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Tuesday, September 12, 2017

Etienne Ghys, les mathématiques et l'éducation (article Liberation 22 juillet 2017)

Intro

https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89tienne_Ghys

Libération

Idées, samedi 22 juillet 2017, p. 20
Etienne Ghys : «Les maths étaient un refuge, un espace où je pouvais me cacher, où j'étais bien»
C'est sur les bancs de l'école que le mathématicien devenu académicien comprend l'esprit de sa discipline. En avançant, il découvre que les maths sont vivantes, se font et se travaillent avec d'autres, et à présent, il jubile de les partager avec la planète entière.

Philippe Douroux; Amel Boulakchour

Ne demandez pas son âge à Etienne Ghys, il a 16 ou 17 ans, peut-être 18. Les cheveux longs et son sourire d'ange pas déchu en témoignent, nous sommes au début des années 70. En vrai, il a 62 ans et il vient d'être inscrit sur la liste des membres honoraires de la London Mathematical Society. Cette liste, démarrée en 1871, recense les plus grands : Henri Poincaré, le dernier qui savait tout sur tout, John von Neumann, prince des problem solvers qui vous mettent le monde en équation, Albert Einstein et son ami Kurt Gödel, ou encore Claire Voisin, une femme dans un monde quasi exclusivement masculin. Manque l'ombrageux Grothendieck, dont on retrouvera peut-être la lettre de refus dans ses archives.

Académicien, du côté des sciences, professeur à l'Ecole normale supérieure de Lyon, Etienne Ghys s'amuse de figurer sur ce boulevard des étoiles des mathématiques, et savoure son plaisir comme un enfant qui se demande si tout ça, c'est vraiment pour lui. Son domaine d'étude, les systèmes dynamiques, tente de répondre à la question suivante : le système solaire (une étoile, huit planètes de taille respectable et quelques naines) est-il stable avec un temps infini ? Il a signé des théorèmes, écrit des équations d'une grande complexité, mais s'attendrit quand il rend hommage à son instituteur qui, le premier, lui a permis de comprendre que les maths allaient être son domaine.

Pourquoi les mathématiques ?

Je devais avoir 10 ou 11 ans, j'étais discret, un peu à l'écart, je n'avais pas beaucoup de copains, je ne jouais pas au football alors que je vivais dans un quartier populaire de Roubaix. Les mathématiques étaient un refuge, un espace où je pouvais me cacher. J'étais bien. Je n'étais pas malheureux du tout, j'aimais bien être tout seul, je faisais des maths partout, à tout moment, en marchant ou à vélo. J'avais ma vie et je ne la partageais pas.

Le point de départ, cet instant premier où on se dit «je suis chez moi», existe-t-il ?

Oui et non. Oui, quand mon instituteur en CM2, M. Achille, que je place très haut dans mon Panthéon personnel, pose une question à la classe : quel est le polygone régulier qui a le plus de côtés ? 
Je le soupçonne, a posteriori, d'avoir lu le Ménon dans lequel Platon pose cette question pour expliciter la pédagogie socratique, faire accoucher la vérité. 
Mes camarades se lancent dans une énumération de mots compliqués en parlant de pentagone, d'octogone ou de dodécagone et moi je dis : «Le cercle» . 
Je le dis sans réfléchir et je vois le sourire de M. Achille. 
Je comprends que j'ai compris. 
Mais tout au long de ma vie, mon rapport aux mathématiques a changé.
Le plaisir que je prends aujourd'hui n'est pas celui que je prenais à l'époque.

Un autre souvenir marquant ?

A la maison, il y avait Tout l'univers, une encyclopédie de vulgarisation. Mes parents n'étaient pas scientifiques, mon père était imprimeur, ma mère était «au foyer», comme on disait à l'époque, mais il y avait Tout l'univers, dans laquelle il y avait une section «sciences et technologies». J'étais fasciné. Quand, à 7 ou 8 ans on me demandait «qu'est-ce que tu veux faire ?» , je répondais «technicien» . Les maths n'existaient pas, c'était les «sciences».

Au collège, vous croisez des professeurs qui vous donnent...

(Il coupe la parole) Je dois tout, on doit tout à nos professeurs. Je suis le fruit de l'éducation catholique. J'étais chez les Frères des écoles chrétiennes, fondés pour l'éducation des pauvres. Et là, il y a eu M. Achille, il y a eu frère Elie, avec une toge noire et des rabats blancs, M. Fasseur, M. Legrand. J'ai eu la chance d'avoir des professeurs excellents, vraiment excellents.

Les maths, c'est du travail ?

Non. Beaucoup de plaisirs, avec un «s», oui.

Beaucoup d'exercices ?

Sûrement pas, les exercices m'ennuient très vite. D'autres me disent qu'ils en font toujours et tous les jours, que c'est important pour eux. Moi, ça m'ennuie. (Il prend un livre d'exercices et lit) «Montrez que... si on a...», ça me barbe. Quand je fais 40 pages sur un problème de physique au lycée, il ne faut pas imaginer que je suis un polar. Simplement, ça m'amuse, j'aime ça. En quatrième, on avait un petit classeur avec des feuilles bleues pour les cours. Je rajoutais des feuilles roses dans lesquelles je développais des questions qui m'intéressaient. Il y avait beaucoup plus de feuilles roses que de feuilles bleues. Quand le prof m'a pris le classeur, j'ai détesté ça.

C'était votre monde...

C'est ça. Il rentrait dans mon intimité. Il faisait éclater ma bulle.

Vous travaillez seul ?

Oui, pour l'essentiel. Mais en terminale, j'ai travaillé avec un copain. Nous étions pareils. Un coup il était devant, la fois suivante c'était moi. En nous rendant un devoir, le prof avait posé sur notre bureau le Cours de topologie de Choquet. C'était comme un défi. On l'a lu à deux pour essayer de comprendre les «compacts»... On s'accrochait.

A quel moment vous vous dites «je ferai des maths» ?

Très clairement, en maths sup. Jusqu'en terminale, les maths et la physique se confondent. L'un nourrit l'autre. En maths sup, je comprends que ce qui m'amusait dans la physique, c'était les aspects mathématiques. Et là, j'entrevois que les maths, c'est un domaine en soi.

Etre mathématicien devient une perspective ?

Pas du tout. A l'époque, on prépare les concours aux grandes écoles et là, j'ai une certitude : je ne veux pas passer Polytechnique.

Pourquoi ?

Antimilitariste. Pas d'armes, pas d'uniforme.

Les autres écoles d'ingénieurs ?

Non ! (Avec véhémence) C'est de la physique, moi, c'est les maths.

Et la recherche ?

Non, je n'imagine pas encore que l'on puisse faire des maths son métier, ou alors ça se limite à les enseigner au lycée. D'ailleurs, j'envisageais cette perspective avec plaisir.

Il reste quoi, alors ?

Il reste les Ecoles normales supérieures. Honnêtement, je ne me prenais pas beaucoup la tête. Je me disais que je n'aurais pas le concours. Alors j'avais passé celui des Ipes, qui permettait de poursuivre ses études en étant payé pour préparer le Capes ou l'agrégation des lycées. On était ipésiens, élèves-professeurs. Je pleure que ça n'existe plus. J'ai été admis et j'ai quand même passé le concours pour les Ecoles normales supérieures. J'ai raté la rue d'Ulm et j'en ai été malheureux pendant une bonne semaine. Rétrospectivement, je pense que ça a été la chance de ma vie.

Pourquoi ?

J'ai compris alors qu'il y avait des gens beaucoup plus forts que moi. Je suis admis à l'ENS de Saint-Cloud, que j'intègre et où je me trouve très bien. C'est là que je me rends compte que la recherche mathématique existe. J'ai eu Jean Giraud comme professeur, un géomètre-algébriste, il travaillait sur les maths de Grothendieck. Je n'avais jamais fait ça. Il ne faisait pas cours, il faisait des maths, on était en prise directe. C'était des maths vivantes.

Avant, les maths étaient mortes ?

On les trouvait dans les livres. Là, il les faisait devant nous.

Vous avez côtoyé d'autres grands mathématiciens ?

A la faculté d'Orsay, il y avait Henri Cartan, un monstre, un dieu vivant. Il avait reconstruit l'école française de mathématiques après la guerre, et à 72 ans, il était d'une vivacité impressionnante. Il avait décidé que les étudiants devaient élire un représentant, un porte-parole qui, une fois par semaine, viendrait le voir pour dire les points qui paraissaient trop complexes, trop difficiles, et j'ai été désigné. Toutes les semaines, j'allais le voir pour dire «ça, on ne comprend pas; ça, ça ne passe pas...» C'était lourd pour moi. J'avais 20 ans et son cours était très difficile. J'ai vu défiler des choses très complexes, comme le théorème de Riemann-Roch, la surface de Riemann. C'était vertigineux.

Un directeur de thèse...

(Il coupe la parole) Quand je suis en doctorat, je croise Dennis Sullivan. Il vient un jour à Lille pour présider un jury de thèse, et nous nous mettons à discuter et il m'écoute ! Là, je sens que je suis face à un «grand» monsieur et un «grand» mathématicien, en action. On vient le tirer par la manche : «Viens boire un verre...» Et je me souviens très bien de sa réponse : « No, I'm drinking mathematics with Etienne !» C'était la première fois qu'un mathématicien s'intéressait à mes maths. Ce monsieur a été fondamental pour moi.

Vous êtes encore solitaire à ce moment-là ?

Plus du tout, quand je deviens chercheur au CNRS, j'organise des séminaires, des séminaires à la mer... Je deviens un «gentil organisateur» des maths. On est partis au cap Blanc-Nez avec le tableau noir sur le toit de la voiture.

On voyage quand on est mathématicien ?

Oui, beaucoup. Entre 1979 et 1981, je fais mon service militaire au Brésil. Je suis affecté à l'Instituto de Matemática Pura e Aplicada, à Rio de Janeiro, comme coopérant. Je découvre la culture, la langue, puisque je dois enseigner en portugais, et une école très vivante, spécialisée sur les systèmes dynamiques. Je découvre surtout une nouvelle manière de faire des maths. Au Brésil, l'approche est moins stricte, moins aride. Je comprends à ce moment ce que je veux vraiment faire. Aujourd'hui encore, je papillonne, j'aime toutes sortes de mathématiques, mais les systèmes dynamiques, c'est ma culture de base.

C'est quoi, un système dynamique ?

Ce qui m'intéresse, ce sont des systèmes comme le système solaire. Il y a peu d'objets en mouvement et j'aimerais comprendre ce qui se passe dans un futur lointain, quand le temps tend vers l'infini. 
C'est différent des problèmes qu'on rencontre en physique statistique, qui concernent des gaz ou des plasmas avec une multitude d'éléments, d'atomes. Dans ce cas, on observe leur comportement quand le nombre de particules tend vers l'infini. Ce sont les questions sur lesquelles se penche Cédric Villani, par exemple.

Quelle est aujourd'hui votre grande satisfaction ?

J'ai eu 22 doctorants. Je vieillis et mes étudiants, eux, conservent toujours le même âge. C'est un contact rafraîchissant. L'un d'eux, récemment, m'a aidé à boucler la démonstration d'un théorème. Il a trouvé la clé pour ouvrir une porte.

Et au Brésil ?

J'y retourne régulièrement. Je suis allé, il n'y a pas très longtemps, à Rio Branco, la capitale de l'Acre. Il est si difficile d'accès que les Brésiliens disent qu'il n'existe pas. Les autorités ont créé un institut de mathématiques et de philosophie destinée à des lycéens un peu curieux. Dans l'entrée, il y a une grande photo de... Descartes. Mathématiquement, ça ne m'apporte rien, mais aller au-delà de la jungle amazonienne pour parler de maths à des ados, ça m'enchante. Je ne suis plus le petit Etienne dans son coin.
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Monday, December 24, 2012

Un témoigage d'un de mes fils, philosophe à l'université Lyon3 sur NRJ12 : émission "Tellement vrai" N°2 Sexe: Abstinence ou addiction?



NRJ12
présentation de l'épisode :
http://www.nrj12.fr/programmes-4207/programmetv/episode/11569-sexe-abstinence-ou-addiction-.html

Un  épisode complet d'1h30' de "Tellement vrai" N°2 Sexe: Abstinence ou addiction?
http://youtu.be/5xxYdREtw_w
34 000 vues @dec 2012

1h13''12 démarage sur "groupe prière jeune" tous les jeudi à la "Grande Eglise" de St-Etienne
Etienne  parle de 1h13'40 à 1h13'57
puis de 13h14 11'' à 1h14'35''


Monday, November 26, 2012

Frederic lenoir, d'Emmanuel Levinas à Edgar Morin; son livre "La guérison du monde" (Essai, Fayard, 2012).


Frédéric Lenoir - La guérison du monde.

http://www.fredericlenoir.com/

http://fr.wikipedia.org/wiki/Fr%C3%A9d%C3%A9ric_Lenoir

PhD en philo "le bouddhisme en Occident" et chercheur associé École des hautes études en sciences sociales depuis 1991.

Après son baccalauréat, il entame des études de philosophie à l'université de Fribourg, en Suisse, où il rencontre Emmanuel Levinas, Marie-Dominique Philippe et la Communauté Saint-Jean. Touché par le message des Evangiles, il y passera trois ans tout en poursuivant ses études de philosophie.

En 1986, il entre aux Editions Fayard comme Directeur de collection, rencontre Edgar Morin, dont il devient un "disciple" intellectuel, et entame une thèse de doctorat.

En 2004 il prend la direction du magazine Le Monde des religions (bimestriel appartenant au groupe Le Monde.

En cet automne 2012, il revient au devant du monde des média du fait de son livre, un essai (http://www.fredericlenoir.com/essais),

http://www.inrees.com/livres/La-guerison-du-monde/

Le Mot de l'éditeur :
Ce début de XXIe siècle est traversé par une telle succession de crises – écologique, économique et politique – qu’il voir refleurir le vieux mythe de la fin des temps. Nous nous trouvons confrontés aujourd’hui à au moins dix bouleversements inédits dans notre histoire. Pour trouver une mutation similaire, il faut remonter non pas à la Renaissance, ni à la fin de l’Empire romain, mais au tournant du néolithique, lorsque, il y a plus de dix mille ans, les groupes humains abandonnèrent le mode de vie nomade pour se sédentariser. On assista alors à un changement radical du rapport de l’homme à lui-même et au monde, dont nous sommes les ultimes héritiers. Aujourd’hui, ce n’est pas la fin du monde que nous connaissons, mais la fin d’un monde, celui fondé sur la prééminence du cerveau rationnel et logique par rapport au cerveau émotionnel et intuitif, sur l’exploitation mercantile de la nature, sur la domination du masculin sur le féminin.

Frédéric Lenoir montre ici que la guérison est possible. Illustrant les impasses de la fuite en avant (le progrès à tout-va) comme celles du retour en arrière (démondialisation, écologie radicale, intégrismes religieux), il exprime sa conviction que l’humanité peut dépasser cette crise planétaire par une profonde transformation de nos modes de vie et de pensée : rééquilibrage du masculin et du féminin, passage de la logique du « toujours plus » à celle de la « sobriété heureuse », de l’égoïsme à la communion, de l’état de spectateur passif à celui d’acteur responsable… Au-delà des rafistolages provisoires d’une pensée et d’un système à bout de souffle, une immense révolution est en marche : celle de la conscience humaine. 



Wednesday, June 20, 2012

la philosophie et science(s) du "care" ou du "soin social"


Le mot "care" fait fureur comme tous les anglicismes à la mode. Le terme "social", comme dans Sécurité Sociale, ou Socialisme l'intègre amplement dans son acception essentielle "d'attention à l'autre", prendre soin de l'autre notamment de celui qui est considéré socialement comme le "faible". Le terme "soin" est lui aussi éligible à une bonne traduction. Cette "attention à l'autre et aux faibles" est une caractéristique nouvelle chez les animaux avec tachymétabolisme (mammifères et oiseaux) car ils doivent prendre soins des nouveaux nés. Chez l'humain elle rayonne en de très nombreuses stratégies sociales. 

Ce mot ne signifie pas grand chose de plus que l'attention à l'autre (to take care of oneself,  to be careful), c'est-à dire une attitude limitée car prêter attention n'implique pas l'action. Il signifie juste l'idée d'un mouvement philosophique américain. La philosophie du care est une doctrine venu de la réflexion de philosophes américaines, dont une certaine Carol Gilligan (http://www.franceculture.com/oeuvre-carol-gilligan-et-l-%C3%A9thique-du-care-de-vanessa-nurock.html) , idées qui visent à installer au cœur de notre société ce minimum d'empathie sans quoi elle s'effondrerait. 

En France la doctrine "care-soin" a fait l'objet de polémique, de politisation (http://www.univ-paris1.fr/fileadmin/Centre_doc_ufr11/Jean-Michel_Chahsiche_SIP_2011.pdf) et de confusion avec certaines formes du féminisme, voir par exemple:

  • La question de la philosophie du care qui a été visitée par Martine Aubry en 2010 afin de rafraîchir un peu le corpus idéologique du PS.
  • Michel Onfray  dans Le Monde du dimanche 13 juin 2010, son billet intitulé "Martine, Carol, Simone et les autres" qui "attaquait" le fait que ces dames dévoyaient le féminisme en prétendant que les femmes étaient dotées de qualités "supérieures" à celles des hommes et que c'était sur elles qu'il fallait fonder une politique. Une sorte de sexisme à l'envers. 
    En piquant les citations hors de leur contexte, il fait comme si Carol Gilligan émettait l'idée que les qualités liées au soin et à l'attention envers l'autre étaient des qualités "naturelles" des femmes, alors qu'elle exprime une autre conception c'est-à-dire que de telles qualités, n'ayant pas été suffisamment glorifiées par notre société dite capitaliste, ont échu aux femmes. Ainsi ces qualités seraient « culturelles » et "non naturelle". En fait ces conceptions ont été développées par Darwin notamment son concept de civilisation qui limite les effets des stratégies "sélections naturelles". Hélas l'histoire n'a retenu que ses travaux sur la sélection naturelle. Maintenant nous sommes à un point de l'histoire où tout le monde (hommes y compris) doit récupérer ces qualités pour en faire celles de tous.
  • la réaction énervée  de quelques philosophes, Sandra Laugier et al: http://blogs.mediapart.fr/blog/sandra-laugier/200610/yes-we-care



Wednesday, November 30, 2011

exaptation

Dans la théorie de l'évolution, l'exaptation (ou préadaptation) est une adaptation "sélective" dans laquelle la fonction actuellement remplie n'était pas celle remplie initialement (avant que n'intervienne la pression de la sélection naturelle).
L'origine du terme exaptation est attribuée aux biologistes Stephen J. Gould et Elizabeth Vrba, dans un célèbre article de 1982 qui expliquait comment des caractéristiques physiques complexes peuvent apparaître et évoluer à partir de structures initiales simples.


On considère généralement deux grands types d'exaptations :

  • Dans le premier, un organe (non modifié) est réutilisé à l'identique pour une fonction manifestement non sélectionnée à l'origine. C'est ainsi le cas de certaines aires du cerveau humain ; utilisées initialement pour la reconnaissance des formes, le langage ou l'audition, elles sont aujourd'hui réutilisées pour la lecture y compris en braille (via les doigts et non la vue).
  • Dans le second type, l'exaptation est une forme particulière d'adaptation naturelle, c'est-à-dire un ensemble de mutations génétiques (sélectionnées par la sélection naturelle pour aboutir à une forme de "survivant" actuel). Mais cette adaptation se fait sur la base d'un organe qui s'est initialement développé pour un tout autre usage. Il en va ainsi du poumon des tétrapodes ; apparus chez des poissons comme une adaptation à des milieux aquatiques pauvres en oxygène, et secondairement modifiés pour fonctionner en milieu purement terrestre.


L'exaptation s'oppose à la pensée d'Aristote: la fonction crée l'organe, qui persiste encore aujourd'hui. L'exaptation montre ainsi que, en ce qui concerne l'évolution, il n'y a pas de plan pré-établi et que l'évolution à plutôt tendance à bricoler.
C'est une forme d'interoperabilité.

Ref. http://fr.wikipedia.org/wiki/Exaptation

Tuesday, November 15, 2011

publier l'épistémologie: cas de la collection "Visions des sciences" chez Hermann

Depuis 2006, les éditions Hermann ont renoué avec l’épistémologie avec la création de la collection "Visions des sciences".
http://www.editions-hermann.fr/catalogue.php?menu=6&titre=Visions+des+sciences&rubid=40&type=Visions%20des%20sciences

Le prestige de cette maison d'édition continue d’attirer à elle de nombreux grands intellectuels comme Michel Serres.
Outre ces aspects de maison d'édition, les ouvrages de cette collection sont d'une grande qualité.
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La collection compte 13 ouvrages (DATA@nov 2011)
Collection "Visions des sciences" dirigée par Joseph Kouneiher et Giuseppe Longo
http://www.di.ens.fr/~longo/


La Transdisciplinarité. Comment explorer les nouvelles interfaces
sous la direction de Claude Debru 
224 pages - 15 x 21 cm - 2011
ISBN : 9 782705 680671

Cet ouvrage retrace des liens anciens et profonds entre la physiologie bernardienne et la naissance de cette discipline en Russie dans la seconde moitié du xixe siècle, ainsi que
les circulations qui en résultent dans le domaine des sciences du système nerveux avant, pendant et après la période stalinienne. L’objectif de ce travail est de montrer les enjeux et les conséquences scientifiques de l’alternance de périodes de communication et de repliements entre écoles de recherche de pays différents en neurophysiologie et dans les domaines voisins.
Il apparaît alors que les anciennes relations franco-russes ont joué un rôle majeur dans la constitution d’une neurophysiologie internationale après la mort de Staline et que la nouvelle rencontre entre Est et Ouest dans ce domaine n’a pas fini de faire naître des programmes de recherche transdisciplinaires à la marge de cultures très différentes comprenant notamment la science pavlovienne des réflexes et les pré-cybernéticiens russes.


Formaliser le vivant : Lois, théories, modèles ?
Franck Varenne 
389 pages – 16 x 21 cm – 2010
ISBN : 9782705670894

Peut-on formaliser le vivant ? Peut-on réduire une plante à une simple formule mathématique ? Goethe ne l’aurait pas admis. Pour beaucoup encore, cette question ne se pose même pas tant elle peut sembler provocante et contre-nature.
Dans une perspective à la fois historique et épistémologique, ce livre rend compte de travaux contemporains qui ont pourtant tous tenté de braver cet interdit. C’est en grande partie sur ce terrain, hautement problématique, que, dans les premières décennies du XXe siècle, on voit naître puis s’épanouir la pratique des modèles mathématiques appliquée aux sciences végétales. On voit en particulier que ces pratiques nouvelles de modélisation entrent en concurrence avec une tradition ancienne de théorisation mathématique des formes du vivant. C’est même devant les limites des essais théoriques récurrents que le tournant formel des modèles se confirme et permet des avancées incontestables. À l’heure où toutes les sciences à objets complexes parlent beaucoup de modèles et moins de théor i e s , est-ce le signe d’une victoire de la "modélisation" au détriment de la "théorie" ? Cette victoire est-elle définitive ? Cela a-t-il toujours un sens de les opposer ? Et qu’en est-il des « lois » ?
En proposant une analyse des travaux mais aussi des positions épistémologiques de certains scientifiques impliqués, en explicitant le sens de ce qui les rapproche, de ce qui les distingue ou les oppose, cet ouvrage montre que l’émergence, l’expansion puis la diversification des pratiques de modélisation formelle du vivant ont contribué, sur le terrain scientifique lui-même, à bousculer les
rapports épistémologiques traditionnels entre théories, lois et modèles tels qu’ils nous ont été légués par la physique.

AUTEUR :
Franck Varenne est directeur du département de philosophie de l’Université de Rouen. Ingénieur Supélec, docteur en histoire et philosophie des sciences, il y est maître de conférences en philosophie de la connaissance. Il est également chercheur au GEMASS (Groupe d’Etudes des Méthodes de l’Analyse Sociologique
de la Sorbonne - UMR 8598 - CNRS / Paris Sorbonne).


Les Origines de la vie : Émergence ou explication réductive ?
Christophe Malaterre 

ISBN : 9782705670337

PRÉSENTATION :
La vie est-elle un phénomène émergent ? Traduit-elle l'apparition de propriétés nouvelles au niveau d'un tout, qui seraient irréductibles aux propriétés et à l'organisation des composants de ce tout, ou encore imprédictibles à partir de ces mêmes éléments ?
Développées à la charnière des XIXe et XXe siècles comme alternative aux deux approches antinomiques du vivant que sont le vitalisme et le mécanisme, la notion philosophique d'émergence connait aujourd'hui de nouveaux développements : avec la prise de conscience de la complexité du vivant, un nouveau discours émergentiste refait surface en biologie et dans le champ scientifique des origines de la vie. Que signifie la notion d'émergence lorsqu'elle s'applique à l'apparition de la vie sur Terre ? Quelles sont sa pertinence et sa portée ?
Dans ce livre, Christophe Malaterre propose une clarification conceptuelle de la notion philosophique d'émergence ; il en défend une conception epistémique et contextuelle, adossée à la notion d'explication. En s'inspirant des travaux les plus contemporains sur les origines de la vie, il montre que, selon le contexte epistémique dans lequel le phénomène est évalué, la qualification de l'apparition de la vie comme émergente est, ou non, justifié. Il défend alors la thèse selon laquelle la caractérisation émergentiste de l'apparition de la vie n'est qu'une conséquence temporaire des limites de nos connaissances scientifiques.

AUTEUR :
Christophe Malaterre est docteur en philosophie des sciences de l'université Paris 1-Panthéon Sorbonne. Il est aussi diplômé de l'École centrale de Paris et du Massachusetts Institute of Technology. Lauréat d'une subvention de la fondation Louis D. de l'Institut de France, il a reçu en 2009 le prix Louis Forrest en Lettres de la Chancellerie des Universités de Paris.


Le Paradigme neuronal: De la Physiologie expérimentale à la cognition
Jean-Gaël Barbara 

ISBN : 9782705669355

L’étude de l’esprit préoccupe aussi bien le philosophe, le psychologue, le cognitiviste et le neuroscientifique. Mais de nouveaux signes de convergence émergent dans l’élaboration d’un savoir homogène, malgré la reconnaissance de la diversité historique de chacune de ses branches constitutives. C’est cette tension qui est prise pour cadre d’analyse épistémologique. Comment les sciences du cerveau se sont-elles différenciées à partir d’une physiologie et d’une psychologie expérimentales ? Comment ces différenciations disciplinaires définissant chacune à leur manière les fonctions et les fonctionnements du cerveau ont évolué au XXe siècle pour tisser des liens entre méthodologies, concepts de constitution et finalement des cadres théoriques communs ? L’auteur, neuroscientifique et historien des neurosciences, répond à ces interrogations en confrontant l’histoire des différentes manières de considérer les fonctions du cerveau par la physiologie, la neurophysiologie, les neurosciences et les sciences cognitives. Il n’est plus question de parler seulement de réductionnisme au sens strict, d’éliminativisme, de pluralisme scientifique ou d’unité de la science. L’étude des fonctions du cerveau continue d’être d’une extraordinaire diversité. Pourtant, les méthodes et conceptions actuelles permettent d’en forger une épistémologie unitaire, complexe, fondée sur des convergences locales, mais nombreuses, entre mécanismes cérébraux et fonctions psychiques par des modèles animaux et chez l’homme.
AUTEUR :
Jean-Gaël Barbara, chargé de recherche au CNRS, docteur en neurosciences et en histoire des sciences.


L'interprétation de la mécanique quantique
Manuel Bächtold 

ISBN : 9782705668341

Ce livre débute par une représentation à la fois pédagogique et rigoureuse des bases de la mécanique quantique suivant l’interprétation « standard ».
Il expose en détail le fameux « problème de la mesure », examine les stratégies visant à le surmonter et montre que toutes les approches « réalistes » (qui présupposent une correspondance entre la théorie et la réalité en soi) se heurtent à des difficultés persistantes.
Partant de ce constat d’échec, ce livre propose d’adopter une approche alternative de la connaissance, dite « pragmatiste », qui revient à évaluer une théorie à l’aune de la pratique des physiciens en s’abstenant de lui greffer une construction métaphysique sans lien avec l’expérience. La mise en œuvre de cette approche permet d’offrir une interprétation très éclairante de la mécanique quantique, qui dissout le problème de la mesure, sans modifier la théorie et sans générer de nouvelles difficultés.
Ce livre s’adresse aux étudiants et chercheurs en physique, ou à tout lecteur curieux, en quête de clés pour comprendre la mécanique quantique, mais aussi aux philosophes qui s’interrogent sur la possibilité d’une application concrète des diverses conceptions de la connaissance dans le champ des sciences.

Auteur :
Manuel Bächtold est ingénieur physicien de l’École polytechnique Fédérale de Lausanne et docteur en philosophie de l’Université Paris I Panthéon-Sorbonne. Il enseigne l’épistémologie de la mécanique quantique et poursuit ses recherches à l’Institut de Philosophie de l’Université Technologique de Dortmund.


Ouvrir la logique au monde: Philosophie et mathématique de l'interaction
Sous la direction de Jean-Baptiste Joinet 

ISBN : 9782705668303

Cet ouvrage rassemble une partie des exposés donnés lors de l’École thématique du CNRS « Logique, Sciences et Philosophie », organisée par Jean-Baptiste Joinet, qui s’est tenue au Centre culturel international de Cerisy-la-Salle, en 2006, à l’initiative du groupe « Logique et Interaction : Géométrie de la Cognition » (LIGC).
La première partie, intitulée « Physique et intuition », réunit des contributions concernant l’intelligibilité de la nature. C’est d’abord la logique qui est convoquée, par l’interrogation sur la dualité entre subjectif et intersubjectif (J.-Y. Girard) à travers les apports récents de la ludique. Sont analysés ensuite les liens fondamentaux entre le formalisme mathématique et l’intuition en physique (T. Paul, M. Bitbol). Pour finir, la mathématique formelle est entrevue depuis la phénoménologie (V. Gérard), notamment dans le dialogue entre théorie des ensembles et ontologie.
La deuxième partie, « Nature et calcul : de la logique au sujet », introduit de manière critique la conception de la nature-calcul, en abordant d’un côté les limitations de la thèse de séparabilité entre systèmes calculables et systèmes chaotiques (G. Dowek), et de l’autre la différence entre déterminisme et prédictibilité en tant qu’elle questionne la thèse de Church physique (G. Longo, T. Paul).
La troisième partie,consacrée aux « Processus et primitives de cognition », aborde les questions de signification et d’ontologie. Les deux premiers chapitres s’articulent autour de l’hypothèse localiste, en s’ attachant à l’ancrage cognitif des concepts mathématiques (B. Teissier), puis à la signification spatiale de la négation et de l’implication logiques (P. Livet). Les deux derniers chapitres abordent sur un plan philosophique les jalons théoriques qui permettent d’envisager une sémiotique cognitive (S. Tronçon), et les apports de l’intuitionnisme philosophique à une sémantique des constructions et des catégories (A. Benmakhlouf).


Vers une nouvelle philosophie de la nature
sous la direction de Joseph Kouneiher 

ISBN : 9782705668099

Dans ce livre, les auteurs explorent le croisement fécond et effectif des méthodes et des perspectives théoriques et expérimentales des mathématiques, des sciences de la nature et de la vie, mais aussi de la philosophie des sciences. Il s’agit en fait de faire le point sur les acquis majeurs des sciences formelles et empiriques les plus récentes qui sont susceptibles d’enrichir voire de renouveler en profondeur notre conception scientifique et philosophique de la nature.
Cet ouvrage revient sur les arguments, tirés notamment des mathématiques ou de la physique théorique pour justifier de possibles nouvelles représentations du Cosmos, par exemple : les développements de la biologie théorique de ces dernières années pour l’étude des structures des protéines, la biologie du développement; les théories de la perception et leurs impacts sur notre représentation et notre définition du vivant et enfin sur les intéractions nouvelles entre sciences et une philosophie de la nature.
Cet ouvrage s’adresse a tout public concerné par ces questions, ainsi qu’aux étudiants et chercheurs en mathématiques, physique, biologie et philosophie voulant aller au-delà des formalismes et des énoncés de leurs disciplines.

Auteurs :
A. Ashtekar, D. Bennequin, M. Bitbol, E. Bois, M. Espinoza, J. Gayon, F. Hélein, J. Kouneiher, M. Lachièze-Rey, D. Lambert, J.M. Levy-Leblond, G. Longo, J.-P. Luminet, D. Philipona, J.K. Regan, R. Rezsohazy,C. Salini, J.-J. Szczeciniarz, I.-O. Stamatescu.


L'essor des neurosciences: France 1945-1975
Sous la direction de Claude Debru

ISBN : 9782705667436
Du niveau moléculaire aux niveaux cognitif et conscientiel, les sciences du cerveau apportent aujourd'hui des éléments cruciaux pour la compréhension de l'homme sous tous ses aspects. Etudiant l'exemple français considéré dans le contexte international, cet ouvrage parcourt les chemins principaux que les neurosciences ont empruntés depuis la Seconde Guerre mondiale pour parvenir à leur état actuel. Les auteurs, neurobiologistes commentant leurs propres découvertes, philosophes et historiens des sciences, présentent l'émergence et les développements rapides des domaines des domaines des neurosciences dans les trente glorieuses années qui ont suivi la guerre, et ont posé les fondements des progrès ultérieurs. Ils commentent les difficultés et les promesses de l'interdisciplinarité, l'évolution du cadre philosophique favorisant une vision plus intégrative du cerveau humain ainsi qu'une vision moins réductrice de la conscience chez l'homme et l'animal. Ils montrent enfin comment la communauté scientifique s'est organisée sur le plan international, réussissant d'une manière remarquable à surmonter les oppositions entre systèmes politiques alors dominantes.

L’institut Marais : P. Buser, J. Glowinski, A. Mallart, H. Korn. Neurophysiologie cellulaire et moléculaire : C. Bange, F. Clarac, S. Tyc-Dumont, P. Ascher, J-P. Changeux. 
Neurophysiologie et psychophysiologie : Y. Galifret, V. Bloch, M. Jeannerod, A. Berthoz. Approches intégrées dans les neurosciences : P. Buser, J-G. Barbara, D. Romand, M. Jouvet. Neurobiologie et médecine : R. Guillemin, I. Assenmacher, A.Tixier-Vidal, P.Karli, C. Cherici, C. Cepeda, H. Korn, F.Clarac, J.Massion, B. Bioulac, J-N Missa. La décentralisation : A. Holley, Cl. Debru, Y. Laporte, A. Calas. Les aspects internationaux : M. Wiesendanger , M. Meulders, M. Piccolino, H. Korn, P. Buser.


Pourquoi le tout est plus que la somme de ses parties
Jacques Ricard 

ISBN : 9782705667375


L’ensemble des activités scientifiques qui se sont développées dans les pays occidentaux depuis Descartes, repose sur une réduction du complexe au simple. Cette démarche s’est d’abord avérée efficace mais, dans bien des domaines, elle a maintenant atteint ses limites.
Les systèmes possèdent des propriétés collectives non réductibles à celles de leurs éléments constitutifs. Ils sont, pour cette raison, appelés émergents, ou complexes. Bien que cette notion soit présente depuis fort longtemps dans la pensée philosophique, c’est probablement l’étude des systèmes biomimétiques en apparence simples, ainsi que celle des réseaux, qui a permis de donner une définition rationnelle, physique, des processus d’émergence.

Le but de ce livre est donc, tout à la fois, d’aborder certains aspects de la science des systèmes et de discuter des implications philosophiques de cette nouvelle science. Ce livre n’est donc ni un ouvrage purement scientifique, ni un ouvrage proprement philosophique mais, plutôt, une tentative de montrer comment un changement majeur de paradigme survenu dans la science contemporaine affecte notre approche de problèmes philosophiques anciens.

Jacques Ricard, professeur honoraire à l’université Paris 7 Denis-Diderot, est directeur honoraire de l’Institut Jacques-Monod (université Paris 6, Paris 7 et CNRS). Il est aussi membre , ou membre correspondant, de l’Académie des Sciences, de l’Académie Internationale de Philosophie des Sciences et de l’Académie des Sciences de New York.


Chaos et systèmes dynamiques: Éléments pour une épistémologie
Sous la direction de Sara Franceschelli 

ISBN : 9782705666873

Cet ouvrage explore en profondeur des nouvelles voies offertes par l'étude des "systèmes dynamiques", en combinant les approches scientifique, historique, épistémologique et philosophique, par la plume de spécialistes pionniers dans ces domaines.

Les "systèmes dynamiques", en tant que discipline mathématique, portent sur la résolution des systèmes d'équations différentielles. La physique comprend désormais aujourd'hui une de ses branches sous ce vocable, qui s'étend des problèmes astronomiques de stabilité du système solaire à la prévision des conditions atmosphériques, en passant pas l'étude de phénomènes thermiques ou hydrodynamiques de turbulence et de convection. Les méthodes des systèmes dynamiques sont utilisées aujourd'hui également par d'autres sciences.

L'approche adoptée dans ce livre est résolument multidisciplinaire. tandis que certains textes donnent une vision concetuelle accessible et incitative, d'autres peuvent constituer une ouverture vers des domaines avancés de la recherche dans ce domaine.

Ce livre s'adresse aux scientifiques, aux philosophes, aux personnes versées dans les sciences humaines: chercheurs, enseignants, étudiants. Il est aussi destiné à tous ceux qui, dans le public, ont un jour entendu parler de ces problèmes, et qu'aura étonnés une certaine magie des mots (tels que "chaos", "attracteurs", etc.). C'est dans cette compréhension que le livre propose d'entrer.


Le Point Aveugle I: Cours de Logique / Vers la Perfection 
Jean-Yves Girard 

ISBN : 2 7056 6633 8

Ce livre est à la fois un cours de logique (théorie de la démonstration) et d'épistémologie des "fondements". Il s'adresse aussi bien aux mathématiciens qu'aux informaticiens, aux philosophes qu'aux physiciens et aux linguistes.
Il nous emmène du paradoxe de Gödel (l'incomplétude), des limbes du signifiant, à la logique parfaite, cette logique sans point aveugle ou presque qui réfère à un monde d'actions. Nous quittons alors les vérités pérennes pour vivre dans l'instant : en termes linguistiques, nous passons de l'imparfait au parfait. L'infini retrouve ainsi son étymologie (imparfaite) : celle du non-terminé.
Epistémologiquement, le texte rompt avec la sempiternelle polarisation entre réalisme et anti-réalisme, en lui substituant l'opposition entre existence et essence. D'ontologique, la question devient morphologique : la logique est-elle antérieure aux phénomènes qu'elle contrôle ?
Cet ouvrage est le premier d'une publication en deux volumes. Ce n'est qu'au second tome, avec l'analyse de l'imperfection, que nous arriverons à la pérennité non pérenne ; c'est un peu la réconciliation de l'essence et de l'existence sur d'autres bases que la familière combinatoire logistique : les algèbres d'opérateurs.

Jean-Yves Girard, directeur de recherche au CNRS, travaille à l'institut de Mathématiques de Luminy. C'est un logicien à qui l'on doit, entre autres, le système F, la logique linéaire et la ludique, contributions mathématiques à la logique ; ainsi qu'une réflexion épistémologique, contribution philosophique à cette même logique. Médaille d'argent du CNRS, correspondant à l'Académie des sciences, membre de l'Académie européenne.


Le Point Aveugle II: Cours de Logique : Vers l'Imperfection
Jean-Yves Girard 

ISBN : 9782705666347

Le Point Aveugle II : Vers l’imperfection.
Ce livre est à la fois un cours de logique (théorie de la démonstration) et d’épistémologie des “fondements”. Il s’adresse aussi bien aux mathématiciens qu’aux informaticiens, aux philosophes qu’aux physiciens et aux linguistes.
Le premier tome Vers la perfection s’achevait sur la logique linéaire et la distinction entre parfait et imparfait : le parfait référant à un monde d’actions où l’on vit dans l’instant loin des vérités pérennes, alors que l’imparfait est le monde de l’infini et de la pérennité, lieu du non-terminé. Alors que la perfection s’analyse sans problème, tous les paradigmes logiques considérés deviennent problématiques hors du mode parfait.
Dans ce second tome Vers l’imperfection, nous interrogeons ce monde imparfait. En particulier, comment postuler la pérennité sans postuler en même temps la pérennité de la pérennité ? Une pérennité non pérenne s’exprime cependant dans les logiques iconoclastes, des systèmes qui font sens sur le papier, mais qu’on a du mal à asseoir : la bonne intuition se trouve finalement du côté de la mécanique quantique et des algèbres d’opérateurs : c’est la géométrie de l’interaction.
L’interprétation de l’imperfection suppose la reconnaissance de l’intrication entre sujet et objet : on découvre in fine que la tradition logique a minimisé le rôle du sujet ; paradoxalement, en cherchant des notions objectives, elle est tombée dans le subjectivisme.

Le premier tome s’ouvrait sur l’essentialisme arrogant de Tarski : la vérité est la qualité de ce qui est vrai. Le second tome lui répond en se refermant sur une définition subjective de la vérité, qui tient (enfin) compte de la place prépondérante du sujet dans l’énonciation.


Mathématiques et sciences de la nature: La singularité physique du vivant
Francis Bailly Giuseppe Longo
2006
ISBN : 2 7056 6630 3

Ce livre vise à dégager un cadre conceptuel, tendanciellement unitaire, qui s'appuie sur la situation contemporaine des sciences - essentiellement physique et biologie -, dans un rapport étroit, mais non subordonné, aux analyses des fondements des mathématiques. Comme partie intégrante de ce cadre, nous expliciterons quelques principes pour une philosophie moderne de la nature et nous essayerons de développer une approche théorique de certains aspects de la biologie. Cette approche, tout en s'inspirant des pratiques et de la conceptualisation physico-mathématiques, se démarquera nettement des théories physiques courantes dans la spécification des phénomènes du vivant.

Ce livre s'adresse aussi bien aux chercheurs et aux étudiants qu'aux lecteurs intéressés dans les domaines des mathématiques, de l'informatique, de la philosophie, de la physique ou de la biologie.

Francis Bailly, chercheur au CNRS, Laboratoire de physique des solides.
Giuseppe Longo, directeur de recherches CNRS - Ecole normale supérieure, membre de l'Académie européenne.


















Friday, November 4, 2011

comment bien chercher une revue (imprimée ou électronique) dans sudoc? Exemple la revue "Hist. Philos. Life Sci."

Exemple: on cherche  la revue "Hist. Philos. Life Sci."

Le revue est indexée avec abstract (depuis 2011) par WoS, medline... Elle a même un impact
factor dans JCR (0.6)
Cette revue est indexée mais biblioVie, BiblioST2i, biblioSHS, bcp de portails de BU d'université,
biblioInserm,  cairn.info n'ont le texte intégral!
Donc il reste à trouver la version papier.

On récupère le titre et ISSN avec WoS ou autres:
  1. ISO Abbrev. Title:     Hist. Philos. Life Sci.
  2. History and Philosophy of the Life Sciences
  3. ISSN:     0391-9714.

1) Avec Sudoc, si on entre la  versions Abbrev du titre, on ne trouve rien!
http://www.sudoc.abes.fr/DB=2.1/SET=1/TTL=1/CMD?ACT=SRCHA&IKT=1016&SRT=YOP&TRM=Hist.+Philos.+Life+Sci.

2) Avec sudoc, avec le titre complet,
http://www.sudoc.abes.fr/DB=2.1/SET=2/TTL=1/CMD?ACT=SRCHA&IKT=1016&SRT=YOP&TRM=%22History+and+Philosophy+of+the+Life+Sciences%22

On trouve 2 types de retour:
  • on ne trouve qu'une BU qui a l'accès électronique!
    History and philosophy of the life sciences [Ressource électronique]
    On apprend la date de création de la version électronique: depuis 2006
    http://mussi.mnhn.fr/webcontent/viewer/viewer.asp?INSTANCE=INCIPIO&EXTERNALID=WBCTDOC_1090
  • on trouve  17 BU qui ont la version imprimée.
    History and philosophy of the life sciences [Texte imprimé]
    On apprend la date de création: Vol. 1, no. 1 (1979)-
3) Avec Sudoc, avec le n° ISSN périodiques
http://www.sudoc.abes.fr/DB=2.1/SET=3/TTL=5/CMD?ACT=SRCHA&IKT=8&SRT=YOP&TRM=0391-9714
On trouve directement la notice "History and philosophy of the life sciences [Texte imprimé]"

REm: on a deux ISSN: ISSN: 0391-9714 ISSN en ligne: 1742-6316

Thursday, November 3, 2011

selection of articles; History of Philosophy of the Life Sciences is a multilanguage interdisciplinary journal

http://www.hpls-szn.com/

just a small selection  (from Vol. 33, no. 2 (2011) to Vol. 27, no. 1 (2005))
(in red= star)

http://www.hpls-szn.com/articles.asp?id=135&book=29
Olivier Perru, Le mutualisme biologique, concepts et modèles
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 33, no. 2 (2011)
Mutualism is a biological association for a mutual benefit between two different species. In this paper, firstly, we examine the history and signification of mutualism in relation to symbiosis. Then, we consider the link between concepts and models of mutualism. Models of mutualism depend on different concepts we use: If mutualism is situated at populations’ level, it will be expressed by Lotka-Volterra models, concerning exclusively populations’ size. If mutualism is considered as a resources’ exchange or a biological market increasing the fitness of these organisms, it will be described at an individual level by a cost-benefit model. Our analysis will be limited to the history and epistemology of Lotka-Volterra models and we hypothesize that these models are adapted at first to translate dynamic evolutions of mutualism. They render stability or variations of size and assume that there are clear distinctions and a state of equilibrium between populations of different species. Italian mathematician Vito Volterra demonstrated that biological associations consist in a constant relation between some species. In 1931 and 1935, Volterra described the general form of antagonistic or mutualistic biological associations by the same differential equations. We recognize that these equations have been more used to model competition or prey-predator interactions, but a simple sign change allows describing mutualism. The epistemological problem is the following: Volterra’s equations help us to conceptualize a global phenomenon. However, mutualistic interactions may have stronger effects away from equilibrium and these effects may be better understood at individual level. We conclude that, between 1985 and 2000, some researchers carried on working and converting Lotka-Volterra models but this description appeared as insufficient. So, other researchers adopted an economical viewpoint, considering mutualism as a biological market.

Staffan Müller-Wille, The Dark Side of Evolution: Caprice, Deceit, Redundancy
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 31, no. 2 (2009)
(The prevalent reading of Darwin’s achievements today is adaptationist. Darwin, so the usual story goes, succeeded in providing a naturalistic explanation of the fact that organisms are adapted to their environments, a fact that served and continues to serve, as a chief argument for creationism. This stands in a curious tension with Darwin’s own fascination with phenomena whose adaptive value was problematic, like vicariance, ornaments, atavisms, and rudiments, as well as the various “contraptions” and “contrivances” by which organisms take advantage of each other. I will explore this “dark side” of Darwin’s evolutionism with respect to three themes that run through his work: heredity, which provided one of the corner stones of Darwin’s theory and yet was defined as an essentially capricious, not necessarily adaptive force; mimicry, which for Darwin exemplified a general tendency of nature to produce deceiving semblances that turn actual relations on their head; and extinction, a phenomenon that pointed towards the redundancy of life, which for Darwin, in the double sense of that word, was both a fundamental condition and necessary consequence of evolution by natural selection.)

Winfried Menninghaus, Biology à la mode: Charles Darwin’s Aesthetics of “Ornament”
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 31, no. 2 (2009)
(Historians have long noted the importance of Victorian culture for the emergence of Darwin’s ideas. This paper takes this understanding one step further by illustrating a deep cultural analysis for the underlying aesthetics framework which, on the one hand, is part of Darwin’s notion of sexual selection while, at the same time, serving to give rise to a new “aesthetics semantics.” While evolutionary biology avoids this language, it nevertheless had far-reaching influences in the decades following the publication of Darwin’s work. Additionally, evolutionary aesthetics from Darwin provides unique insights on the philosophical foundations it draws upon)


Anthony S. Travis, Models for Biomedical Research: The Theory and Practice of Paul Ehrlich
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 30, no. 1 (2008)
In the late-nineteenth and early-twentieth centuries, the study of the living world placed considerable reliance on applied chemistry and chemical concepts. Paul Ehrlich, the subject of this paper, adopted from the mid-1870s principles of organic chemistry to devise procedures for use in histology, to suggest features of cellular structure, and to draw up cartoons that explained the nature of immunity. From a distinctly molecular basis, he devised meaningful experimental strategies and was inspired to develop speculative but effective theoretical models along the same lines that chemists had used to resolve problems of molecular structure and behavior. Thus, Ehrlich suggested that combining power and toxicity were independent properties of the antigen toxin. He succeeded to classify synthetic dyestuffs as stains, to use them for investigating molecular combustion, to adapt theories of dyeing to develop models for both combustion and immunity, and to exploit the properties of dyes in the development of chemotherapy. Ehrlich not only speculated on the behavior of synthetic chemicals toward his model of the protoplasm but also invoked biological specificity, a concept that would have a tremendous impact on immunology, drug development, and molecular biology.


 Garcia-Sancho, M, From Metaphor to Practices: the Introduction of "Information Engineers" into the First DNA Sequence Database
HISTORY AND PHILOSOPHY OF THE LIFE SCIENCES  Volume: 33   Issue: 1   Pages: 71-104   Published: 2011
This paper explores the introduction of professional systems engineers and information management practices into the first centralized DNA sequence database, developed at the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) during the 1980s. In so doing, it complements the literature on the emergence of an information discourse after World War II and its subsequent influence in biological research. By the careers of the database creators and the computer algorithms they designed, analyzing, from the mid-1960s onwards information in biology gradually shifted from a pervasive metaphor to be embodied in practices and professionals such as those incorporated at the EMBL. I then investigate the reception of these database professionals by the EMBL biological staff, which evolved from initial disregard to necessary collaboration as the relationship between DNA, genes, and proteins turned out to be more complex than expected. The trajectories of the database professionals at the EMBL suggest that the initial subject matter of the historiography of genomics should be the long-standing practices that emerged after World War II and to a large extent originated outside biomedicine and academia. Only after addressing these practices, historians may turn to their further disciplinary assemblage in fields such as bioinformatics or biotechnology.

Maureen A. O’Malley, Exploratory Experimentation and Scientifi c Practice: Metagenomics and the Proteorhodopsin Case
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 29, no. 3 (2007)
Exploratory experimentation and high-throughput molecular biology appear to have considerable affi nity for each other. Included in the latter category is metagenomics, which is the DNA-based study of diverse microbial communities from a vast range of non-laboratory environments. Metagenomics has already made numerous discoveries and these have led to reinterpretations of fundamental concepts of microbial organization, evolution, and ecology. The most outstanding success story of metagenomics to date involves the discovery of a rhodopsin gene, named proteorhodopsin, in marine bacteria that were never suspected to have any photobiological capacities. A discussion of this fi nding and its detailed investigation illuminates the relationship between exploratory experimentation and metagenomics. Specifi cally, the proteorhodopsin story indicates that a dichotomous interpretation of theory-driven and exploratory experimentation is insuffi cient and that an interactive understanding of these two types of experimentation can be usefully supplemented by another category, “natural history experimentation”. Further refl ection on the context of metagenomics suggests the necessity of thinking more historically about exploratory and other forms of experimentation.


Alexander Powell, Maureen A. O’Malley, Staffan Müller-Wille, Jane Calvert, and John Dupré, Disciplinary Baptisms: A Comparison of the Naming Stories of Genetics, Molecular Biology, Genomics, and Systems Biology
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 29, no. 1 (2007)
Understanding how scientific activities use naming stories to achieve disciplinary status is important not only for insight into the past, but for evaluating current claims that new disciplines are emerging. In order to gain a historical understanding of how new disciplines develop in relation to these baptismal narratives, we compare two recently formed disciplines, systems biology and genomics, with two earlier related life sciences, genetics and molecular biology. These four disciplines span the twentieth century, a period in which the processes of disciplinary demarcation fundamentally changed from those characteristic of the nineteenth century. We outline how the establishment of each discipline relies upon an interplay of factors that include paradigmatic achievements, technological innovation, and social formations. Our focus, however, is the baptism stories that give the new discipline a founding narrative and articulate core problems, general approaches and constitutive methods. The highly plastic process of achieving disciplinary identity is further marked by the openness of disciplinary definition, tension between technological possibilities and the ways in which scientific issues are conceived and approached, synthesis of reductive and integrative strategies, and complex social interactions. The importance – albeit highly variable – of naming stories in these four cases indicates the scope for future studies that focus on failed disciplines or competing names. Further attention to disciplinary histories could, we suggest, give us richer insight into scientific development.


Michael-Andreas Esfeld and Bernardino Fantini, Causation in Biomedical Sciences. Introduction
History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 27, no. 3-4 (2005)
The aim of this paper is to show that biological kinds can be causally homogeneous, although all biological causes are identical with configurations of physical causes. The paper considers two different strategies to establish that result: the first one relies on two different manners of classification (according to function and according to composition); the other one exploits the idea of biological classifications being rather coarse-grained, whereas physical classifications are fine-grained.


History and Philosophy of the Life Sciences - Vol. 27, no. 3-4 (2005)
CONTENT:
321   
Michael-Andreas Esfeld and Bernardino Fantini, Causation in Biomedical Sciences. Introduction
325   
Jaegwon Kim, Laws, Causation, and Explanation in the Special Sciences
339   
Michael Sollberger, Commentary on Jaegwon Kim: Laws, Causation, and Explanation in the Special Sciences
345   
Alex Rosenberg, Defending Information-Free Genocentrism
361   
Marc Aurel Hunziker, Commentary on Alex Rosenberg:
Defending Information-Free Genocentrism
365   
Alfredo Morabia, Epidemiological Causality
381   
Giovanni Boniolo, Mirella Libero and Anna Aprile, Causality and Methodology. Notes on Thanatochronological Estimations
395   
Jean Gayon, Chance, Explanation, and Causation in Evolutionary Theory
407   
Marcel Weber, Genes, Causation and Intentionality
421   
Michael Esfeld, The Causal Homogeneity of Biological Kinds
435   
Christian Sachse, Reduction of Biological Properties by Means of Functional Sub-Types
451   
Bernard Baetschi, Diderot, Cabanis and Lamarck on Psycho-Physical Causality
465   
Vincent Lam, Causation and Space-Time
479   
Georg Sparber, Counterfactual Overdetermination vs. the Causal Exclusion Problem
491   
Jens Harbecke, A Realist Approach to Biological Events






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History of Philosophy of the Life Sciences is an interdisciplinary journal committed to providing an integrative approach to understanding the life sciences. In specific terms, it welcomes submissions from biologists, historians, philosophers, and scholars in the social study of science that offer broad and interdisciplinary perspectives on the development of biology, especially as these perspectives illuminate both biology’s scientific development and its larger role in society. Submissions which are collaborative and feature different disciplinary approaches are especially encouraged, as are submissions written by senior and junior scholars (including graduate students). HPLS also welcomes submissions featuring novel formats. While it is anticipated most submissions will represent recent scholarship, they may also include essays on contemporary issues or perspectives, results of unique workshops, and/or discussions featuring a wide-range of perspectives. Papers are published on the understanding that they have not been published before and are not concurrently under offer to any other journal. Authors will usually receive a decision on their articles within 3 months of receipt.

The languages of the journal are English, French, German, and Italian; however, other languages can be considered. Book reviews are published only in English.


5-Year Impact Factor (JCR)= 0.6


Full Journal Title:     HISTORY AND PHILOSOPHY OF THE LIFE SCIENCES     
ISO Abbrev. Title:     Hist. Philos. Life Sci.
ISSN:     0391-9714
Issues/Year:     4 
Language:     MULTI-LANGUAGE
Journal Country/Territory:     ENGLAND
Publisher:     STAZIONE ZOOLOGICA ANTON DOHRN
Publisher Address:     VILLA COMMUNALE, NAPOLI 80121, ITALY
Subject Categories:     HISTORY & PHILOSOPHY OF SCIENCE