Tuesday, February 7, 2012

Bidules d'Excellence et région RA; Initiatives d'excellence (IDEX) : résultat de la deuxième vague fevrier 2012. Equipex, LabEx,IRT,IHU, SATT, action Santé et biotechnologies;Lyon-St-Etienne (classée gamma; GaWC) est en fait abandonnée.

Grand emprunt

Pour sa ventilation  (>35lignes de projets),
voir par exemple http://fr.wikipedia.org/wiki/Grand_emprunt
En fait, il y  a  57 lignes de projets (en date de fin janvier 2012; première vague et deuxième vague étant des appels séparés)! Voir la liste des 57 à la fin de ce post avec chacun un lien pour ceux qui sont perdus dans ce labyrinthe. 

Classés par masse financière, les 5 premiers postes de dépense sont:
  1. IDEX: 7.7Md€
  2. Fonds national pour la société numérique: 4.25Md€
  3. IRT Institut de recherche en technologie: 2Md€
  4. Santé et biotechnologies: 1.55Md€
  5. Aéronautique:1.5Md€
soit 17Md€, grossièrement la moitié du grand emprunt fléchée sur ces 5 premiers postes.
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IDEX, le bilan 

Le Premier ministre a annoncé vendredi 3 février 2012 à Bordeaux, les résultats  de la deuxième vague des appels à projets "Initiatives d'excellence" (IDEX) du programme d'Investissements d'Avenir.
On peut donc dresser le bilan de cette opération d'une précipitation en dehors de toute raison. La raison si fondamentale dans tous les sciences, y compris les sciences politiques, est la grande absente de cette procédure. Souvenez vous de la création de l'AII et des 5 grands projets franco-allemands annoncés par Chirac en Avril 2005 dans sa fin de mandat. Ils sont tous tombés à l'eau en 2006...

Bref 5 projets sont retenus :

Projets retenus Initiatives d'excellence vague 2
RégionAcronymeNomPorteur
Provence-Alpes-Côte d'Azur  A*MIDEX  Aix-Marseille University Idex  Pôle de recherche et d'enseignement supérieur PRES Aix-Marseille Université
Midi-Pyrénées  UNITI Université de Toulouse  PRES Université de Toulouse
Ile-de-France  IPS Idex Paris-Saclay  Fondation de coopération scientifique Campus Paris-Saclay (en formation vers un PRES)
Ile-de-France  SUPER Sorbonne Université  PRES Sorbonne Université
Ile-de-France  USPC Université Sorbonne Paris Cité  PRES Sorbonne Paris Cité

Ces cinq projets s'ajoutent aux trois qui ont déjà été sélectionnés au cours de la première vague (UNISTRA à Strasbourg, doté de 750 millions d'euros,  Idex Bordeaux, doté de 700 millions d'euros et Paris Sciences et Lettres à Paris, doté de 750 millions d'euros).

Cet appel à projets est dotée de 7,7 milliards d'euros. Il a pour ambition de permettre de faire émerger en France 8 pôles pluridisciplinaires, qui seraient capables de rivaliser avec les plus grandes universités du monde (sic).

Quelle somme?
Nous y avons de l'ordre de 100million€/projet/an.
C'est le budget global récurrent d'une université de 10000étudiants.

La sélection  de ces projets s'articulait autour de 4 critères  :
  • L'excellence en matière de recherche, 
  • L'excellence en matière de formation et la capacité à innover,
  • L'intensité des partenariats avec l'environnement socio-économique et au niveau international
  • La capacité de la gouvernance à mettre en œuvre efficacement  la stratégie du projet : objectifs et trajectoire, politique des ressources humaines, allocation des moyens. 
5 IDEX_2ième_vague sont  passés sur les 11 projets (il faut aussi compter en plus les projets recyclés de la première vague).
Ref: http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid57875/11-candidatures-recues-pour-l-appel-a-projets-initiatives-d-excellence.html


En dehors de la région parisienne qui confisque 50% (4 projets sur les 8IDEX): l'aménagement du territoire se résume à Bordeaux, Strasbourg, Toulouse et Aix-Marseille!
Ni Lyon-St-Etienne, ni Lille, ni Nantes (Campus d'innovation Ouest= sept villes Nantes, Rennes, Angers, Le Mans, Brest, Vannes  et Lorient) ne sont passés!

Si on prend le classement du GaWC, Globalization and World Cities Research Network du Geography Department @ Loughborough University (http://www.lboro.ac.uk/gawc/world2010t.html; http://www.lboro.ac.uk/gawc/guide.html),
alors après Paris (classée "Alpha+" et non "Alpha ++" comme NY ou Londres),
  • Lyon est en position "gamma en 6ième position,
  • Marseille en "gamma-" en 7ième position,
  • Strasbourg et Lille, en high sufficiency respectivement 4ième et 29ième position
  • Nantes, Toulouse, Bordeaux, Montpeller, Nice en sufficiency 4ième, 6ième, 15ième, puis en fin de classement.
Cet effort de la nation aurait aidé Lyon-St-Etienne a passé la cap du gamma+ pour arriver juste au niveau de la centième "ville mondiale".
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Voici la lettre des porteurs du projet non doté Lyon-St-Etienne reçue ce 6 février 2012:
Chers collègues, chers amis


Vous savez désormais que nous ne faisons pas partie des cinq projets lauréats de la seconde vague d’Idex mais que, néanmoins, le Premier Ministre a salué la « très grande qualité des projets » de Lyon Saint-Étienne et Hesam. Le projet d’Idex de Lyon Saint-Etienne a en effet réuni une majorité simple des suffrages du jury international. Le CGI nous a indiqué que le très bon niveau de l’audition a été déterminant dans ce vote.


Le Premier Ministre a demandé à Laurent Wauquiez et au CGI, pour les sites d’Hesam et de Lyon Saint-Etienne, un dispositif d’accompagnement spécifique vers la reconnaissance de l’excellence. Le CGI nous a informés en début d’après-midi que cette reconnaissance pourra mener à une labellisation, contrairement à ce qu’une première déclaration avait laissé croire.


Même si nous pouvons être légitimement déçus de ne pas figurer parmi les cinq lauréats, la perspective ainsi ouverte mérite d’être considérée avec attention.


Nous tenons à remercier ceux qui se sont pleinement investis dans ce projet et nous vous assurons que nous sommes toujours entièrement dévoués à la réussite de notre démarche collective, que nous continuons à juger fructueuse et indispensable.


Michel Lussault et Jacques Samarut  (porteurs du projet)
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Ref: http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid59263/5-projets-selectionnes-pour-la-deuxieme-vague-de-l-appel-a-projets-initiatives-d-excellence.html
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Equipex le bilan
2ième_vague
 Depuis 20 dec 2012 on connais les sélectionnés de la deuxième vague.
On peut donc faire un bilan de cet ligne.

Rappel: pour le première vague (résultat était tombé en janvier 2011):
 340 millions d'euros pour les 52 lauréats de la première vague de l'appel à projets "équipements d'excellence"
 soit 340M€/52projets/10ans= 650k€/an/projet
  •     24 projets de 1 à 5 M€,
  •     16 projets de 5 à 10 M€,
  •     12 projets de plus de 10 M€.
Ref: http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid54722/340-millions-d-euros-pour-les-52-laureats-de-la-premiere-vague-de-l-appel-a-projets-equipements-d-excellence.html
Localisation: http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid56489/localisation-des-projets-investissements-d-avenir-equipements-d-excellence.html
9 équipex_1ère_vague ont intervenir des équipes de recherche de Lyon et de Saint-Etienne.
Lyon-Saint-Etienne s’est vu confirmé la réalisation de 9 projets dont 4 d’équipement de site et 5 participations dans des projets inter-régionaux.

Secteur Energie : Phare (3), Manutech (4,2) Total = 7.2 M€
Secteur Bio santé : SENS (1,8) IVTV (2,7) - Total = 4.5M€
Participation aux réseaux :
- Energie : ThomX (12 millions d’euros)
- Sciences de l’environnement : ECOX (4.2 m euros)
- Sciences informatiques : Equip@meso (10.5 m euros), FIT (5.8 m d’euros)



Quelle somme pour cette deuxième vague?  
210M€/36projets/8ans soit en moyenne 730k€/an/projet.

270 projets ont été reçus pour ce deuxième appel lancé en juin 2011: sur la base des évaluations et recommandations d'un jury international, présidé par Philippe Le Prestre, professeur de science politique et directeur de l'institut Hydro-Québec (Canada), 36projets ont été sélectionnés en janvier 2012 soit un taux de sélection de 13%! Quel gâchis pour la nation car cela fait beaucoup d'articles et de brevets en moins et énormément de désillusion et résignation, mortifère pour la science et la créativité...
A l'issue de cette deuxième vague, 210,3M€ sont attribués aux lauréats sur 8ans, issus de dotations en capital produisant des intérêts et de dotations immédiatement mobilisables pour de l'investissement:
Ainsi, l'achat des équipements, mais également une partie des coûts liés à leur fonctionnement, comme la maintenance, et certains personnels indispensables à l'installation ou à la mise au point de l'équipement, sont assurés par le financement.

L'ensemble des domaines de recherche est représenté à travers les 36 projets retenus: 6% en sciences numériques et mathématiques, 14% en sciences humaines et sociales, 17 % en sciences de de la terre, de l'écologie et de l'environnement, 39% dans le domaine de la matière et de l'énergie, 25% dans le secteur de la biologie-santé.

Pour la localisation en France:
http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid58821/localisation-des-projets-investissements-d-avenir-equipex-vague-2.html

Pour la région RA, la deuxième vague donne un bilan de 12 lauréats (mais elle s'avère assez décevante en regardant les détails):
1) BEDOFIH : Base européenne de données financières à haute fréquence
Université Pierre Mendès-France (Grenoble 2) ou CNRS / EUROFIDAI UPS
3390 CNRS en partenariat avec UPMF (Université de Grenoble 2), EUROFIDAI
UPS 3390 CNRS, GREGHEC UMR CNRS 2959 HEC Paris, Institut des Grilles
(Infrastructure nationale) UPS 3107 CNRS, LSPC UMR CNRS 5821 et UJF,
INSEAD OEE DATA SERVICES (IODS), Pôle de compétitivité mondial Finance
Innovation, Institut Bachelier, Information Finance Agency

2) BIBLISSIMA : Bibliotheca bibliothecarum novissima :
un observatoire du patrimoine écrit du Moyen Âge et de la Renaissance
(arabe, français, grec, hébreu, latin)
Paris en lien avec Lyon
3) CLIMCOR : Carottage PALEOclimatique: haute Résolution et Innovations
INSU CNRS; Grenoble
4) CRG\F : lignes synchrotron françaises à l'ESRF
5) CRITEX : Parc national d'équipements innovants pour l'étude spatiale et
temporelle de la Zone Critique des Bassins Versants
CNRS Grenoble
6) DURASOL : Etude du vieillissement accéléré des composants et systèmes
solaires photovoltaïques et thermiques et des corrélations climatiques via des
plates-formes multi-sites.
CEA
7) GENEPI : Equipement de gazéification pour plateforme innovante dédiée aux
énergies nouvelles
CEA / CIRAD, ARMINES
Grenoble, Albi
8) KINOVIS : Capture et analyse avancées des formes en mouvement
INRIA Grenoble
DESCRIPTION
Kinovis est une double plateforme de capture et d'analyse avancée des formes en
mouvement. La première à l’INRIA Grenoble, basée sur des caméras couleurs et de
profondeur, permettra l’acquisition d’information de géométrie et d’apparence sur les
formes en mouvement. La seconde plateforme au laboratoire d’Anatomie du CHU
de Grenoble (LADAF), basée sur des caméras couleurs et rayons X, permettra une
acquisition à la fois des structures anatomiques internes et externes pour les formes
biologiques.

9) LILI : Lyon - Imagerie Intégrée du Vivant : IRM-TEP hybride
Université de Lyon / Centre d’Etude et de Recherche Multimodal Et
Pluridisciplinaire en Imagerie du vivant (GIE CERMEP), Centre de Recherche en
Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Centre de
Recherche en Neurosciences de Lyon (CRNL), Cardiovasculaire, Métabolisme,
Diabétologie et Nutrition (CarMeN), Fondation Neurodis, Hospices Civils de Lyon
(HCL), SIEMENS Healthcare

 4Millions d'euro
Le projet consiste à développer une plateforme d'imagerie innovante composée d'un
système hybride de tomographie et d'imagerie par résonance magnétique pour
l’exploration structurelle et fonctionnelle  du vivant de manière simultanée. Il ouvrira
ainsi des voies innovantes d’étude des fonctions cérébrales, de la physiopathologie
des cancers, des dysfonctionnements cardiovasculaires, et des désordres
nutritionnels et métaboliques.

L'impact socio-économique des résultats du projet sera important avec d'une part
une diminution des coûts de santé par des diagnostics plus fiables et plus précoces
et d'autre part, un renforcement du partenariat avec SIEMENS. Enfin, il faut
souligner que la plateforme pourra être utilisée par des entreprises dans le domaine
pharmaceutique pour le test de l'efficacité des traitements.


Le projet LILI (Lyon Integrated Life Imaging: hybrid MRI-PET), porté par Olivier Bertrand, directeur de recherche INSERM en charge du Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon, aidé par Alexander Hammers, neurologue titulaire de la chaire d'excellence en neuro-imagerie fonctionnelle de la fondation NEURODIS, a été sélectionné dans la deuxième vague du volet EQUIPEX (équipements d'excellence) du programme Investissements d'Avenir. 
ref: http://www.cermep.fr/ged.php?login=vvv&catagenda=678404593d4722c&pk_orga=9&pkcateg=287

10) PhenoCan : Phenotypage pour le cancer.
Lyon, Saint-Etienne 
Université de Lyon / CENTRE DE RECHERCHE EN CANCEROLOGIE DE LYON,
IMMUNITÉ, INFECTION, VACCINATION, VIROLOGIE HUMAINE, LABORATOIRE
DE BIOLOGIE MOLECULAIRE DE LA CELLULE, INSTITUTE OF FUNCTIONAL
GENOMICS OF LYON, CARDIO-METABOLISM, DIABETES AND NUTRITION
RESEARCH LABORATORY, CENTRE DE RECHERCHE EN NEUROSCIENCES
DE LYON, CENTER FOR GENETICS AND MOLECULAR AND CELLULAR
PHYSIOLOGY, NUTRITION ET CERVEAU, SFR BIOSCIENCES GERLAND –
LYON SUD, SFR SANTE LYON-EST LOUIS LEOPOLD OLLIER, NETRIS
PHARMA

11) REFIMEVE+ : RESEAU FIBRE METROLOGIQUE A VOCATION EUROPEENNE
ParisXIII
12) RESIF-CORE : Réseau sismologique et géodésique français : l’équipement
fondamental
CNRS
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LabEx
LabEx 1ière vague:
http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid55551/investissements-d-avenir-projets-laboratoires-d-excellence-par-region-et-domaine.html
Vendredi 25 mars 2011: la liste des 100 lauréats de l’appel à projets "Laboratoires d’excellence"_1ière_vague, retenus parmi 241 candidatures.
L'Ile-de-France a passé 55 labex_1ière_vague (soit plus de la moitié)!
Grenoble et Lyon obtiennent 16 Labex.
http://www.grenoble-inp.fr/recherche/grenoble-8-projets-labex-retenus--354267.kjsp


Lyon - Saint-Etienne : 8 projets de LabEx_1ière_vague dotés sur les 12 présentés par l’Université de Lyon, et 2 projets dans lesquels l’UdL est associée, ont été retenus et seront financés par l’Etat.
http://imagine.universite-lyon.fr/labex/labex-laboratoires-d-excellence-158731.kjsp

En région, Grenoble et Lyon ont donc chacun 8 labex, tandis que Montpellier en décompte 7, Strasbourg 6 et Bordeaux 5. Parmi les moins bien servis figurent Aix-Marseille et Toulouse (3 labex chacun), Bretagne (2), Lille et Lorraine (1). Par ailleurs, des universités plus modestes ont obtenu le label : Amiens ou Limoges, par exemple.

Les sommes sont en fait très modestes:
1milliard€/100projets/10ans soit en moyenne un flux "récurrent" de 1million€/an/projet.
Idex deuxième vague étant tombé, nous y avons de l'ordre de 100million€/projet/an.
LabEx c'est du 1% d'IdEx.

Sur la procédure qui a été très critiquée: http://lemonde-educ.blog.lemonde.fr/2011/03/31/laboratoires-dexcellence-le-president-du-jury-sexplique-sur-ses-choix/

Concernant les cent labex lauréats, les sciences humaines n'ont pas été laminées (26 labex).Viennent ensuite les domaines biologie-santé (23), les sciences de l'environnement et de l'univers (17), les sciences numériques (15), l'énergie (10) et les nanotechnologies (9).

LabEx 2ième vague:
En ce début de février, nous sommes en attente des résultats de la deuxième vague (dossier qui était à envoyer  en nov 2011)
http://www.agence-nationale-recherche.fr/investissementsdavenir/AAP-LABEX-2011.html

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-------IRT
IRT première vague
1,5 milliard d'euros pour les six premiers Instituts de Recherche Technologique IRT sélectionnés en mai 2011
Ref:http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid57989/1-5-milliard-d-euros-pour-les-six-premiers-instituts-de-recherche-technologique.html
(Communiqué du 30/09/2011)
  1.     l'Institut "Nano" adossé au pôle de compétitivité Minalogic (Rhône Alpes)
  2.     l'Institut "Lyon BioTech" adossé au pôle de compétitivité Lyonbiopole (Rhône Alpes)
  3.     l'Institut "M2P" et adossé au pôle de compétitivité Materalia (Lorraine)
  4.     l'Institut "AESE" adossé au pôle de compétitivité Aerospace Valley (Midi-Pyrénées)
  5.     l'Institut "Railenium" adossé au pôle de compétitivité pôle I-Trans (Lille Nord de France)
  6.     l'Institut "Jules Verne" adossé au pôle de compétitivité EMC2 (Pays de la Loire)
Donc somme moyenne: 1.5Md€/10ans/6projets soit 25M€/an/projet


IRT deuxième vague
 Les projets proposés doivent être déposés sous forme électronique (documents de soumission téléchargeables) impérativement avant le 31 janvier 2011 à 13h00, sauf certaines annexes (documents B, C, D, G et I) qui devront être déposés sous forme électronique avant le 18 février 2011 à 13h.
http://investissement-avenir.gouvernement.fr/content/instituts-de-recherche-technologique-irt

----------autres bidules "excellence"

IHU première vague
850 millions d'euros pour les lauréats de l'appel à projets "Instituts Hospitalo-Universitaires" 
http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid55607/850-millions-d-euros-pour-les-laureats-de-l-appel-a-projets-instituts-hospitalo-universitaires.html
Cet appel à projets permettra de faire émerger des centres d'excellence qui renforceront l'attractivité de la France dans le domaine de la recherche en santé. Chaque I.H.U.  associera autour d'une spécialité, une université, un établissement de santé et des établissements de recherche. Il réunira des équipes de chercheurs et de médecins français et étrangers, organisés autour d'un projet d'excellence en matière de soin, de formation, de recherche et de valorisation.
(Communiqué du 30/03/2011)


Mars 2011 résultats pour les 19 candidats ayant postulé:
Bordeaux, Marseille et Strasbourg décrochent un IHU et Paris trois.
Six autres projets jugés "prometteurs" dont Lyon.
Bref Lyon n'a pas été classé dans les 6 premiers!
Les 6prometteurs:
  1. l'institut de médecine personnalisée du cancer  de Villejuif (avec l'institut Gustave Roussy et l'université Paris-Sud) ; 
  2. l'institut Saint-Louis coordonné par l'université Paris Diderot ; 
  3. l'institut protection et remplacement des organes 
  4. et l'institut cerveau et santé mentale de Lyon ; 
  5. le centre européen des sciences de la transplantation et d'immunothérapie de Nantes 
  6. le Handicap medical excellence à l'hôpital Raymond Poincaré (université Versailles Saint-Quentin). 

Quelle somme?
850 millions d'euros pour les six IHU lauréats soit 850M€/6projets/10ans= 14M€/an/projet
35  millions d'euros pour les 6 autres.
Toutefois, ces dotations seront non  "consomptibles" à 80 % : la somme sera placé sur un compte spécial du Trésor et seul les revenus pourront être utilisés.
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SATT première vague
Cinq sociétés d'accélération de transfert technologique vont bénéficier de 330 millions d'euros
http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid57908/cinq-societes-d-acceleration-de-transfert-technologique-vont-beneficier-de-330-millions-d-euros.html
Dotée d'un milliard d'euros, l'action "Fonds national de valorisation", a pour objectif d'accroître l'efficacité du dispositif français de valorisation de la recherche publique et d'améliorer significativement ses résultats, que ce soit sous forme de licences, de partenariats industriels, de création d'entreprises ou en facilitant la mobilité des chercheurs.
(Communiqué du 23/09/2011)

Les trois SATT rhônalpines ont été retoquées au 1er tour par le jury du Grand Emprunt.
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Appels à projets de l'action Santé et biotechnologies, deuxième vague; infrastructure
20 lauréats pour la seconde vague des appels à projets de l'action Santé et biotechnologies
http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid59286/20-laureats-pour-la-seconde-vague-des-appels-a-projets-de-l-action-sante-et-biotechnologies.html
Annonce des lauréats de la seconde vague des appels à projets démonstrateurs pré-industriels, infrastructures nationales en biologie et santé, bioinformatique et nanobiotechnologies de l'action Santé et biotechnologies.
Communiqué du 07/02/2012
La santé et les biotechnologies constituent un secteur clé de l'innovation, axe prioritaire de la stratégie nationale de recherche et d'innovation. L'action "Santé et biotechnologies" du Programme d'Investissements d'Avenir représente un investissement massif et sans précédent de 1,55 milliards d'euros spécifiquement dédié au secteur et intégralement engagé sur des projets de recherche de long terme.

Quelle somme?
Cette dotation va générer 383 millions d'euros de financement au titre de la première vague et 380 millions d'euros au titre de la seconde vague.

Ces 20 projets se repartissent comme ce qui suit :
    Les 2 projets de "nanobiotechnologies" sélectionnés viendront consolider l'action lancée dès le plan de relance de 2009 avec les plateformes "Nano-Innov". DIRAN va permettre d'améliorer la détection précoce des maladies nosocomiales et FACSBIOMARKER de développer de nouveaux bio-marqueurs pour détecter et soigner le cancer de la prostate.
    Les cinq projets lauréats en "bioinformatique" permettront de rattraper le retard dans trois domaines majeurs de la modélisation: les processus biologiques (avec trois projets: IBC, MAPPING et Abs4N.G.S.), les écosystèmes (RESET) et le cerveau (NiCONNECT).
    Les "démonstrateurs pré-industriels en biotechnologie" sont le maillon indispensable qui relie la recherche fondamentale ou appliquée et la production de masse. Les deux projets retenus pour ce volet s'appuient sur des partenariats industriels et biotechnologiques forts. MétaGenoPolis (MGP) va démontrer l'impact de la flore microbienne intestinale humaine sur la santé. CIMTECH permettra de valider de nouvelles cibles thérapeutiques et de produire des anticorps pour traiter les maladies inflammatoires ou les cancers. Avec ces deux projets, la communauté médicale, scientifique et industrielle pourra bénéficier des outils les plus performants.
    Enfin, les onze projets lauréats de l'appel à projets "infrastructures nationales de recherche en biologie et santé" prolongent l'action engagée avec les Alliances AVIESAN et ALLENVI.
Quatre projets concernent les écosystèmes et les écotechnologies (ANAEES, RECOLNAT, PHENOME, CRB-Anim), cinq concernent la médecine personnalisée (FLI, INGESTEM, IDMIT, E-CellFrance, TEFOR) et un la compréhension du cerveau (NEURATRIS).
Enfin, un grand projet de cohorte de santé publique, CONSTANCES permettra de constituer un "laboratoire humain" à très grande échelle, ouvert à la communauté scientifique et aux projets extérieurs, dans des domaines aussi divers que l'alimentation, la nutrition, le vieillissement et l'environnement.

exemple: NEURATRIS 22millions€, CEA; Paris; Evry; Fontenay-aux-Roses; Créteil
NEURATRIS constitue le partenaire français au sein de l'infrastructure européenne EATRIS

Ce projet cotoit  NiConnect : Outils pour la Recherche Clinique par cartographie de la
connectivité cérébrale fonctionnelle , de l'INRIA doté de 0.75M€.
Paris; Gif-sur-Yvette; Orsay; Créteil

------liste de tous les appels à projets:
  1. Équipements d’excellence
  2. Laboratoires d’excellence
  3. Initiatives d'excellence
  4. Equipements d'excellence - deuxième vague
  5. Initiatives d'excellence - deuxième vague
  6. Laboratoires d’excellence - deuxième vague
  7. Initiatives d'excellence en formations innovantes - IDEFI
  8. Sociétés d’Accélération du transfert de Technologies (SATT)
  9. Cohortes
  10. Instituts de Recherche Technologique (IRT)
  11. Instituts Carnot PME
  12. Instituts Carnot International
  13. Infrastructures
  14. Démonstrateurs
  15. Biotechnologies et Bioressources
  16. Bioinformatique
  17. Nanobiotechnologies
  18. Instituts hospitalo-universitaires (IHU)
  19. Infrastructures nationales de recherche en biologie et santé
  20. Démonstrateurs pré-industriels en biotechnologie
  21. Biotechnologies et bioressources
  22. Nanobiotechnologies 2
  23. Bio-informatique - deuxième vague
  24. Pôle de recherche Hositalo-Universitaire en Cancérologie
  25. Instituts d'excellence sur les énergies décarbonées (IEED)
  26. Instituts d'excellence sur les énergies décarbonées (IEED) - deuxième vague
  27. Financement de l'économie sociale et solidaire
  28. Investir dans la formation en alternance
  29. Développement de la culture scientifique et technique et l'égalité des chances
  30. 13 éco cités
  31. Ecocités n°2
  32. Espace
  33. THD Pilote
  34. Programme national très haut débit - réseaux d'initiative publique
  35. Nanoélectronique
  36. Nanoélectronique 2
  37. Technologies de numérisation et de valorisation des contenus culturels, scientifiques et éducatifs
  38. Technologies de sécurité et de résilience des réseaux
  39. Technologies de sécurité et de résilience des réseaux 2
  40. Briques génériques du logiciel embarqué
  41. Briques génériques du logiciel embarqué 2
  42. Briques génériques du logiciel embarqué 3
  43. e-Santé
  44. e-Santé n°2
  45. e-Education
  46. Informatique en nuage - cloud computing
  47. Informatique en nuage - cloud computing 2
  48. Ville numérique
  49. Systèmes de transport intelligents
  50. Déploiement de services mobiles sans contact NFC
  51. Technologies des contenus numériques n°2
  52. Services numériques innovants pour l'e-Education
  53. Pôles de compétitivité R&D
  54. Etats généraux de l'industrie : Filières
  55. Etats généraux de l'industrie : Réindustrialisation
  56. France Brevets
  57. Plates-formes mutualisées d'innovation
Ref:
http://investissement-avenir.gouvernement.fr/content/action-projets/tous-les-appels-%C3%A0-projets

Thursday, January 26, 2012

Quelques correspondances entre systèmes fonctionnels et systèmes formels; Correspondance de Curry-Howard ou preuve/programme

Ref: http://fr.wikipedia.org/wiki/Correspondance_de_Curry-Howard

La correspondance de Curry-Howard a établi un pont entre théorie de la démonstration et informatique théorique.
Le logicien français, Jean-Louis Krivine a fait le rapport entre différents théorèmes mathématiques et les programmes informatiques qu'ils représentent [Jean-Louis Krivine, Une preuve formelle et intuitionniste du théorème de complétude de la logique classique, Bull. Symb. Log. 2, 4, p. 405-421 (1996)]:
  •     l'absurde (appelé « bottom » : \perp) correspond à une instruction d'échappement, d'exception, ou à un programme qui ne finit pas (un terme non-typable dans le lambda-calcul simplement typé).
  •     le théorème d'incomplétude de Gödel qui dit qu'il y a des théorèmes que l'on ne peut pas démontrer correspond à un programme de réparation de fichiers.[réf. souhaitée]
  •     le théorème de complétude de Gödel correspond lui à un désassembleur interactif de programmes

 
Quelques correspondances entre systèmes fonctionnels et systèmes formels
Système fonctionnel Système formel
Calcul des constructions (Thierry Coquand)  ?
Système F (Jean-Yves Girard) Arithmétique de Peano du second ordre / Logique intuitionniste du second ordre
Système T (Kurt Gödel) Arithmétique de Peano du premier ordre / Logique intuitionniste du premier ordre
Système T1  ?
T0 (Récursion primitive) (Stephen Cole Kleene ? Thoralf Skolem ?) Arithmétique primitive récursive
Lambda-calcul simplement typé Calcul propositionnel minimal implicatif (déduction naturelle)
Logique combinatoire Calcul propositionnel minimal implicatif (à la Hilbert)
Calcul lambda-µ de Parigot Déduction naturelle en calcul propositionnel classique
Calcul lambda-µ-µ~ de Curien et Herbelin Calcul des séquents classique
Calcul symétrique de Berardi et calcul dual de Wadler Calcul des séquents avec \vee et \wedge

Tuesday, January 24, 2012

pdf ou html full texte et référence dans Zotero.

Actuellement pour sauvegarder mes pdf, et mes pages html d'articles ou de brevets et aussi mes sites utiles, j'utilise le célèbre open source zotero.

Il existe deux grands soucis avec zotero malgré sa puissance.
1)Il est assez énervant de jonglet avec les serveurs mandataires dans zotero. Une université et un organisme type CNRS paient très cher l'accès à des bouquets permettant la lecture et la sauvegarde d'un "full" texte d'un article scientifique (il faut toujours sauvegarder ses pdf car ces organismes ne paient que l'accès sur une durée de 1an). Il existe deux types d'accès :
  • soit par n° IP (faire attention au proxy) ou 
  • soit avec un mot de passe.
Zotero a tendance à passer en direct sans les serveurs mandataires...

2)Lien pdf (ou full html) avec la référence. Lorsque le pdf n'a pas de metadonnées ou si elles sont incorrectes (assez souvent!) alors il faut aussi mettre la référence et le lien entre le pdf et sa référence correcete dans la même collection dans son zotero. C'est coûteux en temps...
La solution que je propose est de bien gérer le corpus d'accès aux ref (et abstract) et de sauver la ref dans zotero (via les catalogues) puis de basculer vers le site d'accès pdf ou html complet en sachant que les éditeurs "oublient" souvent de mettre les métadonnées.
Le corpus de ce type de one-click service est : http://www.zotero.org/translators/

Web of science (WoS), la plus grande banque d'articles scientifique, ne fonctionne pas bien avec zotero (WoS est aussi l'éditeur de endnote qui contrairement à Zotero est payant).
Voir: http://ex-ample.blogspot.com/2011/12/solution-of-error-could-not-save-item.html

Ce corpus de sites "zotero compatibles" contient 7types où les références (attention à vérifier la qualité et le nombre de champs) sont accessibles en one-click import dans zotero (dans l'omnibarre):
  1. des libraires style Amazon
  2. des moteurs de recherche (google scholar, google books, scirius)
  3. des catalogues de bibliothèques comme sudoc (ou de votre université) ou comme worldcat, ou catalogue d'organisme comme medline (les références y sont souvent très bien cataloguées avec les champs complets et corrects)
  4. des logiciels de gestion biblio en ligne comme citeUlike,
  5. des archives ouvertes comme hal, arXiv, citeSeer...
  6. les ressources à abonnement où on peut récupérer le(s) pdf: WoS, Sciencedirect, springerLink, wiley, IEEExplore, spie, (en eco factiva)
  7. les ressources open access comme l'éditeur PLoS, biomed... ou des sites comme revues.org avec URL pérenne (ou equivalente à un DOI) ou encore le célèbre wikipedia (vérfier la qualité des références absoluement).
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Merci à Dominique du SCD Sciences de l'Université St-Etienne

Tuesday, January 3, 2012

Delivery of molecules into cells using carbon nanoparticles activated by femtosecond laser pulses

 Delivery of molecules into cells using carbon nanoparticles activated by femtosecond laser pulses
 Prerona Chakravarty,Wei Qian, Mostafa A. El-Sayed & Mark R. Prausnitz
    Nature Nanotechnology 5,607–611 (2010)
    doi:10.1038/nnano.2010.126

A major barrier to drug and gene delivery is crossing the cell's plasma membrane. Physical forces applied to cells via electroporation1, ultrasound2 and laser irradiation3, 4, 5, 6 generate nanoscale holes in the plasma membrane for direct delivery of drugs into the cytoplasm. Inspired by previous work showing that laser excitation of carbon nanoparticles can drive the carbon-steam reaction to generate highly controlled shock waves7, 8, 9, 10, we show that carbon black nanoparticles activated by femtosecond laser pulses can facilitate the delivery of small molecules, proteins and DNA into two types of cells. Our initial results suggest that interaction between the laser energy and carbon black nanoparticles may generate photoacoustic forces by chemical reaction to create transient holes in the membrane for intracellular delivery.

Ref.
http://www.nature.com/nnano/journal/v5/n8/abs/nnano.2010.126.html

Monday, January 2, 2012

pas de vascularisation: cartilage, articulation, système osteo-articulaire; arthrose fulgurante; Arthrose de l’Articulation Interphalangienne Distale des Doigts

L’ensemble du cartilage ne présente pas de vascularisation (comme la cornée) ce qui est assez rare par rapport aux autres tissus.

Malgré le pourcentage élevé de la population atteinte, nous disposons de peu de traitements efficaces, et les processus de destruction du cartilage articulaire restent encore mal connus.

J'ai trouvé un article sérieux qui laisserait penser un petit effet via le magnétisme (en anglais):
http://www.cmaj.ca/content/177/7/736.full

ASPECTS FONDAMENTAUX
Le cartilage, qu’il soit articulaire (AR) ou de croissance (GP pour Growth Plate) est composé d'un seul type cellulaire, le chondrocyte, qui synthétise et secrète des protéines formant une matrice extra-cellulaire très spécifique.
L’ensemble du cartilage  avasculaire est donc globalement hypoxique. Il n’est pas non plus innervé (Fig. 1).
Cette matrice est responsable du maintien du phénotype cellulaire et des fonctions mécaniques du cartilage. Au cours du temps, le chondrocyte et sa matrice subissent un processus physiologique dénommé sénescence. Ce processus débute dès la deuxième décennie de la vie et touche le cartilage articulaire (et le disque intervertébral). Dans certains cas il peut s’aggraver aboutissant au processus pathologique commun de toutes les maladies articulaires : la destruction du cartilage.





L’articulation est, quant à elle, délimitée par une membrane synoviale et un manchon fibreux appelé capsule qui renforce à l’extérieur la membrane synoviale. Des ligaments latéraux et parfois intra-articulaires, notamment dans le cas du genou, viennent stabiliser l’articulation. Le cartilage se trouve donc enfermé dans une cavité close et stérile, et baigne dans un liquide visco-élastique sécrété par la membrane synoviale, le liquide synovial. Le cartilage articulaire permet de transmettre, d’amortir et de distribuer des charges tout en assurant un glissement harmonieux des pièces articulaires avec un coefficient de friction très bas. Sa capacité à subir des déformations réversibles est directement liée à son organisation structurale, c’est-à-dire à l’arrangement  des macromolécules qui le composent.

Le cartilage articulaire joue également un rôle essentiel dans la répartition des contraintes mécaniques sur une surface maximale de l’os sous-chondral (Radin et Rose 1986). Il est ainsi capable de résister aux forces de compression, tout en étant capable de se déformer pour supporter au mieux les contraintes mécaniques. Ces propriétés d’amortissement sont conférées par l’eau qu’il contient et qui constitue plus de 80% du poids du tissu hydraté, ainsi que par les protéoglycanes (PG) auxquels cette eau est associée et qui sont eux-mêmes piégés dans une trame de collagènes. La résistance aux compressions est d’autant mieux supportée que l’os sous-chondral présente une organisation en travées espacées les unes des autres par la mœlle osseuse, et perpendiculaires à la surface articulaire. En réponse à l’application d’une contrainte, cette structure de l’os sous-chondral permettrait au cartilage de s’affaisser entre les travées.  Ainsi, il est essentiel que l’intégrité biochimique et structurale du cartilage articulaire et de l’os sous-chondral soit conservée pour préserver la fonction articulaire. 

Les PGs confèrent l’élasticité nécessaire aux propriétés mécaniques du tissu cartilagineux. Quand les forces de compression s’exercent sur le cartilage, il se comporte comme un matériau visco-élastique : en charge, le cartilage se déforme instantanément. Cette capacité à se déformer est directement liée à la teneur en PGs. En effet, les charges négatives des groupements sulfatés attirent des ions de charges opposés, principalement du sodium, rendant le tissu très hydrophile. L’eau attirée dans le tissu crée alors une forte pression osmotique et augmente le volume des fibres de collagène. Lors d’une déformation, l’eau est expulsée et un équilibre s’établit entre la charge appliquée et la pression osmotique. Une fois la charge supprimée, les PGs se réhydratent et le réseau reprend son volume initial. 

Les chondrocytes occupent 10 % du volume cartilagineux total mais leur nombre, leur taille et leur forme ainsi que leur activité métabolique varient considérablement selon le type d’articulation, la localisation topographique et surtout l’âge de l’individu. Les chondrocytes ne migrent pas et se multiplient peu ou pas dans un cartilage sain. La densité cellulaire tend même à décroître avec l’âge.

En raison du caractère avasculaire du cartilage, le chondrocyte utilise essentiellement le glucose et privilégierait la voie de la glycolyse anaérobie. Le cartilage est un des rares tissus à fonctionner en hypoxie. Il existe ainsi un gradient hypoxique qui varie de 10 % de teneur en oxygène en surface à 1 % en profondeur. Les chondrocytes de la couche superficielle peuvent alors utiliser partiellement un fonctionnement aérobie par diffusion de l’oxygène présent dans le liquide synovial.

L’apport en nutriments provient presque exclusivement du liquide synovial. Celui-ci correspond à un dialysat sélectif du plasma auquel manquent les protéines de poids moléculaire élevé. Le liquide synovial sert également de lubrifiant pour l’articulation, amortit les chocs et évite le contact direct des cartilages articulaires entre eux. Ce pouvoir lubrifiant du liquide synovial est lié à l’abondance en AH à l’origine de sa viscosité. Il permet aussi l’évacuation des débris issus du cartilage articulaire en les dirigeant jusqu’au tissu synovial, siège de leur phagocytose. Chaque nutriment diffuse des capillaires synoviaux vers le liquide synovial avant d’atteindre la MEC du cartilage. Seuls les composants de bas poids moléculaire peuvent pénétrer le cartilage par simple diffusion ou imbibition favorisée par la mobilité de l’articulation. Les plus encombrants ne peuvent pénétrer que sous l’effet de la compression intermittente qui s’exerce au cours des mouvements. Les macromolécules ne peuvent pas pénétrer les mailles serrées de la surface articulaire. La charge ionique des molécules conditionne également leurs accès aux chondrocytes. Chaque cellule possède l’ensemble des organites nécessaires à la synthèse et à la maturation des protéines à destinée intra- et extracellulaire. L’analyse ultrastructurale du chondrocyte révèle un noyau central volumineux, des ribosomes, un réticulum endoplasmique, un appareil de Golgi, des mitochondries ainsi que des vacuoles lipidiques, glycogéniques et lysosomiales. Cependant, le métabolisme chondrocytaire tout comme l’aspect cellulaire et le nombre de cellules, est très variable selon la zone cartilagineuse considérée (Aydelotte et al. 1992). En situation physiologique, le chondrocyte maintient un équilibre dynamique entre la synthèse et la dégradation des protéines structurales de la matrice cartilagineuse (collagènes, PGs, glycoprotéines). Cet équilibre est rompu lors d'une maladie articulaire.

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Les maladies articulaires sont de deux types : 
  • inflammatoire (arthrite) ou 
  • dégénérative (arthrose). 
Elles évoluent vers la destruction du cartilage considérée comme inexorable, ce qui entraîne une limitation fonctionnelle et finalement un handicap hélas irréversible en l'état de nos connaissances. Dans le cas de l’arthrose on assiste à une accélération de la sénescence physiologique qui conduit à la destruction du cartilage du fait de l’incapacité quasi-complète des chondrocytes à "initier" des processus de réparation tissulaire.
On est alors dans le cadre d’une maladie locale.
Dans le cas de l’arthrite, le processus pathologique associe à la fois une inflammation locale articulaire et une inflammation systémique.


L’arthrose est une maladie très fréquente (en France, 5 millions de personnes sont concernées par cette pathologie) et le pourcentage de la population touchée par cette maladie augmente avec l’âge (Hamerman 1993). Différentes articulations peuvent être atteintes parmi lesquelles le genou (gonarthrose = 35 %), la hanche (coxarthrose= 20 %) ou encore les doigts. L’arthrose constitue la seconde cause d’invalidité après les maladies cardio-vasculaires et représente ainsi un véritable enjeu en terme de santé publique.
Avant l’âge de 50 ans, la pathologie est également répartie entre homme et femme. Puis, elle prédomine chez la femme en raison d’une prévalence élevée de la gonarthrose : 35 % des femmes de plus de 65 ans présentent des atteintes arthrosiques au niveau du genou (Kean et al. 2009).

Au cours du processus arthrosique, le cartilage s’assombrit, se ramollit, ce qui a pour conséquences de modifier ses propriétés d’amortissement des chocs. Il se fissure, s’érode et s’amincit pour ensuite disparaître totalement laissant l’os sous-chondral à nu. Ces changements provoquent des altérations osseuses avec une sclérose de l’os sous-chondral, la formation d’ostéophytes en marge des zones érodées et de géodes sous-chondrales. En se désagrégeant, le cartilage libère des fragments qui peuvent déclencher des réactions inflammatoires au niveau de la membrane synoviale. Les médiateurs inflammatoires alors libérés dans la cavité articulaire entretiennent le processus dégénératif en activant les enzymes protéolytiques et en diminuant la synthèse de la matrice.
A la suite de leur dégradation par les MMP-1, -8 et -13, les collagènes de la matrice cartilagineuse perdent leur structure en triple hélice (Billinghurst et al. 1997) et deviennent beaucoup plus sensibles à l’action des protéases. Un nouvel équilibre s’installe alors entre la pression osmotique générée par les PGs et la tension des fibres de collagènes qui ne peuvent plus restreindre l’entrée d’eau dans le cartilage. Le turn-over des collagènes étant très lent, une atteinte du réseau fibrillaire rend irréversible une atteinte du cartilage (Hasty et al. 1990).
L’arthrose peut être considérée comme une maladie du cartilage mais celui-ci n’est pas la seule cible puisque l’os sous-chondral est aussi atteint (Lajeunesse et Reboul 2003). Ainsi, ces changements de l’os accompagnant l’arthrose apparaissent assez tôt au cours du processus pathologique (Buckland-Wright et al. 2000).

L’arthrose est une maladie évolutive. Son rythme de progression diffère d’une personne à l’autre et n’est pas uniforme au cours du temps (Meachim et al. 1977) (Cicuttini et al. 1999) (Raynauld et al. 2004). Dans la plupart des cas, l’arthrose est marquée par des épisodes évolutifs par intermittence avec des poussées congestives aiguës caractérisées par des modifications du rythme de la douleur suivies de périodes d’accalmie. Ces poussées surviennent à une fréquence variable selon les patients et l’ancienneté de la maladie. Durant ces poussées, une accélération de la dégradation cartilagineuse est observée (Wluka et al. 2004).
La radiographie classique reste la technique la plus utilisée (bien que n'imageant que l'os et non le cartilage) mais l'IRM commence à l'être de plus en plus en plus (these Etude IRM du vieillissement articulaire à 1.5 et 7 Teslas : Approches volumiques et cartographiques par Jean-Christophe Goebel: http://www.theses.fr/2009NAN10108).

Actuellement aucun traitement réparateur n’existe pour répondre à la destruction du cartilage (hormis la pose d'une prothèse chirurgicale). Le développement d'alternatives thérapeutiques à la chirurgie pour prévenir ou réparer les lésions du cartilage reste un défi.

Thérapie tissulaire
1) intérêt des cellules souches du tissu péri-articulaire dans la régénération provoquée du cartilage
2) conception de biomatériaux destinés à réparer les traumatismes du cartilage articulaire (et du DIV) et à prévenir l’initiation de l’arthrose post-traumatique. Un biomatériau hybride peut être réalisé à partir de chondrocytes humains inclus dans un polymère biocompatible, le chitosan. Le phénotype de "néocartilage" des cellules a été analysé au cours de la culture (collaboration A. Domard, UMR CNRS 5627, et Laboratoires Genévrier, Sophia Antipolis). Ce travail a fait l'objet d'un Brevet en 2006. (Montembault et al, Biochimie 2006).
3)Récemment un chirurgien rennais commence à soigner l’arthrose de l’épaule en faisant repousser le cartilage. Une révolution qui est déjà une réalité. Philippe Collin est le seul à pratiquer cette opération en France.
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La destruction du cartilage se traduit d’abord par une dégradation de la matrice. Ce phénomène est initié par une diminution du contenu en protéoglycanes et en eau du tissu. Il s’y associe ensuite un processus de néosynthèse de collagène, considéré comme une réaction de défense de la cellule. Toutefois, cette réaction est inadaptée puisqu’elle aboutit à la production de collagène de type I et non de collagène de type II ce qui conduit à la formation d’une matrice non fonctionnelle.
En fait, le cartilage pathologique subit un double déséquilibre à la fois sur les synthèses et sur la dégradation des protéines matricielles. Les enzymes clés de la dégradation du cartilage sont les métalloprotéases matricielles (MMPs) dont la production est augmentée au cours de la destruction du cartilage. Ces MMPs et leur régulation sont une cible thérapeutique d’intérêt. L'augmentation de synthèse des MMPs est sous la dépendance de médiateurs pro-inflammatoires comme les cytokines (Interleukin-1beta, IL-1beta ; TNFalpha ; IL-17, etc...), des espèces réactives oxygénées (NOl, Ol) et/ou du stress mécanique (Figs. 2A, 2B).






Deux os recouverts de cartilage s’articulant ensemble forment une articulation. Au niveau des doigts les surfaces articulaires sont parfaitement congruentes et glissent l’une sur l’autre permettant le mouvement.
L’arthrose de l’articulation inter-phalangienne distale touche l’articulation située à l’extrémité du doigt.

SYMPTOMES et EXAMEN CLINIQUE
Le patient consulte pour un ou plusieurs symptômes parmi :
  •     La douleur : évoluant par poussées de 3 semaines environ.
  •     Le gonflement du bout du doigt lors des poussées douloureuses.
  •     La déformation de l’articulation inter phalangienne distale avec parfois désaxation du doigt. On retrouve fréquemment des nodules sur le dos  du doigt appelés nodules d’Heberden.
  •     Un kyste mucoïde (petite boule située près de l’ongle, le déformant parfois.
  •     Une raideur articulaire de l’extrémité du doigt.

    Plusieurs doigts d’une même main sont fréquemment touchés, souvent les deux mains sont atteintes. Parfois l’arthrose est globale et touche toutes les articulations des doigts.

TRAITEMENT
Le traitement commence avant tout par un traitement médical. On associera des antalgiques et des anti-inflammatoires en cas de non contre-indication. On peut également envisager le port d’une petite attelle. Cette attelle permet de diminuer les douleurs mais ne peut pas prévenir de la déformation du doigt.
En cas d’inefficacité du traitement précédent, il faut envisager un traitement chirurgical.
Plusieurs interventions sont possibles en fonction de la gêne:
  •     Le doigt est raide et/ou douloureux : L’arthrodèse est l’intervention la plus couramment utilisée. Elle consiste à faire fusionner l’articulation atteinte en extension à l‘aide de  2 broches. Elle a pour avantage de faire disparaître les douleurs et de donner un aspect cosmétique satisfaisant. En revanche, elle fait disparaître la mobilité de cette articulation.
  •     Les nodules du dos du doigt (nodules d’Heberden) douloureux ou non : Il est possible de réaliser une intervention de chirurgie esthétique (le lifting du doigt) consistant en l’ablation de ces nodules et à retendre la peau du dos du doigt. Il sera également pratiquer un lavage articulaire permettant de diminuer temporairement les douleurs. Cette intervention a l’avantage de redonner un doigt esthétique et de garder la mobilité articulaire mais l’inconvénient est que l’amélioration sur les douleurs et la mobilité est temporaire.
  •     Le kyste mucoïde : il est possible d’en réaliser l’ablation.
Les prothèses au niveau de cette articulation sont encore à l’essai.
Toutes ces interventions se déroulent en ambulatoire (c-a-d le patient ne dort pas à l’hôpital), sous anesthésie locale ou locorégionale (l’anesthésie générale est pratiquée uniquement en cas de contre-indication à l’anesthésie locale ou si le patient le souhaite).

SUITES POST-OPERATOIRES
En cas d’arthrodèse, le doigt reste immobilisé dans une petite attelle de doigt pendant 2 mois puis sera envisagé l’ablation des broches.
Pour les autres interventions, le patient sort de la clinique avec un pansement à changer tous les 2 jours jusqu’à cicatrisation complète, environ 2 à 3 semaines. Le patient mobilise les doigts immédiatement après l’intervention. Il n’y a pas de rééducation  dans les suites. Quelques douleurs peuvent persister pendant le mois qui suit l’intervention.

COMPLICATIONS
Les complications sont rares. Il s’agit essentiellement d’infection, parfois d’algodystrophie.
En cas d’arthrodèse, la fusion articulaire n’est parfois pas obtenue et nécessite une nouvelle intervention chirurgicale si le doigt reste douloureux. On pourra alors proposer une greffe osseuse pour obtenir la consolidation.
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Perturbation hormonale
Les effets des polluants environnementaux sur la croissance du squelette pendant le développement et sur l’homéostasie du cartilage articulaire (et du DIV) sont à souligner. Par example deux catégories de polluants: les Arylhydrocarbures (benzo-a-pyrène du tabac, Dioxine) et les produits pharmaceutiques rejetés dans l’environnement par les eaux usées.
qq cibles:
-l’expression du récepteur des arylhydrocarbures (AhR) dans le cartilage et les effets de ses ligands sur le gène cible de AhR, CYP1A1, ainsi que sur les marqueurs chondrogéniques. AhR n’est pratiquement pas exprimé dans le AR alors qu’il est exprimé plus fortement dans le CR. Dans les deux cas, il est inductible par IL-1beta, et cet effet est inhibé par l'hypoxie. AhR ne se transloque dans le noyau et n’active le gène CYP1A1 sous l’effet de la Dioxine qu’en conditions de normoxie et en présence de l’IL-1beta.
-le resvératrol comme antagoniste compétitif du AhR; antagonistes pharmacologiques dérivés du resvératrol de haute affinité pour AhR (Brevet 2002) (De Medina et al., 2005).

-perturbation du développement du squelette in utero sous l'influence des pesticides xénoestrogènes (Projet MEDD, collaboration C. Canivenc-Lavier, INRA Dijon).


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Ref. 
http://www.biomedicale.univ-paris5.fr/UMR-S_747/equipe_2_032.htm
http://www.rtflash.fr/tag/philippe-collin
http://www.chirurgiemain.fr/pathologies/maladie-de-la-main/arthrose-de-larticulation-interphalangienne-distale-des-doigts/

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une thèse électronique:

Friday, December 23, 2011

modeling neuron; how to make a simulated model neuron; software, tools free package, open source; Computational Neuroscience : simulation, neuroengineering, neurophysics; modeliser le "neurone"; NEURON, GENESIS, NEUROCAL (Matlab)

Using well-characterized preparations allows simulation of the cable equation and several freely available packages are designed to assist with cable modeling.
Trois logiciels pour la modélisation électrique du "neurone":
-NEURON (http://www.neuron.yale.edu/neuron/)
-GENESIS http://genesis-sim.org/
(old, before 2008: http://www.genesis-sim.org/GENESIS/).
-Neurocal is a simplified package written in MATLAB that is very easy to use and modify.
 http://www.mathworks.ch/matlabcentral/fileexchange/1588-neurocal
 Combining easily modeled, well-documented neurological preparations with simple lab experiments and accurate, easy to use active cable equation simulators is a powerful application of the engineering methodology of simulate, design, fabricate, and test.

1-NEURONThe alpha version directory also contains source code for the alpha versions, which you can download and compile on your own machine. After downloading the nrn-nn.alpha.tar.gz and iv-mm.tar.gz from the alpha version directory, follow the same instructions as for compiling the standard distribution for your operating system
    OS X
    MSWin (95 and up)
    UNIX/Linux 



2-GENESIS
 GENESIS (short for GEneral NEural SImulation System) is a general purpose simulation platform that was developed to support the simulation of neural systems ranging from subcellular components and biochemical reactions to complex models of single neurons, simulations of large networks, and systems-level models. As such, GENESIS, and its version for parallel and networked computers (PGENESIS) was the first broad scale modeling system in computational biology to encourage modelers to develop and share model features and components.
If you would like become a GENESIS developer, please send a request to genesis@genesis-sim.org with the subject "New Developer Request."
The following operating systems are currently supported for developer installations of GENESIS: 

3-Neurocal
Simulation describing the electrophysiological behavior of a biological neuron (nerve cell). Two sets of membrane kinetics are included: Hodgkin-Huxley and Schwarz for unmyelinated and myelinated axons. Straight forward approach makes for easy use, somewhat easier than Neuron and Genesis.Very well layout in plot GUI allows multiple variables to be graphed, a real plus over Neuron. If inproved on would like to see parabolic bursting added non the less an outstanding project for a freebee.

MATLAB ---> multiplatform
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Ref:
NEURON
Carnevale, N.T. and M.L. Hines, The Neuron book. 2006, Cambridge, UK; New York:
Cambridge University Press. xix, 457p.
---COinS


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GENESIS
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Bower, J.M. and D. Beeman, The book of Genesis: exploring realistic neural models with the
GEneral NEural SImulation System. 1998. Springer-Verlag New York, Inc. New York.
--COinS


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NEUROCAL
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Zeng, L. and M.D. Dominique, Extracellular voltage profile for reversing the recruitment
order of peripheral nerve stimulation: a simulation study. Journal of Neural Engineering,
2004, 4: 202.
---COinS


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Other  Stand Alone Programs for use in Computational Neuroscience:
http://genesis-sim.org/utilities
Xplot
Electrotonic
The Gencompress Utility
Mesh Generator for Neurons
Postscript
RALLPACKS version 1.1
Spikeplot
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Ref (review):
Basham E, Yang Z, Tchemodanov N, Liu W. Magnetic stimulation of neural tissue: techniques and system design. Implantable Neural Prostheses 1 2009;293–351.
------COinS in this html (for zotero/mendeley)----

Thursday, December 22, 2011

TMS (Boyden MIT): The Open Noninvasive Brain Stimulator

The goal of this project (http://transcenmentalism.org/OpenStim/tiki-index.php) is to design a simple, safe, effective TMS device for modulation of emotion, sleep, attention, and other central nervous system properties.
Many commercial entities sell TMS hardware and software, often for prices exceeding $50,000. We will devise a TMS device that will be constructable by a practitioner skilled in electrical engineering, for less than $400.

The project comprises at least the following 8 components. The logical way to begin is to A) figure out the field geometry desired at the specific depth under the skull, B) design a prototype coil, preferably with standardized values, C) pick the capacitor and resistor adjoining, D) work your way back to the power supply.

1. a reinforced coil (e.g., of copper wire) geometrically appropriate for stimulating the brain (e.g., a figure-8 coil, containing two circular loops, between 3 and 7 cm in diameter),

1b. a testing tank which would hold saline, to mimic the volume conductor of the brain, and thereby permit the electric field to be mapped for various coils and pulse protocols,

2. the control circuitry for charging up a high-capacity capacitor or bank of capacitors, via a power supply system connected to an AC wall source or battery source, and then controlling the discharge of the capacitor into the coil,

3. mechanical hardware for holding and positioning the coil with respect to the head,

4. safety circuitry that limits the current discharged and the repetition rate of the stimulator,

5. an optional measurement device (e.g., fluxgate magnetometer) to measure the magnetic field induced, and

6. computer software and interface hardware for connecting a computer to the control circuitry, and for displaying hardware status and/or error events.

7. integration with EEG or IR was brought up by many attendees of the session at Foo Camp. The contributors decided this should be built in, a priori.

8. OTHER THOUGHT: transcranial direct current stimulation (tDCS) has, like TMS, been shown to improve working memory and mood. Shall we design our TMS device with the capability of doing simultaneous tDCS? It could complicate things somewhat. Hoewver, the methodology is dead simple — apply a DC current across two electrodes, attached to the scalp!