Paix et Santé, Pace è Salute pour 2025
La photo a été prise début 2025 sur la commune de Manso 20245 en Corse située à 40minutes en voiture de l'aéroport de Calvi.
Thursday, January 16, 2025
Thursday, October 17, 2024
Université de Corse
Pour commencer, visitez
https://fr.wikipedia.org/wiki/Universit%C3%A9_de_Corse-Pascal-Paoli
Brièvement l'université ouvre ses portes le 3 janvier 1765 à la suite du décret de la dernière consulta de 1763. Le premier recteur est le frère Mariani, qui est aussi professeur en droit civil, droit canon et éthique ; également présent Bonfiglio Guelfucci, qui fut nommé professeur de théologie et d'histoire ecclésiastique.
Leonardo Grimaldi pour la philosophie et les mathématiques.
À la suite de la défaite de Ponte Novu et à l'exil de Paoli ,l'université doit fermer ses portes le 25 juin 1769, soit que 4 ans et demi de vie!
L’université moderne n'est créée qu'en 1975 avec des statuts dérogatoires, puis elle prend des statuts de droit commun seulement en 1982!
Le but de la création de cette université était de former les cadres de la Nation corse et du monde méditerranéen.
Les corses ne sont pas tous des sauvages vivants dans le maquis! Ils nous faut sans cesse lutter contre l'image négative moderne sur les corses provenant de la défaite de Napoléon III et l'anti-corsisme, racisme anticorse, de notre époque, issu notamment des écrits de Victor Hugo, son opposant politique et des personnes de divers courants y compris dans les profondeurs de notre histoire avec par exemple certains écrits de Sénèque, exilé par l'empereur Claude entre 41 et 49 après J.-C. en Corse, qui sombra dans la neurasthénie obsédé par le désir de retrouver Rome et maudissant la Corse et les corses.
La corsophobie tranche avec la forte convoitise de l'île nommée souvent l'ïle de beauté.
Il faut comprendre que la géographie de la Corsica engendre une forte altérité de chaque vallée produisant une identité marquée de l'ensemble de la Nation corse. La Kyrnos a été très longtemps la seule île de Méditerranée où ses habitants vivaient à l'intérieur des terres contrairement aux autres îles plutôt tournées vers l'extérieur et dont les habitants avaient décidé de vivre plutôt sur le littoral. Par exemple le Niolu a presque toujours été le sanctuaire incarnant la conservation et la transmission des traditions, dont certaines datent de plus de 3000 ans comme les chants si proches des georgiens, voir même de la préhistoire du temps des chasseurs/cueilleurs avec les pratiques de chamanisme de type "mazzérisme", avec des liens anciens.
Tuesday, April 30, 2024
la Prius possède deux batteries; possibilité d'utiliser la batterie de puissance pour autre chose?
la Prius 3e génération possède deux batteries:
une batterie de puissance et
une batterie classique 12V comme toutes les automobiles.
La prise allume cigare tout comme les accessoires de la Prius ( autoradio, lampes .. ), sont connecté sur la batterie auxiliaire 12V qui est bien incapable de fournir une puissance pendant bien longtemps ( 12V sur env un débit d'électron stationnaire de 60A sur 1h soit 1A/minute /h et soit 600W/h .. ).
A moins de bricoler un système sur la batterie de puissance qui est elle de 50 700 W/h, avec un bidule lié à un transformateur 7,2V/220V (car la batterie de puissance est à 7,2V).
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une batterie de puissance et
une batterie classique 12V comme toutes les automobiles.
La prise allume cigare tout comme les accessoires de la Prius ( autoradio, lampes .. ), sont connecté sur la batterie auxiliaire 12V qui est bien incapable de fournir une puissance pendant bien longtemps ( 12V sur env un débit d'électron stationnaire de 60A sur 1h soit 1A/minute /h et soit 600W/h .. ).
A moins de bricoler un système sur la batterie de puissance qui est elle de 50 700 W/h, avec un bidule lié à un transformateur 7,2V/220V (car la batterie de puissance est à 7,2V).
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Friday, October 6, 2023
best HTLM-viewer en ligne (≠de HTML-editeur)
HTLM-viewer en ligne c'est juste pour écrire du HTML directement avec des clik pour insérer des tag et voir en temps réel l'interprétation du code.
https://htmlcodeeditor.com/ simple et efficace; j'aime bien les 2 fenêtres:
https://codebeautify.org/htmlviewer
https://jsonformatter.org/html-viewer
https://www.w3schools.com/html/tryit.asp?filename=tryhtml_editors
HTML-editeur c'est pour utiliser un traitement de texte qui va générer du HTML
encore nommés "Rich Text Editor"
les célèbres:
mais aussi ce présent HTML-editeur de blogger où je tape ces mots ;)
et aussi
et en JSON
Editor.js is a block-style editor for rich media stories. It outputs clean data in JSON instead of heavy HTML markup. And more important thing is that Editor.js is designed to be API extendable and pluggable.
So there are a few key features:
- Clean data output
- API pluggable
- Open source
retour après une période de repos et de réflexion
Après une période de repos et de réflexion, je reprends le temps d'alimenter ce "vieux" blog
Friday, April 7, 2023
format de fichier nifti .nii et codes en python, javascript, matlab, mathematica...
The Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI) is an open file format
présentation du format
file nifti1.h
https://nifti.nimh.nih.gov/pub/dist/src/niftilib/nifti1.h
The NIfTI 1 header is a small C structure of size 352 bytes.
sizeof_hdr : 348
data_type : b''
db_name : b''
extents : 0
session_error : 0
regular : b'r'
dim_info : 57
dim : [ 4 128 96 24 2 1 1 1]
intent_p1 : 0.0
intent_p2 : 0.0
intent_p3 : 0.0
intent_code : none
datatype : int16
bitpix : 16
slice_start : 0
pixdim : [ -1. 2. 2. 2.2 2000. 1. 1. 1. ]
vox_offset : 0.0
scl_slope : nan
scl_inter : nan
slice_end : 23
slice_code : unknown
xyzt_units : 10
cal_max : 1162.0
cal_min : 0.0
slice_duration : 0.0
toffset : 0.0
glmax : 0
glmin : 0
descrip : b'FSL3.3\x00 v2.25 NIfTI-1 Single file format'
aux_file : b''
qform_code : scanner
sform_code : scanner
quatern_b : -1.94510681403e-26
quatern_c : -0.996708512306
quatern_d : -0.081068739295
qoffset_x : 117.855102539
qoffset_y : -35.7229423523
qoffset_z : -7.24879837036
srow_x : [ -2. 0. 0. 117.86]
srow_y : [ -0. 1.97 -0.36 -35.72]
srow_z : [ 0. 0.32 2.17 -7.25]
intent_name : b''
magic : b'n+1'
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intent_name : b''
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The NIfTI 2 header is similar, but of length 540 bytes, with fewer fields.
Cox, R. W., J. Ashburner, H. Breman, K. Fissell, C. Haselgrove, C. J. Holmes, J. L. Lancaster, D. E. Rex, S. M. Smith, J. B. Woodward, and S. C. Strother. "A (sort of) new image data format standard: NiFTI-1." 10th Annual Meeting of Organisation of Human Brain Mapping, Budapest, Hungary, June 2004.
NiBabel; Access a cacophony of neuro-imaging file formats
en python
en javascript
A JavaScript NIfTI file format reader.
This reader supports both NIfTI-1 and NIfT1-2 file formats, both compressed (.nii.gz) and uncompressed (.nii).
on line with your own server
Papaya is a pure JavaScript medical research image viewer, supporting DICOM and NIFTI formats, compatible across a range of web browsers. This orthogonal viewer supports overlays, atlases, GIFTI & VTK surface data and DTI data. The Papaya UI is configurable with many display, menu and control options and can be run on a web server or as a local, shareable file.
online
matlab
Introduced in R2017b
pour le header:
The niftiinfo function supports both the NIfTI1 and NIfTI2 file formats.
mathematica
il ne lit de manière native qu'à partie de la version 13.1 (qui nécessite mac os ≥10.14)
Thursday, April 6, 2023
viewer/programmes de fichier nifti et dicom; et outils deep learning associés
Introduction
le point important est la certification CE et/ou FDA pour un usage médical.
Ici on présentera surtout les programmes open/libre.
j'avais posté un vieux billet il y a 10ans:
que sur mac
postDICOM
Logiciel d'imagerie DICOM : ce qu'il faut savoir si vous êtes un utilisateur Mac:
postcom est certifié CE orienté outils radiologue et reste un executable payant :
Il compare les autres services sur mac
Osirix MD prétend être un poste de travail d'imagerie médicale complet pour tous les services de radiologie. Il est facile à installer et peut être intégré à n'importe quel serveur PACS. Il propose des techniques de post-traitement avancées, notamment le rendu MPR, MIP, volume et surface. Il permet également une reconstruction incurvée, qui peut aider à tracer des vaisseaux tels que l'aorte ou les bronches. Il prend en charge la visualisation d'images 2D et offre également une prise en charge des images 4D telles que les acquisitions cardiaques
Osirix a obtenu l'approbation de la FDA pour l'imagerie diagnostique en médecine. Il possède également un label CE et est considéré comme un produit de classe IIa. Une version d'essai, Osirix lite, est disponible gratuitement. Cependant, il s'agit d'une version de démonstration, et toutes les images sont générées avec un filigrane. Il n'est pas homologué et n'est donc pas destiné à un usage médical.
Horos est un logiciel open source sous licence conçu par des radiologues au Royaume-Uni. Il est continuellement amélioré et mis à jour. Contrairement à Osirix lite, il offre de nombreuses fonctionnalités avancées, notamment MPR, MIP 3D, rendu de volume 3D, fusion d'images et d'autres outils de mesure.
Horos offre une assistance complète aux nouveaux utilisateurs, à la fois gratuite et payante. Ils proposent un didacticiel vidéo en quatre parties, ainsi qu'un guide d'utilisation détaillé. En outre, ils proposent également une assistance rémunérée où vous pouvez travailler en tête-à-tête avec un expert.
Horos propose un stockage d'images basé sur le cloud, à partir duquel des rapports peuvent être générés et partagés. L'abonnement gratuit permet de créer cinq rapports et cinq partages par mois. Cela peut être amélioré moyennant des frais. Les rapports peuvent être personnalisés pour répondre aux besoins de chaque cabinet. Horos propose également un assistant de migration Osirix, si vous souhaitez plutôt passer à cette application, sans perdre vos fonctionnalités et données enregistrées.
Miele LXIV
Miele LXIV est une autre visionneuse DICOM gratuite qui a été conçue exclusivement pour les utilisateurs de Mac. Il permet l'intégration avec tous les serveurs PACS. Il peut également importer facilement des fichiers DICOM à partir d'un lecteur de CD. Comme Horos, il offre des fonctionnalités avancées, notamment la MPR, le MIP, le rendu de volume 3D, la fusion d'images et l'imagerie 4D des scanners cardiaques. Il génère des modèles 3D interactifs qui permettent une meilleure orientation anatomique et une meilleure planification du traitement. Les images peuvent également être exportées vers d'autres applications Mac. Cette application est disponible en sept langues différentes, elle peut donc être utilisée par des professionnels du monde entier. Le logiciel est entièrement gratuit pour une utilisation non commerciale.
Visionneuse DICOM mRay
Il s'agit d'un logiciel DICOM gratuit pour Mac, conçu par une société allemande et compatible avec le système d'exploitation Mac. L'application a en fait été principalement conçue pour fonctionner sur les appareils mobiles, y compris l'iPad et l'iPhone. Une seule application sur l'appareil mobile aide les médecins à se connecter au PACS et à visualiser les images médicales des patients. Cependant, les fabricants ont averti que la visualisation d'images médicales sur des appareils mobiles doit être uniquement à des fins d'information, et qu'à des fins de diagnostic, une station de travail DICOM standard doit être utilisée. Cette visionneuse propose MPR, mais n'offre pas beaucoup d'autres fonctionnalités avancées. mRay ne peut être intégré au PACS que via un serveur mRay. Bien que la visionneuse soit gratuite, le serveur mRay n'est gratuit que pendant une période d'essai limitée, après quoi le paiement est requis.
Visionneuse 3 Dim
3Dimviewer est un logiciel DICOM gratuit compatible avec de nombreux systèmes d'exploitation, y compris Mac. Il s'agit d'un logiciel sous licence libre originaire de la République tchèque. Ce logiciel DICOM avancé possède des fonctionnalités telles que MPR, MIP et la fusion d'images. Il ne permet pas d'exporter vers des formats d'image plus simples. Il est léger et possède une interface très facile à utiliser. Donc, si vous venez de vous familiariser avec les applications DICOM, c'est un excellent logiciel à essayer.
Weasis
Weasis est une application puissante récemment publiée qui est compatible avec le système d'exploitation Mac, ainsi que d'autres systèmes tels que Windows et Linux. Il peut être intégré à plusieurs serveurs PACS. Bien qu'il permette la reconstruction 3D, la reconstruction multiplanaire et le MIP, il ne prend pas en charge la fusion d'images. Il permet de mesurer le SUV et a la capacité de créer des rapports structurés. L'une des caractéristiques uniques de Weasis est qu'en plus des images médicales, il est compatible avec les ECG. Cela serait utile aux cliniciens tels que les cardiologues et les médecins généralistes pour avoir une vue d'ensemble de la fonction cardiaque. Il permet d'importer des fichiers dans des formats d'image tels que JPEG et PNG. Weasis prétend offrir une assistance dans plusieurs langues. Le logiciel DICOM est entièrement gratuit pour une utilisation non commerciale.
OsiriX
Sur mac, pas mal de médecins utilisent osirix qui au départ fut "open" puis est devenu un produit commercial. La 1ere release date de avril 2004. En février 2010, les auteurs initiaux créent la société Pixmeo afin de certifier OsiriX au regard des exigences de la Food and Drug Administration et d'étendre l'offre de support qui se nomme "OsiriX MD". il existe toujours une version gratuite "OsiriX lite" avec bcp de limitations.
https://fr.wikipedia.org/wiki/OsiriX
https://github.com/pixmeo/osirix
https://github.com/OsiriX-Foundation
OsiriX is described as 'image processing software dedicated to DICOM images (".dcm" / ".DCM" extension) produced by imaging equipment (MRI, CT, PET, PET-CT, SPECT-CT, Ultrasounds, ...)
Remarque, seul DICOM est un format médical, NiFTI est pour la recherche. Osirix lite propose un plugin Nifti to dicom
Horos
Horos est un programme de visu d'images médicales libre et gratuit, que sur mac. L'objectif du projet Horos est de développer une visu d'images médicales 64 bits entièrement fonctionnelle pour Mac OS X. Horos est basée sur Osiris et d'autres bibliothèques d'imagerie médicale open source. Horos est disponible sous la licence GNU Lesser General Public License, Version 3 (LGPL-3.0).
la dernière release date d'avril 2020.
pour les plugin, les mettre dans
utlisateur/yourName/Bibliotheque/application Support/Horos/plugin
Remarque, seul DICOM est un format médical, NiFTI est pour la recherche. Heros hérite du fait que Osirix propose un plugin Nifti to dicom, et n'ouvre pas de manière native du nifti.
Miele LXIV
Initially forked from the OsiriX project.
The project started in November 2014 as a fork of the popular open source 32-bit project OsiriX, but it has been modified to become a 64-bit application and to remove many of the limitations of the 32-bit version.
- Built for macOS 10.13 through 13.3
l'application executable mac est devenu payante: 50€!
multiplateforme
-->les plus utilisés: 3D slicer et ITK-snap
3D Slicer
dernière release: 5.2.2 / 22 February 2023
Slicer started as a master's thesis project between the Surgical Planning Laboratory at the Brigham and Women's Hospital and the MIT Artificial Intelligence Laboratory in 1998.
C++ 82.1%; Python 10.7%
3D Slicer is built on VTK, a pipeline-based graphical library that is widely used in scientific visualization and ITK, a framework widely used for the development of image segmentation and image registration. In version 4, the core application is implemented in C++, and the API is available through a Python wrapper to facilitate rapid, iterative development and visualization in the included Python console. The user interface is implemented in Qt, and may be extended using either C++ or Python.
getting start:
ITK-snap
ITK-SNAP is the result of over 15 years of work by many researchers, software engineers and students.
release 4.0.0 ; 20 fev 2023
pour mac, OS≥11.0
C++
pas de script, que du clic souris
ne prend pas en charge image en 32bits que 16bits max.
new features 4.0.0:
after you install , go to: help/install command-line tools
ITK-SNAP is packaged with several useful command-line programs. Visit http://itksnap.org/cmdl for a listing of these tools.
To create links to these programs in /usr/local/bin, execute the following command in the Terminal App:
sudo /Applications/ITK-SNAP.app/Contents/bin/install_cmdl.sh
To create links in another directory 'my_directory', execute
sudo /Applications/ITK-SNAP.app/Contents/bin/install_cmdl.sh my_directory
To enable the tools for a single session, enter this command into the Terminal window:
export PATH=/Applications/ITK-SNAP.app/Contents/bin:$PATH
Weasis
Windows, Linux, and Mac OS
Visionneuse 3 Dim
2021
Il s'agit d'un logiciel sous licence libre originaire de la République tchèque. Ce logiciel DICOM avancé possède des fonctionnalités telles que MPR, MIP et la fusion d'images. Il ne permet pas d'exporter vers des formats d'image plus simples. Il est léger et possède une interface très facile à utiliser.
INVESALIUS
InVesalius generates 3D medical imaging reconstructions based on a sequence of 2D DICOM files acquired with Computed Tomography or Magnetic Resonance images equipments.
InVesalius has been developed since 2001 by Centro de Tecnologia da Informação Renato Archer (CTI), in Brazil.
derniere release 3.1.1 (18 août 2017)
MRIcron
MRIcron is a cross-platform NIfTI format image viewer. It can load multiple layers of images, generate volume renderings and draw volumes of interest. It also provides dcm2nii for converting DICOM images to NIfTI format and NPM for statistics.
mricron: 2-September-2019 (v1.0.20190902) release
online
imageJ
très utilisé en biophotonique pour le traitement 2D
mais on peut l'utiliser avec des plugin 3D view.
il peut lire du format nifti avec
freesurfer, spécialisé brain
release 7.3.3 (9 septembre 2022)
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outils deep learning
Nilearn: Machine learning for Neuro-Imaging in Python, is a software package to facilitate the use of statistical learning on NeuroImaging data.
Namely Nilearn leverages the scikit-learn Python toolbox for multivariate statistics with applications such as predictive modelling, classification, decoding, or connectivity analysis.
INRIA
Release 0.10.0, janv 2023
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