Wednesday, November 30, 2011

ESFRI, the European Strategy Forum on Research Infrastructures; an example: euro-bioImaging

ESFRI, the European Strategy Forum on Research Infrastructures, is a strategic instrument to develop the scientific integration of Europe and to strengthen its international outreach. The competitive and open access to high quality Research Infrastructures supports and benchmarks the quality of the activities of European scientists, and attracts the best researchers from around the world.

The mission of ESFRI is to support a coherent and strategy-led approach to policy-making on research infrastructures in Europe, and to facilitate multilateral initiatives leading to the better use and development of research infrastructures, at EU and international level.

ESFRI’s delegates are nominated by the Research Ministers of the Member and Associate Countries, and include a representative of the Commission, working together to develop a joint vision and a common strategy. This strategy aims at overcoming the limits due to fragmentation of individual policies and provides Europe with the most up-to-date Research Infrastructures, responding to the rapidly evolving Science frontiers, advancing also the knowledge-based technologies and their extended use.

Since it was formed in 2002 at the behest of the European Council, ESFRI has witnessed significant advances towards unity and international impact in the field of research infrastructures. The publication of the first Roadmap for pan-European research infrastructures in 2006, and its update in 2008 was a key contributing factor, and several projects are now entering the realization phase. The Forum is determined to sustain the momentum in the implementation of the projects on the Roadmap, to expand the outreach to those scientific fields which are still evolving their conceptual approach in this direction, and to increase the involvement of all Countries by developing ad-hoc Regional policies. A further update of the ESFRI Roadmap, focusing on Energy, Food and Biology, will be published at the end of 2010, to coincide with a Conference to be held under the Belgian Presidency of the EU.

To keep Europe at the rapidly evolving forefront of science and technology, and to increase the capacity to meet the needs of the EU and World scientific community, much remains to be done: ESFRI looks forward to the challenging times ahead.
Ref: http://ec.europa.eu/research/infrastructures/index_en.cfm?pg=esfri

---------------an example:
http://www.eurobioimaging.eu/

exaptation

Dans la théorie de l'évolution, l'exaptation (ou préadaptation) est une adaptation "sélective" dans laquelle la fonction actuellement remplie n'était pas celle remplie initialement (avant que n'intervienne la pression de la sélection naturelle).
L'origine du terme exaptation est attribuée aux biologistes Stephen J. Gould et Elizabeth Vrba, dans un célèbre article de 1982 qui expliquait comment des caractéristiques physiques complexes peuvent apparaître et évoluer à partir de structures initiales simples.


On considère généralement deux grands types d'exaptations :

  • Dans le premier, un organe (non modifié) est réutilisé à l'identique pour une fonction manifestement non sélectionnée à l'origine. C'est ainsi le cas de certaines aires du cerveau humain ; utilisées initialement pour la reconnaissance des formes, le langage ou l'audition, elles sont aujourd'hui réutilisées pour la lecture y compris en braille (via les doigts et non la vue).
  • Dans le second type, l'exaptation est une forme particulière d'adaptation naturelle, c'est-à-dire un ensemble de mutations génétiques (sélectionnées par la sélection naturelle pour aboutir à une forme de "survivant" actuel). Mais cette adaptation se fait sur la base d'un organe qui s'est initialement développé pour un tout autre usage. Il en va ainsi du poumon des tétrapodes ; apparus chez des poissons comme une adaptation à des milieux aquatiques pauvres en oxygène, et secondairement modifiés pour fonctionner en milieu purement terrestre.


L'exaptation s'oppose à la pensée d'Aristote: la fonction crée l'organe, qui persiste encore aujourd'hui. L'exaptation montre ainsi que, en ce qui concerne l'évolution, il n'y a pas de plan pré-établi et que l'évolution à plutôt tendance à bricoler.
C'est une forme d'interoperabilité.

Ref. http://fr.wikipedia.org/wiki/Exaptation

Sunday, November 27, 2011

L'appel ERC Advanced Grants 2012; ERC European Research Council;choix neuro/math: résultats de ERC 2008

ERC: Conseil européen de la recherche
http://fr.wikipedia.org/wiki/Conseil_europ%C3%A9en_de_la_recherche
http://en.wikipedia.org/wiki/European_Research_Council

  • ERC Starting Grant: de jeunes chercheurs en début de carrière (entre 3 et 8 ans après avoir obtenu leur doctorat) 
  • ERC Advanced Grant:  des chercheurs expérimentés.


Publié le 16 novembre 2011, l'appel ERC Advanced Grants 2012 (ERC-2012-AdG) s'adresse aux chercheurs confirmés désireux de mener un projet de recherche exploratoire dans tous les domaines de la science et de la technologie.
Ce cinquième appel du Conseil Européen de la Recherche dispose d'un budget de 679.95 milions d'euros.

Trois dates de clôture sont proposées en fonction des trois grands domaines suivants :
16 février 2012, à 17h00 (heure de Bruxelles) : Sciences physique et ingénierie (PE) ERC-2012-ADG 20120216
14 mars 2012, à 17h00 (heure de Bruxelles) : Sciences du vivant (LS) ERC-2012-ADG 20120314
11 avril 2012, à 17h00 (heure de Bruxelles) : Sciences humaines et sociales (SH) ERC-2012-ADG 20120411
La soumission se fera en une seule étape via l'EPSS - Cf : Portail du participant - et l'évaluation sera effectuée par vingt-cinq panels de haut niveau.

Le budget est divisé selon les trois domaines :

Sciences physique et ingénierie : 44%
Sciences du vivant : 39%
Sciences humaines et sociales : 17%

EUROPEAN RESEARCH COUNCIL WORK PROGRAMME 2012:
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ERC panels
There are currently thus about 900 ERC panel members; together with the 2000 external reviewers they constitute the backbone of the ERC evaluation structure.
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résultats de ERC 2008

The list below ("priority list" - 201 proposals in alphabetic order - and "reserve list" - 229 proposals in rank order) shows the results of the first ERC Starting Grant competition. 



France’s Centre National de la Recherche Scientifique CNRS placed first among European research institutions by having the largest number of finalists for the ERC grants: 24 finalists. 
Spain’s Consejo Superior de Investigaciones Cientificas came second with 12 finalists. 
The University of Cambridge tied for third place : 11 winners.
Germany’s Max Planck Society : 11 winners.

The list has many surprises. Two Israeli institutions, the Technion and Hebrew University of Jerusalem, placed in the top-ten list, with nine and seven winners, respectively. Within Britain the top four winners were Cambridge, Oxford (nine), Imperial College London (eight) and University College London (five), matching their rankings on university league tables. In Switzerland, ETH-Zurich had two winners while arch-rival EPF-Lausanne had three. In Sweden, Karolinska Institutet came first with five finalists, but the country’s other leading universities had uninspiring results, with at most two winners each.  In Belgium, the Flemish Katholieke Universiteit Leuven came first with six finalists, while Francophone rivals Université Catholique Louvain and Université Libre de Bruxelles had three each.

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-----------------------some winners
Mr. Bellaiche, Yohanns;  Curie Institute;

Unité Génétique Biologie du Développement

 Cell polarity in Drosophila, UMR 144
Panel: LS1

Benton, Richard  ; University of Lausanne ; http://www.unil.ch/cig/page44404.html
Center for Integrative Genomics; neuroscience, neuron, sensory, olfaction, chemosensation, pheromone, receptor, genetics, Drosophila, insects, evolution
panel : LS4
rem: many nature and science

Boneca, Ivo ; Institut Pasteur; http://www.pasteur.fr/ip/easysite/pasteur/fr/recherche/departements-scientifiques/microbiologie/unites-et-groupes/unite-de-biologie-et-genetique-de-la-paroi-bacterienne
Notre groupe de recherche étudie le métabolisme du peptidoglycane (PGN) ayant pour but de mieux comprendre comment les bactéries assemblent un PGN mature et essentiel conférant rigidité et forme à la bactérie malgré un processus dynamique accompagnant la croissance et la division cellulaire. Nous utilisons Helicobacter pylori comme model bactérien alternatif puisque l’analyse de son génome montre qu’il y a un ensemble minimal de gènes impliqués dans l’assemblage du PGN suggérant que H. pylori pourrait un model d’étude plus simple. 
panel : LS3

Breuillard, Emmanuel ; Ecole Polytechnique; http://www.math.u-psud.fr/~breuilla/

Lie Groups and their discrete subgroups, Arithmetic Groups, Geometry and Harmonic Analysis on groups, Ergodic Theory, Probability Theory and Random Walks, Combinatorics.
panel: PE1 

Cantillon, Estelle ; Université Libre de Bruxelle; http://www.ulb.ac.be/rech/inventaire/chercheurs/3/CH8383.html
Her ERC research project is entitled 'Market Design and the Evolution of Markets'

The main interest of my group is to study the function of cellular microstructures in cellular biology and to develop the physical modeling and the mathematical analysis. Our goal is to identify principles underlying cellular and network function in normal and pathological conditions. For that purpose, in collaboration with experimental groups, we aim to answer basic questions in cellular biology such as what defines trafficking in cells, how cells respond to stimuli, what makes viral particles optimal in trafficking. We are currently working on the nucleus organization, cytoplasmic viral trafficking and synapses.
In the field of applied mathematics and probability, using asymptotic analysis and Brownian simulations, we recently estimated the synaptic current at excitatory synapses and study the effect of the cleft geometry, receptor trafficking and other factors.
Other projects concern sensor cells, such as photoreceptors, where we work on building a complete model to better understand noise in cones and simulate the effect of drugs such as viagra which affects the the PDE enzyme activity.
We dedicate a large effort to develop physical and mathematical models to study cellular properties from the molecular level. We mainly develop approaches inspired from statistical physics, partial differential equations, stochastic dynamical systems and simulations. In the past, by using asymptotic analysis, we computed the expansion of the mean time for a Brownian molecule to escape through a small hole located on a piece of a cell membrane (Narrow escape problem). This computation defined the forward binding rate of chemical reactions occurring in microdomains.
Panel: PE1

Jefferis, Gregory;University of Cambridge;
Our broad goal is to understand how smell turns into behaviour in the fruit fly brain. We use a combination of genetic labelling and manipulation, targeted in vivo whole cell patch clamp recording and high resolution neuroanatomy to study olfactory circuits

Lauder, Alan; University of Oxford;
Number Theory. 

Lenormand, Thomas; CNRS; 
My primary research interests are evolutionary and ecological genetics. I have been doing "theoretical" work on the evolution of sex, mating systems, dispersal, recombination. I am also interested in the effect of mutations, on the process of speciation, local adaptation and genetic conflicts. On a more empirical side, I have worked on a variety of systems (mice, mosquitoes, snails, artemia, bacteria, corn).
Panel: LS5

Leutgeb, Stefan; Norwegian University of Science and Technology; http://biology.ucsd.edu/faculty/sleutgeb.html
Life-long memories are formed at an instant, but considerably outlast the neuronal activity that instigated them or even the synaptic modifications that initially retained them. In addition to early processes at the cellular level, the long-term retention of memories therefore requires that entire populations of neurons in widely distributed neural systems are reorganized. Such reorganization at the systems level is not only needed to ensure that each distinct memory is retained for long time periods, but also to provide a framework that allows for the integration of individual learning events into an accumulating knowledge base.
The main objective of research in our laboratory is to describe neuronal mechanisms of long-term memory storage at the systems level and to investigate how coordinated neuronal activity and synaptic plasticity in distributed cell assemblies can result in the formation of new cell assemblies. In addition, we are interested in the translational implications of this basic research and in understanding whether the neurodegenerative processes underlying dementia can result from a failure to appropriately organize neuronal activity and synaptic plasticity during our adult lives.
This is addressed by recording from many single neurons (up to 100) in the brain simultaneously and by testing how their activity is coordinated before, during, and long after learning. The recording methods are complemented by computational and analytical approaches, and also by molecular techniques that allow us to manipulate the activity of neuronal networks and to test whether the identified mechanisms are necessary for memory formation. Using these methods, we previously discovered neuronal network mechanisms that combine spatial and nonspatial information in the mammalian hippocampus, and showed that orthogonal encoding of the two types of information is used to generate very different neuronal firing patterns for very similar sensory input. Such pattern separation is thought to be a prerequisite for storing a large number of separate memories. To test this hypothesis, we currently investigate how multiple memories are encoded in the hippocampus as well as in a more widely distributed cortical network.

If variations in memory capacities have been observed among closely-related species, the relationship between environmental conditions and evolution of these capacities have only been rarely studied despite the importance of this topic in the understanding of the evolution of behavior. Memory has long been considered as a unique and continuous process of information storage and degradation. However, recent studies have shown that this process could be divided in different distinct phases separated in time and in their functional mechanism. To have a better comprehension of the evolutionary biology of cognitive abilities, it is therefore important to understand the different natural selection pressures favoring one or another memory phase, the fitness related costs of these different memory phases and the constraints on their evolution. The approach I took is based on studying the direct and correlated responses in selection experiments, using fruit flies (Drosophila) as a model system. It allows one to observe the evolutionary process directly while controlling for confounding factors. 
Panel: LS5

Mendelson, Shahar; Israel; http://maths.anu.edu.au/~mendelso/
Ph.D. thesis: Mathematical aspects of learning in Neural Networks:
Calculus of Variations, Elliptic and Parabolic differential equations: regularity problems for solutions
PE1

Mizrahi, Adi ; israel; http://elsc.huji.ac.il/mizrahi/home
Our lab is interested in how the brain computes sensory information and how these computations change with the experience of the animal. We study both the structure and the function of neurons mainly in two sensory modalities – olfaction and audition. Our animal model is the mouse.
Population dynamics in the mouse primary auditory cortex
Sensory processing in the mammalian brain is carried out by large populations of neurons.  We use both single cell electrophysiology and in vivo two-photon calcium imaging in mice to study the functional organization, dynamical principles, and functional plasticity of neural population in the primary auditory cortex.

 Buffa Annalisa;  Consiglio Nazionale delle Ricerch
Thesis:  Some numerical and theoretical problems in computational electromagnetism.
ERC Starting Independent Research Grant, awarded by the European Research Council for the project GeoPDEs: Innovative compatible discretization techniques for Partial Differential Equations.
Partial Differential Equations (PDEs) are one of the most powerful mathematical modeling tools and their use spans from life science to engineering and physics. PDEs describe in an implicit way the distribution of a field on a physical domain. The Finite Element Method (FEM) is by large the most popular technique for the computer-based simulation of PDEs and hinges on the assumption that the discretized domain and field are represented both by means of piecewise polynomials. Such an isoparametric feature is at the very core of FEM. However, CAD software, used in industry for geometric modeling, typically describes physical domains by means of Non-Uniform Rational B-Splines (NURBS) and the interface of CAD output with FEM calls for expensive re-meshing methods that result in approximate representation of domains.
This project aims at developing isoparametric techniques based on NURBS for simulating PDEs arising in electromagnetics, fluid dynamics and elasticity. 
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Friday, November 25, 2011

Centre Informatique National de l'Enseignement Supérieur; Persée: programme de publication électronique de revues scientifiques en sciences humaines et sociales

Persée est un programme de publication électronique de revues scientifiques en sciences humaines et sociales. L’intégralité des collections imprimées de revues est numérisée et mise en ligne sur un portail qui offre un accès à l’ensemble de ces collections et des possibilités avancées d’exploitation de ces corpus numérisés. Les revues font l’objet d’une sélection pour garantir la cohérence de l’offre éditoriale et scientifique du portail.

Un outil de diffusion scientifique et de recherche
Les revues françaises en sciences humaines et sociales constituent un riche patrimoine scientifique. Leur numérisation et leur mise en ligne procèdent d’un triple objectif :
  • valoriser les publications scientifiques en langue française ;
  • favoriser un accès libre aux résultats de la recherche et au patrimoine scientifique ;
  • mettre à disposition de la communauté scientifique un outil de recherche et de consultation.
L’une des ambitions de Persée, au-delà de la numérisation des collections imprimées de revues scientifiques et de leur diffusion en ligne, est d’offrir des services et des outils permettant une exploitation enrichie des documents sans que l’internaute ne perçoive de rupture notable avec ce qui lui est proposé pour l’édition électronique. Ainsi le portail Persée apporte-t-il des plus-values technologiques comparables aux portails d’édition courante de revues. Ces plus-values se traduisent en termes de fonctionnalités pour l’utilisateur final :
  • visualiser toutes les revues classées de manière alphabétique et/ou thématique ;
  • accéder au sommaire et à la table des matières numériques des numéros de revues ;
  • accéder au fac-similé de la revue ;
  • feuilleter un document page à page ;
  • accéder directement à une page d’un document ;
  • modifier l'orientation et la taille de l’image de la page affichée à l’écran ;
  • afficher le texte issu de la reconnaissance optique de caractères appliquée au document ;
  • rechercher dans les métadonnées et dans le texte intégral des documents ;
  • obtenir des références bibliographiques précises (titre, auteur, année, volume, numéro de la revue, pagination, type d’unité documentaire, conditions d’accès à la revue) ;
  • afficher le résumé, le plan, la liste des figures ;
  • obtenir les références croisées autour de l'article ;
  • télécharger et imprimer les documents (génération de PDF à la volée) ;
  • bénéficier de services personnalisés après authentification (historique des requêtes et des documents, gestion et partage de documents).

Un Libre accès maîtrisé
Le programme Persée a pour objectif premier de diffuser largement sur l’Internet les revues scientifiques de langue française dans le domaine des sciences de l’homme et de la société. Considérées comme un élément constitutif du patrimoine, les collections sont mises à disposition de tous gratuitement dans une logique d’accès libre et de diffusion non exclusive.
L’éditeur ou le diffuseur de la revue peut déterminer une période récente, de 2 à 5 ans, pendant laquelle les numéros ne sont pas librement diffusés sur l’Internet. Cette barrière mobile est un moyen de garantir la commercialisation de la production courante sous forme « papier » ou électronique.

Le respect du droit des auteurs
La nature même du programme Persée conduit à poser la question du droit des auteurs alors que le contenu de leurs travaux est proposé librement sur l’Internet. En l’absence de contrat faisant explicitement état d’une autorisation de diffusion par voie électronique, les revues partenaires du portail Persée recherchent les auteurs ou leurs ayants droit afin d'obtenir les cessions de droit nécessaires à la numérisation et à la diffusion des collections de revues. Un courrier individuel est ainsi adressé aux auteurs pour lesquels une adresse récente a pu être identifiée.

Une coopération avec les autres portails
Des accords de coopération sont en cours de formalisation avec les principaux portails francophones assurant la diffusion de la production courante de revues scientifiques. L’objectif est d’offrir aux lecteurs une continuité dans la consultation des fonds lorsque la partie patrimoniale de la revue est disponible sur Persée et que la partie courante est accessible sur un autre site.

Les choix documentaires et technologiques
Les choix documentaires et technologiques de Persée dérivent des usages de la communauté scientifique : nécessité d’accéder au texte intégral, intérêt pour l’article et les différents éléments qui le composent, et recherche en langage naturel par exemple.
Persée repose sur un certain nombre de normes et de standards ouverts qui garantissent une réutilisation possible des données dans le futur, une utilisation optimale du site web par tout internaute, l’interopérabilité du portail et des possibilités étendues de mutualisation avec d’autres outils du même type.
Selon la nature des documents primaires fournis par les revues (imprimé ou électronique), les collections de revues sont :
  • numérisées en mode image, garantie du strict respect de la maquette originale et de l’identité de la publication. Elles sont également transcrites en mode texte (utilisation d’un logiciel de reconnaissance optique de caractères pour traiter toutes les pages numérisées) ce qui permet d’effectuer des recherches sur le contenu même des articles.
  • converties depuis leur format électronique natif vers des formats XML aptes à alimenter le portail et à garantir la pérennité des données.
Le fonds documentaire est structuré et la logique éditoriale des revues est ainsi retranscrite dans le portail PERSEE (norme XML et schéma de données) :
  • Description de la revue (titre et changements de titre possibles, segmentation en année, volume et numéro) ;
  • Indexation des articles, des recensions et des notes critiques ;
  • Indexation des illustrations présentes au sein même d’un document.

Des développements Open Source
L’ensemble des développements réalisés dans le cadre du programme PERSEE (chaîne de production et portail de diffusion) sont « en Open Source ». Ils sont en effet dotés une double licence CeCCIL et GPL et pourront être réutilisés dans le cadre d’autres projets de numérisation et/ou de diffusion de documents. Cette logique a permis la mise à disposition des technologies PERSEE pour d’autres projets sur le site lyonnais (Fonds Gallavardin, Corpus de textes linguistiques fondamentaux) et sera de nouveau illustrée dans le courant de l’année 2008 par le déploiement des technologies PERSEE sur un nouveau site (Université Paris Descartes) où elles seront également utilisées dans des projets de bibliothèque numérique propres à l’établissement.

Un investissement pérenne
Au-delà de la mise à disposition des données sur son portail de diffusion, le programme PERSEE s’est doté d’un « volet archivage pérenne ». Un système assurant l’archivage, à très long terme, de l’ensemble des données produites dans le cadre de PERSEE a été mis en place fin 2008.
L'ensemble des revues présentes sur le portail Persée est en cours d'archivage. C'est le CINES (Centre Informatique National de l'Enseignement Supérieur), en collaboration avec l'équipe Persée, qui assure cette mission.

Statistiques d'archivage (au 06/09/2011)
  • 61 collections complètes
  • 11 580 fascicules
  • 2 267 573 pages
  • 10,2 Tera octets

crossRef : 50 millions de DOI ont été attribués à des documents scientifiques.

À l'occasion de sa rencontre annuelle, crossRef a annoncé que plus de 50 millions de DOI avaient été attribués à des documents scientifiques.

Le 50 millionième DOI document a été attribué à un article de la revue Langage et société éditée par les Éditions de la MSH de Paris et diffusée par Persée de 1977 à 1999 :

Darré, Jean-Pierre, “Les dialogues entre agriculteurs (Etude comparative dans deux
villages français, Bretagne et Lauragais),” Dialogs between farmer (a comparative study between two French villages, Brittany and Lauragais), Langage et société, 1985. 33, pp. 43-64, http://dx.doi.org/10.3406/lsoc.1985.2030.

CrossRef est une organisation internationale qui réunit 1 185 éditeurs scientifiques et diffuseurs dont les buts sont commerciaux ou non lucratifs. Sa mission principale est la mise en place de liens entre les références bibliographiques et le texte intégral par l'attribution d'identifiants aux documents scientifiques (DOI). Persée adhère à CrossRef depuis 2007. Actuellement, 144 785 DOI ont été attribués aux articles diffusés par Persée.

En savoir plus :

http://www.crossref.org/01company/pr/news111511.html
---------------ref:
http://www.persee.fr/web/guest/home

Thursday, November 17, 2011

New services with Google Scholar Citations

Google Scholar Citations Open To All
Wednesday, November 16, 2011

A few months ago, we introduced a limited release of Google Scholar Citations (http://googlescholar.blogspot.com/2011/07/google-scholar-citations.html), a simple way for authors to compute their citation metrics and track them over time. Today, we’re delighted to make this service available to everyone!
Follow the instructions to get started:

http://scholar.google.com/citations?view_op=new_profile&hl=en

Here’s how it works. You can quickly identify which articles are yours, by selecting one or more groups of articles that are computed statistically. Then, we collect citations to your articles, graph them over time, and compute your citation metrics - the widely used h-index; the i-10 index, which is simply the number of articles with at least ten citations; and, of course, the total number of citations to your articles. Each metric is computed over all citations and also over citations in articles published in the last five years.

Your citation metrics will update automatically as we find new citations to your articles on the web. You can also set up automated updates for the list of your articles, or you can choose to review the suggested updates. And you can, of course, manually update your profile by adding missing articles, fixing bibliographic errors, and merging duplicate entries.

As one would expect, you can search for profiles of colleagues, co-authors, or other researchers using their name, affiliation, or areas of interest, e.g., researchers at US universities or researchers interested in genomics. You can add links to your co-authors, if they already have a profile, or you can invite them to create one.

You can also make your profile public, e.g., Alex Verstak (http://scholar.google.com/citations?user=kStFxtkAAAAJ&hl=en), Anurag Acharya. If you choose to make your profile public, it can appear in Google Scholar search results when someone searches for your name, e.g., [alex verstak]. This will make it easier for your colleagues worldwide to follow your work.

We would like to thank the participants in the limited release of Scholar Citations for their detailed feedback. They were generous with their time and patient with an early version. Their feedback greatly helped us improve the service. The key challenge was to make profile maintenance as hands-free as possible for those of you who prefer the convenience of automated updates, while providing as much flexibility as possible for those who prefer to curate their profile themselves.

Here is hoping that Google Scholar Citations will help researchers everywhere view and track the worldwide influence of their own and their colleagues’ work.

Ref: http://googlescholar.blogspot.com/2011/11/google-scholar-citations-open-to-all.html

Tuesday, November 15, 2011

publier l'épistémologie: cas de la collection "Visions des sciences" chez Hermann

Depuis 2006, les éditions Hermann ont renoué avec l’épistémologie avec la création de la collection "Visions des sciences".
http://www.editions-hermann.fr/catalogue.php?menu=6&titre=Visions+des+sciences&rubid=40&type=Visions%20des%20sciences

Le prestige de cette maison d'édition continue d’attirer à elle de nombreux grands intellectuels comme Michel Serres.
Outre ces aspects de maison d'édition, les ouvrages de cette collection sont d'une grande qualité.
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La collection compte 13 ouvrages (DATA@nov 2011)
Collection "Visions des sciences" dirigée par Joseph Kouneiher et Giuseppe Longo
http://www.di.ens.fr/~longo/


La Transdisciplinarité. Comment explorer les nouvelles interfaces
sous la direction de Claude Debru 
224 pages - 15 x 21 cm - 2011
ISBN : 9 782705 680671

Cet ouvrage retrace des liens anciens et profonds entre la physiologie bernardienne et la naissance de cette discipline en Russie dans la seconde moitié du xixe siècle, ainsi que
les circulations qui en résultent dans le domaine des sciences du système nerveux avant, pendant et après la période stalinienne. L’objectif de ce travail est de montrer les enjeux et les conséquences scientifiques de l’alternance de périodes de communication et de repliements entre écoles de recherche de pays différents en neurophysiologie et dans les domaines voisins.
Il apparaît alors que les anciennes relations franco-russes ont joué un rôle majeur dans la constitution d’une neurophysiologie internationale après la mort de Staline et que la nouvelle rencontre entre Est et Ouest dans ce domaine n’a pas fini de faire naître des programmes de recherche transdisciplinaires à la marge de cultures très différentes comprenant notamment la science pavlovienne des réflexes et les pré-cybernéticiens russes.


Formaliser le vivant : Lois, théories, modèles ?
Franck Varenne 
389 pages – 16 x 21 cm – 2010
ISBN : 9782705670894

Peut-on formaliser le vivant ? Peut-on réduire une plante à une simple formule mathématique ? Goethe ne l’aurait pas admis. Pour beaucoup encore, cette question ne se pose même pas tant elle peut sembler provocante et contre-nature.
Dans une perspective à la fois historique et épistémologique, ce livre rend compte de travaux contemporains qui ont pourtant tous tenté de braver cet interdit. C’est en grande partie sur ce terrain, hautement problématique, que, dans les premières décennies du XXe siècle, on voit naître puis s’épanouir la pratique des modèles mathématiques appliquée aux sciences végétales. On voit en particulier que ces pratiques nouvelles de modélisation entrent en concurrence avec une tradition ancienne de théorisation mathématique des formes du vivant. C’est même devant les limites des essais théoriques récurrents que le tournant formel des modèles se confirme et permet des avancées incontestables. À l’heure où toutes les sciences à objets complexes parlent beaucoup de modèles et moins de théor i e s , est-ce le signe d’une victoire de la "modélisation" au détriment de la "théorie" ? Cette victoire est-elle définitive ? Cela a-t-il toujours un sens de les opposer ? Et qu’en est-il des « lois » ?
En proposant une analyse des travaux mais aussi des positions épistémologiques de certains scientifiques impliqués, en explicitant le sens de ce qui les rapproche, de ce qui les distingue ou les oppose, cet ouvrage montre que l’émergence, l’expansion puis la diversification des pratiques de modélisation formelle du vivant ont contribué, sur le terrain scientifique lui-même, à bousculer les
rapports épistémologiques traditionnels entre théories, lois et modèles tels qu’ils nous ont été légués par la physique.

AUTEUR :
Franck Varenne est directeur du département de philosophie de l’Université de Rouen. Ingénieur Supélec, docteur en histoire et philosophie des sciences, il y est maître de conférences en philosophie de la connaissance. Il est également chercheur au GEMASS (Groupe d’Etudes des Méthodes de l’Analyse Sociologique
de la Sorbonne - UMR 8598 - CNRS / Paris Sorbonne).


Les Origines de la vie : Émergence ou explication réductive ?
Christophe Malaterre 

ISBN : 9782705670337

PRÉSENTATION :
La vie est-elle un phénomène émergent ? Traduit-elle l'apparition de propriétés nouvelles au niveau d'un tout, qui seraient irréductibles aux propriétés et à l'organisation des composants de ce tout, ou encore imprédictibles à partir de ces mêmes éléments ?
Développées à la charnière des XIXe et XXe siècles comme alternative aux deux approches antinomiques du vivant que sont le vitalisme et le mécanisme, la notion philosophique d'émergence connait aujourd'hui de nouveaux développements : avec la prise de conscience de la complexité du vivant, un nouveau discours émergentiste refait surface en biologie et dans le champ scientifique des origines de la vie. Que signifie la notion d'émergence lorsqu'elle s'applique à l'apparition de la vie sur Terre ? Quelles sont sa pertinence et sa portée ?
Dans ce livre, Christophe Malaterre propose une clarification conceptuelle de la notion philosophique d'émergence ; il en défend une conception epistémique et contextuelle, adossée à la notion d'explication. En s'inspirant des travaux les plus contemporains sur les origines de la vie, il montre que, selon le contexte epistémique dans lequel le phénomène est évalué, la qualification de l'apparition de la vie comme émergente est, ou non, justifié. Il défend alors la thèse selon laquelle la caractérisation émergentiste de l'apparition de la vie n'est qu'une conséquence temporaire des limites de nos connaissances scientifiques.

AUTEUR :
Christophe Malaterre est docteur en philosophie des sciences de l'université Paris 1-Panthéon Sorbonne. Il est aussi diplômé de l'École centrale de Paris et du Massachusetts Institute of Technology. Lauréat d'une subvention de la fondation Louis D. de l'Institut de France, il a reçu en 2009 le prix Louis Forrest en Lettres de la Chancellerie des Universités de Paris.


Le Paradigme neuronal: De la Physiologie expérimentale à la cognition
Jean-Gaël Barbara 

ISBN : 9782705669355

L’étude de l’esprit préoccupe aussi bien le philosophe, le psychologue, le cognitiviste et le neuroscientifique. Mais de nouveaux signes de convergence émergent dans l’élaboration d’un savoir homogène, malgré la reconnaissance de la diversité historique de chacune de ses branches constitutives. C’est cette tension qui est prise pour cadre d’analyse épistémologique. Comment les sciences du cerveau se sont-elles différenciées à partir d’une physiologie et d’une psychologie expérimentales ? Comment ces différenciations disciplinaires définissant chacune à leur manière les fonctions et les fonctionnements du cerveau ont évolué au XXe siècle pour tisser des liens entre méthodologies, concepts de constitution et finalement des cadres théoriques communs ? L’auteur, neuroscientifique et historien des neurosciences, répond à ces interrogations en confrontant l’histoire des différentes manières de considérer les fonctions du cerveau par la physiologie, la neurophysiologie, les neurosciences et les sciences cognitives. Il n’est plus question de parler seulement de réductionnisme au sens strict, d’éliminativisme, de pluralisme scientifique ou d’unité de la science. L’étude des fonctions du cerveau continue d’être d’une extraordinaire diversité. Pourtant, les méthodes et conceptions actuelles permettent d’en forger une épistémologie unitaire, complexe, fondée sur des convergences locales, mais nombreuses, entre mécanismes cérébraux et fonctions psychiques par des modèles animaux et chez l’homme.
AUTEUR :
Jean-Gaël Barbara, chargé de recherche au CNRS, docteur en neurosciences et en histoire des sciences.


L'interprétation de la mécanique quantique
Manuel Bächtold 

ISBN : 9782705668341

Ce livre débute par une représentation à la fois pédagogique et rigoureuse des bases de la mécanique quantique suivant l’interprétation « standard ».
Il expose en détail le fameux « problème de la mesure », examine les stratégies visant à le surmonter et montre que toutes les approches « réalistes » (qui présupposent une correspondance entre la théorie et la réalité en soi) se heurtent à des difficultés persistantes.
Partant de ce constat d’échec, ce livre propose d’adopter une approche alternative de la connaissance, dite « pragmatiste », qui revient à évaluer une théorie à l’aune de la pratique des physiciens en s’abstenant de lui greffer une construction métaphysique sans lien avec l’expérience. La mise en œuvre de cette approche permet d’offrir une interprétation très éclairante de la mécanique quantique, qui dissout le problème de la mesure, sans modifier la théorie et sans générer de nouvelles difficultés.
Ce livre s’adresse aux étudiants et chercheurs en physique, ou à tout lecteur curieux, en quête de clés pour comprendre la mécanique quantique, mais aussi aux philosophes qui s’interrogent sur la possibilité d’une application concrète des diverses conceptions de la connaissance dans le champ des sciences.

Auteur :
Manuel Bächtold est ingénieur physicien de l’École polytechnique Fédérale de Lausanne et docteur en philosophie de l’Université Paris I Panthéon-Sorbonne. Il enseigne l’épistémologie de la mécanique quantique et poursuit ses recherches à l’Institut de Philosophie de l’Université Technologique de Dortmund.


Ouvrir la logique au monde: Philosophie et mathématique de l'interaction
Sous la direction de Jean-Baptiste Joinet 

ISBN : 9782705668303

Cet ouvrage rassemble une partie des exposés donnés lors de l’École thématique du CNRS « Logique, Sciences et Philosophie », organisée par Jean-Baptiste Joinet, qui s’est tenue au Centre culturel international de Cerisy-la-Salle, en 2006, à l’initiative du groupe « Logique et Interaction : Géométrie de la Cognition » (LIGC).
La première partie, intitulée « Physique et intuition », réunit des contributions concernant l’intelligibilité de la nature. C’est d’abord la logique qui est convoquée, par l’interrogation sur la dualité entre subjectif et intersubjectif (J.-Y. Girard) à travers les apports récents de la ludique. Sont analysés ensuite les liens fondamentaux entre le formalisme mathématique et l’intuition en physique (T. Paul, M. Bitbol). Pour finir, la mathématique formelle est entrevue depuis la phénoménologie (V. Gérard), notamment dans le dialogue entre théorie des ensembles et ontologie.
La deuxième partie, « Nature et calcul : de la logique au sujet », introduit de manière critique la conception de la nature-calcul, en abordant d’un côté les limitations de la thèse de séparabilité entre systèmes calculables et systèmes chaotiques (G. Dowek), et de l’autre la différence entre déterminisme et prédictibilité en tant qu’elle questionne la thèse de Church physique (G. Longo, T. Paul).
La troisième partie,consacrée aux « Processus et primitives de cognition », aborde les questions de signification et d’ontologie. Les deux premiers chapitres s’articulent autour de l’hypothèse localiste, en s’ attachant à l’ancrage cognitif des concepts mathématiques (B. Teissier), puis à la signification spatiale de la négation et de l’implication logiques (P. Livet). Les deux derniers chapitres abordent sur un plan philosophique les jalons théoriques qui permettent d’envisager une sémiotique cognitive (S. Tronçon), et les apports de l’intuitionnisme philosophique à une sémantique des constructions et des catégories (A. Benmakhlouf).


Vers une nouvelle philosophie de la nature
sous la direction de Joseph Kouneiher 

ISBN : 9782705668099

Dans ce livre, les auteurs explorent le croisement fécond et effectif des méthodes et des perspectives théoriques et expérimentales des mathématiques, des sciences de la nature et de la vie, mais aussi de la philosophie des sciences. Il s’agit en fait de faire le point sur les acquis majeurs des sciences formelles et empiriques les plus récentes qui sont susceptibles d’enrichir voire de renouveler en profondeur notre conception scientifique et philosophique de la nature.
Cet ouvrage revient sur les arguments, tirés notamment des mathématiques ou de la physique théorique pour justifier de possibles nouvelles représentations du Cosmos, par exemple : les développements de la biologie théorique de ces dernières années pour l’étude des structures des protéines, la biologie du développement; les théories de la perception et leurs impacts sur notre représentation et notre définition du vivant et enfin sur les intéractions nouvelles entre sciences et une philosophie de la nature.
Cet ouvrage s’adresse a tout public concerné par ces questions, ainsi qu’aux étudiants et chercheurs en mathématiques, physique, biologie et philosophie voulant aller au-delà des formalismes et des énoncés de leurs disciplines.

Auteurs :
A. Ashtekar, D. Bennequin, M. Bitbol, E. Bois, M. Espinoza, J. Gayon, F. Hélein, J. Kouneiher, M. Lachièze-Rey, D. Lambert, J.M. Levy-Leblond, G. Longo, J.-P. Luminet, D. Philipona, J.K. Regan, R. Rezsohazy,C. Salini, J.-J. Szczeciniarz, I.-O. Stamatescu.


L'essor des neurosciences: France 1945-1975
Sous la direction de Claude Debru

ISBN : 9782705667436
Du niveau moléculaire aux niveaux cognitif et conscientiel, les sciences du cerveau apportent aujourd'hui des éléments cruciaux pour la compréhension de l'homme sous tous ses aspects. Etudiant l'exemple français considéré dans le contexte international, cet ouvrage parcourt les chemins principaux que les neurosciences ont empruntés depuis la Seconde Guerre mondiale pour parvenir à leur état actuel. Les auteurs, neurobiologistes commentant leurs propres découvertes, philosophes et historiens des sciences, présentent l'émergence et les développements rapides des domaines des domaines des neurosciences dans les trente glorieuses années qui ont suivi la guerre, et ont posé les fondements des progrès ultérieurs. Ils commentent les difficultés et les promesses de l'interdisciplinarité, l'évolution du cadre philosophique favorisant une vision plus intégrative du cerveau humain ainsi qu'une vision moins réductrice de la conscience chez l'homme et l'animal. Ils montrent enfin comment la communauté scientifique s'est organisée sur le plan international, réussissant d'une manière remarquable à surmonter les oppositions entre systèmes politiques alors dominantes.

L’institut Marais : P. Buser, J. Glowinski, A. Mallart, H. Korn. Neurophysiologie cellulaire et moléculaire : C. Bange, F. Clarac, S. Tyc-Dumont, P. Ascher, J-P. Changeux. 
Neurophysiologie et psychophysiologie : Y. Galifret, V. Bloch, M. Jeannerod, A. Berthoz. Approches intégrées dans les neurosciences : P. Buser, J-G. Barbara, D. Romand, M. Jouvet. Neurobiologie et médecine : R. Guillemin, I. Assenmacher, A.Tixier-Vidal, P.Karli, C. Cherici, C. Cepeda, H. Korn, F.Clarac, J.Massion, B. Bioulac, J-N Missa. La décentralisation : A. Holley, Cl. Debru, Y. Laporte, A. Calas. Les aspects internationaux : M. Wiesendanger , M. Meulders, M. Piccolino, H. Korn, P. Buser.


Pourquoi le tout est plus que la somme de ses parties
Jacques Ricard 

ISBN : 9782705667375


L’ensemble des activités scientifiques qui se sont développées dans les pays occidentaux depuis Descartes, repose sur une réduction du complexe au simple. Cette démarche s’est d’abord avérée efficace mais, dans bien des domaines, elle a maintenant atteint ses limites.
Les systèmes possèdent des propriétés collectives non réductibles à celles de leurs éléments constitutifs. Ils sont, pour cette raison, appelés émergents, ou complexes. Bien que cette notion soit présente depuis fort longtemps dans la pensée philosophique, c’est probablement l’étude des systèmes biomimétiques en apparence simples, ainsi que celle des réseaux, qui a permis de donner une définition rationnelle, physique, des processus d’émergence.

Le but de ce livre est donc, tout à la fois, d’aborder certains aspects de la science des systèmes et de discuter des implications philosophiques de cette nouvelle science. Ce livre n’est donc ni un ouvrage purement scientifique, ni un ouvrage proprement philosophique mais, plutôt, une tentative de montrer comment un changement majeur de paradigme survenu dans la science contemporaine affecte notre approche de problèmes philosophiques anciens.

Jacques Ricard, professeur honoraire à l’université Paris 7 Denis-Diderot, est directeur honoraire de l’Institut Jacques-Monod (université Paris 6, Paris 7 et CNRS). Il est aussi membre , ou membre correspondant, de l’Académie des Sciences, de l’Académie Internationale de Philosophie des Sciences et de l’Académie des Sciences de New York.


Chaos et systèmes dynamiques: Éléments pour une épistémologie
Sous la direction de Sara Franceschelli 

ISBN : 9782705666873

Cet ouvrage explore en profondeur des nouvelles voies offertes par l'étude des "systèmes dynamiques", en combinant les approches scientifique, historique, épistémologique et philosophique, par la plume de spécialistes pionniers dans ces domaines.

Les "systèmes dynamiques", en tant que discipline mathématique, portent sur la résolution des systèmes d'équations différentielles. La physique comprend désormais aujourd'hui une de ses branches sous ce vocable, qui s'étend des problèmes astronomiques de stabilité du système solaire à la prévision des conditions atmosphériques, en passant pas l'étude de phénomènes thermiques ou hydrodynamiques de turbulence et de convection. Les méthodes des systèmes dynamiques sont utilisées aujourd'hui également par d'autres sciences.

L'approche adoptée dans ce livre est résolument multidisciplinaire. tandis que certains textes donnent une vision concetuelle accessible et incitative, d'autres peuvent constituer une ouverture vers des domaines avancés de la recherche dans ce domaine.

Ce livre s'adresse aux scientifiques, aux philosophes, aux personnes versées dans les sciences humaines: chercheurs, enseignants, étudiants. Il est aussi destiné à tous ceux qui, dans le public, ont un jour entendu parler de ces problèmes, et qu'aura étonnés une certaine magie des mots (tels que "chaos", "attracteurs", etc.). C'est dans cette compréhension que le livre propose d'entrer.


Le Point Aveugle I: Cours de Logique / Vers la Perfection 
Jean-Yves Girard 

ISBN : 2 7056 6633 8

Ce livre est à la fois un cours de logique (théorie de la démonstration) et d'épistémologie des "fondements". Il s'adresse aussi bien aux mathématiciens qu'aux informaticiens, aux philosophes qu'aux physiciens et aux linguistes.
Il nous emmène du paradoxe de Gödel (l'incomplétude), des limbes du signifiant, à la logique parfaite, cette logique sans point aveugle ou presque qui réfère à un monde d'actions. Nous quittons alors les vérités pérennes pour vivre dans l'instant : en termes linguistiques, nous passons de l'imparfait au parfait. L'infini retrouve ainsi son étymologie (imparfaite) : celle du non-terminé.
Epistémologiquement, le texte rompt avec la sempiternelle polarisation entre réalisme et anti-réalisme, en lui substituant l'opposition entre existence et essence. D'ontologique, la question devient morphologique : la logique est-elle antérieure aux phénomènes qu'elle contrôle ?
Cet ouvrage est le premier d'une publication en deux volumes. Ce n'est qu'au second tome, avec l'analyse de l'imperfection, que nous arriverons à la pérennité non pérenne ; c'est un peu la réconciliation de l'essence et de l'existence sur d'autres bases que la familière combinatoire logistique : les algèbres d'opérateurs.

Jean-Yves Girard, directeur de recherche au CNRS, travaille à l'institut de Mathématiques de Luminy. C'est un logicien à qui l'on doit, entre autres, le système F, la logique linéaire et la ludique, contributions mathématiques à la logique ; ainsi qu'une réflexion épistémologique, contribution philosophique à cette même logique. Médaille d'argent du CNRS, correspondant à l'Académie des sciences, membre de l'Académie européenne.


Le Point Aveugle II: Cours de Logique : Vers l'Imperfection
Jean-Yves Girard 

ISBN : 9782705666347

Le Point Aveugle II : Vers l’imperfection.
Ce livre est à la fois un cours de logique (théorie de la démonstration) et d’épistémologie des “fondements”. Il s’adresse aussi bien aux mathématiciens qu’aux informaticiens, aux philosophes qu’aux physiciens et aux linguistes.
Le premier tome Vers la perfection s’achevait sur la logique linéaire et la distinction entre parfait et imparfait : le parfait référant à un monde d’actions où l’on vit dans l’instant loin des vérités pérennes, alors que l’imparfait est le monde de l’infini et de la pérennité, lieu du non-terminé. Alors que la perfection s’analyse sans problème, tous les paradigmes logiques considérés deviennent problématiques hors du mode parfait.
Dans ce second tome Vers l’imperfection, nous interrogeons ce monde imparfait. En particulier, comment postuler la pérennité sans postuler en même temps la pérennité de la pérennité ? Une pérennité non pérenne s’exprime cependant dans les logiques iconoclastes, des systèmes qui font sens sur le papier, mais qu’on a du mal à asseoir : la bonne intuition se trouve finalement du côté de la mécanique quantique et des algèbres d’opérateurs : c’est la géométrie de l’interaction.
L’interprétation de l’imperfection suppose la reconnaissance de l’intrication entre sujet et objet : on découvre in fine que la tradition logique a minimisé le rôle du sujet ; paradoxalement, en cherchant des notions objectives, elle est tombée dans le subjectivisme.

Le premier tome s’ouvrait sur l’essentialisme arrogant de Tarski : la vérité est la qualité de ce qui est vrai. Le second tome lui répond en se refermant sur une définition subjective de la vérité, qui tient (enfin) compte de la place prépondérante du sujet dans l’énonciation.


Mathématiques et sciences de la nature: La singularité physique du vivant
Francis Bailly Giuseppe Longo
2006
ISBN : 2 7056 6630 3

Ce livre vise à dégager un cadre conceptuel, tendanciellement unitaire, qui s'appuie sur la situation contemporaine des sciences - essentiellement physique et biologie -, dans un rapport étroit, mais non subordonné, aux analyses des fondements des mathématiques. Comme partie intégrante de ce cadre, nous expliciterons quelques principes pour une philosophie moderne de la nature et nous essayerons de développer une approche théorique de certains aspects de la biologie. Cette approche, tout en s'inspirant des pratiques et de la conceptualisation physico-mathématiques, se démarquera nettement des théories physiques courantes dans la spécification des phénomènes du vivant.

Ce livre s'adresse aussi bien aux chercheurs et aux étudiants qu'aux lecteurs intéressés dans les domaines des mathématiques, de l'informatique, de la philosophie, de la physique ou de la biologie.

Francis Bailly, chercheur au CNRS, Laboratoire de physique des solides.
Giuseppe Longo, directeur de recherches CNRS - Ecole normale supérieure, membre de l'Académie européenne.