure d'un thésaurus.
• Rechercher du contenu dans un ou plusieurs thésaurus.

ThesX peut s'intégrer, entre autre, à Pleade dans des formulaires de recherche.
Pleade Plus est un ensemble de fonctionnalités et de modules complémentaires à Pleade.

Pleade

est aussi/surtout un moteur de recherche.
Créé par AJLSM et la Direction de Archives de France en 2001, Pleade est un outil de publication et de diffusion intégrant un puissant moteur de recherche ainsi qu'un moissonneur OAI-PMH (harvester) dans des corpus de documents XML (EAD et EAC-CPF, METS et ALTO, UNIMARC, Nomina, TEI, Dublin Core et Dublin Core Qualifié, BiblioML, MODS, ...).
Pleade suit les normes du responsive design depuis la version 3.59.

Pleade est une solution logicielle libre et open source à destination des archives, bibliothèques et musées. Depuis plus de 15 ans, Pleade permet la valorisation des données patrimoniales suivant un workflow très simple: publier, diffuser et disséminer.

PLEADE is a free software for searching and viewing archival finding aids in XML/EAD // PLEADE est un logiciel libre pour consulter et chercher des instruments de recherche archivistiques en format XML/EAD.

Code

https://sourceforge.net/projects/pleade/

C'est du java.

Dernière version de fin 2016: version 3.59.
PLEADE 3.59 works with Java 8.

PLEADE read-me anglais français

 About pleade-exe-3.59.zip for MAC/Linux or pleade-exe-3.59-windows.zip for Windows

 I - What is this ?
 ------------------

 This folder contains resources for running and testing an application Pleade-3.59.

 II - Installation Linux/Mac
 ---------------------------

 Step 1: Open and place a console in the root of pleade-exe-3.59 directory
 Step 2: If it is not, make executable pleade.sh.
$ Chmod + x pleade.sh

 Step 3: Run pleade.sh with the command
$ ./pleade.sh

 If all OK, after the application server start, Pleade-3.59 will be
 accessible with a web browser at http://localhost:8090/pleade

 To shutdown Pleade-Pleade 3.59 close the console that has served to launch the pleade.sh

 II - Installation Windows
 -------------------------

 Step 1: Create the folder C:\pleade-exe-3.59
 Step 2: Place the entire contents of this directory in C:\pleade-exe-3.59.
At the end of the operation, this path C:\pleade-exe-3.59\webserver
must exist.
 Step 3: Run (double click) the script C:\pleade-3.59\pleade.bat
/!\ If windows's firewall is triggered (alert message)
allow the script to run with the privileges required /!\


 If all ok, after the application server start, Pleade-3.59 will be
 accessible with a web browser at http://localhost:8090/pleade

 To shutdown Pleade-3.59 close the console that has served to launch the pleade.sh.

 III - Terms of Use
 ------------------

 This portable version of Pleade-3.59 is only for testing.
 It is pre-configured with minimum requirements

 For other usage details, read the PLEADE-3.59 license.


///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

 À propos de pleade-exe-3.59.zip pour MAC/Linux ou de pleade-exe-3.59-windows.zip pour Windows

 I - Qu'est-ce-que c'est ?
 -------------------------

 Ce dossier contient les ressources necessaires pour exécuter et tester une application
 pleade-Pleade 3.59.

 II - Installation Linux/Mac
 ---------------------------

 Étape 1: Ouvrir une console et se placer à la racine du répertoire pleade-exe-Pleade 3.59
 Étape 2: Si ce n'est pas le cas, rendre éxécutable le fichier pleade.sh.
$ chmod +x pleade.sh

 Étape 3: Exécuter le fichier pleade.sh avec la commande
$ ./pleade.sh

 Si tout est OK, après le démarrage du serveur d'application, Pleade-3.59 sera
 accessible avec un navigateur internet à l'adresse http://localhost:8090/pleade

 Pour éteindre l'application fermer la console qui a servie à lancer le script pleade.sh.

 III - Installation Windows
 --------------------------

 Étape 1: Créer le répertoire C:\pleade-exe-3.59
 Étape 2: Placer l'ensemble du contenu de ce répertoire dans C:\pleade-exe-3.59,
de sorte que le chemin C:\pleade-exe-3.59\webserver existe
 Étape 3: Exécuter (double clic), le script C:\pleade-3.59\pleade.bat
/!\ Si le par-feu windows se déclanche (message d'alerte),
autoriser le script à se lancer avec les priviléges demandés /!\

 Si tout est OK, après le démarrage du serveur d'application, Pleade-3.59 sera
 accessible avec un navigateur internet à l'adresse http://localhost:8090/pleade

 Pour éteindre l'application fermer la console qui a servie à lancer le script pleade.sh.

 III - Conditions d'utilisation
 ------------------------------

 Cette version portable de Pleade-3.59 est forunit uniquement dans un but de tests.
 Elle est pré-configurée de façons minimale.

 Pour les autres détails d'utilisation, lire la licence de Pleade-3.59.

Ref

https://sourceforge.net/projects/pleade/files/pleade/3.59/

APS-C and full frame conversion and comparison; crop factor, focal length, depth of view, depth of field; Canon, Nikon, Sony.

Advanced Photo System type-C (APS-C) is an image sensor format approximately equivalent in size to the Advanced Photo System "classic" negatives of "25.1×16.7 mm". All APS-C variants are considerably smaller than 35 mm standard film which measures 36×24 mm (Full Frame FF sensor)

Sensor sizes range from 20.7×13.8 mm to 28.7×19.1 mm, but are typically about 22.5×15 mm for Canon for example (crop factor=1.62× ).

For the Sony APS HD CMOS sensor of Alpha series (from alpha 100 to alpha 77 (II)), it's 23.5 x 15.6mm (also for Nikon); sensor surface=366.60mm^2, and Sensor Pixel Area = 15.28µm^2 (for 24.3MPix), and crop factor=1.55×. Then a 35mm (24x36mm)-->"35*1.55=54.25mm". 

A crop factor (sometimes referred to as a "focal length multiplier", even though the actual focal length is the same) can be used to calculate the field of view in 35 mm terms from the actual focal length.

Many companies manufacture a range of lenses "optimised" for APS-C sensors. For full frame lenses, the sensor is only in the center.

The full-frame lens is bigger, heavier (than APS lens), and uses a larger filter because it has to cover a larger sensor area.

Moreover they are also some differents designs Sony A-Mount and Sony E-Mount camera .

Shortening the flange focal distance to 18 mm (E-Mount) compared with earlier offerings from Sony which used 44.5 mm (A-mount).

http://stephane-mottin.blogspot.fr/2017/06/future-of-sony-minolta-mount-dead-or.html

Sony also produces E-mount lenses designated as "FE", which cover the entire full-frame image circle.

optics

basis : the 5 parts

http://demonstrations.wolfram.com/AnatomyOfTheEye/

http://demonstrations.wolfram.com/OpticalModelOfTheHumanEye/

The start is the pinhole camera

https://en.wikipedia.org/wiki/Pinhole_camera

No lens, only a pin-hole.

The main problem is the quantity of light due to the fact of the very small surface of the hole.

The second problem is an "infinite" depth of view" (all parts are not blurred).

Then with a lens, we have a large "hole" (diaphragm).

With the aperture, we control the depth of view".

The only problem with FF-->APS-C is the size of the sensor and then the angle of view.

Angle of view from lenses at the same focal length

The angle of view (AOV) describes the angular extent of a given scene that is imaged by a camera (~ also this more general term field of view).
See also

http://masochismtango.com/2010/02/05/angles-of-view-and-crop-factors/

 Aperture

http://demonstrations.wolfram.com/DiaphragmShutter/

The f-number

The f-number f/#  of an optical system such as a camera lens is the ratio of 2 lengths, of the system's focal length to the diameter of the entrance pupil (effective aperture). 

A 100 mm focal length f/4 lens has an entrance pupil diameter of 25 mm. 

The standard f-stop scale which is an approximately geometric sequence of numbers that corresponds to the sequence of the powers of the square root of 2:   

 f/1.4, f/2, f/2.8, f/4, f/5.6, f/8, f/11, f/16, f/22, f/32, f/45, f/64,...

f/√2, f/(√2)^2, f/(√2)^3, ...  (2.8 is 2.828...)

Then the surface increase of 2 when you change the aperture f-number, for example 2.8->4.

When you change a full frame to an APS-C, the aperture of a lens never changes.... Only the focal length and then the f-number. It lets the same amount of light in no matter what. A 2.8 is a 2.8 ever and ever. If you have a smaller sensor doesn't use the whole image coming in.

Fundamentally, f/# is the ratio of the effective focal length (EFL) of the lens to the effective aperture diameter (DEP).

Diameter of the "first entrance lens" or pupils

Moreover remember that the diameter of the first entrance lens  (or single lens "diaphragm-like") is very important for the quantity of light and also for the resolution.

and with some effects:

http://slideplayer.com/slide/4593133/

https://www.edmundoptics.com/resources/application-notes/imaging/limitations-on-resolution-and-contrast-the-airy-disk/

This figure  shows the difference in spot sizes between a lens set at f/2.8 and a lens set at f/8.

As pixels continue to reduce in size, this effect becomes more of an issue and eventually is very difficult to overcome. The Airy Disk, or minimum spot size can be calculated using the f/# and wavelength in μm:

You can see the interest of the dimensionless number f/# .

The lambda is the wavelength of light (blue ~ 0.4µm).

f/#	Airy Disk Diameter (μm) at a Wavelength of 520nm
1.4	1.78
2	2.54
2.8	3.55
4	5.08
5.6	7.11
8	10.15
11	13.96
16	20.30

The definition of f/# (see below) is limited in the sense that it is defined at an infinite working distance where the magnification is effectively zero. Most often, the object is located much closer to the lens than an infinite distance away, and f/# is more accurately represented by the working (f/#)w:

In the equation for working f/#,   m represents the paraxial magnification (ratio of image to object height) of the objective. Note that as m approaches zero (as the object approaches infinity), the working f/# is equal to the infinite f/#. It is especially important to keep (working f/#w) in mind at smaller working distances. For example, an f/2.8, 25mm focal length lens operating with a magnification of -0.5X will have an effective working f/# of f/4.2. This impacts image quality as well as the lens’s ability to collect light.

f/# and Numerical Aperture (NA)

It can often be easier to talk about overall light throughput in a lens in terms of the cone angle, or the numerical aperture (NA), of a lens. 

The numerical aperture of a lens is defined as the sine of the marginal ray angle in image space, and is shown in:

Visual Representation of f/#, both for a Simple Lens (a) and a Real-World System (b)

It is important to remember that f/# and NA are inversely related:

Also we must consider some aberrations for example:

Optical Depth of Field

Optical Depth of Field (DoF) Calculator for Cameras

http://demonstrations.wolfram.com/OpticalDepthOfFieldCalculatorForCameras/

depth of field (DOF), also called focus range or effective focus range is the distance between the nearest and farthest objects in a scene that appear "acceptably sharp" in an image. 

In fact focus is possible at only one distance and  at that distance, a point ("subpixel") object will produce a point image.

The diameter of the circle increases with distance from the point of focus; the largest circle that is indistinguishable from a point is known  as the circle of confusion. 

Doubling the f-number will approximately double the depth of field...

others

An other point is the quality of lenses:

lens transmittances of 60%–90% are typical. 

and many many bad effects as tilt, flare...

http://demonstrations.wolfram.com/LensFlares/

Macro

You’re admiring your work when you see an insect on the flower which you hadn’t noticed before.You have a macro lens and now you want to fill the photo with that insect.At this point, the APS-C camera might be more helpful because you won’t have to stand as close to the insect to fill the frame. While that might be nice for people who don’t like getting close to critters, being at a greater distance also means you’re less likely to scare the insect. And in macro photography, trying not to frighten off your skittish subjects is a big deal and you’ll welcome the advantage you have from being able to work at a greater distance.

But that’s not all.

Because getting enough depth of field is notoriously difficult in macro photography, you’ll probably also appreciate the slight increase in depth of field that comes from photographing your insect at the greater distance.
http://www.mdavid.com.au/photography/apscversusfullframe.shtml

Depth of field increases as you move further away from your subject. 

This can give an APS-C camera an advantage when taking macro photos 

because they fill the frame with your subject from a greater distance. 

Note that this graphic is not drawn precisely to scale.

comparison of online equation editor LateX

AMSmath
Input LaTeX, Tex, AMSmath or ASCIIMath notation (Click  icon on the toolbar to switch to ASCIIMath mode) to make formula instantly.
Show MathML Code
http://www.hostmath.com/

and mathJax and metadata
https://www.latex4technics.com/

many productivity tools
http://www.sciweavers.org/free-online-latex-equation-editor

Old
https://www.codecogs.com/latex/eqneditor.php