Saturday, January 7, 2017

L'accompagnement à l'édition numérique multi-support de revue/livre scientifique en accès libre sans frais. Licences creative commons.


Le domaine est la recherche :

  • du "meilleur" logiciel de gestion de revues gratuites multisupport (papier, écrans) et open access sans frais pour les auteurs et les directeurs de collection avec le plus de metadonnées interoperables et "pérennes",
  • du "meilleur" service de hosting pérenne, rapide sans frais,
  • du "meilleur" service qui permette les collectes des metadonnées pour les autres acteurs (par exemple webOfScience, les moteurs de recherche généraux et spécialisés...).

La vision d'aide à la collecte des metadonnées doit être considérée dès le passage du document de l'auteur au process d'édition.
The Open Archives Initiative Protocol for Metadata Harvesting (OAI-PMH)
http://www.openarchives.org/OAI/openarchivesprotocol.html
Guiding Principles for Findable, Accessible, Interoperable and Re-usable Data Publishing
https://www.force11.org/fairprinciples

There are two classes of participants in the OAI-PMH framework:

  • Data Providers administer systems that support the OAI-PMH as a means of exposing metadata; and
  • Service Providers use metadata harvested via the OAI-PMH as a basis for building value-added services.


Intro

Le libre accès (en anglais : open access) est la mise à disposition en ligne de contenus numériques interactifs ou non, qui peuvent eux-mêmes être
  • soit libres (Creative commons, etc.), s
  • soit sous un des régimes de propriété intellectuelle.

    L’open access est principalement utilisé pour les articles de revues de recherche universitaires, sélectionnés par des pairs. On devrait, en réalité, distinguer 
    • le libre accès (libre open access en anglais) et 
    • l'accès ouvert (gratis open access1),

      afin de distinguer plus nettement ce qui est « simplement » en accès gratuit pour l'internaute (accès ouvert) et ce qui est en accès gratuit et libre, parce que soumis à une licence d'utilisation dite libre (Creative commons, par exemple). 

Dans la publication en libre accès, 
on distingue 
-la voie en or  du libre accès (Gold Open Access, Gold OA)
 les revues rendent leurs articles directement et immédiatement accessibles au public. Ces publications s'appellent des « revues en accès ouvert» (« Open access journals »). Actuellement (dec 2016) de l'ordre de 20%. Un exemple de publications en libre accès est le célèbre portail "Public Library of Science" https://www.plos.org/
Le plus souvent, il faut payer : principe du "auteur-payeur".

-la voie verte ("green OA")
l'auteur publie une pré-version (prépublication de documents de travail) en auto-archivage sur une archive ouverte gratuite (antériorité) et soumets dans une revue qui fait appel à des referees (qui traitent le manuscript gratuitement), qui l'accepte et qui lui confisque ses droits. Mais le plus souvent on peut le distribuer qu' 1an après.
Avec la nouvelle loi d'octobre 2016, en France c'est un délai de quarantaine de 6mois sauf pour les sciences sociales/humaines dont le délai est de 12 mois.
Le plus souvent il n'y aucune rémunération pour l'auteur.
Les grands éditeurs font payer très cher l'accès aux articles aux bibliothèques universitaires et des organismes de recherche comme le CNRS.
Pour vérifier si un éditeur a donné son accord à un auteur pour l'auto-archivage, l'auteur peut vérifier quelle est la politique de l'éditeur vis-à-vis de l'auto-archivage sur le site web SHERPA/RoMEO mis en place par le JISC. En France, le projet Héloïse [archive] remplit la même fonction.

Les universités et grands organismes commencent à adapter leurs politiques, en exigeant que leurs chercheurs rendent disponibles leurs publications en libre accès, et développent les archives ouvertes institutionnelles sur lesquelles ces publications peuvent être déposées. Comme par exemple, le CNRS via son projet HAL (Hyper articles en ligne), porté par l'UMS CNRS Centre pour la communication scientifique directe.


Il y a divers acteurs dans ce monde:
  • les auteurs, les directeurs de publication, les directeurs de collection
  • les bibliothécaires
  • les éditeurs
  • les acteurs de la bibliométrie (exemple JCI).
Les bibliothécaires sont souvent de fervents défenseurs de l'Open Access, parce que l'accès à l'information se situe au cœur même des préoccupations de cette profession. Beaucoup d'associations de bibliothèques ont signé des déclarations en faveur de l'Open Access : par exemple, en juin 2004, « l'association canadienne des bibliothèques » a approuvé une résolution sur l'Open Access ; l'association des bibliothèques de recherches américaine est l'une des principales fondatrices de la coalition pour la publication de recherche : Scholarly Publishing and Academic Ressources Coalition (SPARC).

En Amérique du Nord, dans beaucoup d'universités, la bibliothèque est le centre des archives institutionnelles, où les auteurs déposent leurs articles ou ouvrages. Quelques bibliothèques sont à l'origine de revues telles que le Journal of Insect Science de la bibliothèque de l'université de l'Arizona, ou fournissent un support technique afin de créer des revues. 
Les bibliothèques de l'Université des Antilles assurent par exemple l'accompagnement à l'édition numérique de la revue en accès libre Études caribéennes, elles administrent l'archive institutionnelle HAL-UAG et pilotent la bibliothèque numérique Manioc.org, portail de valorisation du patrimoine et de la recherche de la zone Caraïbe- Amazonie-Plateau des Guyanes.

Il existe beaucoup d'éditeurs différents et de types d'éditeurs au sein de la communauté scientifique. Les réactions des éditeurs de revues vis-à-vis du libre accès sont "contrastées". Certains y voient de nouvelles opportunités économiques et mettent en place des programmes d'accès « hybride » à leurs publications : la revue est alors diffusée de façon traditionnelle sur abonnement, mais l'auteur d'un article peut également payer pour que celui-ci soit disponible en accès libre. L'éditeur est donc payé deux fois pour les articles diffusés selon ce modèle. D'autres font du lobbying très actif contre les propositions du mouvement open access ou des acteurs du scan agressif style google books (et scholar).

Bref il existe deux types de revue avec des articles en open access:

  • Fee-based open access journals
    Fee-based open access journals require payment on behalf of the author.
    The money might come from the author but more often comes from the author's research grant or employer. In cases of economic hardship, many journals will waive all or part of the fee. (This includes instances where the authors come from a less developed economy).
    Journals charging publication fees normally take various steps to ensure that editors conducting peer review do not know whether authors have requested, or been granted, fee waivers, or to ensure that every paper is approved by an independent editor with no financial stake in the journal. While the payments are often incurred per article published (e.g. BMC journals or PLOS ONE), there are some journals that apply them per manuscript submitted (e.g. Atmospheric Chemistry and Physics) or per author (PeerJ).
    A 2013 study found that only 28% of journals in the Directory of Open Access Journals (DOAJ) required payment by the authors, however, this figure was higher in journals with a scientific or medical focus (43% and 47% respectively), and lowest in journals publishing in the arts and humanities (0% and 4% respectively).
    http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/asi.22972/abstract;jsessionid=C1276B15030DB2B07AA79EBC1DD89C63.f02t03
  • No-fee open access journals
    No-fee open access journals use a variety of business models. As summarized by Peter Suber: "Some no-fee OA journals have direct or indirect subsidies from institutions like universities, laboratories, research centers, libraries, hospitals, museums, learned societies, foundations, or government agencies. Some have revenue from a separate line of non-OA publications. Some have revenue from advertising, auxiliary services, membership dues, endowments, reprints, or a print or premium edition. Some rely, more than other journals, on volunteerism. Some undoubtedly use a combination of these means".
Ref: https://en.wikipedia.org/wiki/Open_access_journal
https://en.wikipedia.org/wiki/Open_Journal_Systems

Les licences

Les plus connues sont les licences Creative Commons qui constituent un ensemble de licences régissant les conditions de réutilisation et de distribution d'œuvres.

Licences Creative Commons, leur code et leur symbole
Désignation complète du contratTerme abrégéSymbolesType de licence
ZéroCC-ZeroCreative Commons Zero iconLicence libre non copyleft
AttributionCC-BYCreative Commons Attribution iconLicence libre non copyleft
Attribution
Partage des conditions initiales à l'identique		CC-BY-SACreative Commons Attribution iconCreative Commons Share Alike iconLicence libre copyleft
Attribution
Pas de modification		CC-BY-NDCreative Commons Attribution iconCreative Commons No Derivative Works iconLicence de libre diffusion
Attribution
Pas d'utilisation commerciale		CC-BY-NCCreative Commons Attribution iconCreative Commons Noncommercial iconLicence de libre diffusion
Attribution
Pas d'utilisation commerciale
Partage des conditions initiales à l'identique		CC-BY-NC-SACreative Commons Attribution iconCreative Commons Noncommercial iconCreative Commons Share Alike iconLicence de libre diffusion
Attribution
Pas d'utilisation commerciale
Pas de modification		CC-BY-NC-NDCreative Commons Attribution iconCreative Commons Noncommercial iconCreative Commons No Derivative Works iconLicence de libre diffusion
Attribution [BY] (Attribution) : l'œuvre peut être librement utilisée, à la condition de l'attribuer à l'auteur en citant son nom.
CC Plus est un protocole annexe aux licences ouvertes Creative Commons, formalisant l'acte de vente de droits supplémentaires à la licence de base, souvent des droits d'exploitation commerciale. Lancé en 2007, il a depuis été adopté par des acteurs comme Flickr.

Version actuelle (2017) : 4.0

Les systèmes libres de publication scientifique (digital publishing platform)

Ces systèmes  permettent de publier en ligne et de gérer les flux de production des articles ou des livres issus d'un traitement de texte ou d'autres logiciels de mise en page ou de taper son texte directement avec un SaaS.
Des systèmes libres de publication sont disponibles et en "open source" pour ceux qui souhaitent diffuser leur revue scientifique en libre accès.

The Open Access Directory (OAD) is a compendium of simple factual lists about open access (OA) to science and scholarship, maintained by the OA community at large.
This alphatical list is part of the Open Access Directory
http://oad.simmons.edu/oadwiki/Free_and_open-source_journal_management_software



Open Journal Systems (OJS) de « Public Knowledge Project »

C'est le leader.
https://pkp.sfu.ca/ojs/
développé grâce au « Public Knowledge Project »
voir un de mes post:
http://stephane-mottin.blogspot.fr/2017/01/open-journal-systems-de-public.html

ArsDigita Community System and openACS

The ArsDigita Community System (ACS) was an open source toolkit for developing community web applications developed primarily by developers associated with ArsDigita Corporation. It was licensed under the terms of the GNU GPL, and is one of the most famous products to be based completely on AOLserver. Although there were several forks of the project, the only one that is still actively maintained is OpenACS.
The Open Architecture Community System (ACS).
http://openacs.org/
OpenACS is a toolkit for building scalable, community-oriented web applications. OpenACS is the foundation for many products and websites, including the .LRN (pronounced "dot learn") e-learning platform.
Projects that were or are based on OpenACS include dotLrn, dotFolio, dotCommunity, dotConsult, and Project-Open.
OpenACS runs on AOLserver and NaviServer with either Oracle or PostgreSQL as its database.

  • Ubuntu packages 
  • Debian packages 
  • Windows Distribution

Sponsors: AOE media GmbH
https://www.aoe.com/en/solutions/web-content-management/open-source-vs-commercial.htmlOpen Source CMS vs. proprietary CMS
TYPO3
YPO3 vs. Drupal
TYPO3 vs. Joomla!
TYPO3 vs. Wordpress
There are numerous commercially available, proprietary Content Management Systems (CMS) that are primarily suited for business-critical applications. Several are extensive Enterprise-class solutions – but the majority are small solutions, usually implemented locally or in specific market segments.

Substance,  Texture and eLife Texture Lens

Texture will be packaged with Open Journal Systems (OJS) and be a critical part in Érudit's new production workflow.

voir un de mes posts:
http://stephane-mottin.blogspot.fr/2017/01/substance-texturejs-interchange-of.html

Together with eLife, Substance is developing Lens, an open source toolkit around scientific content. In June 2013 eLife launched the original Lens Reader, which provides a novel way of looking at content on the web.
Self-host a scientific journal with eLife Lens
https://medium.com/@_mql/self-host-a-scientific-journal-with-elife-lens-f420afb678aa#.c9lw7spqh

eLife Lens, a minimalist open source publishing software that allows self-hosting of a scientific journal.
https://github.com/elifesciences/lens


Lodel 

Logiciel d'édition électronique créé par le portail public Revues.org, openEdition, est également disponible (en français). 
C’est un CMS (en anglais Content management system) développé par le Cléo, une UMS CNRS de Marseille
depuis 2000 et distribué sous licence GPL 2.
  • Modèle de document Word/libreOffice pour le modèle éditorial de revues
  • Serveur en Linux uniquement.

Persée

Une des particularités de Persée a été, dès son origine, la volonté d'abolir le fossé qui existe traditionnellement entre la manipulation et l'exploitation de documents issus d'un processus de numérisation et de documents nativement électroniques avec un accent sur l'interopérabilité:
http://www.persee.fr/interoperabilite
http://www.persee.fr/web/guest/modeles-documentaires
Hélas c'est un système avec une bureaucratie et sans logiciel open.

Erudit

La production éditoriale réalisée chez Érudit repose sur l’usage du XML. Les articles sont balisés sémantiquement à l’aide du schéma Érudit Article, développé par l’équipe Érudit du Centre d’édition de l’Université de Montréal.
Le schéma Érudit Article:
http://www.erudit.org/xsd/article/3.0.0/doc/
https://apropos.erudit.org/fr/

Érudit, a publishing platform, has received $1.4 million from the Canada Foundation for Innovation in order to strengthen the services it provides to Canadian universities, accelerate its technological development, and support the development of digital research in social sciences and the arts (2015).
http://nouvelles.umontreal.ca/en/article/2015/01/23/canada-foundation-for-innovation-invests-1.4-million-in-erudit-publishing-platform/

https://apropos.erudit.org/fr/succes-grandissant-pour-le-corpus-derudit-aux-etats-unis/

https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89rudit_(%C3%A9dition)

 Basé sur des standards internationaux, la chaîne d’édition numérique d’Érudit assure la création de documents numériques finement balisés, favorisant leur accessibilité et l’exploitation de leurs données de recherche.


Les fichiers produits sont optimisés pour la diffusion web (repérage et temps de téléchargement) et sont offerts en formats PDF, XML ou XHTML.
https://apropos.erudit.org/fr/editeurs/services-offerts/
La production de numéros courants diffusés sur Érudit est facturée annuellement aux revues.

SCOAP3

Working with leading publishers, SCOAP3 has converted key journals in the field of High-Energy Physics to Open Access at no cost for authors. SCOAP3 centrally pays publishers for costs involved in providing Open Access, publishers in turn reduce subscription fees to all their customers, who can re-direct these funds to contribute to SCOAP3. Each country contributes in a way commensurate to its scientific output in the field. In addition, existing Open Access journals are also centrally supported, removing any existing financial barrier for authors.

Effective Costs per Article
The SCOAP3 tendering process conducted by CERN for the benefit of SCOAP3, resulted in agreed-upon Article Processing Charges (APCs) for journals participating in the first phase of SCOAP3 (2014-2016) and defined the corresponding maximum annual payment amounts.
Within the SCOAP3 model, these APCs are not paid by authors, but centrally by SCOAP3, from a common fund to which libraries, library consortia, research institutions and funding agencies jointly contribute. SCOAP3 articles are defined as either all articles appearing in journals mostly carrying High-Energy Physics content, or articles appearing in “broad band” journals which have been submitted by researchers to arXiv under one of the High-Energy Physics categories.
The maximum yearly payment by SCOAP3 for each journal for the first year of operation (2014) was based on the journal APC and the number of SCOAP3 articles published in 2011 (the latest year for which complete data were available at the time of tendering). The APCs themselves and the SCOAP3 budget envelope are fixed for the duration of the three-year contract period (2014 – 2016). In 2015 and 2016, the maximum yearly payment amounts consider a growth component of  between 8% for “large” journals and 50% for “small” journals, to account for the increasing number number of articles and the dynamics introduced by SCOAP3.

Taking into account these caps and the actual growth of the journals, the average effective cost per article for SCOAP3 is ca. 1,150 EUR. More details are given in a recent working paper (http://cds.cern.ch/record/1735210).
https://scoap3.org/scoap3journals/#costperarticle

About the repository 

All articles funded by SCOAP3 appear in the SCOAP3 repository upon publication, alongside the publishers’ own platforms. Several formats are available, including PDF, PDF/A and XML. Articles are published under a CC-BY license and can be freely downloaded and further disseminated. The repository metadata is also available under a CC0 license. These metadata include article DOIs and the ORCIDs of authors, when available.
The scope of the SCOAP3 repository is neither to duplicate arXiv nor the publisher platforms, nor offer value-added services such as those of INSPIRE. It is rather a staging platform, for further distribution of information. The repository has been launched in early February 2014 and is continuously being upgraded. It is freely accessible here.
The repository is built on top of the CERN Invenio digital library open source platform, and the source code is available on GitHub,
https://github.com/SCOAP3
together with some example applications written by partners in the SCOAP3 community to build additional services.
http://invenio-software.org/


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Offres payantes des "5 big editors" pour les organisateurs, directeur de collection

« L’ère numérique a eu un effet majeur. À partir de 1995, 5 grands éditeurs savants (Elsevier, Springer, Wiley, Tailor and Francis, Sage) ont augmenté leur contrôle; tant dans les sciences sociales et humaines que dans les sciences naturelles et le génie, ces grands éditeurs contrôlent plus de la moitié du marché. »
post d'oct 2016:

un article dans PLOS one de 2015:

En SNM, la chimie est, sans surprise, le domaine le plus concentré (71 %), puisque l'un de ses éditeurs disciplinaires, l'American Chemical Society, fait partie du top 5. La physique, par contre, suit un modèle différent : après avoir augmenté de 20% en 1973 à 35% en 2000, la tendance s’est depuis stabilisée et elle demeure aujourd’hui la discipline où les cinq premiers éditeurs représentent la plus faible proportion d'articles publiés. L'importance des sociétés savantes en physique (APS, AIP, IOP), du serveur de prépublication arXiv, ainsi que les accords de libre accès tels que SCOAP3 , rendrait ce domaine moins rentable et donc moins intéressant pour les éditeurs commerciaux.

Exemple d'offres payantes pour les organisateurs de conference

EDP Web of Conferences 
On a certains services comme http://www.webofconferences.org/
d'Edp sciences.
Ces prestations s’appuient sur l’expérience éditoriale et le savoir-faire reconnu d’EDP Sciences dans le domaine du traitement et de la diffusion de l'information scientifique.
Il faut faire faire un devis:
http://www.webofconferences.org/index.php?option=com_content&view=article&id=124&Itemid=82&lang=fr
et attendre 1 à 3 mois de publication.
Tous les contenus sont placés sous licence Creative Commons Attribution qui autorise la libre utilisation, distribution et reproduction du travail, à la condition que le document original soit correctement cité.
Exemple:
http://www.shs-conferences.org/articles/shsconf/abs/2016/05/shsconf_cmlf2016_01002/shsconf_cmlf2016_01002.html
que du téléchargement de pdf...


 Rem:
Les éditeurs des pays en voie de développement peuvent entrer en contact avec Bioline International afin de recevoir une aide gratuite pour créer une publication électronique. La mission de Bioline International est de réduire le fossé de connaissance entre le Sud et le Nord, en aidant les éditeurs des pays en voie de développement à rendre leurs travaux plus accessibles grâce à l'électronique.


https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons
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